Disulfide-intact and -reduced lysozyme in the gas phase: Conformations and pathways of folding and unfolding

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 101, Issue 19, 1997, Pages 3891-3900

  Valentine, Stephen J ^a   Anderson, Jennifer G ^a   Ellington, Andrew D ^a   Clemmer, David E ^a  

^a INDIANA UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001604844     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp970217o     Document Type: Article

References (77)

1. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64.
2. Karas, M.; Hillenkamp, F. Anal. Chem. 1988, 60, 2299.
3. Chait, B. T.; Kent, S. B. H. Science 1992, 257, 1885.
4. Biemann, K. Annu. Rev. Biochem. 1992, 61, 997.
5. Siuzdak, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 11290.
6. Biemann, K.; Scobel, H. A. Science 1987, 237, 992.
7. Brulingame, A. L.; Boyd, R. K.; Gaskell, S. J. Anal. Chem. 1994, 66, 634R.
8. McLuckey, S. A.; Van Berkel, G. J.; Glish, G. L. J. Am. Chem. Soc. Mass Spectrom. 1992, 3, 60.
9. McLuckey, S. A.; Habibgoudarzi, S. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 12085.
10. Senko, M. W.; Beu, S. C.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 415.
11. Hagen, D. F. Anal. Chem. 1979, 51, 870.
12. St. Louis, R. H.; Hill, H. H. Crit. Rev. Anal. Chem. 1990, 21, 321.
13. von Helden, G., Hsu, M. T., Kemper, P. R.; Bowers, M. T. J. Chem. Phys. 1991, 95, 3835.
14. Jarrold, M. F.; Constant, V. A. Phys. Rev. Lett. 1992, 67, 2994.
15. Kiefhaber, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 9029.
16. Itzhaki, L. S.; Evans, P. A.; Dobson, C. M.; Radford, S. E. Biochemistry 1994, 33, 5212.
17. Radford, S. E.; Dobson, C. M.; Evans, P. A. Nature 1992, 358, 302.
18. Chaffotte, A. F.; Guillou, Y.; Goldberg, M. E. Biochemists 1992, 31, 9694.
19. Loo, J. A.; Edmonds, C. G.; Smith, R. D. Science 1990, 248, 201.
20. Wood, T. D.; Chorush, R. A.; Wampler, F. M. III; Little, D. P.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 2451.
21. Gross, D. S.; Schnier, P. D.; Rodriguez-Cruz, S. E.; Fagerquist, C. K.; Williams, E. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 3143.
22. Shelimov, K. B.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 10313.
23. Clemmer, D. E.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10141.
24. In addition to refs 13 and 14, see for example: von Helden, G.; Hsu, M.-T.; Gotts, N.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8182. Lee, S. H.; Gotts, N. G.; von Helden, G.; Bowers, M. T. Science 1995, 267, 999. Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1995, 99, 11. Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 8841 and references therein.
25. In addition to refs 13 and 14, see for example: von Helden, G.; Hsu, M.-T.; Gotts, N.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8182. Lee, S. H.; Gotts, N. G.; von Helden, G.; Bowers, M. T. Science 1995, 267, 999. Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1995, 99, 11. Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 8841 and references therein.
26. In addition to refs 13 and 14, see for example: von Helden, G.; Hsu, M.-T.; Gotts, N.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8182. Lee, S. H.; Gotts, N. G.; von Helden, G.; Bowers, M. T. Science 1995, 267, 999. Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1995, 99, 11. Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 8841 and references therein.
27. In addition to refs 13 and 14, see for example: von Helden, G.; Hsu, M.-T.; Gotts, N.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8182. Lee, S. H.; Gotts, N. G.; von Helden, G.; Bowers, M. T. Science 1995, 267, 999. Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1995, 99, 11. Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 8841 and references therein.
28. von Helden, G.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Science 1995, 267, 1483.
29. Lee, S.; Wyttenbach, T.; von Helden, G.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10159.
30. Shelimov, K. B.; Clemmer, D. E.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2240.
31. Valentine, S. J.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc., in press.
32. Jarrold, M. F.; Honea, E. C. J. Phys. Chem. 1991, 95, 9181.
33. Jarrold, M. F.; Constant, V. A. Phys. Rev. Lett. 1991, 67, 2994.
34. Schnier, P. F.; Gross, D. S.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6747.
35. See for example: Campbell, S.; Rodgers, M. T.; Marzluff, E. M.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 12840. Gur, E. H.; de Koning, L. J.; Nibbering, N. M. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 466. Gard, E.; Green, M. K.; Bregar, J.; Lebrilla, C. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 623.
36. See for example: Campbell, S.; Rodgers, M. T.; Marzluff, E. M.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 12840. Gur, E. H.; de Koning, L. J.; Nibbering, N. M. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 466. Gard, E.; Green, M. K.; Bregar, J.; Lebrilla, C. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 623.
