Modelling ligand selectivity of serine proteases using integrative proteochemometric approaches improves model performance and allows the multi-target dependent interpretation of features

Integrative Biology

Volumn 6, Issue 11, 2014, Pages 1023-1033

  Ain, Qurrat U ^a   Méndez Lucio, Oscar ^a   Ciriano, Isidro Cortés ^b   Malliavin, Thérèse ^b   Van Westen, Gerard J P ^c   Bender, Andreas ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

^b INSTITUT PASTEUR   (France)

^c WELLCOME TRUST SANGER INSTITUTE   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BLOOD CLOTTING FACTOR; PROTEINASE; SERINE PROTEINASE; SERINE PROTEINASE INHIBITOR; SULFONAMIDE; THROMBIN; TRYPSIN;

AMINO ACID COMPOSITION; AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; BINDING AFFINITY; BINDING SITE; CHEMISTRY; DRUG POTENCY; DRUG PROTEIN BINDING; DRUG TARGETING; EC50; IC50; MOLECULAR MODEL; PHYSICAL CHEMISTRY; PROTEOCHEMOMETRY; QUANTITATIVE STRUCTURE ACTIVITY RELATION; ANTAGONISTS AND INHIBITORS; METABOLISM; THEORETICAL MODEL;

AMINO ACID SEQUENCE; BINDING SITES; BLOOD COAGULATION FACTORS; MODELS, THEORETICAL; SERINE PROTEASES; SERINE PROTEINASE INHIBITORS; THROMBIN; TRYPSIN;

EID: 84908152847     PISSN: 17579694     EISSN: 17579708     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4ib00175c     Document Type: Article

References (84)

