Structure, strain, and reorganization energy of blue copper models in the protein

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 81, Issue 5, 2001, Pages 335-347

  Ryde, Ulf ^a   Olsson, Mats H M ^a  

^a LUND UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CALCULATIONS; COORDINATION REACTIONS; ELECTROSTATICS; HYDROGEN BONDS; IONS; MECHANICAL PROPERTIES; MOLECULAR STRUCTURE; OXIDATION; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; PROTEINS; QUANTUM THEORY; VACUUM APPLICATIONS;

BLUE COPPER PROTEINS; COMBINED DENSITY FUNCTIONAL; ENTACTIC STATE THEORY; INNER SPHERE SELF EXCHANGE REORGANIZATION ENERGY; METALLOPROTEINS; MOLECULAR MECHANICAL METHODS; QUANTUM CHEMICAL VACUUM CALCULATIONS;

COPPER;

EID: 0035252132     PISSN: 00207608     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/1097-461X(2001)81:5<335::AID-QUA1003>3.0.CO;2-Q     Document Type: Article

References (64)

1. Sykes, A. G. Adv Inorg Chem 1990, 36, 377-408.
2. Adman, T. Adv Prot Chem 1991, 42, 145-197.
3. Messerschmidt, A. Struct Bond 1998, 90, 37-68.
4. Guss, J. M.; Bartunik, H. D.; Freeman, H. C. Acta Cryst B 1992, 48, 790-807.
5. Gray, H. B.; Williams, R. J. P.; Malmström, B. G. J Biol Inorg Chem 2000, 5, 551-559.
6. Pierloot, K.; De Kerpel, J. O. A.; Ryde, U.; Roos, B. O. J Am Chem Soc 1997, 119, 218-226.
7. Olsson, M. H. M.; Ryde, U.; Roos, B. O.; Pierloot, K. J Biol Inorg Chem 1998, 3, 109-125.
8. Shepard, W. E. B.; Anderson, B. F.; Lewandoski, D. A.; Norris, G. E.; Baker, E. N. J Am Chem Soc 1990, 112, 7817-7819.
9. Marcus, R. A.; Sutin, N. Biochim Biophys Acta 1985, 811, 265-322.
10. Vallee, B. L.; Williams, R. J. P. Proc Nat Acad Sci USA 1968, 59, 498-505.
11. Williams, R. J. P. Eur J Biochem 1995, 234, 363-381.
12. Gray, H. B.; Malmström, B. G. Comments Inorg Chem 1983, 2, 203-209.
13. Malmström, B. G. Eur J Biochem 1994, 223, 711-718.
14. Guckert, J. A.; Lowery, M. D.; Solomon, E. I. J Am Chem Soc 1995, 117, 2817-2844.
15. Ryde, U.; Olsson, M. H. M.; Pierloot, K.; Roos, B. O. J Mol Biol 1996, 261, 586-596.
16. De Kerpel, J. O. A.; Pierloot, K.; Ryde, U.; Roos, B. O. J Phys Chem B 1998, 102, 4638-4647.
17. Solomon, E. I.; Penfield, K. W.; Gewirth, A. A.; Lowery, M. D.; Shadle, S. E.; Guckert, J. A.; Lacroix, L. B. Inorg Chim Acta 1996, 243, 67-78.
18. Penfield, K. W.; Gewirth, A. A.; Solomon, E. I. J Am Chem Soc 1985, 107, 4519-4529.
19. Gewirth, A. A.; Solomon, E. I. J Am Chem Soc 1988, 110, 3811-3819.
20. Larsson, S.; Broo, A.; Sjölin, L. J Phys Chem 1995, 99, 4860-4865.
21. LaCroix, L. B.; Shadle, S. E.; Wang, Y.; Averill, B. A.; Hedman, B.; Hodgson, K. O.; Solomon, E. I. J Am Chem Soc 1996, 118, 7755-7768.
22. LaCroix, L. B.; Randall, D. W.; Nersissian, A. M.; Hoitink, C. W. G.; Canters, G. W.; Valentine, J. S.; Solomon, E. I. J Am Chem Soc 1998, 120, 9621-9631.
23. Gewirth, A. A.; Cohen, S. L.; Schugar, H. J.; Solomon, E. I. Inorg Chem 1987, 26, 1133-1146.
24. Pierloot, K.; De Kerpel, J. O. A.; Ryde, U.; Olsson, M. H. M.; Roos, B. O. J Am Chem Soc 1998, 120, 13156-13166.
25. Olsson, M. H. M.; Ryde, U.; Roos, B. O. Prot Sci 1998, 7, 2659-2668.
26. Olsson, M. H. M.; Ryde, U. J Biol Inorg Chem 1999, 4, 654-663.
27. Ryde, U.; Olsson, M. H. M.; Roos, B. O.; De Kerpel, J. O. A.; Pierloot, K. J Biol Inorg Chem 2000, 5, 565-574.