37. See for example: Campbell, S.; Rodgers, M. T.; Marzluff, E. M.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 12840. Gur, E. H.; de Koning, L. J.; Nibbering, N. M. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 466. Gard, E.; Green, M. K.; Bregar, J.; Lebrilla, C. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 623.
38. Winger, B. E.; Light-Wahl, J. J.; Rockwood, A. L.; Simth, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 5897.
39. Suckau, D.; Shi, Y.; Beu, S. C.; Senko, M. W.; Quinn, J. P.; Wampler, F. M. III; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 790.
40. Cassady, C. J.; Carr, S. R. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 247.
41. Covey, T. R.; Douglas, D. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 616.
42. Douglas, D. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 17.
43. Collings, B. A.; Douglas, D. J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 4488.
44. Cox, K. A.; Julian, R. K.; Cooks, R. G.; Kaiser, R. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 127.
45. Sullivan, P. A.; Axelsson, J.; Altmann, S.; Quist, A. P.; Sunqvist, B. U. R.; Reimann, C. T. J. Am. Chem. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 329.
46. Kaufman, S. L.; Skogen, J. W.; Dorman, F. D.; Zarrin, F.; Lewis, K. C. Anal. Chem. 1996, 68, 1895.
47. Smith, R. D.; Loo, R. R.; Busman, M.; Udseth, H. R. Mass Spectrom. Rev. 1991, 10, 359.
48. Smith, R. D.; Loo, J. A.; Loo, R. R.; Udseth, H. R. Mass Spectrom. Rev. 1992, 11, 434.
49. Wittmer, D.; Chen, Y. H.; Luckenbill, B. K.; Hill, H. H. Anal. Chem. 1994, 66, 2348.
50. Ogorzalek Loo, R. R.; Winger, B. E.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 207.
51. Ogorzalek Loo, R. R.; Winger, B. E.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 1064.
52. Zhang, X.; Cassady, C. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 1211.
53. Smith, R. D.; Loo, J. A.; Edmonds, C. G.; Barinaga, C. J.; Udseth, H. R. Anal. Chem. 1990, 62, 882-889.
54. Lias, S. B.; Liebman, J. F.; Levin, R. D. J. Phys. Chem. Ref. Data 1984, 13, 695.
55. Decouzon, M.; Bal, J. F.; Maria, P. C.; Raczynska, E. D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1993, 7, 599.
56. Mason, E. A.; McDaniel, E. W. Transport Properties of Ions in Gases; Wiley: New York, 1988.
57. Loo, J. A.; Edmonds, C. G.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1990, 62, 693.
58. The crystal coordinates for turkey lysozyme are taken from the world wide web: http://expasy.hcuge.ch/cgi-bin/get-pdb-entry?11z3.
59. The near-linear protein was created using Insight II, BIOSYM/ MSI, San Diego, CA (1995).
60. These values are derived from the van der Waals radii used by Insight II for calculating structures of biological molecules.
61. Valentine, S. J.; Clemmer, D. E. Accepted by J. Am. Soc. Mass Spectrom.
62. Loo, R. R. O.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 207. Loo, R. R. O.; Winger, B. E.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 1064.
63. Loo, R. R. O.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 207. Loo, R. R. O.; Winger, B. E.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 1064.
64. Chowdhury, S. K.; Katta, V.; Chait, B. T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 9012.
65. Loo, J. A.; Loo, R. R. O.; Udseth, H. R.; Edmonds, C. G.; Smith, R. D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1991, 5, 101.
66. Miraz, U. A.; Cohen, S. L.; Chait, B. T. Anal. Chem. 1993, 65, 1.
67. LeBlanc, J. C. Y.; Beuchemin, D.; Siu, K. W. M.; Guevremont, R.; Berman, S. S. Org. Mass Spectrom. 1991, 5, 582.
68. Rockwood, A. S.; Busman, M.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1991, 5, 582.
69. Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 2426.
70. Myer, Y. P.; Saturno, A. F. J. Protein Chem. 1990, 9, 379.
71. Drew, H. R.; Dickerson, R. E. J. Biol. Chem. 1978, 253, 8420. Tsong, T. Y. Biochemistry 1973, 12, 2209. Dyson, H. J.; Beattie, J. K. J. Biol. Chem. 1982, 257, 2267.
72. Drew, H. R.; Dickerson, R. E. J. Biol. Chem. 1978, 253, 8420. Tsong, T. Y. Biochemistry 1973, 12, 2209. Dyson, H. J.; Beattie, J. K. J. Biol. Chem. 1982, 257, 2267.
73. Drew, H. R.; Dickerson, R. E. J. Biol. Chem. 1978, 253, 8420. Tsong, T. Y. Biochemistry 1973, 12, 2209. Dyson, H. J.; Beattie, J. K. J. Biol. Chem. 1982, 257, 2267.
74. Shelimov, K. B.; Jarrold, M. F. Submitted for publication.
75. Smith, R. D.; Light-Wahl, K. J. Biol. Mass Spectrom. 1993, 22, 493.
76. This estimate is made by assuming that ions enter the gas cell at thermal energies and are pulled across the cell by a small potential drop between the entrance and exit plates of the gas cell. Changes in the charge state have not been considered, and other implicit assumptions are that the mobilities of the ions through the gas mixture in the gas cell are similar to those measured in He.
77. Shelimov, K. B.; Jarrold, M. F. Private communication.