NMR-based metabolomics coupled with pattern recognition methods in biomarker discovery and disease diagnosis

Magnetic Resonance in Chemistry

Volumn 51, Issue 9, 2013, Pages 549-556

  Zhang, Ai Hua ^a   Sun, Hui ^a   Qiu, Shi ^a   Wang, Xi Jun ^a  

^a HEILONGJIANG UNIVERSITY OF CHINESE MEDICINE   (China)

Author keywords

disease diagnosis; metabolite; metabolomics; multivariate analysis; nuclear magnetic resonance; pattern recognition method

Indexed keywords

BIOMARKERS; BIOMOLECULES; CLINICAL RESEARCH; DIAGNOSIS; DISEASE CONTROL; METABOLITES; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PATTERN RECOGNITION;

BIO-MARKER DISCOVERY; BIOCHEMICAL CHANGES; CHEMICAL DIVERSITY; CHEMICAL DYNAMICS; DISEASE DIAGNOSIS; DISEASE PROCESS; METABOLOMICS; MOLECULAR BIOMARKER; MULTI VARIATE ANALYSIS; PATTERN RECOGNITION METHOD;

MULTIVARIANT ANALYSIS;

BIOLOGICAL MARKER;

ARTICLE; AUTOMATED PATTERN RECOGNITION; DIAGNOSIS; HUMAN; METABOLISM; METABOLITE; METABOLOMICS; METHODOLOGY; MOLECULAR PATHOLOGY; MULTIVARIATE ANALYSIS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PATTERN RECOGNITION METHOD;

DISEASE DIAGNOSIS; METABOLITE; METABOLOMICS; MULTIVARIATE ANALYSIS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PATTERN RECOGNITION METHOD;

BIOLOGICAL MARKERS; HUMANS; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; METABOLOMICS; PATHOLOGY, MOLECULAR; PATTERN RECOGNITION, AUTOMATED;

EID: 84881475400     PISSN: 07491581     EISSN: 1097458X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/mrc.3985     Document Type: Article

References (70)

