Molecular dynamics simulation of the conformational transition of amyloid peptide 42 inhibited by trehalose

Wuli Huaxue Xuebao/ Acta Physico - Chimica Sinica

Volumn 26, Issue 6, 2010, Pages 1643-1650

  Liu, Fu Feng ^a   Dong, Xiao Yan ^a   Sun, Yan ^a  

^a TIANJIN UNIVERSITY   (China)

Author keywords

Alzheimer's disease; Amyloid peptide; Molecular dynamics simulation; Trehalose

Indexed keywords

EID: 77954479631     PISSN: 10006818     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: None     Document Type: Article

References (39)

1. Mason, J. M.; Kokkoni, N.; Stott, K.; Doig, A. J. Curr. Opin. Struct. Biol., 2003, 13: 526.
2. Finder, V. H.; Glockshuber, R. Neurodegener. Dis, 2007, 4: 13.
3. Luo, Z.W.; Wang, D. D.; Lai, L. H.; Xu, X. J.; Li, C. X. Acta Phys. -Chim. Sin., 1995, 11: 419.
4. Hardy, J. A.; Higgins, G. A. Science, 1992, 256: 184.
5. Luhrs, T.; Ritter, C.; Adrian, M.; Riek-Loher, D.; Bohrmann, B.; Dobeli, H.; Schubert, D.; Riek, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2005, 102: 17342.
6. Yan, H.; Jiang, F. C. Acta Phys. -Chim. Sin., 2006, 22: 359.
7. Esler, W. P.; Wolfe, M. S. Science, 2001, 293: 1449.
8. Jarrett, J. T.; Berger, E. P.; Lansbury, P. T. J. Biochemistry, 1993, 32: 4693.
9. Dasilva, K. A.; Shaw, J. E.; McLaurin, J. Exp. Neurol., 2010, 223: 311.
10. Rochet, J. C.; Lansbury Jr., P. T. Curr. Opin. Struct. Biol., 2000, 10: 60.
11. Jain, N. K.; Roy, I. Protein Sci., 2009, 18: 24.
12. Crowe, J. H. Adv. Exp. Med. Biol., 2007, 594: 143.
13. Fung, J.; Darabie, A. A.; McLaurin, J. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2005, 328: 1067.
14. Tanaka, M.; Machida, Y.; Niu, S.; Ikeda, T.; Jana, N. R.; Doi, H.; Kurosawa, M.; Nekooki, M.; Nukina, N. Nat. Med., 2004, 10: 148.
15. Vilasi, S.; Iannuzzi, C.; Portaccio, M.; Irace, G.; Sirangelo, I. Biochemistry, 2008, 47: 1789.
16. Qi, W.; Zhang, A.; Good, T. A.; Fernandez, E. J. Biochemistry, 2009, 48: 8908.
17. Reddy, A. S.; Izmitli, A.; de Pablo, J. J. J. Chem. Phys., 2009, 131: 085101.
18. Zhang, Z.; Chen, H.; Bai, H.; Lai, L. Biophys. J., 2007, 93: 1484.
19. Liu, R.; Barkhordarian, H.; Emadi, S.; Park, C. B.; Sierks, M. R. Neurobiol. Dis., 2005, 20: 74.
20. Liu, F. F.; Ji, L.; Dong, X. Y.; Sun, Y. J. Phys. Chem. B, 2009, 113: 11320.
21. Crescenzi, O.; Tomaselli, S.; Guerrini, R.; Salvadori, S.; D'Ursi, A. M.; Temussi, P. A.; Picone, D. Eur. J. Biochem., 2002, 269: 5642.
22. Schuttelkopf, A. W.; van Aalten, D. M. Acta Crystallogr. Sect. D-Biol. Crystallogr., 2004, 60: 1355.
23. Van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. J. Comput. Chem., 2005, 26: 1701.
24. van Gunsteren, W. F.; Billeter, S. R.; Eising, A. A.; Hünenberger, P. H.; Kruger, P.; Mark, A. E.; Scott, W. R. P.; Tironi, I. G. Biomolecular simulation: the GROMOS96 manual and user guide. Zurich, Switzerland, 1996: 80.
25. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys., 1993, 98: 10089.
26. Verlet, L. Phys. Rev., 1967, 159: 98.
27. Hess, B.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem., 1997, 18: 1463.
28. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers, 1983, 22: 2577.
29. Xu, Y.; Shen, J.; Luo, X.; Zhu, W.; Chen, K.; Ma, J.; Jiang, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2005, 102: 5403.
30. Schurr, J. M.; Rangel, D. P.; Aragon, S. R. Biophys. J., 2005, 89: 2258.
31. Lerbret, A.; Bordat, P.; Affouard, F.; Hedoux, A.; Guinet, Y.; Descamps, M. J. Phys. Chem. B, 2007, 111: 9410.
32. Lins, R. D.; Pereira, C. S.; Hunenberger, P. H. Proteins, 2004, 55: 177.
33. Richmond, T. J. J. Mol. Biol., 1984, 178: 63.
34. Shen, L.; Ji, H. F.; Zhang, H. Y. J. Phys. Chem. B, 2008, 112: 3164.
35. Han, W.; Wu, Y. D. J. Am. Chem. Soc., 2005, 127: 15408.
36. Sgourakis, N. G.; Yan, Y.; McCallum, S. A.; Wang, C.; Garcia, A. E. J. Mol. Biol., 2007, 368: 1448.
37. Li, H.; Luo, Y.; Derreumaux, P.; Wei, G. J. Phys. Chem. B, 2010, 114: 1004.
38. Lu, Y.; Derreumaux, P.; Guo, Z.; Mousseau, N.; Wei, G. Proteins, 2009, 75: 954.
39. Li, W.; Zhang, J.; Su, Y.; Wang, J.; Qin, M.; Wang, W. J. Phys. Chem. B, 2007, 111: 13814