Comparing label-free quantitative peptidomics approaches to characterize diurnal variation of peptides in the rat suprachiasmatic nucleus

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 1, 2014, Pages 443-452

  Southey, Bruce R ^a   Lee, Ji Eun ^a,c   Zamdborg, Leonid ^c   Atkins, Norman ^a   Mitchell, Jennifer W ^b   Li, Mingxi ^c   Gillette, Martha U ^a,b   Kelleher, Neil L ^c   Sweedler, Jonathan V ^a  

^a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

^b UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

^c NORTHWESTERN UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANALYSIS APPROACH; CIRCADIAN RHYTHMS; DIURNAL VARIATION; FEEDING BEHAVIOR; RELATIVE QUANTITATIONS; SIGNALING MOLECULES; SPECTRAL INDICES; SUPRACHIASMATIC NUCLEUS;

MAMMALS; SIEVES;

PEPTIDES;

NEUROPEPTIDE;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMAL; ARTICLE; CHEMISTRY; CIRCADIAN RHYTHM; COMPARATIVE STUDY; GENETICS; LONG EVANS RAT; MALE; MASS SPECTROMETRY; METHODOLOGY; MOLECULAR GENETICS; PHYSIOLOGY; RAT; SUPRACHIASMATIC NUCLEUS;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; CIRCADIAN RHYTHM; MALE; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NEUROPEPTIDES; RATS; RATS, LONG-EVANS; SUPRACHIASMATIC NUCLEUS;

EID: 84891812381     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac4023378     Document Type: Article

References (64)

