Energy interactions in amyloid-like fibrils from NNQQNY

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 16, Issue 9, 2014, Pages 4369-4377

  Cuesta, Inmaculada García ^a   Sánchez De Merás, Alfredo M J ^a  

^a UNIVERSITY OF VALENCIA   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMYLOID;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CHEMISTRY; DIMERIZATION; HYDROGEN BOND; METABOLISM; POLYMERIZATION; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; STATIC ELECTRICITY; THERMODYNAMICS;

AMINO ACID SEQUENCE; AMYLOID; DIMERIZATION; HYDROGEN BONDING; POLYMERIZATION; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; STATIC ELECTRICITY; THERMODYNAMICS;

EID: 84893687991     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3cp53551g     Document Type: Article

References (71)

1. G. Taubes Science 1996 271 1493 1495
2. J. D. Harper P. T. Lansbury Jr. Annu. Rev. Biochem. 1997 66 385 407
3. C. M. Dobson R. J. Ellis EMBO J. 1998 17 5251 5254
4. M. Sunde C. C. F. Blake Q. Rev. Biophys. 1998 31 1 39
5. C. M. Dobson Trends Biochem. Sci. 1999 24 329 332
6. J. D. Sipe A. S. Cohen J. Struct. Biol. 2000 130 88 98
7. J. W. M. Höppener B. Ahrén C. J. M. Lips N. Engl. J. Med. 2000 343 411 419
8. M. Patino J. J. Liu J. R. Glover S. Lindquist Science 1996 273 622 626
9. T. R. Serio A. G. Cashikar A. S. Kowal G. J. Sawicki J. J. Moslehi L. Serpell M. F. Arnsdorf S. L. Lindquist Science 2000 289 1317
10. M. Yamada M. Shimohata T. Sato S. Tsuji H. Takahashi Neuropathology 2006 26 346 351
11. C. M. Dobson Nature 2003 426 884 890
12. J. C. Rochet P. T. Lansbury Jr. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000 10 60 68
13. M. R. Sawaya S. Sambashivan R. Nelson M. I. Ivanova S. A. Sievers M. I. Apostol M. J. Thompson M. Balbirnie J. J. W. Wiltzius H. T. McFarlane A. Ø. Madsen C. Riekel D. Eisenberg Nature 2007 447 453 457
14. J. Zheng B. Ma C.-J. Tsai R. Nussinov Biophys. J. 2006 91 824 833
15. B. Ma R. Nussinov Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 14126 14131
16. A. K. Paravastua R. D. Leapman W. M. Yau R. Tycko Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 18349 18354
17. E. Gazit FASEB J. 2002 16 77 83
18. O. S. Makin L. C. Serpell FEBS J. 2005 272 5950 5961
19. R. Nelson M. R. Sawaya M. Balbirnie A. Ø. Madsen C. Riekel R. Grothe D. Eisenberg Nature 2005 435 773 778
20. C. M. Dobson Nature 2005 435 747 749
21. C. Ritter et al. Nature 2005 435 844 848
22. R. Krishnan S. L. Lindquist Nature 2005 435 765 772
23. R. Nelson D. Eisenberg Curr. Opin. Struct. Biol. 2006 16 260 265
24. M. J. Thompson S. A. Sievers J. Karanicolas M. I. Ivanova D. Baker D. Eisenberg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 4074 4078
25. H.-H. Tsai M. Reches C.-J. Tsai K. Gunasekaran E. Gazit R. Nussinov Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 8174 8179
26. J. Gsponer U. Haberthur A. Caflisch Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 5154 5159
27. Y. K. Chae K. Lee Y. Kim Protein Pept. Lett. 2004 11 23 28
28. Y. Kim, Y. Kim, J. J. Park, J. H. Hwang and T. J. Park, Key Engineering Materials, Trans Tech Publications, Zurich, Switzerland, 2005, vol. 277-279, pp. 67-71
29. J. Lipfert J. Franklin F. Wu S. J. Doniach J. Mol. Biol. 2005 349 648 658
