Single-molecule positioning in zeromode waveguides by DNA origami nanoadapters

Nano Letters

Volumn 14, Issue 6, 2014, Pages 3499-3503

  Pibiri, Enrico ^a   Holzmeister, Phil ^a   Lalkens, Birka ^a   Acuna, Guillermo P ^a   Tinnefeld, Philip ^a  

^a TECHNICAL UNIVERSITY OF BRAUNSCHWEIG   (Germany)

Author keywords

DNA origami; Fluorescence; nanophotonics; single molecule; zeromode waveguides

Indexed keywords

DNA; DNA SEQUENCES; FLUORESCENCE; NANOPHOTONICS; WAVEGUIDES;

DNA ORIGAMIS; DNA SEQUENCING; FUNCTIONALIZATIONS; PHOTOPHYSICAL PROPERTIES; SINGLE DYE MOLECULES; SINGLE MOLECULE; SITE SELECTIVE; ZERO-MODE WAVEGUIDES;

MOLECULES;

DNA; NANOMATERIAL;

DEVICES; DNA SEQUENCE; PROCEDURES;

DNA; NANOSTRUCTURES; SEQUENCE ANALYSIS, DNA;

EID: 84902246063     PISSN: 15306984     EISSN: 15306992     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/nl501064b     Document Type: Article

References (30)