1. Cagampang, F. R.; Bruce, K. D. Br. J. Nutr. 2012, 108, 381-392
2. Stenvers, D. J.; Jonkers, C. F.; Fliers, E.; Bisschop, P. H.; Kalsbeek, A. Prog. Brain Res. 2012, 199, 359-376
3. Lynch, W. J.; Girgenti, M. J.; Breslin, F. J.; Newton, S. S.; Taylor, J. R. Brain Res. 2008, 1213, 166-177
4. Albrecht, U. Front. Mol. Neurosci. 2011, 4, 41
5. Aton, S. J.; Herzog, E. D. Neuron 2005, 48, 531-534
6. Dragich, J. M.; Loh, D. H.; Wang, L. M.; Vosko, A. M.; Kudo, T.; Nakamura, T. J.; Odom, I. H.; Tateyama, S.; Hagopian, A.; Waschek, J. A.; Colwell, C. S. Eur. J. Neurosci. 2010, 31, 864-875
7. Vosko, A. M.; Schroeder, A.; Loh, D. H.; Colwell, C. S. Gen. Comp. Endrocrinol. 2007, 152, 165-175
8. Domokos, A.; Mergl, Z.; Barna, I.; Makara, G. B.; Zelena, D. J. Endocrinol. 2008, 196, 113-121
9. Maywood, E. S.; Chesham, J. E.; O'Brien, J. A.; Hastings, M. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 14306-14311
10. Atkins, N., Jr.; Mitchell, J. W.; Romanova, E. V.; Morgan, D. J.; Cominski, T. P.; Ecker, J. L.; Pintar, J. E.; Sweedler, J. V.; Gillette, M. U. PLoS One 2010, 5, e12612
11. Sukumaran, S.; Almon, R. R.; DuBois, D. C.; Jusko, W. J. Adv. Drug Delivery Rev. 2010, 62, 904-917
12. Mitchell, J. W.; Atkins, N., Jr.; Sweedler, J. V.; Gillette, M. U. Front. Neuroendocrinol. 2011, 32, 377-386
13. Fricker, L. D.; Lim, J.; Pan, H.; Che, F. Y. Mass Spectrom. Rev. 2006, 25, 327-344
14. Li, L.; Sweedler, J. V. Annu. Rev. Anal. Chem. 2008, 1, 451-483
15. Svensson, M.; Skold, K.; Nilsson, A.; Falth, M.; Svenningsson, P.; Andren, P. E. Biochem. Soc. Trans. 2007, 35, 588-593
16. Hatcher, N. G.; Atkins, N., Jr.; Annangudi, S. P.; Forbes, A. J.; Kelleher, N. L.; Gillette, M. U.; Sweedler, J. V. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 12527-12532
17. Lee, J. E.; Atkins, N., Jr.; Hatcher, N. G.; Zamdborg, L.; Gillette, M. U.; Sweedler, J. V.; Kelleher, N. L. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 285-297
18. Zhu, W.; Smith, J. W.; Huang, C. M. J. Biomed. Biotechnol. 2010, 2010 840518
19. Neilson, K. A.; Ali, N. A.; Muralidharan, S.; Mirzaei, M.; Mariani, M.; Assadourian, G.; Lee, A.; van Sluyter, S. C.; Haynes, P. A. Proteomics 2011, 11, 535-553
20. Hou, X.; Xie, F.; Sweedler, J. V. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23, 2083-2093
21. Griffin, N. M.; Yu, J.; Long, F.; Oh, P.; Shore, S.; Li, Y.; Koziol, J. A.; Schnitzer, J. E. Nat. Biotechnol. 2010, 28, 83-89
22. Lee, J. E.; Zamdborg, L.; Southey, B.; Atkins, N.; Mitchell, J. W.; Li, M.; Gillette, M. U.; Kelleher, N. L.; Sweedler, J. V. J. Proteome Res. 2013, 12, 585-593
23. Geer, L. Y.; Markey, S. P.; Kowalak, J. A.; Wagner, L.; Xu, M.; Maynard, D. M.; Yang, X.; Shi, W.; Bryant, S. H. J. Proteome Res. 2004, 3, 958-964
24. UniProt Consortium Nucleic Acids Res. 2012, 40 D71-5
25. Akhtar, M. N.; Southey, B. R.; Andren, P. E.; Sweedler, J. V.; Rodriguez-Zas, S. L. J. Proteome Res. 2012, 11, 6044-6055
26. Benjamini, Y.; Hochberg, Y. J. R. Statist. Soc., Ser. B 1995, 57, 289-300
27. International Committee on Standardized Genetic Nomenclature for Mice. Guidelinesfor Nomenclature of Genes, Genetic Markers, Alleles, and Mutationsin Mouse and Rat. http://www.informatics.jax.org/mgihome/nomen/gene.shtml#gene-sym (accessed November 13, 2013).
28. Wu, Q.; Zhao, Q.; Liang, Z.; Qu, Y.; Zhang, L.; Zhang, Y. Analyst 2012, 137, 3146-3153
29. Wei, S.; Feng, Y.; Che, F. Y.; Pan, H.; Mzhavia, N.; Devi, L. A.; McKinzie, A. A.; Levin, N.; Richards, W. G.; Fricker, L. D. J. Endocrinol. 2004, 180, 357-368
30. Morgan, D. J.; Wei, S.; Gomes, I.; Czyzyk, T.; Mzhavia, N.; Pan, H.; Devi, L. A.; Fricker, L. D.; Pintar, J. E. J. Neurochem. 2010, 113, 1275-1284
