Systems level studies of mammalian metabolomes: The roles of mass spectrometry and nuclear magnetic resonance spectroscopy

Chemical Society Reviews

Volumn 40, Issue 1, 2011, Pages 387-426

  Dunn, Warwick B ^a,b   Broadhurst, David I ^c   Atherton, Helen J ^d,e   Goodacre, Royston ^a   Griffin, Julian L ^e  

^a UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

^b Manchester Heart Centre   (United Kingdom)

^c Irish Centre for Fetal and Neonatal Translational Research   (Ireland)

^d UNIVERSITY OF OXFORD   (United Kingdom)

^e UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 78650315006     PISSN: 03060012     EISSN: 14604744     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b906712b     Document Type: Article

References (374)

1. O. Fiehn, Plant Mol. Biol. 2002, 48, 155
2. W. B. Dunn, D. I. Ellis, TrAC, Trends Anal. Chem. 2005, 24, 285
3. R. Goodacre, S. Vaidyanathan, W. B. Dunn, G. G. Harrigan, D. B. Kell, Trends Biotechnol. 2004, 22, 245
4. M. J. Gibney, M. Walsh, L. Brennan, H. M. Roche, B. German, B. van Ommen, Am. J. Clin. Nutr. 2005, 82, 497
5. J. L. Griffin, Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B, 2006, 361, 147
6. H. J. Atherton, M. K. Gulston, N. J. Bailey, K. K. Cheng, W. Zhang, K. Clarke, J. L. Griffin, Mol. Syst. Biol. 2009, 5, 259
7. D. B. Kell, FEBS J. 2006, 273, 873
8. F. J. Bruggeman, H. V. Westerhoff, Trends Microbiol. 2007, 15, 45
9. F. P. J. Martin, Y. Wang, N. Sprenger, I. K. S. Yap, T. Lundstedt, P. Lek, S. Rezzi, Z. Ramadan, P. van Bladeren, L. B. Fay, S. Kochhar, J. C. Lindon, E. Holmes, J. K. Nicholson, Mol. Syst. Biol. 2008, 4, 157
10. L. K. Schnackenberg, Expert Rev. Mol. Diagn. 2007, 7, 247
11. J. van der Greef, S. Martin, P. Juhasz, A. Adourian, T. Plasterer, E. R. Verheij, R. N. McBurney, J. Proteome Res. 2007, 6, 1540
12. J. K. Nicholson, J. C. Lindon, Nature, 2008, 455, 1054
13. D. B. Kell, BMC Med. Genomics, 2009, 2, 2
14. S. Mounicou, J. Szpunar, R. Lobinski, Chem. Soc. Rev. 2009, 38, 1119
15. D. S. Wishart, C. Knox, A. C. Guo, R. Eisner, N. Young, B. Gautam, D. D. Hau, N. Psychogios, E. Dong, S. Bouatra, R. Mandal, I. Sinelnikov, J. G. Xia, L. Jia, J. A. Cruz, E. Lim, C. A. Sobsey, S. Shrivastava, P. Huang, P. Liu, L. Fang, J. Peng, R. Fradette, D. Cheng, D. Tzur, M. Clements, A. Lewis, A. De Souza, A. Zuniga, M. Dawe, Y. P. Xiong, D. Clive, R. Greiner, A. Nazyrova, R. Shaykhutdinov, L. Li, H. J. Vogel, I. Forsythe, Nucleic Acids Res. 2009, 37, D603
16. S. G. Oliver, M. K. Winson, D. B. Kell, F. Baganz, Trends Biotechnol. 1998, 16, 373
17. H. Tweeddale, L. Notley-McRobb, T. Ferenci, J. Bacteriol. 1998, 180, 5109
18. M. J. Herrgard, N. Swainston, P. Dobson, W. B. Dunn, K. Y. Arga, M. Arvas, N. Bluthgen, S. Borger, R. Costenoble, M. Heinemann, M. Hucka, N. Le Novere, P. Li, W. Liebermeister, M. L. Mo, A. P. Oliveira, D. Petranovic, S. Pettifer, E. Simeonidis, K. Smallbone, I. Spasic, D. Weichart, R. Brent, D. S. Broomhead, H. V. Westerhoff, B. Kirdar, M. Penttila, E. Klipp, B. O. Palsson, U. Sauer, S. G. Oliver, P. Mendes, J. Nielsen, D. B. Kell, Nat. Biotechnol. 2008, 26, 1155
