Large density-functional and basis-set effects for the DMSO reductase catalyzed oxo-transfer reaction

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 3, 2013, Pages 1799-1807

  Li, Ji Lai ^a,b   Mata, Ricardo A ^c   Ryde, Ulf ^a  

^a LUND UNIVERSITY   (Sweden)

^b JILIN UNIVERSITY   (China)

^c UNIVERSITY OF GÖTTINGEN   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84962450079     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct301094r     Document Type: Article

References (74)

1. Enemark, J. H.; Cooney, J. J.; Wang, J. J.; Holm, R. H. Chem. Rev. 2004, 104, 1175
2. Hille, R. Chem. Rev. 1996, 96, 2757
3. Metz, S.; Thiel, W. Coord. Chem. Rev. 2011, 255, 1085
4. Holm, R. H.; Solomon, E. I.; Majumdar, A.; Tenderholt, A. Coord. Chem. Rev. 2011, 255, 993
5. Li, H. K.; Temple, C.; Rajagopalan, K. V.; Schindelin, H. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 7673
6. McAlpine, A. S.; McEwan, A. G.; Bailey, S. J. Mol. Biol. 1998, 275, 613
7. Webster, C. E.; Hall, M. B. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5820
8. Lim, B. S.; Sung, K. M.; Holm, R. H. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 7410
9. Mohr, M.; McNamara, J. P.; Wang, H.; Rajeev, S. A.; Ge, J.; Morgado, C. A.; Hillier, I. H. Faraday Discuss. 2003, 124, 413
10. Thapper, A.; Deeth, R. J.; Nordlander, E. Inorg. Chem. 2002, 41, 6695
11. McNamara, J. P.; Hillier, I. H.; Bhachu, T. S.; Garner, C. D. Dalton Trans. 2005, 3572
12. McNamara, J. P.; Joule, J. A.; Hillier, I. H.; Garner, C. D. Chem. Commun. 2005, 177
13. Hernandez-Marin, E.; Ziegler, T. Can. J. Chem. 2010, 88, 683
14. Tenderholt, A. L.; Wang, J. J.; Szilagyi, R. K.; Holm, R. H.; Hodgson, K. O.; Hedman, B.; Solomon, E. I. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 8359
15. Tenderholt, A. L.; Hodgson, K. O.; Hedman, B.; Holm, R. H.; Solomon, E. I. Inorg. Chem. 2012, 51, 3436
16. Sung, K. M.; Holm, R. H. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 4312
17. Hofmann, M. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2006, 773, 59
18. Hofmann, M. Inorg. Chem. 2008, 47, 5546
19. Siegbahn, P. E.; Borowski, T. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 729
20. TURBOMOLE, V6.3 2011; University of Karlsruhe and Forschungszentrum Karlsruhe GmbH: Karlsruhe, Germany, 1989-2007; TURBOMOLE GmbH: Karlsruhe, Germany, 2007. Available from http://www.turbomole.com.
21. Neese, F. ORCA, version 2.8; Bonn University: Bonn, Germany, 2010.
22. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648
23. Kim, K.; Jordan, K. D. J. Phys. Chem. 1994, 98, 10089
24. Senn, H. M.; Thiel, W. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 1198
25. Siegbahn, P. E. M.; Himo, F. WIREs Comput. Mol. Sci. 2011, 1, 323
26. Weigend, F.; Ahlrichs, R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3297
27. Neese, F.; Wennmohs, F.; Hansen, A.; Becker, U. Chem. Phys. 2009, 356, 98
28. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1787
29. Lenthe, E. v.; Baerends, E. J.; Snijders, J. G. J. Chem. Phys. 1993, 99
30. van Wullen, C. J. Chem. Phys. 1998, 109, 392
31. Klamt, A.; Schüürmann, G. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1993, 2, 799
32. Cossi, M.; Tomasi, J.; Cammi, R. Int. J. Quantum Chem. 1995, 56, 695
33. Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1981, 55, 117
34. Tomasi, J.; Mennucci, B.; Cammi, R. Chem. Rev. 2005, 105, 2999
35. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision E.01; Gaussian Inc.: Wallingford CT, 2004.
36. Ryde, U.; Mata, R. A.; Grimme, S. Dalton Trans. 2011, 40, 11176
37. Tao, J.; Perdew, J. P.; Staroverov, V. N.; Scuseria, G. E. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 146401
