Surface binding sites in carbohydrate active enzymes: An emerging picture of structural and functional diversity

Carbohydrate Chemistry

Volumn 39, Issue , 2013, Pages 204-221

  Cockburn, Darrell ^a   Svensson, Birte ^a  

^a TECHNICAL UNIVERSITY OF DENMARK   (Denmark)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84887979987     PISSN: 2041353X     EISSN: 14651963     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1039/9781849737173-00204     Document Type: Article

References (77)

1. A. B. Boraston, D. N. Bolam, H. J. Gilbert and G. J. Davies, Biochem. J., 2004, 382, 769.
2. M. Ostermeier and S. J. Benkovic, Adv. Protein Chem., 2000, 55, 29.
3. N. R. Gilkes, D. G. Kilburn, R. C. Miller and R. A. Warren, J. Biol. Chem., 1989, 264, 17802.
4. D. W. Sammond, C. M. Payne, R. Brunecky, M. E. Himmel, M. F. Crowley and G. T. Beckham, PLoS One, 2012, 7, e48615.
5. A. Loyter and M. Schramm, J. Biol. Chem., 1966, 241, 2611.
6. S. Dutta, K. Burkhardt, J. Young, G. J. Swaminathan, T. Matsuura, K. Henrick, H. Nakamura and H. M. Berman, Mol. Biotechnol., 2009, 42, 1.
7. S. Cuyvers, E. Dornez, J. A. Delcour and C. M. Courtin, Crit. Rev. Biotechnol., 2012, 32, 93.
8. A. Kadziola, M. Søgaard, B. Svensson and R. Haser, J. Mol. Biol., 1998, 278, 205.
9. S. Tranier, K. Deville, X. Robert, S. Bozonnet, R. Haser, B. Svensson and N. Aghajari, Biologia, 2005, 60(Suppl. 16), 37.
10. K. Chaen, J. Noguchi, T. Omori, Y. Kakuta and M. Kimura, Biochem. Biophys. Res. Commun., 2012, 424, 508.
11. M. L. Ludwiczek, M. Heller, T. Kantner and L. P. McIntosh, J. Mol. Biol., 2007, 373, 337.
12. J. N. Varghese, P. M. Colman, A. Van Donkelaar, T. J. Blick, A. Sahasrabudhe and J. L. McKimm-Breschkin, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1997, 94, 11808.
13. J. C. C. Lai, J. Garcia, J. C. Dyason, R. Bohm, P. D. Madge, F. J. Rose, J. M. Nicholls, J. S. M. Peiris, T. Haselhorst and M. Von Itzstein, Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 2012, 51, 2221.
14. B. L. Cantarel, P. M. Coutinho, C. Rancurel, T. Bernard, V. Lombard and B. Henrissat, Nucleic Acids Res., 2009, 37, D233.
15. M. R. Stam, E. G. J. Danchin, C. Rancurel, P. M. Coutinho and B. Henrissat, Prot. Eng. Des. Sel., 2006, 19, 555.
16. B. Henrissat and A. Bairoch, Biochem. J., 1996, 316, 695.
17. J. Huet, P. Rucktooa, B. Clantin, M. Azarkan, Y. Looze, V. Villeret and R. Wintjens, Biochemistry, 2008, 47, 8283.
18. B. Mikami, M. Adachi, T. Kage, E. Sarikaya, T. Nanmori, R. Shinke and S. Utsumi, Biochemistry, 1999, 38, 7050.
19. N. M. Koropatkin and T. J. Smith, Structure, 2010, 18, 200.
20. N. Juge, J. Nøhr, M. Le Gal-Coeffet, B. Kramhøft, C. S. M. Furniss, V. Planchot, D. B. Archer, G. Williamson and B. Svensson, Biochim. Biophys. Acta, 2006, 1764, 275.
21. M. M. Nielsen, S. Bozonnet, E. Seo, J. A. Mótyán, J. M. Andersen, A. Dilokpimol, M. Abou Hachem, G. Gyémánt, H. Naested, L. Kandra, B. W. Sigurskjold and B. Svensson, Biochemistry, 2009, 48, 7686.
22. Y. Lin, J. Silvestre-Ryan, M. E. Himmel, M. F. Crowley, G. T. Beckham and J. Chu, J. Am. Chem. Soc., 2011, 133, 16617.
