Reversible positioning of single molecules inside zero-mode waveguides

Nano Letters

Volumn 14, Issue 10, 2014, Pages 6023-6029

  Larkin, Joseph ^a   Foquet, Mathieu ^b   Turner, Stephen W ^b   Korlach, Jonas ^b   Wanunu, Meni ^a  

^a NORTHEASTERN UNIVERSITY   (United States)

^b PACIFIC BIOSCIENCES   (United States)

Author keywords

DNA sequencing; nanophotonics; single molecule; SMRT sequencing; zeptoliter

Indexed keywords

DNA SEQUENCING; SINGLE MOLECULE; SMRT-SEQUENCING; ZEPTOLITER; ZERO-MODE WAVEGUIDES;

NANOPHOTONICS;

DNA; PROTEIN;

CHEMICAL STRUCTURE; DEVICES; DIFFUSION; DNA SEQUENCE; EQUIPMENT DESIGN; FLUORESCENCE; FLUORESCENCE IMAGING; METABOLISM; NANOPORE; NANOTECHNOLOGY; ULTRASTRUCTURE;

DIFFUSION; DNA; EQUIPMENT DESIGN; FLUORESCENCE; MODELS, MOLECULAR; NANOPORES; NANOTECHNOLOGY; OPTICAL IMAGING; PROTEINS; SEQUENCE ANALYSIS, DNA;

EID: 84907882610     PISSN: 15306984     EISSN: 15306992     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/nl503134x     Document Type: Article

References (37)

