Simulated mechanism of triclosan in modulating the active site and loop of fabi by computer

Wuli Huaxue Xuebao/ Acta Physico - Chimica Sinica

Volumn 30, Issue 3, 2014, Pages 559-568

  Ai, Yi Xin ^a   Lu, Jun Rui ^a   Xin, Chun Wei ^a   Mu, Jiang Bei ^a   Yang, Xu Yun ^a   Zhang, He ^a  

^a TIANJIN UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (China)

Author keywords

Fabi active site; Loop; Molecular dynamics simulation; Regulatory mechanism; Triclosan

Indexed keywords

EID: 84898046200     PISSN: 10006818     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.3866/PKU.WHXB201401132     Document Type: Article

References (41)

1. Tam, V. H.; Rogers, C. A.; Chang, K. T.; Weston, J. S.; Caeiro, J. P.; Garey, K.W. Antimicrob. Agents Chemother. 2010, 54 (9), 3717. doi: 10.1128/AAC.00207-10
2. Molton, J. S.; Tambyah, P. A.; Ang, B. S.; Ling, M. L.; Fisher, D. A. Clin. Infect. Dis. 2013, 56 (9), 1310. doi: 10.1093/cid/ cit020
3. Norrby, S. R.; Nord, C. E.; Finch, R. Lancet Infect. Dis. 2005, 5 (2), 115.
4. Jiang, H. A New Perspective of Cracking the Codes of Antibiotic Resistance [N]. People's Daily, 12th Section, January 22, 2013.
5. Raman, K.; Rajagopalan, P.; Chandra, N. PLoS Comput. Biol. 2005, 1 (5), e46.
6. Wen, L.; Chmielowski, J. N.; Bohn, K. C.; Huang, J. K.; Timsina, Y. N.; Kodali, P.; Pathak, A. K. Protein Expr. Purif. 2009, 65 (1), 83. doi: 10.1016/j.pep.2008.11.011
7. Payne, D. J.; Warren, P. V.; Holmes, D. J.; Ji, Y.; Lonsdale, J. T. Drug Discov. Today 2001, 6 (10), 537. doi: 10.1016/S1359-6446(01)01774-3
8. Campbell, J.W.; Cronan, E. J., Jr. Annu. Rev. Microbiol. 2001, 55, 305. doi: 10.1146/annurev.micro.55.1.305
9. Miller, W. H.; Seefeld, M. A.; Newlander, K. A.; Uzinskas, I. N.; Burgess, W. J.; Heerding, D. A.; Yuan, C. C. K.; Head, M. S.; Payne, D. J.; Rittenhouse, S. F.; Moore, T. D.; Pearson, S. C.; Berry, V.; DeWolf, W. E., Jr.; Keller, P. M.; Polizzi, B. J.; Qiu, X.; Janson, C. A.; Huffman, W. F. J. Med. Chem. 2002, 45 (15), 3246. doi: 10.1021/jm020050+
10. Zhang, X. H.; Yu, H.; Wang, L. L.; Li, S. Foreign Medical Sciences Section of Pharmacy 2006, 33 (4), 262.
11. Bergler, H.; Fuchsbichler, S.; Högenauer, G.; Turnowsky, F. European Journal of Biochemistry 1996, 242 (3), 689. doi: 10.1111/ejb.1996.242.issue-3
12. Lu, X.; Huang, K.; You, Q. Expert Opin. Ther. Patents 2011, 21 (7), 1007. doi: 10.1517/13543776.2011.581227
13. Kim, K. H.; Ha, B. H.; Kim, S. J.; Hong, S. K.; Hwang, K. Y.; Kim, E. E. J. Mol. Biol. 2011, 406 (3), 403. doi: 10.1016/j. jmb.2010.12.003
14. Mehboob, S.; Hevener, K. E.; Truong, K.; Boci, T.; Santarsiero, B. D.; Johnson, M. E. J. Med. Chem. 2012, 55 (12), 5933. doi: 10.1021/jm300489v
15. Hu, X.; Compton, J. R.; AbdulHameed, M. D. M.; Marchand, C. L.; Robertson, K. L.; Leary, D. H.; Jadhav, A.; Hershfield, J. R.; Wallqvist, A.; Friedlander, A. M.; Legler, P. M. J. Med. Chem. 2013, 56 (13), 5275. doi: 10.1021/jm4001242
16. Grassberger, M. A.; Turnowsky, F.; Hildebrandt, J. J. Med. Chem. 1984, 27 (8), 947. doi: 10.1021/jm00374a003