23. J. C. Rogers, Biochem. Biophys. Res. Commun., 1985, 128, 470.
24. J. C. Rogers and C. Milliman, J. Biol. Chem, 1983, 258, 8169.
25. E. Seo, J. M. Andersen, M. M. Nielsen, M. B. Vester-Christensen, C. Christiansen, J. M. Jensen, J. A. Mótyán, Š Janeček, R. Haser, M. A. Glaring, A. Blennow, L. Kandra, G. Gyémánt, N. Aghajari, M. Abou Hachem and B. Svensson, J. Appl. Glycosci., 2010, 57, 157.
26. E. Vandermarliere, T. M. Bourgois, S. Rombouts, S. Van Campenhout, G. Volckaert, S. V. Strelkov, J. A. Delcour, A. Rabijns and C. M. Courtin, Biochem. J., 2008, 410, 71.
27. J. W. Nielsen, B. Kramhøft, S. Bozonnet, M. Abou Hachem, S. L. S. Stipp, B. Svensson and M. Willemoës, Arch. Biochem. Biophys., 2012, 528, 1.
28. A. I. Guce, N. E. Clark, E. N. Salgado, D. R. Ivanen, A. A. Kulminskaya, H. Brumer and S. C. Garman, J. Biol. Chem., 2010, 285, 3625.
29. J. Sevcík, E. Hostinová, A. SolovicováA, J. Gasperík, Z. Dauter and K. S. Wilson, Biologia, 2005, 60(Suppl. 16), 167.
30. J. Sevcík, E. Hostinová, A. Solovicová, J. Gasperík, Z. Dauter and K. S. Wilson, FEBS J., 2006, 273, 2161.
31. C. Ragunath, S. G. A. Manuel, V. Venkataraman, H. B. R. Sait, C. Kasinathan and N. Ramasubbu, J. Mol. Biol., 2008, 384, 1232.
32. S. Cuyvers, J. Hendrix, E. Dornez, Y. Engelborghs, J. A. Delcour and C. M. Courtin, J. Phys. Chem. B, 2011, 115, 4810.
33. S. Cuyvers, E. Dornez, M. N. Rezaei, A. Pollet, J. A. Delcour and C. M. Courtin, FEBS J., 2011, 278, 1098.
34. S. Cuyvers, E. Dornez, J. A. Delcour and C. M. Courtin, Appl. Microbiol. Biotechnol., 2011, 92, 539.
35. K. Fujii, H. Minagawa, Y. Terada, T. Takaha, T. Kuriki, J. Shimada and H. Kaneko, J. Biosci. Bioeng., 2007, 103, 167.
36. R. M. Gibson and B. Svensson, Carlsberg Res. Commun., 1987, 52, 373.
37. M. Søgaard, A. Kadziola, R. Haser and B. Svensson, J. Biol. Chem., 1993, 268, 22480.
38. X. Robert, R. Haser, T. Gottschalk, F. Ratajczek, H. Driguez, B. Svensson and N. Aghajari, Structure, 2003, 11, 973.
39. N. Ramasubbu, C. Ragunath and P. J. Mishra, J. Mol. Biol., 2003, 325, 1061.
40. N. Ramasubbu, C. Ragunath, P. J. Mishra, L. M. Thomas, G. Gyemant and L. Kandra, FEBS J., 2004, 271, 2517.
41. F. A. Scannapieco, K. Bhandary, N. Ramasubbu and M. J. Levine, Biochem. Biophys. Res. Commun., 1990, 173, 1109.
42. J. P. Gwynn and C. W. Douglas, FEMS Microbiol. Lett., 1994, 124, 373.
43. J. E. Baik, S. W. Hong, S. Choi, J. H. Jeon, O. Park, K. Cho, D. Seo, K. Kum, C. Yun and S. H. Han, Mol. Oral Microbiol., 2012, DOI: 10.1111/omi.12011.
44. D. De Vos, T. Collins, W. Nerinckx, S. N. Savvides, M. Claeyssens, C. Gerday, G. Feller and J. Van Beeumen, Biochemistry, 2006, 45, 4797.
45. J. Monod, J. Wyman and J. P. Changeux, J. Mol. Biol., 1965, 12, 88.
46. D. E. Koshland, G. Nemethy and D. Filmer, Biochemistry, 1966, 5, 365.
47. J. B. Johnson, D. C. Lamb, H. Frauenfelder, J. D. Muller, B. McMahon, G. U. Nienhaus and R. D. Young, Biophys. J., 1996, 71, 1563.
48. H. M. Piwonski, M. Goomanovsky, D. Bensimon, A. Horovitz and G. Haran, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2012, 109, E1437.