1. Levene, M. J.; Korlach, J.; Turner, S. W.; Foquet, M.; Craighead, H. G.; Webb, W. W. Science 2003, 299, 682-686
2. Foquet, M.; Samiee, K. T.; Kong, X. X.; Chauduri, B. P.; Lundquist, P. M.; Turner, S. W.; Freudenthal, J.; Roitman, D. B. J. Appl. Phys. 2008, 103, 034301
3. Edel, J. B.; Wu, M.; Baird, B.; Craighead, H. G. Biophys. J. 2005, 88, L43-L45
4. Samiee, K. T.; Moran-Mirabal, J. M.; Cheung, Y. K.; Craighead, H. G. Biophys. J. 2006, 90, 3288-3299
5. Vilfan, I. D.; Tsai, Y. C.; Clark, T. A.; Wegener, J.; Dai, Q.; Yi, C. Q.; Pan, T.; Turner, S. W.; Korlach, J. J. Nanobiotechnol. 2013, 11, 8
6. Flusberg, B. A.; Webster, D. R.; Lee, J. H.; Travers, K. J.; Olivares, E. C.; Clark, T. A.; Korlach, J.; Turner, S. W. Nat. Methods 2010, 7, 461-465
7. Uemura, S.; Aitken, C. E.; Korlach, J.; Flusberg, B. A.; Turner, S. W.; Puglisi, J. D. Nature 2010, 464, 1012-1017
8. Zhu, P.; Craighead, H. G. Annu. Rev. Biophys. 2012, 41, 269-293
9. Eid, J.; Fehr, A.; Gray, J.; Luong, K.; Lyle, J.; Otto, G.; Peluso, P.; Rank, D.; Baybayan, P.; Bettman, B.; Bibillo, A.; Bjornson, K.; Chaudhuri, B.; Christians, F.; Cicero, R.; Clark, S.; Dalal, R.; Dewinter, A.; Dixon, J.; Foquet, M.; Gaertner, A.; Hardenbol, P.; Heiner, C.; Hester, K.; Holden, D.; Kearns, G.; Kong, X. X.; Kuse, R.; Lacroix, Y.; Lin, S.; Lundquist, P.; Ma, C. C.; Marks, P.; Maxham, M.; Murphy, D.; Park, I.; Pham, T.; Phillips, M.; Roy, J.; Sebra, R.; Shen, G.; Sorenson, J.; Tomaney, A.; Travers, K.; Trulson, M.; Vieceli, J.; Wegener, J.; Wu, D.; Yang, A.; Zaccarin, D.; Zhao, P.; Zhong, F.; Korlach, J.; Turner, S. Science 2009, 323, 133-138
10. Korlach, J.; Marks, P. J.; Cicero, R. L.; Gray, J. J.; Murphy, D. L.; Roitman, D. B.; Pham, T. T.; Otto, G. A.; Foquet, M.; Turner, S. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 1176-1181
11. Pacific Biosciences Template Preparation and Sequencing Guide; Pacific Biosciences of California: Menlo Park, CA, 2014.
12. Clark, T. A.; Murray, I. A.; Morgan, R. D.; Kislyuk, A. O.; Spittle, K. E.; Boitano, M.; Fomenkov, A.; Roberts, R. J.; Korlach, J. Nucleic Acids Res. 2012, 40, e29
13. Fang, G.; Munera, D.; Friedman, D. I.; Mandlik, A.; Chao, M. C.; Banerjee, O.; Feng, Z.; Losic, B.; Mahajan, M. C.; Jabado, O. J.; Deikus, G.; Clark, T. A.; Luong, K.; Murray, I. A.; Davis, B. M.; Keren-Paz, A.; Chess, A.; Roberts, R. J.; Korlach, J.; Turner, S. W.; Kumar, V.; Waldor, M. K.; Schadt, E. E. Nat. Biotechnol. 2012, 30, 1232-1239
14. Song, C. X.; Clark, T. A.; Lu, X. Y.; Kislyuk, A.; Dai, Q.; Turner, S. W.; He, C.; Korlach, J. Nat. Methods 2012, 9, 75-79
15. Pibiri, E.; Holzmeister, P.; Lalkens, B.; Acuna, G. P.; Tinnefeld, P. Nano Lett. 2014, 14, 3499-3503
16. Li, J.; Stein, D.; McMullan, C.; Branton, D.; Aziz, M. J.; Golovchenko, J. A. Nature 2001, 412, 166-169
17. Storm, A. J.; Chen, J. H.; Ling, X. S.; Zandbergen, H. W.; Dekker, C. Nat. Mater. 2003, 2, 537-540
18. Yang, J. J.; Ferranti, D. C.; Stern, L. A.; Sanford, C. A.; Huang, J.; Ren, Z.; Qin, L. C.; Hall, A. R. Nanotechnology 2011, 22, 285310
19. Wanunu, M.; Morrison, W.; Rabin, Y.; Grosberg, A. Y.; Meller, A. Nat. Nanotechnol. 2010, 5, 160-165
20. McNally, B.; Singer, A.; Yu, Z.; Sun, Y.; Weng, Z.; Meller, A. Nano Lett. 2010, 10, 2237-2244
21. Ivanov, A. P.; Instuli, E.; McGilvery, C. M.; Baldwin, G.; McComb, D. W.; Albrecht, T.; Edel, J. B. Nano Lett. 2010, 11, 279-285
22. Ohshiro, T.; Matsubara, K.; Tsutsui, M.; Furuhashi, M.; Taniguchi, M.; Kawai, T. Sci. Rep. 2012, 2, 501
23. Jonsson, M. P.; Dekker, C. Nano Lett. 2013, 13, 1029-1033
24. Puster, M.; Rodríguez-Manzo, J. A.; Balan, A.; Drndić, M. ACS Nano 2013, 7, 11283-11289
25. Traversi, F.; Raillon, C.; Benameur, S. M.; Liu, K.; Khlybov, S.; Tosun, M.; Krasnozhon, D.; Kis, A.; Radenovic, A. Nat. Nanotechnol. 2013, 8, 939-945
26. Ivanov, A. P.; Freedman, K. J.; Kim, M. J.; Albrecht, T.; Edel, J. B. ACS Nano 2014, 8, 1940-1948
27. Zhao, Y.; Ashcroft, B.; Zhang, P.; Liu, H.; Sen, S.; Song, W.; Im, J.; Gyarfas, B.; Manna, S.; Biswas, S.; Borges, C.; Lindsay, S. Nat. Nanotechnol. 2014, 9, 466-473
28. Cecchini, M. P.; Wiener, A.; Turek, V. A.; Chon, H.; Lee, S.; Ivanov, A. P.; McComb, D. W.; Choo, J.; Albrecht, T.; Maier, S. A.; Edel, J. B. Nano Lett. 2013, 13, 4602-4609
29. Auger, T.; Mathé, J.; Viasnoff, V.; Charron, G.; Di Meglio, J.-M.; Auvray, L.; Montel, F. Phys. Rev. Lett. 2014, 113, 028302
30. Hausmann, D.; Becker, J.; Wang, S. L.; Gordon, R. G. Science 2002, 298, 402-406
31. Smeets, R. M. M.; Keyser, U. F.; Dekker, N. H.; Dekker, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 417-421
32. Tabard-Cossa, V.; Trivedi, D.; Wiggin, M.; Jetha, N. N.; Marziali, A. Nanotechnology 2007, 18, 305505
33. Rosenstein, J. K.; Wanunu, M.; Merchant, C. A.; Drndic, M.; Shepard, K. L. Nat. Methods 2012, 9, 487-492
34. Chen, P.; Mitsui, T.; Farmer, D. B.; Golovchenko, J.; Gordon, R. G.; Branton, D. Nano Lett. 2004, 4, 1333-1337
35. Tabard-Cossa, V.; Wiggin, M.; Trivedi, D.; Jetha, N. N.; Dwyer, J. R.; Marziali, A. ACS Nano 2009, 3, 3009-3014
36. Niedzwiecki, D. J.; Grazul, J.; Movileanu, L. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 10816-10822
37. Chemla, Y. R.; Ha, T. Science 2014, 345, 380-381