Investigating acid-induced structural transitions of lysozyme in an electrospray ionization source

Analyst

Volumn 140, Issue 2, 2015, Pages 661-669

  Lee, Jong Wha ^a   Kim, Hugh I ^a  

^a Pohang University of Science and Technology (POSTECH)   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACETIC ACID; EGG PROTEIN; FORMIC ACID; FORMIC ACID DERIVATIVE; HYDROCHLORIC ACID; LYSOZYME;

ANIMAL; CHEMISTRY; CHICK EMBRYO; CIRCULAR DICHROISM; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN UNFOLDING; ULTRASTRUCTURE;

ACETIC ACID; ANIMALS; CHICK EMBRYO; CIRCULAR DICHROISM; EGG PROTEINS; FORMATES; HYDROCHLORIC ACID; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MURAMIDASE; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN UNFOLDING; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION;

EID: 84918511995     PISSN: 00032654     EISSN: 13645528     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4an01794c     Document Type: Article

References (83)

1. K. C. Aune C. Tanford Biochemistry 1969 8 4586 4590
2. K. Sasahara M. Demura K. Nitta Proteins: Struct., Funct., Genet. 2002 49 472 482
3. D. J. Segel A. Bachmann J. Hofrichter K. O. Hodgson S. Doniach T. Kiefhaber J. Mol. Biol. 1999 288 489 499
4. L. L. Chen K. O. Hodgson S. Doniach J. Mol. Biol. 1996 261 658 671
5. P. Haezebrouck M. Joniau H. Vandael S. D. Hooke N. D. Woodruff C. M. Dobson J. Mol. Biol. 1995 246 382 387
6. M. Hirai S. Arai H. Iwase J. Phys. Chem. B 1999 103 549 556
7. P. Jennings P. Wright Science 1993 262 892 896
8. A. Litwińczuk S. R. Ryu L. A. Nafie J. W. Lee H. I. Kim Y. M. Jung B. Czarnik-Matusewicz Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2014 1844 593 606
9. Y. Goto L. J. Calciano A. L. Fink Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1990 87 573 577
10. M. M. Harding D. H. Williams D. N. Woolfson Biochemistry 1991 30 3120 3128
11. M. Ohgushi A. Wada FEBS Lett. 1983 164 21 24
12. H. S. Bose R. M. Whittal M. A. Baldwin W. L. Miller Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 7250 7255
13. B. Schuler W. A. Eaton Curr. Opin. Struct. Biol. 2008 18 16 26
14. L. Fu J. Liu E. C. Y. Yan J. Am. Chem. Soc. 2011 133 8094 8097
15. G. Liu A. Prabhakar D. Aucoin M. Simon S. Sparks K. J. Robbins A. Sheen S. A. Petty N. D. Lazo J. Am. Chem. Soc. 2010 132 18223 18232
16. J. Fenn M. Mann C. Meng S. Wong C. Whitehouse Science 1989 246 64 71
17. V. Katta B. T. Chait J. Am. Chem. Soc. 1991 113 8534 8535
18. A. J. R. Heck Nat. Methods 2008 5 927 933
19. R. H. H. v. d. Heuvel A. J. R. Heck Curr. Opin. Chem. Biol. 2004 8 519 526
20. T. Wyttenbach M. T. Bowers J. Phys. Chem. B 2011 115 12266 12275
21. H. Shi N. A. Pierson S. J. Valentine D. E. Clemmer J. Phys. Chem. B 2012 116 3344 3352
22. J. W. Lee S. W. Heo S. J. C. Lee J. Y. Ko H. Kim H. I. Kim J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013 24 21 29
23. S. J. C. Lee J. W. Lee T. S. Choi K. S. Jin S. Lee C. Ban H. I. Kim Anal. Chem. 2014 86 1909 1916
24. A. Dobo I. A. Kaltashov Anal. Chem. 2001 73 4763 4773
25. A. K. Frimpong R. R. Abzalimov S. J. Eyles I. A. Kaltashov Anal. Chem. 2007 79 4154 4161
26. Z. Hall C. V. Robinson J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012 23 1161 1168
27. M. Šamalikova I. Matecko N. Muller R. Grandori Anal. Bioanal. Chem. 2004 378 1112 1123
28. U. A. Mirza S. L. Cohen B. T. Chait Anal. Chem. 1993 65 1 6
29. L. Testa S. Brocca R. Grandori Anal. Chem. 2011 83 6459 6463
30. S. W. Heo T. S. Choi K. M. Park Y. H. Ko S. B. Kim K. Kim H. I. Kim Anal. Chem. 2011 83 7916 7923
31. J. Fernandez de la Mora Anal. Chim. Acta 2000 406 93 104
32. L. Konermann E. Ahadi A. D. Rodriguez S. Vahidi Anal. Chem. 2013 85 2 9
33. R. L. Grimm J. L. Beauchamp J. Phys. Chem. A 2010 114 1411 1419
34. U. A. Mirza B. T. Chait Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997 162 173 181
35. H. J. Sterling C. A. Cassou A. C. Susa E. R. Williams Anal. Chem. 2012 84 3795 3801
36. H. Lin E. N. Kitova M. A. Johnson L. Eugenio K. K. S. Ng J. S. Klassen J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012 23 2122 2131
37. S. Vahidi B. B. Stocks L. Konermann Anal. Chem. 2013 85 10471 10478