38. Perdew, J. P. Phys. Rev. B 1986, 33, 8822
39. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785
40. Staroverov, V. N.; Scuseria, G. E.; Tao, J. M.; Perdew, J. P. J. Chem. Phys. 2003, 119, 12129
41. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865
42. Perdew, J. P.; Emzerhof, M.; Burke, K. J. Chem. Phys. 1996, 105, 9982
43. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1372
44. Andrae, D.; Haeussermann, U.; Dolg, H. S.; Preuss, H. Theor. Chim. Acta 1990, 77, 123
45. Hampel, C.; Werner, H.-J. J. Chem. Phys. 1996, 104, 6286
46. Werner, H. J.; Schutz, M. J. Chem. Phys. 2011, 135, 144116
47. Werner, H. J.; Knowles, P. J.; Knizia, G.; Manby, F. R.; Schütz, M.; Celani, P.; Korona, T.; Lindh, R.; Mitrushenkov, A.; Rauhut, G.; Shamasundar, K. R.; Adler, T. B.; Amos, R. D.; Bernhardsson, A.; Berning, A.; Cooper, D. L.; Deegan, M. J. O.; Dobbyn, A. J.; Eckert, F.; Goll, E.; Hampel, C.; Hesselmann, A.; Hetzer, G.; Hrenar, T.; Jansen, G.; Köppl, C.; Liu, Y.; Lloyd, A. W.; Mata, R. A.; May, A. J.; McNicholas, S. J.; Meyer, W.; Mura, M. E.; Nicklass, A.; O'Neill, D. P.; Palmieri, P.; Pflüger, K.; Pitzer, R.; Reiher, M.; Shiozaki, T.; Stoll, H.; Stone, A. J.; Tarroni, R.; Thorsteinsson, T.; Wang, M.; Wolf, A. MOLPRO, version 2010.1; Cardiff University: Cardiff, U. K.; Universität Stuttgart: Stuttgart, Germany, 2010.
48. Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007
49. Peterson, K. A.; Figgen, D.; Dolg, M.; Stoll, H. J. Chem. Phys. 2007, 126, 124101
50. Kendall, R. A.; Dunning, T. H.; Harrison, R. J. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796
51. Mata, R. A.; Werner, H. J. J. Chem. Phys. 2006, 125, 184110
52. Schutz, M.; Werner, H. J.; Lindh, R.; Manby, F. R. J. Chem. Phys. 2004, 121, 737
53. Werner, H.-J.; Manby, F. R.; Knowles, P. J. J. Chem. Phys. 2003, 118, 8149
54. Polly, R.; Werner, H. J.; Manby, F. R.; Knowles, P. J. Mol. Phys. 2004, 102, 2311
55. Weigend, F. J. Comput. Chem. 2008, 29, 167
56. Weigend, F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 4285
57. Hellweg, A.; Hattig, C.; Hofener, S.; Klopper, W. Theor. Chem. Acc. 2007, 117, 587
58. Weigend, F.; Kohn, A.; Hattig, C. J. Chem. Phys. 2002, 116, 3175
59. Pipek, J.; Mezey, P. G. J. Chem. Phys. 1989, 90, 4916
60. Mata, R. A.; Werner, H. J. Mol. Phys. 2007, 105, 2753
61. Kaupp, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 546
62. Irudayam, S. J.; Henchman, R. H. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 5871
63. Dunitz, J. D. Science 1994, 264, 670
64. Rulisek, L.; Jensen, K. P.; Lundgren, K.; Ryde, U. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1398
65. George, G. N.; Hilton, J.; Rajagopalan, K. V. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 1113
66. Heimdal, J.; Kaukonen, M.; Srnec, M.; Rulisek, L.; Ryde, U. ChemPhysChem 2011, 12, 3337
67. Jensen, K. P.; Ryde, U. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 7539
68. Claeyssens, F.; Harvey, J. N.; Manby, F. R.; Mata, R. A.; Mulholland, A. J.; Ranaghan, K. E.; Schutz, M.; Thiel, S.; Thiel, W.; Werner, H. J. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 6856
69. Mata, R. A.; Werner, H. J.; Thiel, S.; Thiel, W. J. Chem. Phys. 2008, 128, 025104
70. Dieterich, J. M.; Werner, H. J.; Mata, R. A.; Metz, S.; Thiel, W. J. Chem. Phys. 2010, 132, 035101
71. Ilich, P.; Hille, R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6796
72. Cobb, N.; Conrads, T.; Hille, R. J. Biol. Chem. 2005, 280, 11007
73. Reiher, M.; Salomon, O.; Hess, B. A. Theor. Chem. Acc. 2001, 107, 48
74. Bray, R. C.; Adams, B.; Smith, A. T.; Richards, R. L.; Lowe, D. J.; Bailey, S. Biochemistry 2001, 40, 9810