31. Wardman, J. H.; Berezniuk, I.; Di, S.; Tasker, J. G.; Fricker, L. D. PLoS One 2011, 6, e28152
32. Falth, M.; Skold, K.; Svensson, M.; Nilsson, A.; Fenyo, D.; Andren, P. E. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1188-1197
33. Bora, A.; Annangudi, S. P.; Millet, L. J.; Rubakhin, S. S.; Forbes, A. J.; Kelleher, N. L.; Gillette, M. U.; Sweedler, J. V. J. Proteome Res. 2008, 7, 4992-5003
34. Mzhavia, N.; Berman, Y.; Che, F. Y.; Fricker, L. D.; Devi, L. A. J. Biol. Chem. 2001, 276, 6207-6213
35. Morgan, D. J.; Mzhavia, N.; Peng, B.; Pan, H.; Devi, L. A.; Pintar, J. E. J. Neurochem. 2005, 93, 1454-1462
36. Wardman, J. H.; Zhang, X.; Gagnon, S.; Castro, L. M.; Zhu, X.; Steiner, D. F.; Day, R.; Fricker, L. D. J. Neurochem. 2010, 114, 215-225
37. Sayah, M.; Fortenberry, Y.; Cameron, A.; Lindberg, I. J. Neurochem. 2001, 76, 1833-1841
38. Southey, B. R.; Amare, A.; Zimmerman, T. A.; Rodriguez-Zas, S. L.; Sweedler, J. V. Nucleic Acids Res. 2006, 34, W267-72
39. Keating, G. L.; Kuhar, M. J.; Bliwise, D. L.; Rye, D. B. Neuropeptides 2010, 44, 241-246
40. Turek, F. W.; Joshu, C.; Kohsaka, A.; Lin, E.; Ivanova, G.; McDearmon, E.; Laposky, A.; Losee-Olson, S.; Easton, A.; Jensen, D. R.; Eckel, R. H.; Takahashi, J. S.; Bass, J. Science 2005, 308, 1043-1045
41. Vicentic, A. Peptides 2006, 27, 1942-1948
42. Vicentic, A.; Jones, D. C. J. Pharmacol. Exp. Ther. 2007, 320, 499-506
43. Vicentic, A.; Lakatos, A.; Jones, D. Peptides 2006, 27, 1934-1937
44. McLaughlin, C. L.; Baile, C. A.; Della-Fera, M. A. Physiol. Behav. 1987, 41, 465-469
45. Pekary, A. E.; Stevens, S. A.; Sattin, A. Brain Res. 2006, 1125, 67-76
46. Menyhert, J.; Wittmann, G.; Lechan, R. M.; Keller, E.; Liposits, Z.; Fekete, C. Endocrinology 2007, 148, 4276-4281
47. Harrold, J. A.; Dovey, T. M.; Blundell, J. E.; Halford, J. C. Neuropharmacology 2012, 63, 3-17
48. Nillni, E. A.; Vaslet, C.; Harris, M.; Hollenberg, A.; Bjorbak, C.; Flier, J. S. J. Biol. Chem. 2000, 275, 36124-36133
49. Pekary, A. E.; Sattin, A.; Blood, J. Brain Res. 2010, 1345, 9-18
50. Fekete, C.; Lechan, R. M. Peptides 2006, 27, 2012-2018
51. Debeljuk, L.; Lasaga, M. Peptides 1999, 20, 285-299
52. Pennefather, J. N.; Lecci, A.; Candenas, M. L.; Patak, E.; Pinto, F. M.; Maggi, C. A. Life Sci. 2004, 74, 1445-1463
53. Rance, N. E. Peptides 2009, 30, 111-122
54. Williams, W. P., 3rd; Jarjisian, S. G.; Mikkelsen, J. D.; Kriegsfeld, L. J. Endocrinology 2011, 152, 595-606
55. Cai, Y.; Ding, H.; Li, N.; Chai, Y.; Zhang, Y.; Chan, P. Neuroreport 2010, 21, 79-83
56. Lasaga, M.; Debeljuk, L. Peptides 2011, 32, 1972-1978
57. Bailey, M. J.; Coon, S. L.; Carter, D. A.; Humphries, A.; Kim, J. S.; Shi, Q.; Gaildrat, P.; Morin, F.; Ganguly, S.; Hogenesch, J. B.; Weller, J. L.; Rath, M. F.; Moller, M.; Baler, R.; Sugden, D.; Rangel, Z. G.; Munson, P. J.; Klein, D. C. J. Biol. Chem. 2009, 284, 7606-7622
58. Levi, A.; Ferri, G. L.; Watson, E.; Possenti, R.; Salton, S. R. Cell. Mol. Neurobiol. 2004, 24, 517-533
59. Wisor, J. P.; Takahashi, J. S. J. Comp. Neurol. 1997, 378, 229-238
60. Bartolomucci, A.; Possenti, R.; Mahata, S. K.; Fischer-Colbrie, R.; Loh, Y. P.; Salton, S. R. Endocr. Rev. 2011, 32, 755-797
61. Hong, H. K.; Chong, J. L.; Song, W.; Song, E. J.; Jyawook, A. A.; Schook, A. C.; Ko, C. H.; Takahashi, J. S. PLoS Genet. 2007, 3, e33
62. Wiedermann, C. J. Peptides 2000, 21, 1289-1298
63. Humphries, A.; Klein, D.; Baler, R.; Carter, D. A. J. Neuroendocrinol. 2002, 14, 101-108
64. Wang, T. A.; Yu, Y. V.; Govindaiah, G.; Ye, X.; Artinian, L.; Coleman, T. P.; Sweedler, J. V.; Cox, C. L.; Gillette, M. U. Science 2012, 337, 839-842