17. Levy, C.W.; Roujeinikova, A.; Sedelnikova, S.; Baker, P. J.; Stuitje, A. R.; Slabas, A. R.; Rice, D.W.; Rafferty, J. B. Nature 1999, 398 (6726), 383. doi: 10.1038/18803
18. Qiu, X.; Abdel-Meguid, S. S.; Janson, C. A.; Court, R. I.; Smyth, M. G.; Payne, D. J. Protein Sci. 1999, 8 (11), 2529.
19. Rafi, S.; Novichenok, P.; Kolappan, S.; Zhang, X.; Stratton, C. F.; Rawat, R.; Kisker, C.; Simmerling, C.; Tonge, P. J. J. Biol. Chem. 2006, 281 (51), 39285. doi: 10.1074/jbc.M608758200
20. Priyadarshi, A.; Kim, E. E.; Hwang, K. Y. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 2010, 78 (2), 480. doi: 10.1002/ prot.v78:2
21. Heath, R. J.; Rubin, J. R.; Holland, D. R.; Zhang, E.; Snow, M. E.; Rock, C. O. J. Biol. Chem. 1999, 274 (16), 11110. doi: 10.1074/jbc.274.16.11110
22. Baldock, C.; Rafferty, J. B.; Sedelnikova, S. E.; Baker, P. J.; Stuitje, A. R.; Slabas, A. R.; Hawkes, T. R.; Rice, D.W. Science 1996, 274 (5295), 2107. doi: 10.1126/science.274.5295.2107
23. DeLano, W. L. The PyMOL Molecular Graphics System, Revision 0.99; DeLano Scientific.: San Carlos, CA, USA, 2002.
24. Hess, B.; Kutzner, C.; Van Der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4 (3), 435. doi: 10.1021/ct700301q
25. Berendsen, H. J.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91 (1), 43.
26. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 2006, 65 (3), 712. doi: 10.1002/prot.v65:3
27. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J.W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25 (9), 1157.
28. Pettersen, E. F.; Goddard, T. D.; Huang, C. C.; Couch, G. S.; Greenblatt, D. M.; Meng, E. C.; Ferrin, T. E. J. Comput. Chem. 2004, 25 (13), 1605.
29. Jakalian, A.; Bush, B. L.; Jack, D. B.; Bayly, C. I. J. Comput. Chem. 2000, 21 (2), 132. doi: 10.1002/(SICI)1096-987X(20000130)21:2<>1.0.CO;2-6
30. Ryde, U. Protein Sci. 1995, 4 (6), 1124.
31. Sousa da Silva, A.W.; Vranken, W. F. BMC Research Notes 2012, 5 (1), 367. doi: 10.1186/1756-0500-5-367
32. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Madura, J. D.; Impey, R.W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926. doi: 10.1063/1.445869
33. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103 (19), 8577. doi: 10.1063/1.470117
34. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18 (12), 1463.
35. Durrant, J. D.; de Oliveira, C. A. F.; McCammon, J. A. J. Mol. Graph. Model. 2011, 29 (5), 773. doi: 10.1016/j. jmgm.2010.10.007
36. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22 (12), 2577.
37. Liu, F. F.; Dong, X. Y.; Sun, Y. Acta Phys. -Chim. Sin. 2010, 26 (6), 1643. doi: 10.3866/PKU.WHXB20100613
38. Otero, J. M.; Noel, A. J.; Guardado-Calvo, P.; Llamas-Saiz, A. L.; Wende, W.; Schierling, B.; Pingoud, A.; van Raaij, M. J. Acta Crystallogr. Sect. F: Struct. Biol. Cryst. Commun. 2012, 68 (10), 1139.
39. Cao, J.; Cao, Z. X.; Zhao, L. L.; Wang, J. H. Acta Phys. -Chim. Sin. 2012, 28 (2), 479. doi: 10.3866/PKU. WHXB201111231
40. Laskowski, R. A.; Swindells, M. B. J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 2778. doi: 10.1021/ci200227u
41. Gadhe, C. G.; Kothandan, G.; Cho, S. J. Bull. Korean Chem. Soc. 2013, 34 (8), 2467.