1. A. P. Russ S. Lampel Drug Discovery Today 2005 10 1607 1610
2. G. V Paolini R. H. B. Shapland W. P. van Hoorn J. S. Mason A. L. Hopkins Nat. Biotechnol. 2006 24 805 815
3. D. Rognan Br. J. Pharmacol. 2007 152 38 52
4. J. Xu A. Hagler Molecules 2002 7 566 600
5. S. Ekins J. Mestres B. Testa Br. J. Pharmacol. 2007 152 9 20
6. M. Bieler H. Koeppen Drug Dev. Res. 2012 73 357 364
7. E. Lounkine M. J. Keiser S. Whitebread D. Mikhailov J. Hamon J. L. Jenkins P. Lavan E. Weber A. K. Doak S. Côté B. K. Shoichet L. Urban Nature 2012 486 361 367
8. Computational Approaches in Cheminformatics and Bioinformatics, ed., R. Guha, and, A. Bender, John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, NJ, USA, 2011
9. X. Jalencas J. Mestres MedChemComm 2013 4 80
10. A. Gaulton L. J. Bellis A. P. Bento J. Chambers M. Davies A. Hersey Y. Light S. McGlinchey D. Michalovich B. Al-Lazikani J. P. Overington Nucleic Acids Res. 2012 40 D1100 D1107
11. C. Kramer R. Lewis Curr. Top. Med. Chem. 2012 12 1896 1902
12. T. Kalliokoski C. Kramer A. Vulpetti P. Gedeck PLoS One 2013 8 e61007
13. H. Kubinyi, in Chemogenomics in Drug Discovery, ed., H. Kubinyi, and, G. Müller, Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim, FRG, 2004
14. P. Willett Annu. Rev. Inf. Sci. Technol. 2009 43 1 117
15. G. J. van Westen R. F. Swier J. K. Wegner A. P. Ijzerman H. W. van Vlijmen A. Bender J. Cheminf. 2013 5 41
16. G. J. van Westen R. F. Swier I. Cortes-Ciriano J. K. Wegner J. P. Overington A. P. Ijzerman H. W. van Vlijmen A. Bender J. Cheminf. 2013 5 42
17. J. B. Brown Y. Okuno G. Marcou A. Varnek D. Horvath J. Comput.-Aided Mol. Des. 2014 28 597 618
18. D.-S. Cao G.-H. Zhou S. Liu L.-X. Zhang Q.-S. Xu M. He Y.-Z. Liang Anal. Chim. Acta 2013 792 10 18
19. D.-S. Cao Q.-S. Xu Y.-Z. Liang Bioinformatics 2013 29 960 962
20. J. Gao Q. Huang D. Wu Q. Zhang Y. Zhang T. Chen Q. Liu R. Zhu Z. Cao Y. He Gene 2013 518 124 131
21. N. Weill Curr. Top. Med. Chem. 2011 11 1944 1955
22. C. R. Andersson M. G. Gustafsson H. Strömbergsson Curr. Top. Med. Chem. 2011 11 1978 1993
23. J. Zilliacus A. P. Wright U. Norinder J. A. Gustafsson J. Carlstedt-Duke J. Biochem. 1992 267 24941 24947
24. M. Lapinsh P. Prusis T. Lundstedt J. E. S. Wikberg Mol. Pharmacol. 2002 61 1465 1475
25. T. M. Frimurer T. Ulven C. E. Elling L.-O. Gerlach E. Kostenis T. Högberg Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005 15 3707 3712
26. L. Jacob B. Hoffmann V. Stoven J.-P. Vert BMC Bioinf. 2008 9 363 379
27. M. Lapinsh S. Veiksina S. Uhlén R. Petrovska I. Mutule F. Mutulis S. Yahorava P. Prusis J. E. S. Wikberg Mol. Pharmacol. 2005 67 50 59
28. M. Lapins J. E. S. Wikberg BMC Bioinf. 2010 11 10.1186/1471-2105-11-339
29. M. W. Karaman S. Herrgard D. K. Treiber P. Gallant C. E. Atteridge B. T. Campbell K. W. Chan P. Ciceri M. I. Davis P. T. Edeen R. Faraoni M. Floyd J. P. Hunt D. J. Lockhart Z. V. Milanov M. J. Morrison G. Pallares H. K. Patel S. Pritchard L. M. Wodicka P. P. Zarrinkar Nat. Biotechnol. 2008 26 127 132
30. V. Subramanian P. Prusis L.-O. Pietilä H. Xhaard G. Wohlfahrt J. Chem. Inf. Model. 2013 53 3021 3030
31. M. I. Davis J. P. Hunt S. Herrgard P. Ciceri L. M. Wodicka G. Pallares M. Hocker D. K. Treiber P. P. Zarrinkar Nat. Biotechnol. 2011 29 1046 1051
32. G. Subramanian M. Sud ACS Med. Chem. Lett. 2010 1 395 399
33. M. Junaid M. Lapins M. Eklund O. Spjuth J. E. S. Wikberg PLoS One 2010 5 e14353
34. G. J. P. van Westen A. Hendriks J. K. Wegner A. P. Ijzerman H. W. T. van Vlijmen A. Bender PLoS Comput. Biol. 2013 9 e1002899
35. K. M. Doherty P. Nakka B. M. King S.-Y. Rhee S. P. Holmes R. W. Shafer M. L. Radhakrishnan BMC Bioinf. 2011 12 477 496
36. A. Kontijevskis P. Prusis R. Petrovska S. Yahorava F. Mutulis I. Mutule J. Komorowski J. E. S. Wikberg PLoS Comput. Biol. 2007 3 e0424
37. S. Jayaraman K. Shah In Silico Biol. 2008 8 427 447
38. M. Lapins M. Eklund O. Spjuth P. Prusis J. E. S. Wikberg BMC Bioinf. 2008 9 181 192
39. P. Prusis M. Lapins S. Yahorava R. Petrovska P. Niyomrattanakit G. Katzenmeier J. E. S. Wikberg Bioorg. Med. Chem. 2008 16 9369 9377
40. G. J. P. van Westen J. K. Wegner A. P. IJzerman H. W. T. van Vlijmen A. Bender MedChemComm 2011 2 16 30
41. I. C. Ciriano Q. ul Ain V. Subramanian E. B. Lenselink O. M. Lucio A. P. IJzerman G. Wohlfahrt P. Prusis T. E. Malliavin G. J. Van Westen A. Bender MedChemComm
