Effect of geometry optimizations on QM-Cluster and QM/MM studies of reaction energies in proteins

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 9, 2013, Pages 4205-4214

  Sumner, Sophie ^a   Söderhjelm, Pär ^a   Ryde, Ulf ^a  

^a LUND UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84884185644     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct400339c     Document Type: Article

References (52)

1. Siegbahn, P. E. M.; Borowski, T. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 729-738
2. Siegbahn, P. E. M.; Himo, F. J. Biol. Inorg. Chem. 2009, 14, 643-651
3. Siegbahn, P. E. M.; Himo, F. WIREs Comput. Mol. Sci. 2011, 1, 323-336
4. Ramos, M. J.; Fernades, P. A. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 689-698
5. Lonsdale, R.; Ranaghan, K. E.; Mulholland, A. J. Chem. Commun. 2010, 46, 2354-2372
6. Lin, H.; Truhlar, D. G. Theor. Chem. Acc. 2007, 117, 185-199
7. Senn, H. M.; Thiel, W. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 1198-1229
8. Ryde, U. In Computational Inorganic and Bioinorganic Chemistry; Solomon, E. I.; King, R. B.; Scott, R. A., Eds.; J. Wiley, Sons, Ltd.: Chichester, U.K., 2009; pp 33-42.
9. Ryde, U.; Nilsson, K. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14232-14233
10. Siegbahn, P. E. M.; Blomberg, M. R. A.; Chen, S.-L. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2040-2044
11. Grimme, S. WIREs Comput. Mol. Sci. 2011, 1, 211-228
12. Li, J.-L.; Mata, R. A.; Ryde, U. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 1799-1807
13. Sevastik, R.; Himo, F. Bioorg. Chem. 2007, 35, 444-457
14. Hopmann, K. H.; Himo, F. J. Chem. Theor. Comp. 2008, 4, 1129-1137
15. Georgieva, P.; Himo, F. J. Comput. Chem. 2010, 31, 1707-1714
16. Hu, L.; Eliasson, J.; Heimdal, J.; Ryde, U. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 11793-11800
17. Hu, L.; Söderhjelm, P.; Ryde, U. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 640-649
18. Hu, H.; Yang, W. Annu. Rev. Phys. Chem. 2008, 59, 573-601
19. Rod, T. H.; Ryde, U. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 1240-1251
20. Liao, R.-Z.; Yu, G.; Himo, F. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1494-1501
21. Sumowski, C. V.; Ochsenfeld, C. J. Phys. Chem. A. 2009, 113, 11734-11741
22. Hu, L.; Söderhjelm, P.; Ryde, U. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 761-777
23. Tian, B.; Strid, Å; Eriksson, L. A. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 1918-1926
24. Sumowski, C. V.; Schmitt, B. B. T.; Schweizer, S.; Ochsenfeld, C. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 9951-9955
25. Flaig, D.; Beer, M.; Ochsenfeld, C. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2260-2271
26. Kaukonen, M.; Söderhjelm, P.; Heimdal, J.; Ryde, U. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 985-1001
27. Kaukonen, M.; Söderhjelm, P.; Heimdal, J.; Ryde, U. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 12537-12548
28. Genheden, S.; Ryde, U. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 1449-1458
29. Liao, R.-Z.; Thiel, W. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 3793-3803
30. Söderhjelm, P.; Ryde, U. J. Mol. Struct. Theochem 2006, 770, 199-219
31. Volbeda, A.; Montet, Y.; Vernède, X.; Hatchikian, E. C.; Fontecilla-Camps, J. C. Intern. J. Hydrogen Energy 2002, 27, 1449-1461
32. Ryde, U. J. Comput.-Aided Mol. Design 1996, 10, 153-164
33. Ryde, U.; Olsson, M. H. M. Int. J. Quantum Chem. 2001, 81, 335-347
34. Reuter, N. I.; Dejaegere, A.; Maigret, B.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 2000, 104, 1720-1735
35. Svensson, M.; Humbel, S.; Froese, R. D. J.; Matsubara, T.; Sieber, S.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 19357-19363
36. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossvary, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Kollman, P. A. Amber 10; University of California: San Francisco, 2008.
37. Cornell, W. D.; Cieplak, P. I.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197
38. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049-1074
39. Treutler, O.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1995, 102, 346-354
40. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098-3100
41. Perdew, J. P. Phys. Rev. B 1986, 33, 8822-8824
42. Weigend, F.; Ahlrichs, R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3297-3305
43. Eichkorn, K.; Treutler, O.; Öhm, H.; Häser, M.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1995, 240, 283-290
44. Eichkorn, K.; Weigend, F.; Treutler, O.; Ahlrichs, R. Theor. Chem. Acc. 1997, 97, 119-126
45. Klamt, A.; Schüürmann, J. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1993, 5, 799-805
46. Schäfer, A.; Klamt, A.; Sattel, D.; Lohrenz, J. C. W.; Eckert, F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 2187-2193
47. Klamt, A.; Jonas, V.; Bürger, T.; Lohrenz, J. C. W. J. Phys. Chem. 1998, 102, 5074-5085
48. Sigfridsson, E.; Ryde, U. J. Comput. Chem. 1998, 19, 377-395
49. Nilsson Lill, S. O.; Siegbahn, P. E. M. Biochemistry 2009, 48, 577-590
50. Siegbahn, P. E. M. Chem. Phys. Chem. 2011, 12, 3274-3280
51. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1463
52. Pelmenschikov, V.; Blomberg, M. R. A.; Siegbahn, P. E. M. J. Biol. Inorg. Chem. 2002, 7, 284-298