49. K. Gunasekaran, B. Ma and R. Nussinov, Proteins, 2004, 57, 433.
50. P. Weinkam, J. Pons and A. Sali, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2012, 109, 4875.
51. W. G. Laver, P. M. Colman, R. G. Webster, V. S. Hinshaw and G. M. Air, Virology, 1984, 137, 314.
52. J. Allouch, W. Helbert, B. Henrissat and M. Czjzek, Structure, 2004, 12, 623.
53. S. M. Southall, P. J. Simpson, H. J. Gilbert, G. Williamson and M. P. Williamson, FEBS Lett., 1999, 447, 58.
54. S. Tzeng, M. Pai and C. G. Kalodimos, Methods Mol. Biol., 2012, 831, 133.
55. S. Cuyvers, E. Dornez, M. Abou Hachem, B. Svensson, M. Hothorn, J. Chory, J. A. Delcour and C. M. Courtin, Anal. Biochem., 2012, 420, 90.
56. V. Horejsfi and M. Ticha, J. Chromatogr., 1986, 376, 49.
57. O. Yaniv, S. Jindou, F. Frolow, R. Lamed and E. A. Bayer, Methods Mol. Biol., 2012, 908, 101.
58. M. Fraiberg, I. Borovok, R. M. Weiner, R. Lamed and E. A. Bayer, Methods Mol. Biol., 2012, 908, 109.
59. R. L. Rich and D. G. Myszka, J. Mol. Recognit., 2007, 20, 300.
60. R. Perozzo, G. Folkers and L. Scapozza, J. Recept. Signal Transduct. Res., 2004, 24, 1.
61. W. B. Turnbull and A. H. Daranas, J. Am. Chem. Soc., 2003, 125, 14859.
62. L. Song, B. Siguier, C. Dumon, S. Bozonnet and M. J. O'Donohue, Biotechnol. Biofuels, 2012, 5, 3.
63. P. Heinzelman, C. D. Snow, I. Wu, C. Nguyen, A. Villalobos, S. Govindarajan, J. Minshull and F. H. Arnold, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2009, 106, 5610.
64. T. H. Richardson, X. Tan, G. Frey, W. Callen, M. Cabell, D. Lam, J. Macomber, J. M. Short, D. E. Robertson and C. Miller, J. Biol. Chem., 2002, 277, 26501.
65. S. P. Voutilainen, P. G. Murray, M. G. Tuohy and A. Koivula, Prot. Eng. Des. Sel., 2010, 23, 69.
66. C. Wang, R. Huang, B. He and Q. Du, BMC Bioinformatics, 2012, 13, 263.
67. Y. A. Zarate and R. J. Hopkin, Lancet, 2008, 372, 1427.
68. N. Asano, S. Ishii, H. Kizu, K. Ikeda, K. Yasuda, A. Kato, O. R. Martin and J. Q. Fan, FEBS J., 2000, 267, 4179.
69. J. Q. Fan, S. Ishii, N. Asano and Y. Suzuki, Nat. Med., 1999, 5, 112.
70. A. I. Guce, N. E. Clark, J. J. Rogich and S. C. Garman, Chem. Biol., 2011, 18, 1521.
71. A. Frustaci, C. Chimenti, R. Ricci, L. Natale, M. A. Russo, M. Pieroni, C. M. Eng and R. J. Desnick, N. Engl. J. Med., 2001, 345, 25.
72. T. Okumiya, S. Ishii, T. Takenaka, R. Kase, S. Kamei, H. Sakuraba and Y. Suzuki, Biochem. Biophys. Res. Commun., 1995, 214, 1219.
73. L. Wang, Y. Zhang and P. Gao, Sci. China C Life Sci., 2008, 51, 620.
74. The UniProt Consortium, Nucleic Acids Res., 2012, 40, D71.
75. R. D. Finn, J. Mistry, J. Tate, P. Coggill, A. Heger, J. E. Pollington, O. L. Gavin, P. Gunasekaran, G. Ceric, K. Forslund, L. Holm, E. L. L. Sonnhammer, S. R. Eddy and A. Bateman, Nucleic Acids Res., 2010, 38, D211.
76. S. Moretti, F. Armougom, I. M. Wallace, D. G. Higgins, C. V. Jongeneel and C. Notredame, Nucleic Acids Res., 2007, 35, W645.
77. F. Armougom, S. Moretti, O. Poirot, S. Audic, P. Dumas, B. Schaeli, V. Keduas and C. Notredame, Nucleic Acids Res., 2006, 34, W604.