1. J. K. Nicholson, J. C. Lindon,. Nature 2008, 455, 1054-1056.
2. X. Wang, A. Zhang, Y. Han, P. Wang, H. Sun, G. Song, T. Dong, Y. Yuan, X. Yuan, M. Zhang, N. Xie, H. Zhang, H. Dong, W. Dong,. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11 (8), 370-80.
3. X. Wang, A. Zhang, H. Sun,. Hepatology 2013, 57 (5), 2072-7.
4. H. Sun, A. Zhang, G. Yan, C. Piao, W. Li, C. Sun, X. Wu, X. Li, Y. Chen, X. Wang,. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12 (3), 710-9.
5. M. Yuan, S. B. Breitkopf, X. Yang, J. M. Asara,. Nat. Protoc. 2012, 7, 872-881.
6. R. M. Salek, M. R. Pears, J. D. Cooper, H. M. Mitchison, D. A. Pearce, R. J. Mortishire-Smith, J. L. Griffin,. J. Biomol. NMR 2011, 49 (3-4), 175-84.
7. T. Bezabeh, R. L. Somorjai, I. C. Smith,. Magn. Reson. Chem. 2009, 47 (Suppl 1), S54-61.
8. C. Ludwig, D. G. Ward, A. Martin, M. R. Viant, T. Ismail, P. J. Johnson, M. J. Wakelam, U. L. Günther,. Magn. Reson. Chem. 2009, 47 (Suppl 1), S68-73.
9. A. J. Sinclair, M. R. Viant, A. K. Ball, M. A. Burdon, E. A. Walker, P. M. Stewart, S. Rauz, S. P. Young,. NMR Biomed. 2010, 23 (2), 123-32.
10. N. W. Lutz, P. J. Cozzone,. Curr. Pharm. Biotechnol. 2011, 12 (7), 1016-25.
11. M. Mayr, S. Yusuf, G. Weir, Y. L. Chung, U. Mayr, X. Yin, C. Ladroue, B. Madhu, N. Roberts, A. De Souza, S. Fredericks, M. Stubbs, J. R. Griffiths, M. Jahangiri, Q. Xu, A. J. Camm,. J. Am. Coll. Cardiol. 2008, 51 (5), 585-94.
12. A. D. Maher, J. C. Lindon, J. K. Nicholson,. Future Med. Chem. 2009, 1 (4), 737-47.
13. M. Coen, E. Holmes, J. C. Lindon, J. K. Nicholson,. Chem. Res. Toxicol. 2008, 21 (1), 9-27.
14. A. P. Danielsson, T. Moritz, H. Mulder, P. Spégel,. Anal. Biochem. 2010, 404 (1), 30-9.
15. J. M. Kinross, N. Alkhamesi, R. H. Barton, D. B. Silk, I. K. Yap, A. W. Darzi, E. Holmes, J. K. Nicholson,. J. Proteome Res. 2011, 10 (1), 277-87.
16. O. F. Bathe, R. Shaykhutdinov, K. Kopciuk, A. M. Weljie, A. McKay, F. R. Sutherland, E. Dixon, N. Dunse, D. Sotiropoulos, H. J. Vogel,. Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 2011, 20 (1), 140-7.
17. B. Ross, T. Tran, P. Bhattacharya, D. M. Watterson, N. Sailasuta,. Curr. Top. Med. Chem. 2011, 11 (1), 93-114.
18. P. Sandusky, E. Appiah-Amponsah, D. Raftery,. J. Biomol. NMR 2011, 49 (3-4), 281-90.
19. D. I. Ellis, W. B. Dunn, J. L. Griffin, J. W. Allwood, R. Goodacre,. Pharmacogenomics 2007, 8 (9), 1243-66.
20. J. L. Griffin,. Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7 (5), 648-54.
21. C. M. Slupsky, K. N. Rankin, J. Wagner, H. Fu, D. Chang, A. M. Weljie, E. J. Saude, B. Lix, D. J. Adamko, S. Shah, R. Greiner, B. D. Sykes, T. J. Marrie,. Anal. Chem. 2007, 79 (18), 6995-7004.
22. J. H. Grimes, T. M. O'Connell,. J. Biomol. NMR 2011, 49 (3-4), 297-305.
23. A. Zhang, H. Sun, P. Wang, Y. Han, X. Wang,. J. Proteomics 2012, 75 (4), 1079-88.
24. B. Martínez-Granados, J. M. Morales, J. M. Rodrigo, J. Del Olmo, M. A. Serra, A. Ferrández, B. Celda, D. Monleõn,. Int. J. Mol. Med. 2011, 27 (1), 111-7.
25. S. Tiziani, V. Lopes, UL Günther, Neoplasia 2009, 11 (3), 269-76., 4p following 269
26. T. Pluskal, T. Nakamura, A. Villar-Briones, M. Yanagida,. Mol. Biosyst. 2010, 6, 182-198.
