Target hopping as a useful tool for the identification of novel EphA2 protein-protein antagonists

ChemMedChem

Volumn 9, Issue 1, 2014, Pages 67-72

  Tognolini, Massimiliano ^a   Incerti, Matteo ^a   Pala, Daniele ^a   Russo, Simonetta ^a   Castelli, Riccardo ^a   Hassan Mohamed, Iftiin ^a   Giorgio, Carmine ^a   Lodola, Alessio ^a  

^a UNIVERSITY OF PARMA   (Italy)

Author keywords

drug design; protein protein interactions; receptors; structure activity relationships; virtual screening

Indexed keywords

3 [2 [2 CHLORO 4 [3 (2,6 DICHLOROPHENYL) 5 ISOPROPYL 4 ISOXAZOLYLMETHOXY]PHENYL]VINYL]BENZOIC ACID; BETULIC ACID; CARBOXYLIC ACID; CIPROFLOXACIN; EPHRIN A1; EPHRIN RECEPTOR A2; FARNESOID X RECEPTOR; G PROTEIN COUPLED RECEPTOR TGR5; GUGGULSTERONE E; HORMONE RECEPTOR BLOCKING AGENT; LITHOCHOLIC ACID; OLEANOLIC ACID; RECEPTOR; STEROL; STILBENE; UNCLASSIFIED DRUG; URSODEOXYCHOLIC ACID;

ANIMAL TISSUE; ARTICLE; BINDING ASSAY; BINDING SITE; CARCINOMA CELL; CHEMICAL MODIFICATION; CONCENTRATION RESPONSE; DRUG CONFORMATION; ENZYME LINKED IMMUNOSORBENT ASSAY; FETUS; IC 50; LIGAND BINDING; MOLECULAR MODEL; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROSTATE CARCINOMA; PROTEIN CONTENT; PROTEIN PHOSPHORYLATION; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; PROTEIN TARGETING;

DRUG DESIGN; PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS; RECEPTORS; STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIPS; VIRTUAL SCREENING;

BINDING SITES; CELL LINE, TUMOR; DRUG DESIGN; EPHRIN-A1; HUMANS; ISOXAZOLES; LITHOCHOLIC ACID; MOLECULAR DOCKING SIMULATION; PROTEIN BINDING; PROTEIN INTERACTION MAPS; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; RECEPTOR, EPHA2; RECEPTORS, CYTOPLASMIC AND NUCLEAR; RECEPTORS, G-PROTEIN-COUPLED; STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP;

EID: 84891747102     PISSN: 18607179     EISSN: 18607187     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cmdc.201300305     Document Type: Article

References (37)