28. Ryde, U.; Olsson, M. H. M.; Pierloot, K. In Theoretical Biochemistry, Processes and Properties of Biological Systems; Eriksson, L., Ed.; Elsevier: New York, 2000.
29. Malmström, B. G.; Leckner, J. Curr Op Chem Biol 1998, 2, 286-292.
30. Holm, R. H.; Kennepohl, P.; Solomon, E. I. Chem Rev 1996, 96, 2239-2314.
31. Warshel, A.; Karplus, M. J Am Chem Soc 1972, 94, 5612.
32. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J Comput Chem 1986, 7, 718.
33. Ryde, U. J Comp-Aided Mol Design 1996, 10, 153-164.
34. Eurenius, K. P.; Chatfield, D. C.; Brooks, B. R. Int J Quantum Chem 1996, 60, 1189.
35. Svensson, M.; Humbel, S.; Froese, R. D. J.; Matsubara, T.; Sieber, S.; Morokuma, K. J Phys Chem 1996, 100, 19357.
36. Treutler, D.; Ahlrichs, R. J Chem Phys 1995, 102, 346.
37. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham III, T. E.; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Growley, M.; Ferguson, D. M.; Radmer, R. J.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. Amber 5, University of California, San Francisco, 1997.
38. Maseras, F.; Morokuma, K. J Comput Chem 1995, 16, 1170.
39. Besler, B. H.; Merz, K. M.; Kollman, P. A. J Comput Chem 1990, 11, 431.
40. Sigfridsson, E.; Ryde, U. J Comput Chem 1998, 19, 377-395.
41. Hertwig, R. H.; Koch, W. Chem Phys Lett 1997, 268, 345-351.
42. Schäfer, A.; Huber, C.; Ahlrichs, R. J Chem Phys 1994, 100, 5829.
43. Hehre, W. J.; Radom, L.; Schleyer, P. v. R.; Pople, J. A. In Ab Initio Molecular Orbital Theory; Wiley-Interscience: New York, 1986.
44. Olsson, M. H. M.; Ryde, U.; Carlos Borin, A; Roos, B. O. Theor Chem Acc 2001, in press.
45. Bartolotti, L. J.; Pedersen, L. G.; Charifson, P. S. J Comput Chem 1991, 12, 1125.
46. Guss, J. M.; Bartunik, H. D.; Freeman, H. C. Acta Crystallogr B 1992, 48, 790.
47. Guss, J. M.; Harrowell, P. R.; Murata, M.; Norris, V. A.; Freeman, H. C. J Mol Biol 1986, 192, 361.
48. Adman, E. T.; Godden, J. W.; Turley, S. J Biol Chem 1995, 270, 27458.
49. Guss, J. M.; Merritt, E. A.; Phizackerley, R. P.; Freeman, H. C. J Mol Biol 1996, 262, 686.
50. Nar, H.; Messerschmidt, A.; Huber, R.; van de Kamp, M.; Canters, G. W. J Mol Biol 1991, 218, 427.
51. De Kerpel, J. O. A.; Pierloot, K.; Ryde, U. J Phys Chem B 1999, 103, 8375-8382.
52. De Kerpel, J. O. A.; Ryde, U. Prot Struct Funct Genet 1999, 36, 157-174.
53. Cheung, K.-C.; Strange, R. W.; Hasnain, S. S. Acta Crystallogr D 2000, 56, 697-704.
54. Ryde, U.; Hemmingsen, L. J Biol Inorg Chem 1997, 2, 567-579.
55. Ryde, U. Protein Sci 1995, 4, 1124-1132.
56. Ryde, U. Eur J Biophys 1996, 24, 213-221.
57. Sigfridsson, E.; Olsson, M. H. M.; Ryde, U. Inorg Chem, submitted.
58. Warshel, A. In Computer Modelling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions; Wiley: New York, 1991; pp. 209-211.
59. Farver, O.; Jeuken, L. J. C.; Canters, G. W.; Pecht, I. Eur J Biochem 2000, 267, 3123-3129.
60. Zhang, Y.; Liu, H.; Yang, W. J Chem Phys 2000, 112, 3483.
61. Di Bilio, A. J.; Hill, M. G.; Bonander, N.; Karlsson, B. G.; Villahermosa, R. M.; Malmström, B. G.; Gray, H. B. J Am Chem Soc 1997, 119, 9921.
62. Soriano, G. M.; Cramer, W. A.; Krishtalik, L. I. Biopys J 1997, 73, 265.
63. Muegge, I.; Qi, P. X.; Wand, A. J.; Chu, Z. T.; Warshel, A. J Phys Chem B 1997, 101, 825.
64. Kuhn, B.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 2000, 122, 2586.