27. T. A. Clayton, J. C. Lindon, O. Cloarec, H. Antti, C. Charuel, G. Hanton, J. P. Provost, J. L. Le Net, D. Baker, R. J. Walley, J. R. Everett, J. K. Nicholson,. Nature 2006, 440, 1073-1077.
28. N. R. Patel, M. J. McPhail, M. I. Shariff, H. C. Keun, S. D. Taylor-Robinson,. Expert Rev. Gastroenterol. Hepatol. 2012, 6 (2), 239-51.
29. A. Zhang, H. Sun, Y. Han, G. Yan, X. Wang,. PLoS One 2013, 8 (5), e64381.
30. S. M. Kohl, M. S. Klein, J. Hochrein, P. J. Oefner, R. Spang, W. Gronwald,. Metabolomics 2012, 8 (Suppl 1), 146-160.
31. A. M. Goodpaster, L. E. Romick-Rosendale, M. A. Kennedy,. Anal. Biochem. 2010, 401 (1), 134-43.
32. D. S. Wishart, D. Tzur, C. Knox, R. Eisner, A. C. Guo, N. Young, D. Cheng, K. Jewell, D. Arndt, S. Sawhney, C. Fung, L. Nikolai, M. Lewis, M. A. Coutouly, I. Forsythe, P. Tang, S. Shrivastava, K. Jeroncic, P. Stothard, G. Amegbey, D. Block, D. D. Hau, J. Wagner, J. Miniaci, M. Clements, M. Gebremedhin, N. Guo, Y. Zhang, G. E. Duggan, G. D. Macinnis, A. M. Weljie, R. Dowlatabadi, F. Bamforth, D. Clive, R. Greiner, L. Li, T. Marrie, B. D. Sykes, H. J. Vogel, L. Querengesser,. Nucleic Acids Res. 2007, 35 (Database issue), D521-6.
33. H. Wang, C. Ma, L. Ma, Z. Du, H. Wang, H. Ye, G. Li, B. Liu, G. Xu,. Planta Med. 2009, 75, 1625-1633.
34. G. A. Gowda, N. Shanaiah, D. Raftery,. Adv. Exp. Med. Biol. 2012, 992, 147-64.
35. G. S. Catchpole, M. Beckmann, D. P. Enot, M. Mondhe, B. Zywicki, J. Taylor, N. Hardy, A. Smith, R. D. King, D. B. Kell, O. Fiehn, J. Draper,. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 102, 14458-14462.
36. A. Zhang, H. Sun, X. Wang,. Obes. Rev. 2012. doi: 10.1111/obr.12011.
37. L. C. Heather, X. Wang, J. A. West, J. L. Griffin,. J. Mol. Cell. Cardiol. 2013, 55, 2-11.
38. A. Zhang, H. Sun, P. Wang, Y. Han, X. Wang,. Complement. Ther. Med. 2012, 20 (1-2), 93-9.
39. P. Baur, F. P. Martin, L. Gruber, N. Bosco, V. Brahmbhatt, S. Collino, P. Guy, I. Montoliu, J. Rozman, M. Klingenspor, I. Tavazzi, A. Thorimbert, S. Rezzi, S. Kochhar, J. Benyacoub, G. Kollias, D. Haller,. J. Proteome Res. 2011, 10 (12), 5523-35.
40. H. Zhang, J. Jia, J. Cheng, F. Ye, X. Li, H. Gao,. Mol. Biosyst. 2012, 8 (2), 595-601.
41. K. Fukuhara, A. Ohno, Y. Ota, Y. Senoo, K. Maekawa, H. Okuda, M. Kurihara, A. Okuno, S. Niida, Y. Saito, O. Takikawa,. J Clin Biochem Nutr 2013, 52 (2), 133-8.
42. R. M. Salek, J. Xia, A. Innes, B. C. Sweatman, R. Adalbert, S. Randle, E. McGowan, P. C. Emson, J. L. Griffin,. Neurochem. Int. 2010, 56 (8), 937-47.
43. V. W. Davis, D. E. Schiller, D. Eurich, O. F. Bathe, M. B. Sawyer, Ann. Surg. Oncol. 2012, 1-9. [Epub ahead of print]
44. C. Napoli, N. Sperandio, R. T. Lawlor, A. Scarpa, H. Molinari, M. Assfalg,. J. Proteome Res. 2012, 11 (2), 1274-83.
45. N. S. Stephens, J. Siffledeen, X. Su, T. B. Murdoch, R. N. Fedorak, C. M. Slupsky,. J. Crohns Colitis 2013, 7 (2), e42-8.
46. R. Schicho, R. Shaykhutdinov, J. Ngo, A. Nazyrova, C. Schneider, R. Panaccione, G. G. Kaplan, H. J. Vogel, M. Storr, J. Proteome Res. 2012, 11 (6): 3344-3357. [Epub ahead of print]
47. T. Hügle, H. Kovacs, I. A. Heijnen, T. Daikeler, U. Baisch, J. M. Hicks, V. Valderrabano,. Clin. Exp. Rheumatol. 2012, 30 (2), 240-5.
