Effects of the temperature and trehalose concentration on the hydrophobic interactions of a small nonpolar neopentane solute: A molecular dynamics simulation study

RSC Advances

Volumn 4, Issue 65, 2014, Pages 34267-34280

  Peul, Subrata ^a   Paul, Sandip ^a  

^a INDIAN INSTITUTE OF TECHNOLOGY GUWAHATI   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DIFFUSION; HYDROPHOBICITY; MOLECULAR DYNAMICS; PARAFFINS; WATER SUPPLY SYSTEMS;

CLASSICAL MOLECULAR DYNAMICS; HYDROPHOBIC INTERACTIONS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; POTENTIALS OF MEAN FORCES; SITE-SITE DISTRIBUTIONS; TRANSLATIONAL DIFFUSION COEFFICIENT; TRANSLATIONAL DYNAMICS; TRANSLATIONAL MOTIONS;

HYDROGEN BONDS;

EID: 84906215251     PISSN: None     EISSN: 20462069     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4ra03678f     Document Type: Article

References (79)

1. J. H. Crowe L. M. Crowe A. E. Oliver N. Tsvetkova W. Wolkers F. Tablin Cryobiology 2001 43 89 105
2. J. Darnell, H. Lodish and D. Baltimore, Molecular Cell Biology, Scientific American Books, New York, 2nd edn, 1990
3. A. S. Sussmann and H. O. Halvorson, Spores: Their Dormancy and Germination, Harper and Row, New York, 1966
4. F. Franks, Biophysics and Biochemistry at low Temperatures, Cambridge University Press, Cambridge, 1985
5. J. H. Crowe J. F. Carpenter L. M. Crowe Annu. Rev. Physiol. 1998 60 73 103
6. J. F. Carpenter M. J. Pikal B. S. Chang T. W. Randolph Pharm. Res. 1997 14 969 975
7. T. Higashiyama Pure Appl. Chem. 2002 74 1263 1269
8. A. B. Richards S. Krakowka L. B. Dexter H. Schmid A. P. M. Wolterbeek D. H. Waalkens-Berendsen A. Shigoyuki M. Kurimoto Food Chem. Toxicol. 2002 40 871 898
9. J. H. Crowe L. M. Crowe W. F. Wolkers A. E. Oliver X. Ma J.-H. Auh M. Tang S. Zhu J. Norris F. Tablin Integr. Comp. Biol. 2005 45 810 820
10. A. D. Elbein Y. T. Pan I. Pastuszak D. Carroll Glycobiology 2003 13 17R 27R
11. J. L. Green C. A. Angell J. Phys. Chem. 1989 93 2880 2882
12. C. A. Angell Chem. Rev. 2002 102 2627 2650
13. J. F. Carpenter J. H. Crowe Biochemistry 1989 28 3916 3922
14. J. H. Crowe S. B. Leslie L. M. Crowe Cryobiology 1994 31 355 366
15. S. D. Allison B. Chang T. W. Randolph J. F. Carpenter Arch. Biochem. Biophys. 1999 365 289 298
16. P. S. Belton A. M. Gil Biopolymers 1994 34 957 961
17. S. N. Timasheff Biochemistry 2002 41 13473 13482
18. S. Paul S. Paul J. Chem. Phys. 2013 139 044508-1 044508-9
19. G. Cottone G. Ciccotti L. Cordone J. Chem. Phys. 2002 117 9862 9866
20. C. S. Pereira P. H. Hünenberger J. Phys. Chem. B 2006 110 15572 15581
21. A. S. Reddy A. Izmitli J. J. de Pablo J. Chem. Phys. 2009 131 085101-1 085101-8
22. R. D. Lins C. S. Pereira P. H. Hünenberger Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004 55 177 186
23. S. J. Prestrelski N. Tedeschi T. Arakawa J. F. Carpenter Biophys. J. 1993 65 661 671
24. L. Cordone M. Ferrand E. Vitrano G. Zaccai Biophys. J. 1999 76 1043 1047
25. J. K. Kaushik R. Bhat J. Biol. Chem. 2003 278 26458 26465
26. C. Narayanan C. L. Dias J. Chem. Phys. 2013 139 115103-1 115103-7
27. W. Wang Int. J. Pharm. 1999 185 129 188
28. R. A. Dimitrov R. R. Crichton Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 1997 27 576 596
29. W. Kauzmann Adv. Protein Chem. 1959 14 1 63
30. K. A. Dill Biochemistry 1990 29 7133 7155
31. H. Li C. Tang N. S. Wingreen Phys. Rev. Lett. 1997 79 765 768
32. K. N. Kirschner A. B. Yongye S. M. Tschample J. Gonzaa'lez- Outeiriňo C. R. Daniels B. L. Foley R. J. Woods J. Comput. Chem. 2008 29 622 655
33. H. J. C. Berendsen J. R. Grigera T. P. Straatsma J. Phys. Chem. 1987 91 6269 6271
34. W. L. Jorgensen D. S. Maxwell J. Tirado-Rives J. Am. Chem. Soc. 1996 118 11225 11236
35. R. Sarma S. Paul J. Chem. Phys. 2011 135 174501-1 174501-12
36. X. Huang C. J. Margulis B. J. Berne J. Phys. Chem. B 2003 107 11742 11748
37. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, M. Crowley, R. C. Walker, W. Zhang, K. M. Metz, B. Wang, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, I. Kolossvea'ry, K. F. Wong, F. Paesani, J. Vanicek, X. Wu, S. R. Brozell, T. Steinbrecher, H. Gohlke, L. Yang, C. Tan, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, D. H. Mathews, M. G. Seetin, C. Sagui, V. Babin, P. A. Kollman, AMBER 10, University of California, San Francisco, 2008
38. C. A. Stortz P. G. Jhonson A. D. French G. I. Csonka Carbohydr. Res. 2009 344 2217 2228
39. F. Corzana M. S. Motawia C. H. Du Oenhoat S. Perez S. M. Tschampel R. J. Woods S. B. Engelsen J. Comput. Chem. 2004 25 573 586
40. P. Mark L. Nilsson J. Phys. Chem. A 2001 105 9954 9960
41. V. A. Verde R. K. Campen J. Phys. Chem. B 2011 115 7069 7084
42. L. Marti'nez R. Andrade E. G. Birgin J. M. Marti'nez J. Comput. Chem. 2009 30 2157 2164
43. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. van Gunsteren A. DiNola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684-1 3684-7
44. J.-P. Ryckaert G. Ciccotti H. J. C. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 23 327 341
45. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33 38
46. R. Sarma S. Paul J. Chem. Phys. 2012 136 114510-1 114510-10
47. M.-E. Lee N. F. A. v. d. Vegt J. Am. Chem. Soc. 2006 128 4948 4949
48. R. Sarma S. Paul J. Phys. Chem. B 2012 116 2831 2841
49. S. Lüdemann H. Schreiber R. Abseher O. Steinhauser J. Chem. Phys. 1996 104 286 295
50. H. L. Martinez R. Ravi S. C. Tucker J. Chem. Phys. 1996 104 1067 1080
51. S. E. Pagnotta M. A. Ricci F. Bruni S. McLain S. Magazù Chem. Phys. 2008 345 159 163
52. S. Chowdhuri A. Chandra J. Chem. Phys. 2001 115 3732 3741
53. H. Wei Y. Fan Y. Q. Gao J. Phys. Chem. B 2010 114 557 568
54. N. T. Skipper Chem. Phys. Lett. 1993 207 424 429
55. G. Bonanno R. Noto S. L. Fornili J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1998 94 2755 2762
56. M. C. Donnamaria E. I. Howard J. R. Grigera J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1994 90 2731 2735
57. M. Sakurai M. Murata Y. Inoue A. Hino S. Kobayashi Bull. Chem. Soc. Jpn. 1997 70 847 858
58. P. B. Conrad J. J. de Pablo J. Phys. Chem. A 1999 103 4049 4055
59. Y. Choi K. W. Cho K. Jeong S. Jung Carbohydr. Res. 2006 341 1020 1028
60. S. Magazù P. Migliardo A. M. Musolino M. T. Sciortino J. Phys. Chem. B 1997 101 2348 2351
61. S. B. Engelsen S. Pérez J. Phys. Chem. B 2000 104 9301 9311
62. R. Sarma S. Paul J. Phys. Chem. B 2013 117 677 689
63. H. Inoue S. N. Timasheff Biopolymers 1972 11 737 743
64. S. N. Timasheff Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 9721 9726
65. J. A. Schellman Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1987 16 115 137
66. V. A. Parsegian R. P. Rand D. C. Rau Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 3987 3992
67. R. Giangiacomo Food Chem. 2006 96 371 379
68. L. Sapir D. Harries J. Phys. Chem. B 2011 115 624 634
69. Q. Liu R. K. Schmidt B. Teo P. A. Karplus J. W. Brady J. Am. Chem. Soc. 1997 119 7851 7862
70. B. Guillot Y. Guissani J. Chem. Phys. 1993 99 8075 8094
71. A. Lerbret P. Bordat F. Affouard M. Descamps F. Migliardo J. Phys. Chem. B 2005 109 11046 11057
72. V. Molinero T. Çaǧin W. A. Goddard III Chem. Phys. Lett. 2003 377 469 474
73. N. Ekdawi-sever J. J. de Pablo E. Feick E. von Meerwall J. Phys. Chem. A 2003 107 936 943
74. D. P. Miller J. J. de Pablo H. Corti Pharm. Res. 1997 14 578 590
75. S. L. Lee P. G. Debenedetti J. R. Errington J. Chem. Phys. 2005 122 204511-1 204511-10
76. M. Heyden E. Bründermann U. Heugen G. Niehues D. M. Leitner M. Havenith J. Am. Chem. Soc. 2008 130 5773 5779
77. S. Magazu G. Maisano H. D. Middendorf P. Migliardo A. M. Musolino V. Villari J. Phys. Chem. B 1998 102 2060 2063
78. E. Iannilli E. Tettamanti L. Galantini S. Magazù J. Phys. Chem. B 2001 105 12143 12149
79. M. Rampp C. Buttersack H. D. Lüdemann Carbohydr. Res. 2000 328 561 572