19. H. W. Ma, A. Sorokin, A. Mazein, A. Selkov, E. Selkov, O. Demin, I. Goryanin, Mol. Syst. Biol. 2007, 3, 135
20. N. C. Duarte, S. A. Becker, N. Jamshidi, I. Thiele, M. L. Mo, T. D. Vo, R. Srivas, B. O. Palsson, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 1777
21. M. L. Mo, N. Jamshidi, B. O. Palsson, Mol. BioSyst. 2007, 3, 598
22. I. Nookaew, M. C. Jewett, A. Meechai, C. Thammarongtham, K. Laoteng, S. Cheevadhanarak, J. Nielsen, S. Bhumiratana, BMC Syst. Biol. 2008, 2, 71
23. X. L. Han, R. W. Gross, Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 367
24. E. P. Go, J. Neuroimmune Pharmacol. Ther. 2010, 5, 18
25. A. Frolkis, C. Knox, E. Lim, T. Jewison, V. Law, D. D. Hau, P. Liu, B. Gautam, S. Ly, A. C. Guo, J. Xia, Y. Liang, S. Shrivastava, D. S. Wishart, Nucleic Acids Res. 2010, 38, D480
26. http://www.genome.jp/kegg
27. H. Jeong, B. Tombor, R. Albert, Z. N. Oltvai, A. L. Barabasi, Nature, 2000, 407, 651
28. E. Ravasz, A. L. Somera, D. A. Mongru, Z. N. Oltvai, A. L. Barabasi, Science, 2002, 297, 1551
29. http://www.iubmb-nicholson.org/chart.html
30. R. Breitling, S. Ritchie, D. Goodenowe, M. L. Stewart, M. P. Barrett, Metabolomics, 2006, 2, 155
31. J. Timbrell, Principles of Biochemical Toxicology, Taylor and Francis, 2001
32. R. Goodacre, J. Nutr. 2007, 137, 259S
33. F. Guarner, J. R. Malagelada, Lancet, 2003, 361, 512
34. J. K. Nicholson, E. Holmes, I. D. Wilson, Nat. Rev. Microbiol. 2005, 3, 431
35. S. G. VillasBoas, J. Nielsen, J. Smedsgaard, M. A. E. Hansen and U. RoessnerTunali, Metabolome Analysis: An Introduction, John Wiley and Sons, 2007
36. N. Ishii, K. Nakahigashi, T. Baba, M. Robert, T. Soga, A. Kanai, T. Hirasawa, M. Naba, K. Hirai, A. Hoque, P. Y. Ho, Y. Kakazu, K. Sugawara, S. Igarashi, S. Harada, T. Masuda, N. Sugiyama, T. Togashi, M. Hasegawa, Y. Takai, K. Yugi, K. Arakawa, N. Iwata, Y. Toya, Y. Nakayama, T. Nishioka, K. Shimizu, H. Mori, M. Tomita, Science, 2007, 316, 593
37. T. Handorf, O. Ebenhoh, R. Heinrich, J. Mol. Evol. 2005, 61, 498
38. D. M. Muoio, C. B. Newgard, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2008, 9, 193
39. T. M. Henkin, Genes Dev. 2008, 22, 3383
40. J. K. Nicholson, J. C. Lindon, E. Holmes, Xenobiotica, 1999, 29, 1181
41. W. B. Dunn, N. J. C. Bailey, H. E. Johnson, Analyst, 2005, 130, 606
42. D. B. Kell and P. Mendes, in Technological and Medical Implications of Metabolic Control Analysis, ed. A. Cornish-Bowden and M. L. Cardenas, Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, 1st edn. 1999, pp. 3–25
43. L. M. Raamsdonk, B. Teusink, D. Broadhurst, N. S. Zhang, A. Hayes, M. C. Walsh, J. A. Berden, K. M. Brindle, D. B. Kell, J. J. Rowland, H. V. Westerhoff, K. van Dam, S. G. Oliver, Nat. Biotechnol. 2001, 19, 45
44. J. van der Greef, P. Stroobant, R. van der Heijden, Curr. Opin. Chem. Biol. 2004, 8, 559
45. http://www.metabolomicscentre.nl
46. E. C. Horning, Clin. Chem. 1968, 14, 777
47. L. Pauling, A. B. Robinson, R. Teranish, P. Cary, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1971, 68, 2374
