Structural stability from solution to the gas phase: Native solution structure of ubiquitin survives analysis in a solvent-free ion mobility-mass spectrometry environment

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 42, 2011, Pages 12266-12275

  Wyttenbach, Thomas ^a   Bowers, Michael T ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ELECTROSPRAY IONIZATION; GASES; HELIUM; IONIZATION OF GASES; MASS SPECTROMETERS; MASS SPECTROMETRY; STABILITY;

CROSS SECTION MATCHING; DRIFT TUBE; EXTENDED STRUCTURES; GASPHASE; ION MOBILITY SPECTROMETRY; ION MOBILITY-MASS SPECTROMETRY; NATIVE STATE; QUADRUPOLES; SOLUTION STRUCTURES; SOLVENT FREE; STRUCTURAL STABILITIES; TIME-OF-FLIGHT MASS SPECTROMETERS; TIME-SCALES; UBIQUITIN;

IONS;

EID: 80054892557     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp206867a     Document Type: Article

References (70)

1. Bleiholder, C.; Dupuis, N. F.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Nat. Chem. 2011, 3, 172-177
2. Polfer, N. C.; Oomens, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 3804-3817
3. Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Top. Curr. Chem. 2003, 225, 207-232
4. Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 577-592
5. Gucinski, A. C.; Somogyi, A.; Chamot-Rooke, J.; Wysocki, V. H. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 1329-1338
6. Stephenson, J. L.; Schaaff, T. G.; McLuckey, S. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1999, 10, 552-556
7. Oh, H.; Breuker, K.; Sze, S. K.; Ge, Y.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 15863-15868
8. Schnier, P. D.; Price, W. D.; Jockusch, R. A.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7178-7189
9. Fenn, J. B. Angew. Chem., Int. Ed. 2003, 42, 3871-3894
10. Uetrecht, C.; Barbu, I. M.; Shoemaker, G. K.; van Duijn, E.; Heck, A. J. R. Nat. Chem. 2011, 3, 126-132
11. Ruotolo, B. T.; Robinson, C. V. Curr. Opin. Chem. Biol. 2006, 10, 402-408
12. Iribarne, J. V.; Thomson, B. A. J. Chem. Phys. 1976, 64, 2287-2294
13. Dole, M.; Mack, L. L.; Hines, R. L. J. Chem. Phys. 1968, 49, 2240.
14. Kebarle, P.; Tang, L. Anal. Chem. 1993, 65, A972-A986
15. Smith, J. N.; Flagan, R. C.; Beauchamp, J. L. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 9957-9967
16. Touboul, D.; Jecklin, M. C.; Zenobi, R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008, 22, 1062-1068
17. Bruins, A. P. J. Chromatogr. A 1998, 794, 345-357
18. Breuker, K.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 18145-18152
19. Bernstein, S. L.; Wyttenbach, T.; Baumketner, A.; Shea, J. E.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2075-2084
20. Bernstein, S. L.; Dupuis, N. F.; Lazo, N. D.; Wyttenbach, T.; Condron, M. M.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Shea, J. E.; Ruotolo, B. T.; Robinson, C. V.; Bowers, M. T. Nat. Chem. 2009, 1, 326-331
21. Grabenauer, M.; Wyttenbach, T.; Sanghera, N.; Slade, S. E.; Pinheiro, T. J. T.; Scrivens, J. H.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 8816-8818
22. Shelimov, K. B.; Clemmer, D. E.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2240-2248
23. Gidden, J.; Ferzoco, A.; Baker, E. S.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15132-15140
24. Baker, E. S.; Bernstein, S. L.; Gabelica, V.; De Pauw, E.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. 2006, 253, 225-237
25. Baker, E. S.; Bowers, M. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 1188-1195
26. Baker, E. S.; Dupuis, N. F.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 1722-1727
27. Wyttenbach, T.; Grabenauer, M.; Thalassinos, K.; Scrivens, J. H.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 437-447
28. Koeniger, S. L.; Merenbloom, S. I.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 7017-7021
29. Breuker, K.; Brüschweiler, S.; Tollinger, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 873-877
30. Liu, L.; Bagal, D.; Kitova, E. N.; Schnier, P. D.; Klassen, J. S. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 15980-15981
31. Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 954-961
32. Myung, S.; Badman, E. R.; Lee, Y. J.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 9976-9982
33. Koeniger, S. L.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 322-331
34. Koeniger, S. L.; Merenbloom, S. I.; Sevugarajan, S.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 11713-11719
35. Baumketner, A.; Bernstein, S. L.; Wyttenbach, T.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Bowers, M. T.; Shea, J. E. Protein Sci. 2006, 15, 420-428
36. Freitas, M. A.; Hendrickson, C. L.; Emmett, M. R.; Marshall, A. G. Int. J. Mass Spectrom. 1999, 187, 565-575
37. Vijay-Kumar, S.; Bugg, C. E.; Cook, W. J. J. Mol. Biol. 1987, 194, 531-544
38. Cornilescu, G.; Marquardt, J. L.; Ottiger, M.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6836-6837
39. Weber, P. L.; Brown, S. C.; Mueller, L. Biochemistry 1987, 26, 7282-7290
40. Di Stefano, D. L.; Wand, A. J. Biochemistry 1987, 26, 7272-7281
41. Stockman, B. J.; Euvrard, A.; Scahill, T. A. J. Biomol. NMR 1993, 3, 285-296
42. Brutscher, B.; Bruschweiler, R.; Ernst, R. R. Biochemistry 1997, 36, 13043-13053
43. Wilkinson, K. D.; Mayer, A. N. Arch. Biochem. Biophys. 1986, 250, 390-399
44. Breuker, K.; Oh, H. B.; Horn, D. M.; Cerda, B. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6407-6420
45. Geller, O.; Lifshitz, C. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2217-2222
46. Robinson, E. W.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1427-1437
47. Robinson, E. W.; Leib, R. D.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 1469-1479
48. Shvartsburg, A. A.; Li, F.; Tang, K.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2006, 78, 8575-8575
49. Purves, R. W.; Barnett, D. A.; Ells, B.; Guevremont, R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 738-745
50. Purves, R. W.; Barnett, D. A.; Ells, B.; Guevremont, R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 894-901
51. Ly, T.; Julian, R. R. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 8602-8609
52. Segev, E.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T.; Gerber, R. B. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 3077-3082
53. Hernandez, H.; Robinson, C. V. Nat. Protoc. 2007, 2, 715-726
54. Kemper, P. R.; Dupuis, N. F.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. 2009, 287, 46-57
55. Mason, E. A.; McDaniel, E. W. Transport properties of ions in gases; Wiley: New York, 1988.
56. Shvartsburg, A. A.; Jarrold, M. F. Chem. Phys. Lett. 1996, 261, 86-91
57. Case, D. A., Amber 8; University of California: San Francisco, 2004.
58. Chowdhury, S. K.; Katta, V.; Chait, B. T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 9012-9013
59. Katta, V.; Chait, B. T. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1991, 5, 214-217
60. Wilson, D. J.; Konermann, L. Anal. Chem. 2003, 75, 6408-6414
61. Yan, X. G.; Watson, J.; Ho, P. S.; Deinzer, M. L. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 10-23
62. Konermann, L. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 6534-6543
63. Sundd, M.; Iverson, N.; Ibarra-Molero, B.; Sanchez-Ruiz, J. M.; Robertson, A. D. Biochemistry 2002, 41, 7586-7596
64. Konermann, L.; Douglas, D. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 1248-1254
65. Iavarone, A. T.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2319-2327
66. Zhao, Q.; Soyk, M. W.; Schieffer, G. M.; Fuhrer, K.; Gonin, M. M.; Houk, R. S.; Badman, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1549-1561
67. Jurchen, J. C.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2817-2826
68. Badman, E. R.; Myung, S.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1493-1497
69. Dupuis, N. F.; Wu, C.; Shea, J. E.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 18283-18292
70. Dupuis, N. F.; Wu, C.; Shea, J. E.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 7240-7243