1. G. Porez, J. Prawitt, B. Gross, B. Staels, J. Lipid Res. 2012, 53, 1723-1737.
2. C. Thomas, R. Pellicciari, M. Pruzanski, J. Auwerx, K. Schoonjans, Nat. Rev. Drug Discovery 2008, 7, 678-693.
3. B. W. Katona, C. L. Cummins, A. D. Ferguson, T. Li, D. R. Schmidt, D. J. Mangelsdorf, D. F. Covey, J. Med. Chem. 2007, 50, 6048-6058.
4. A. Gioiello, E. Rosatelli, R. Nuti, A. Macchiarulo, R. Pellicciari, Expert Opin. Ther. Pat. 2012, 22, 1399-1414.
5. J. L. Staudinger, B. Goodwin, S. A. Jones, D. Hawkins-Brown, K. I. MacKenzie, A. LaTour, Y. Liu, C. D. Klaassen, K. K. Brown, J. Reinhard, T. M. Willson, B. H. Koller, S. A. Kliewer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2001, 98, 3369-3374.
6. M. Makishima, T. T. Lu, W. Xie, G. K. Whitfield, H. Domoto, R. M. Evans, M. R. Haussler, D. J. Mangelsdorf, Science 2002, 296, 1313-1316.
7. Z. Dang, A. Lin, P. Ho, D. Soroka, K. H. Lee, L. Huang, C. H. Chen, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2011, 21, 1926-1928.
8. S. M. Vogel, M. R. Bauer, A. C. Joerger, R. Wilcken, T. Brandt, D. B. Veprintsev, T. J. Rutherford, A. R. Fersht, F. M. Boeckler, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2012, 109, 16906-16910.
9. A. F. Hofmann, Drug Metab. Rev. 2004, 36, 703-722.
10. C. Giorgio, I. H. Mohamed, L. Flammini, E. Barocelli, M. Incerti, A. Lodola, M. Tognolini, PLoS One 2011, 6, e 18128.
11. E. B. Pasquale, Nat. Rev. Cancer 2010, 10, 165-180.
12. R. Noberini, I. Lamberto, E. B. Pasquale, Semin. Cell Dev. Biol. 2012, 23, 51-57.
13. A. Petty, E. Myshkin, H. Qin, H. Guo, H. Miao, G. P. Tochtrop, J. T. Hsieh, P. Page, L. Liu, D. J. Lindner, C. Acharya, A. D. Mackerell, Jr., E. Ficker, J. Song, B. Wang, PLoS One 2012, 7, e 42120.
14. M. Tognolini, M. Incerti, I. Hassan-Mohamed, C. Giorgio, S. Russo, R. Bruni, B. Lelli, L. Bracci, R. Noberini, E. B. Pasquale, E. Barocelli, P. Vicini, M. Mor, A. Lodola, ChemMedChem 2012, 7, 1071-1083.
15. M. Incerti, M. Tognolini, S. Russo, D. Pala, C. Giorgio, I. Hassan-Mohamed, R. Noberini, E. B. Pasquale, P. Vicini, S. Piersanti, S. Rivara, E. Barocelli, M. Mor, A. Lodola, J. Med. Chem. 2013, 56, 2936-2947.
16. C. G. Wermuth, J. Med. Chem. 2004, 47, 1303-1314.
17. D. J. Parks, S. G. Blanchard, R. K. Bledsoe, G. Chandra, T. G. Consler, S. A. Kliewer, J. B. Stimmel, T. M. Willson, A. M. Zavacki, D. D. Moore, J. M. Lehmann, Science 1999, 284, 1365-1368.
18. Y. Kawamata, R. Fujii, M. Hosoya, M. Harada, H. Yoshida, M. Miwa, S. Fukusumi, Y. Habata, T. Itoh, Y. Shintani, S. Hinuma, Y. Fujisawa, M. Fujino, J. Biol. Chem. 2003, 278, 9435-9440.
19. J. P. Himanen, Y. Goldgur, H. Miao, E. Myshkin, H. Guo, M. Buck, M. Nguyen, K. R. Rajashankar, B. Wang, D. B. Nikolov, EMBO Rep. 2009, 10, 722-728.
20. Phase, version 3.3; Schrödinger, LLC, New York, 2011.
21. G. M. Sastry, S. L. Dixon, W. Sherman, J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 2455-2466.
22. Glide, version 5.7, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2011.
23. R. A. Friesner, R. B. Murphy, M. P. Repasky, L. L. Frye, J. R. Greenwood, T. A. Halgren, P. C. Sanschagrin, D. T. Mainz, J. Med. Chem. 2006, 49, 6177-6196.
24. P. R. Maloney, D. J. Parks, C. D. Haffner, A. M. Fivush, G. Chandra, K. D. Plunket, K. L. Creech, L. B. Moore, J. G. Wilson, M. C. Lewis, S. A. Jones, T. M. Willson, J. Med. Chem. 2000, 43, 2971-2974.
25. R. Pellicciari, S. Fiorucci, E. Camaioni, C. Clerici, G. Costantino, P. R. Maloney, A. Morelli, D. J. Parks, T. M. Willson, J. Med. Chem. 2002, 45, 3569-3572.
26. R. Noberini, E. Rubio de La Torre, E. B. Pasquale, Cell Adhes. Migr. 2012, 6, 102-112.
27. C. M. Labbé, G. Laconde, M. A Kuenemann, B. O. Villoutreix, O, Sperandio, Drug Discovery Today 2013, in press; DOI:.
28. R. Noberini, S. K. De, Z. Zhang, B. Wu, D. Raveendra-Panickar, V. Chen, J. Vazquez, H. Qin, J. Song, N. D. P. Cosford, M. Pellecchia, E. B. Pasquale, Chem. Biol. Drug Des. 2011, 78, 667-678.
29. I. H. Mohamed, C. Giorgio, R. Bruni, L. Flammini, E. Barocelli, D. Rossi, G. Domenichini, F. Poli, M. Tognolini, Pharmacol. Res. 2011, 64, 464-470.
30. M. Tognolini, C. Giorgio, I. H. Mohamed, E. Barocelli, L. Calani, E. Reynaud, O. Dangles, G. Borges, A. Crozier, F. Brighenti, D. Del Rio, J. Agric. Food Chem. 2012, 60, 8877-8884.
31. S. Duggineni, S. Mitra, S. R. Noberini, X. Han, X. N. Lin, Y. Xu, W. Tian, J. An, E. B. Pasquale, Z. Huang, Biochem. Pharmacol. 2013, 85, 507-513.
32. B. Wu, Z. Zhang, R. Noberini, E. Barile, M. Giulianotti, C. Pinilla, R. A. Houghten, E. B. Pasquale, M. Pellecchia, Chem. Biol. 2013, 20, 19-33.
33. S. Wang, W. J. Placzek, J;L. Stebbins, S. Mitra, R. Noberini, R. M. Koolpe, Z. Zhang, R. Dahl, E. B. Pasquale, M. Pellecchia, J. Med. Chem. 2012, 55, 2427-2436.
34. Maestro, version 9.2, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2011.
35. W. L. Jorgensen, D. S. Maxwell, J. Tirado-Rives, J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225-11236.
36. G. E. Kellogg, M. Fornabaio, F. Spyrakis, A. Lodola, P. Cozzini, A. Mozzarelli, D. J. Abraham, J. Mol. Graph Model. 2004, 22, 479-486.
37. J. P. Himanen, Semin. Cell Dev. Biol. 2012, 23, 35-42.