Multiple time scales in solvation dynamics of DNA in aqueous solution: The role of water, counterions, and cross-correlations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 51, 2006, Pages 26396-26402

  Pal, Subrata ^a   Maiti, Prabal K ^a   Bagchi, Biman ^a   Hynes, James T ^b,c  

^a INDIAN INSTITUTE OF SCIENCE   (India)

^b Centre National de la Recherche Scientifique   (France)

^c UNIVERSITY OF COLORADO   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; MOLECULAR DYNAMICS; SOLUTIONS; SOLVENTS; TIME DOMAIN ANALYSIS; WATER;

ADDITIONAL SLOW COMPONENT; NUCLEOTIDES; SOLVATION DYNAMICS; TIME CORRELATION FUNCTION (TCF);

DNA;

EID: 33846365264     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp065690t     Document Type: Article

References (44)

1. (a) van der Zwan, G.; Hynes, J. T. J. Phys. Chem. 1985, 89, 4181-88.
2. (b) Hynes, J. T. Annu. Rev. Phys. Chem. 1985, 36, 573.
3. (c) Bagchi, B.; Oxtoby, D. W.; Fleming, G. R. Chem. Phys. 1984, 86, 257.
4. (d) Bagchi, B. Annu. Rev. Phys. Chem. 1989, 40, 115.
5. Jimenez, R.; Fleming, G. R.; Kumar, P. V.; Maroncelli, M. Nature 1994, 369, 471-473.
6. (a) Carter, E. A.; Hynes, J. T. J. Chem. Phys. 1991, 94, 5961.
7. (b) Maroncelli, M; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 1988, 89, 5044.
8. (a) Guha, S.; Sahu, K.; Roy, D.; Mondal, S. K.; Roy, S.; Bhattacharyya, K. Biochemistry 2005, 44, 8940.
9. (b) Pal, S. K.; Peon, J.; Bagchi, B.; Zewail, A. H. J. Phys. Chem. B. 2002, 106, 12376.
10. Bhattacharyya, K. Acc. Chem. Res. 2003, 36, 95-101.
11. (a) Bagchi, B. Chem. Rev. 2005, 105, 3197-3219.
12. (c) Bagchi, B. Annu. Rep. Prog. Chem., Sect. C 2003, 99, 127-175.
13. Brauns, E. B.; Madaras, M. L.; Coleman, R. S.; Murphy, C. J.; Berg, M. A. Phys. Rev. Lett. 2002, 88, 158101-1-158101-4.
14. Andreatta, D.; Lustres, P. J. L.; Kovalenko, S. A.; Ernsting, N. P.; Murphy, C. J.; Coleman, R. S.; Berg, M. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7270-7271.
15. Somoza, M. M.; Andreatta, D.; Murphy, C. J.; Coleman, R. S.; Berg, M. A. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 2494-2507.
16. Gearheart, L. A.; Somoza, M. M.; Rivers, W. E.; Murphy, C. J.; Coleman, R. S.; Berg, M. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 11812-11813.
17. Sen, S.; Paraggio, N. A.; Gearheart, L. A.; Connor, E. E.; Issa, A.; Coleman, R. S.; Wilson, D. M., III; Wyatt, M. D.; Berg, M. A. Biophys. J. 2005, 89, 4129-4138.
18. Pal, S. K.; Zhao, L.; Xia, T.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. 2003, 100, 13746-13751.
19. Pal, S. K.; Zhao, L.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. 2003, 100, 8113-8118.
20. Haq, I. Arch. Biochem. Biophys. 2002, 403, 1.
21. Pal, S.; Maiti, P. K.; Bagchi, B. J. Phys. Condens. Matter 2005, 17, S4317-S4331.
22. Pal, S; Maiti, P. K.; Bagchi, B. Manuscript in preparation.
23. Maiti, P. K.; Pascal, T. A.; Vaidehi, N.; Goddard, W. A. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 6047-6065.
24. Maiti, P. K.; Pascal, T. A.; Vaidehi, N.; Heo, J.; Goddard, W. A. Biophys. J. 2006, 90, 1463.
25. (a) Hagermag, P. J. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1988, 17, 265.
26. (b) Okonogi, T. M.; Reese, A. W.; Alley, S. C.; Hopkins, P. B.; Robinson, B. H. Biophys. J. 1999, 77, 3256.
27. Ponomarev, S. Y.; Thayer, K. M.; Beveridge, D. L. Proc. Natl. Acad. Sci. 2004, 101, 14771-14775.
28. Chandra, A.; Bagchi, B. J. Chem. Phys. 2000, 112, 1876-1886.
29. van der Zwan, G.; Hynes, J. T. Chem. Phys. 1991, 152, 169.
30. Ibuki, K.; Nakahara, M. J. Chem. Phys. 1990, 92, 7323.
31. Oosawa, F. In Polyelectrolytes; Marcel Dekker, Inc.: New York, 1971.
32. Cheatham, T. E., III; Kollman, P. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 435-71.
33. Makarov, V.; Pettitt, B. M.; Feig, M. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 376-384.
34. Makarov, V.; Feig, M.; Andrews, B. K.; Pettitt, B. M. Biophys. J. 1998, 75, 150-158.
35. Feig, M.; Pettitt, B. M. Biophys. J. 1998, 75, 134-149.
36. Feig, M.; Pettitt, B. M. J. Mol. Biol. 1999, 286, 1075-1095.
37. Feig, M.; Pettitt, B. M. Biophys. J. 1999, 771, 769-1781.
38. Bonvin, A. M. J. J.; Sunnerhagen, M.; Otting, G.; van Gunsteren, W. F. J. Mol. Biol. 1998, 282, 859-873.
39. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., III; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pilera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C. AMBER, 6; University of California: San Francisco, CA, 1999.
40. (a) Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
41. (b) Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593.
42. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
43. Nandi, N.; Bagchi, B. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10954;
44. 1998, 102, 8217.