42. H. Strömbergsson A. Kryshtafovych P. Prusis K. Fidelis J. E. S. Wikberg J. Komorowski T. R. Hvidsten Proteins 2006 65 568 579
43. A. M. Wassermann H. Geppert J. Bajorath J. Chem. Inf. Model. 2009 49 2155 2167
44. M. M. Mysinger M. Carchia J. J. Irwin B. K. Shoichet J. Med. Chem. 2012 55 6582 6594
45. T. Liu Y. Lin X. Wen R. N. Jorrisen M. K. Gilson Nucleic Acids Res. 2007 35 198 201
46. J. J. Irwin T. Sterling M. M. Mysinger E. S. Bolstad R. G. Coleman J. Chem. Inf. Model. 2012 52 1757 1768
47. A. P. Bento A. Gaulton A. Hersey L. J. Bellis J. Chambers M. Davies F. A. Krüger Y. Light L. Mak S. McGlinchey M. Nowotka G. Papadatos R. Santos J. P. Overington Nucleic Acids Res. 2014 42 D1083 D1090
48. S. Jupp J. Malone J. Bolleman M. Brandizi M. Davies L. Garcia A. Gaulton S. Gehant C. Laibe N. Redaschi S. M. Wimalaratne M. Martin N. Le Novère H. Parkinson E. Birney A. M. Jenkinson Bioinformatics 2014 30 1338 1339
49. R. Ochoa M. Davies G. Papadatos F. Atkinson J. P. Overington Bioinformatics 2014 30 298 300
50. R. Giegé FEBS J. 2013 280 6456 6497
51. C. Kramer T. Kalliokoski P. Gedeck A. Vulpetti J. Med. Chem. 2012 55 5165 5173
52. M. O. E. Chemical Computing Group Inc., 1010 Sherbooke St. West, Suite #910, Montreal, QC, Canada, H3A 2R7, 2013
53. G. Landrum, 2011
54. M. Goujon H. McWilliam W. Li F. Valentin S. Squizzato J. Paern R. Lopez Nucleic Acids Res. 2010 38 W695 W699
55. M. A. Larkin G. Blackshields N. P. Brown R. Chenna P. A. McGettigan H. McWilliam F. Valentin I. M. Wallace A. Wilm R. Lopez J. D. Thompson T. J. Gibson D. G. Higgins Bioinformatics 2007 23 2947 2948
56. E. F. Pettersen T. D. Goddard C. C. Huang G. S. Couch D. M. Greenblatt E. C. Meng T. E. Ferrin J. Comput. Chem. 2004 25 1605 1612
57. D. S. Murrell, I. Cortés-Ciriano, G. J. P. van Westen, I. P. Stott, A. Bender, T. Malliavin and R. C. Glen, http://github.com/cambDI/camb, 2014
58. Z. R. Li H. H. Lin L. Y. Han L. Jiang X. Chen Y. Z. Chen Nucleic Acids Res. 2006 34 W32 W37
59. T. Liu Y. Lin X. Wen R. N. Jorissen M. K. Gilson Nucleic Acids Res. 2007 35 D198 D201
60. T. Paramo A. East D. Garzón M. B. Ulmschneider P. J. Bond J. Chem. Theory Comput. 2014 10 2151 2164
61. M. Kuhn, J. Wing, S. Weston, A. Williams, C. Keefer, A. Engelhardt and T. Cooper, 2013
62. M. Kuhn J. Stat. Softw. 2008 28 1 26
63. X. Lin F. Yang L. Zhou P. Yin H. Kong W. Xing X. Lu L. Jia Q. Wang G. Xu J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2012 910 149 155
64. T. Pahikkala A. Airola S. Pietilä S. Shakyawar A. Szwajda J. Tang T. Aittokallio Briefings Bioinf. 2014
65. C. Kramer P. Gedeck J. Chem. Inf. Model. 2010 50 1961 1969
66. P. J. Ballester J. B. O. Mitchell J. Chem. Inf. Model. 2011 51 1739 1741
67. G. J. P. van Westen J. K. Wegner P. Geluykens L. Kwanten I. Vereycken A. Peeters A. P. Ijzerman H. W. T. van Vlijmen A. Bender PLoS One 2011 6 e27518
68. A. Tropsha A. Golbraikh Curr. Pharm. Des. 2007 13 3494 3504
69. J. Jaworska N. Nikolova-jeliazkova T. Aldenberg Altern. Lab. Anim. 2005 33 445 459
70. F. Sahigara D. Ballabio R. Todeschini V. Consonni J. Cheminf. 2013 5 27
71. F. Sahigara K. Mansouri D. Ballabio A. Mauri V. Consonni R. Todeschini Molecules 2012 17 4791 4810
72. I. Sushko S. Novotarskyi R. Körner A. K. Pandey V. V. Kovalishyn V. V. Prokopenko I. V. Tetko J. Chemom. 2010 24 202 208
73. R. P. Sheridan J. Chem. Inf. Model. 2013 53 2837 2850
74. R. P. Sheridan J. Chem. Inf. Model. 2012 52 814 823
75. N. Fechner A. Jahn G. Hinselmann A. Zell J. Cheminf. 2010 2 2
76. J. Klekota F. P. Roth Bioinformatics 2008 24 2518 2525
77. M. Sandberg L. Eriksson J. Jonsson M. Sjöström S. Wold J. Med. Chem. 1998 41 2481 2491
78. A. Bender R. C. Glen J. Chem. Inf. Model. 2005 45 1369 1375
79. Q. Huang H. Jin Q. Liu Q. Wu H. Kang Z. Cao R. Zhu PLoS One 2012 7 e41698
80. I. Cortes-Ciriano G. J. van Westen E. B. Lenselink D. S. Murrell A. Bender T. Malliavin J. Cheminf. 2014 6 35
81. L. Hedstrom Chem. Rev. 2002 102 4501 4524
82. S. Maignan J. P. Guilloteau S. Pouzieux Y. M. Choi-Sledeski M. R. Becker S. I. Klein W. R. Ewing H. W. Pauls A. P. Spada V. Mikol J. Med. Chem. 2000 43 3226 3232
83. S. Hanessian E. Therrien W. A. L. van Otterlo M. Bayrakdarian I. Nilsson O. Fjellström Y. Xue Bioorg. Med. Chem. Lett. 2006 16 1032 1036
84. K. Stierand M. Rarey ACS Med. Chem. Lett. 2010 1 540 545