1. Hell, S. W. Science 2007, 316 (5828) 1153-1158
2. Harris, T. D.; Buzby, P. R.; Babcock, H.; Beer, E.; Bowers, J.; Braslavsky, I.; Causey, M.; Colonell, J.; Dimeo, J.; Efcavitch, J. W.; Giladi, E.; Gill, J.; Healy, J.; Jarosz, M.; Lapen, D.; Moulton, K.; Quake, S. R.; Steinmann, K.; Thayer, E.; Tyurina, A.; Ward, R.; Weiss, H.; Xie, Z. Science 2008, 320 (5872) 106-9
3. Eid, J.; Fehr, A.; Gray, J.; Luong, K.; Lyle, J.; Otto, G.; Peluso, P.; Rank, D.; Baybayan, P.; Bettman, B.; Bibillo, A.; Bjornson, K.; Chaudhuri, B.; Christians, F.; Cicero, R.; Clark, S.; Dalal, R.; Dewinter, A.; Dixon, J.; Foquet, M.; Gaertner, A.; Hardenbol, P.; Heiner, C.; Hester, K.; Holden, D.; Kearns, G.; Kong, X.; Kuse, R.; Lacroix, Y.; Lin, S.; Lundquist, P.; Ma, C.; Marks, P.; Maxham, M.; Murphy, D.; Park, I.; Pham, T.; Phillips, M.; Roy, J.; Sebra, R.; Shen, G.; Sorenson, J.; Tomaney, A.; Travers, K.; Trulson, M.; Vieceli, J.; Wegener, J.; Wu, D.; Yang, A.; Zaccarin, D.; Zhao, P.; Zhong, F.; Korlach, J.; Turner, S. Science 2009, 323 (5910) 133-8
4. Holzmeister, P.; Acuna, G. P.; Grohmann, D.; Tinnefeld, P. Chem. Soc. Rev. 2014, 43 (4) 1014-28
5. van Oijen, A. M. Nat. Chem. Biol. 2008, 4 (8) 440-3
6. Wenger, J.; Rigneault, H. Int. J. Mol. Sci. 2010, 11 (1) 206-21
7. Levene, M. J.; Korlach, J.; Turner, S. W.; Foquet, M.; Craighead, H. G.; Webb, W. W. Science 2003, 299 (5607) 682-686
8. Zhu, P.; Craighead, H. G. Annu. Rev. Biophys. 2012, 41, 269-93
9. Flusberg, B. A.; Webster, D. R.; Lee, J. H.; Travers, K. J.; Olivares, E. C.; Clark, T. A.; Korlach, J.; Turner, S. W. Nat. Methods 2010, 7 (6) 461-5
10. Chen, J.; Dalal, R. V.; Petrov, A. N.; Tsai, A.; O'Leary, S. E.; Chapin, K.; Cheng, J.; Ewan, M.; Hsiung, P. L.; Lundquist, P.; Turner, S. W.; Hsu, D. R.; Puglisi, J. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2014, 111 (2) 664-9
11. Tsai, A.; Petrov, A.; Marshall, R. A.; Korlach, J.; Uemura, S.; Puglisi, J. D. Nature 2012, 487 (7407) 390-3
12. Heucke, S.; Baumann, F.; Acuna, G. P.; Severin, P. M.; Stahl, S. W.; Strackharn, M.; Stein, I.; Altpeter, P.; Tinnefeld, P.; Gaub, H. E. Nano Lett. 2014, 14 (2) 391-395
13. Wenger, J.; Gerard, D.; Dintinger, J.; Mahboub, O.; Bonod, N.; Popov, E.; Ebbesen, T. W.; Rigneault, H. Opt. Express 2008, 16 (5) 3008-20
14. Rigneault, H.; Capoulade, J.; Dintinger, J.; Wenger, J.; Bonod, N.; Popov, E.; Ebbesen, T. W.; Lenne, P. F. Phys. Rev. Lett. 2005, 95 (11) 117401
15. Rothemund, P. W. Nature 2006, 440 (7082) 297-302
16. Douglas, S. M.; Dietz, H.; Liedl, T.; Hogberg, B.; Graf, F.; Shih, W. M. Nature 2009, 459 (7245) 414-8
17. Douglas, S. M.; Marblestone, A. H.; Teerapittayanon, S.; Vazquez, A.; Church, G. M.; Shih, W. M. Nucleic Acids Res. 2009, 37 (15) 5001-6
18. Schmied, J. J.; Raab, M.; Forthmann, C.; Pibiri, E.; Wünsch, B.; Dammeyer, T.; Tinnefeld, P. Nat. Protocols 2014, accepted
19. Rajendran, A.; Endo, M.; Sugiyama, H. Angew. Chem. 2012, 51 (4) 874-90
20. Gietl, A.; Holzmeister, P.; Grohmann, D.; Tinnefeld, P. Nucleic Acids Res. 2012, 40 (14) e110
21. Korlach, J.; Marks, P. J.; Cicero, R. L.; Gray, J. J.; Murphy, D. L.; Roitman, D. B.; Pham, T. T.; Otto, G. A.; Foquet, M.; Turner, S. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105 (4) 1176-1181
22. Steinhauer, C.; Jungmann, R.; Sobey, T. L.; Simmel, F. C.; Tinnefeld, P. Angew. Chem. 2009, 48 (47) 8870-8873
23. Tinnefeld, P.; Herten, D. P.; Sauer, M. J. Phys. Chem. A 2001, 105 (34) 7989-8003
24. Acuna, G. P.; Holzmeister, P.; Möller, F. M.; Beater, S.; Lalkens, B.; Tinnefeld, P. J. Biomed. Opt. 2013, 18 (6) 65001
25. Acuna, G. P.; Möller, F. M.; Holzmeister, P.; Beater, S.; Lalkens, B.; Tinnefeld, P. Science 2012, 338 (6106) 506-10
26. Taminiau, T. H.; Stefani, F. D.; van Hulst, N. F. New J. Phys. 2008, 10, 105005
27. Kershner, R. J.; Bozano, L. D.; Micheel, C. M.; Hung, A. M.; Fornof, A. R.; Cha, J. N.; Rettner, C. T.; Bersani, M.; Frommer, J.; Rothemund, P. W.; Wallraff, G. M. Nat. Nanotechnol. 2009, 4 (9) 557-61
28. Hung, A. M.; Micheel, C. M.; Bozano, L. D.; Osterbur, L. W.; Wallraff, G. M.; Cha, J. N. Nat. Nanotechnol. 2010, 5 (2) 121-6
29. Eskelinen, A. P.; Kuzyk, A.; Kaltiaisenaho, T. K.; Timmermans, M. Y.; Nasibulin, A. G.; Kauppinen, E. I.; Torma, P. Small 2011, 7 (6) 746-50
30. Korlach, J.; Bjornson, K. P.; Chaudhuri, B. P.; Cicero, R. L.; Flusberg, B. A.; Gray, J. J.; Holden, D.; Saxena, R.; Wegener, J.; Turner, S. W. Methods Enzymol. 2010, 472, 431-55