48. M. B. Lauridsen, H. Bliddal, R. Christensen, B. Danneskiold- Samsøe, R. Bennett, H. Keun, J. C. Lindon, J. K. Nicholson, M. H. Dorff, J. W. Jaroszewski, S. H. Hansen, C. Cornett,. J. Proteome Res. 2010, 9 (9), 4545-53.
49. P. Nahon, R. Amathieu, M. N. Triba, N. Bouchemal, J. C. Nault, M. Ziol, O. Seror, G. Dhonneur, J. C. Trinchet, M. Beaugrand, L. Le Moyec,. Clin. Cancer Res. 2012, 18 (24), 6714-22.
50. A. Hasim, H. Ma, B. Mamtimin, A. Abudula, M. Niyaz, L. W. Zhang, J. Anwer, I. Sheyhidin,. Mol. Biol. Rep. 2012, 39 (9), 8955-64.
51. M. Cao, L. Zhao, H. Chen, W. Xue, D. Lin,. Anal. Sci. 2012, 28 (5), 451-6.
52. H. Gao, B. Dong, J. Jia, H. Zhu, C. Diao, Z. Yan, Y. Huang, X. Li,. J. Cancer Res. Clin. Oncol. 2012, 138 (5), 753-61.
53. I. Bertini, S. Cacciatore, B. V. Jensen, J. V. Schou, J. S. Johansen, M. Kruhøffer, C. Luchinat, D. L. Nielsen, P. Turano,. Cancer Res. 2012, 72 (1), 356-64.
54. C. M. Rocha, J. Carrola, A. S. Barros, A. M. Gil, B. J. Goodfellow, I. M. Carreira, J. Bernardo, A. Gomes, V. Sousa, L. Carvalho, I. F. Duarte,. J. Proteome Res. 2011, 10 (9), 4314-24.
55. J. Carrola, C. M. Rocha, A. S. Barros, A. M. Gil, B. J. Goodfellow, I. M. Carreira, J. Bernardo, A. Gomes, V. Sousa, L. Carvalho, I. F. Duarte,. J. Proteome Res. 2011, 10 (1), 221-30.
56. J. Jung, S. H. Kim, H. S. Lee, G. S. Choi, Y. S. Jung, D. H. Ryu, H. S. Park, G. S. Hwang,. Clin. Exp. Allergy 2013, 43 (4), 425-33.
57. J. Y. Jung, I. Y. Kim, Y. N. Kim, J. S. Kim, J. H. Shin, Z. H. Jang, H. S. Lee, G. S. Hwang, J. K. Seong,. BMB Rep. 2012, 45 (7), 419-24.
58. X. Ouyang, Y. Dai, J. L. Wen, L. X. Wang,. Lupus 2011, 20 (13), 1411-20.
59. J. B. Nikas, W. C. Low,. Am J Transl Res 2011, 3 (2), 180-96.
60. L. C. Zhao, X. D. Zhang, S. X. Liao, H. C. Gao, H. Y. Wang, D. H. Lin,. J. Biomed. Biotechnol. 2010, 2010, 431894.
61. H. Blasco, P. Corcia, C. Moreau, S. Veau, C. Fournier, P. Vourc'h, P. Emond, P. Gordon, P. F. Pradat, J. Praline, D. Devos, L. Nadal-Desbarats, C. R. Andres,. PLoS One 2010, 5 (10), e13223.
62. J. L. McClay, D. E. Adkins, N. G. Isern, T. M. O'Connell, J. B. Wooten, B. K. Zedler, M. S. Dasika, B. T. Webb, B. J. Webb-Robertson, J. G. Pounds, E. L. Murrelle, M. F. Leppert, E. J. van den Oord,. J. Proteome Res. 2010, 9 (6), 3083-90.
63. M. M. Godoy, E. P. Lopes, R. O. Silva, F. Hallwass, L. C. Koury, I. M. Moura, S. M. Gonçalves, A. M. Simas,. J. Viral Hepat. 2010, 17 (12), 854-8.
64. X. Wang, A. Zhang, P. Wang, H. Sun, G. Wu, W. Sun, H. Lv, G. Jiao, H. Xu, Y. Yuan, L. Liu, D. Zou, Z. Wu, Y. Han, G. Yan, W. Dong, F. Wu, T. Dong, Y. Yu, S. Zhang, X. Wu, X. Tong, X. Meng,. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12 (5), 1226-38.
65. A. Zhang, H. Sun, G. Yan, Y. Han, Y. Ye, X. Wang,. Clin. Chim. Acta 2013, 418, 86-90.
66. A. Zhang, H. Sun, S. Dou, W. Sun, X. Wu, P. Wang, X. Wang,. Analyst 2013, 138 (1), 353-61.
67. A. H. Zhang, H. Sun, S. Qiu, X. J. Wang,. Clin. Chim. Acta 2013, 424C, 3-7.
68. A. H. Zhang, H. Sun, G. L. Yan, Y. Han, X. J. Wang,. Appl. Biochem. Biotechnol. 2013, 170 (4), 774-86.
69. X. Wang, A. Zhang, H. Sun,. OMICS 2012, 16 (7-8), 414-21.
70. W. B. Dunn, D. I. Broadhurst, H. J. Atherton, R. Goodacre, J. L. Griffin,. Chem. Soc. Rev. 2011, 40 (1), 387-426.