38. K. Pagel E. Natan Z. Hall A. R. Fersht C. V. Robinson Angew. Chem., Int. Ed. 2013 52 361 365
39. J. B. Hedges S. Vahidi X. Yue L. Konermann Anal. Chem. 2013 85 6469 6476
40. K. Breuker F. W. McLafferty Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 18145 18152
41. O. Skinner F. McLafferty K. Breuker J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012 23 1011 1014
42. T. Ly R. R. Julian J. Am. Chem. Soc. 2010 132 8602 8609
43. D. M. Mao K. R. Babu Y. L. Chen D. J. Douglas Anal. Chem. 2003 75 1325 1330
44. H. Sterling M. Daly G. Feld K. Thoren A. Kintzer B. Krantz E. Williams J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010 21 1762 1774
45. L. Konermann A. D. Rodriguez J. Liu Anal. Chem. 2012 84 6798 6804
46. B. A. Malcolm S. Rosenberg M. J. Corey J. S. Allen A. de Baetselier J. F. Kirsch Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1989 86 133 137
47. M. Hoshino Y. Hagihara D. Hamada M. Kataoka Y. Goto FEBS Lett. 1997 416 72 76
48. R. Diamond J. Mol. Biol. 1974 82 371 391
49. Y. O. Kamatari T. Konno M. Kataoka K. Akasaka Protein Sci. 1998 7 681 688
50. S. J. Valentine J. G. Anderson A. D. Ellington D. E. Clemmer J. Phys. Chem. B 1997 101 3891 3900
51. D. S. Gross P. D. Schnier S. E. Rodriguez-Cruz C. K. Fagerquist E. R. Williams Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 3143 3148
52. K. Kuwajima Y. Hiraoka M. Ikeguchi S. Sugai Biochemistry 1985 24 874 881
53. K. M. Downard S. D. Maleknia S. Akashi Rapid Commun. Mass Spectrom. 2012 26 226 230
54. B. J. McCullough J. Kalapothakis H. Eastwood P. Kemper D. MacMillan K. Taylor J. Dorin P. E. Barran Anal. Chem. 2008 80 6336 6344
55. P. V. Konarev V. V. Volkov A. V. Sokolova M. H. J. Koch D. I. Svergun J. Appl. Crystallogr. 2003 36 1277 1282
56. D. Svergun J. Appl. Crystallogr. 1992 25 495 503
57. D. I. Svergun M. V. Petoukhov M. H. J. Koch Biophys. J. 2001 80 2946 2953
58. D. Svergun C. Barberato M. H. J. Koch J. Appl. Crystallogr. 1995 28 768 773
59. C. D. Putnam M. Hammel G. L. Hura J. A. Tainer Q. Rev. Biophys. 2007 40 191 285
60. B. T. Ruotolo J. L. P. Benesch A. M. Sandercock S.-J. Hyung C. V. Robinson Nat. Protoc. 2008 3 1139 1152
61. M. F. Bush Z. Hall K. Giles J. Hoyes C. V. Robinson B. T. Ruotolo Anal. Chem. 2010 82 9557 9565
62. B. Hess C. Kutzner D. van der Spoel E. Lindahl J. Chem. Theory Comput. 2008 4 435 447
63. G. A. Kaminski R. A. Friesner J. Tirado-Rives W. L. Jorgensen J. Phys. Chem. B 2001 105 6474 6487
64. A. A. Shvartsburg M. F. Jarrold Chem. Phys. Lett. 1996 261 86 91
65. M. F. Mesleh J. M. Hunter A. A. Shvartsburg G. C. Schatz M. F. Jarrold J. Phys. Chem. 1996 100 16082 16086
66. M. I. Catalina R. H. H. van den Heuvel E. van Duijn A. J. R. Heck Chem.-Eur. J. 2005 11 960 968
67. R. Grandori J. Mass Spectrom. 2003 38 11 15
68. U. A. Mirza B. T. Chait Anal. Chem. 1994 66 2898 2904
69. H. Vis U. Heinemann C. M. Dobson C. V. Robinson J. Am. Chem. Soc. 1998 120 6427 6428
70. S. Shimoyama A. Nagadoi H. Tachiwana M. Yamada M. Sato H. Kurumizaka Y. Nishimura S. Akashi J. Mass Spectrom. 2010 45 900 908
71. S. Merenbloom T. Flick E. Williams J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012 23 553 562
72. S. Merenbloom T. Flick M. Daly E. Williams J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011 22 1978 1990
73. Y. Goto N. Takahashi A. L. Fink Biochemistry 1990 29 3480 3488
74. S. Warnke G. von Helden K. Pagel J. Am. Chem. Soc. 2013 135 1177 1180
75. D. E. Kuehner J. Engmann F. Fergg M. Wernick H. W. Blanch J. M. Prausnitz J. Phys. Chem. B 1999 103 1368 1374
76. F. E. Kuhlmann A. Apffel S. M. Fischer G. Goldberg P. C. Goodley J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995 6 1221 1225
77. W. Z. Shou W. Naidong J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2005 825 186 192
78. S. Å. Gustavsson J. Samskog K. E. Markides B. Långström J. Chromatogr. A 2001 937 41 47
79. N. B. Cech C. G. Enke Mass Spectrom. Rev. 2001 20 362 387
80. H. P. Gregor J. Belle R. A. Marcus J. Am. Chem. Soc. 1955 77 2713 2719
81. A. Wexler J. Res. Natl. Bur. Stand., Sect. A 1976 80 775 785
82. A. S. Coolidge J. Am. Chem. Soc. 1930 52 1874 1887
83. A. E. Potter H. L. Ritter J. Phys. Chem. 1954 58 1040 1042