30. L. Esposito C. Pedone L. Vitagliano Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 11533 11538
31. C. Y. King R. Diaz-Avalos Nature 2004 428 319 323
32. R. Diaz-Avalos C. Y. King J. Wall M. Simon D. L. D. Caspar Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 10165 10170
33. Z. Zhang H. Chen H. Bai L. Lai Biophys. J. 2007 93 1484 1492
34. A. Fernández FEBS Lett. 2005 579 6635 6640
35. J. Park B. Kahng W. Hwang PLoS Comput. Biol. 2009 5 e1000492
36. K. Tsemekhman L. Goldschmidt D. Eisenberg D. Baker Protein Sci. 2007 16 761 764
37. P. Pellarin A. Caflisch J. Mol. Biol. 2006 360 882 892
38. B. Ma R. Nussinov Curr. Opin. Chem. Biol. 2006 10 445 452
39. A. Gavezzotti Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2008 64 905
40. I. Dabkowska P. Jurecka P. Hobza J. Chem. Phys. 2005 122 204322
41. I. G. Cuesta T. B. Pedersen H. Koch A. Sánchez de Merás ChemPhysChem 2006 7 2503
42. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2007 3 289
43. Dalton, a molecular electronic-structure program, release 2.0, 2005 (see http://www.kjemi.uio.no/software/dalton/)
44. H. Koch A. Sánchez de Merás T. B. Pedersen J. Chem. Phys. 2003 118 9481
45. T. B. Pedersen A. Sánchez de Merás H. Koch J. Chem. Phys. 2004 120 8887 8897
46. I. G. Cuesta J. Sánchez Marín T. B. Pedersen H. Koch A. Sánchez de Merás Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 361 365
47. S. Boys F. Bernardi Mol. Phys. 1970 19 553 556
48. P. Hobza J. Sponer Chem. Rev. 1999 99 3247
49. J. Sponer J. Leszczynski P. Hobza J. Comput. Chem. 1996 17 841
50. J. Sponer J. Leszczynski P. Hobza J. Phys. Chem. 1996 100 5590
51. J. Sponer H. A. Gabb J. Leszczynski P. Hobza Biophys. J. 1997 73 76
52. J. Sponer J. Florian H. L. Ng J. E. Sponer N. Spaková Nucleic Acids Res. 2000 28 4893
53. J. Sponer J. Leszczynski V. Vetterl P. Hobza J. Biomol. Struct. Dyn. 1996 13 695
54. J. Sponer J. Leszczynski P. Hobza J. Phys. Chem. A 1997 101 9489
55. P. Cysewski Z. Czyznikowska-Balcerak B. Szefler Pol. J. Chem. 2003 7 1287
56. J. Florian J. Sponer A. Warshel J. Phys. Chem. B 1999 103 884
57. P. C. Hariharan J. A. Pople Theor. Chim. Acta 1971 28 213 222
58. T. H. Dunning Jr. J. Chem. Phys. 1989 90 1007 1023
59. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery Jr, T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN03, Gaussian Inc., Wallingford, CT, 2004
60. J. Tomasi B. Mennucci R. Cammi Chem. Rev. 2005 105 2999
61. J. L. Pascual-Ahuir E. Silla I. Tuñón J. Comput. Chem. 1994 15 1127
62. P. C. A. van der Wel J. R. Lewandowski R. G. Griffin J. Am. Chem. Soc. 2007 129 5117 5130
63. X. Periole A. Rampioni M. Vendruscolo A. E. Mark J. Phys. Chem. B 2009 113 1728 1737
64. A. de Simone C. Pedone L. Vitagliano Biochem. Biophys. Res. Commun. 2008 366 800 806
65. L. Vitagliano F. Stanzione A. de Simone L. Esposito Biopolymers 2009 91 1161
66. P. Cysewski Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 2636 2645
67. D. Zanuy R. Nussinov J. Mol. Biol. 2003 329 565
68. D. Zanuy Y. Porat E. Gazit R. Nussinov Structure 2004 12 439
69. C. Wu H. Lei Y. Duan Biophys. J. 2005 88 2897
70. T. Kikkou, S. Iwabuchi and O. Matsumoto, Progres in Scale Modeling (Part IV), Springer Netherlands, 2008, pp. 487-495
71. S. Grimme J. Comput. Chem. 2006 27 1787 1799