48. S. L. Howells, R. J. Maxwell, A. C. Peet, J. R. Griffiths, Magn. Reson. Med. 1992, 28, 214
49. K. L. Behar, J. A. Denhollander, M. E. Stromski, T. Ogino, R. G. Shulman, O. A. C. Petroff, J. W. Prichard, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1983, 80, 4945
50. D. B. Kell, Biochem. Soc. Trans. 2005, 33, 520
51. I. Matsumoto, T. Kuhara, Mass Spectrom. Rev. 1996, 15, 43
52. A. Goffeau, B. G. Barrell, H. Bussey, R. W. Davis, B. Dujon, H. Feldmann, F. Galibert, J. D. Hoheisel, C. Jacq, M. Johnston, E. J. Louis, H. W. Mewes, Y. Murakami, P. Philippsen, H. Tettelin, S. G. Oliver, Science, 1996, 274, 546
53. J. C. Venter, M. D. Adams, E. W. Myers, P. W. Li, R. J. Mural, G. G. Sutton, H. O. Smith, M. Yandell, C. A. Evans, R. A. Holt, J. D. Gocayne, P. Amanatides, R. M. Ballew, D. H. Huson, J. R. Wortman, Q. Zhang, C. D. Kodira, X. Q. H. Zheng, L. Chen, M. Skupski, G. Subramanian, P. D. Thomas, J. H. Zhang, G. L. G. Miklos, C. Nelson, S. Broder, A. G. Clark, C. Nadeau, V. A. McKusick, N. Zinder, A. J. Levine, R. J. Roberts, M. Simon, C. Slayman, M. Hunkapiller, R. Bolanos, A. Delcher, I. Dew, D. Fasulo, M. Flanigan, L. Florea, A. Halpern, S. Hannenhalli, S. Kravitz, S. Levy, C. Mobarry, K. Reinert, K. Remington, J. Abu-Threideh, E. Beasley, K. Biddick, V. Bonazzi, R. Brandon, M. Cargill, I. Chandramouliswaran, R. Charlab, K. Chaturvedi, Z. M. Deng, V. Di Francesco, P. Dunn, K. Eilbeck, C. Evangelista, A. E. Gabrielian, W. Gan, W. M. Ge, F. C. Gong, Z. P. Gu, P. Guan, T. J. Heiman, M. E. Higgins, R. R. Ji, Z. X. Ke, K. A. Ketchum, Z. W. Lai, Y. D. Lei, Z. Y. Li, J. Y. Li, Y. Liang, X. Y. Lin, F. Lu, G. V. Merkulov, N. Milshina, H. M. Moore, A. K. Naik, V. A. Narayan, B. Neelam, D. Nusskern, D. B. Rusch, S. Salzberg, W. Shao, B. X. Shue, J. T. Sun, Z. Y. Wang, A. H. Wang, X. Wang, J. Wang, M. H. Wei, R. Wides, C. L. Xiao, C. H. Yan, et al. Science, 2001, 291, 1304
54. O. Fiehn, J. Kopka, P. Dormann, T. Altmann, R. N. Trethewey, L. Willmitzer, Nat. Biotechnol. 2000, 18, 1157
55. D. B. Kell, S. G. Oliver, Bioessays, 2004, 26, 99
56. U. Sauer, M. Heinemann, N. Zamboni, Science, 2007, 316, 550
57. A. C. Ahn, M. Tewari, C. S. Poon, R. S. Phillips, PLoS Med. 2006, 3, 709
58. C. Auffray, G. Clermont, Y. Moreau, D. M. Rocke, D. Dalevi, D. Dubhashi, D. R. Marshall, P. Raasch, F. Dehne, P. Provero, J. Tegner, B. J. Aronow, M. A. Langston, M. Benson, Genome Medicine, 2009, 1, 88
59. D. Noble, Science, 2002, 295, 1678
60. S. Van Dien, C. H. Schilling, Mol. Syst. Biol. 2006, 2, 35
61. D. B. Kell, Drug Discovery Today, 2006, 11, 1085
62. J. Nicholson, Drug Metab. Rev. 2005, 37, 21
63. A. C. Ahn, M. Tewari, C. S. Poon, R. S. Phillips, PLoS Med. 2006, 3, 956
64. M. Brown, W. B. Dunn, D. I. Ellis, R. Goodacre, J. Handl, J. D. Knowles, S. O’Hagan, I. Spasic, D. B. Kell, Metabolomics, 2005, 1, 39
65. P. A. Guy, I. Tavazzi, S. J. Bruce, Z. Ramadan, S. Kochhar, J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2008, 871, 253
66. W. B. Dunn, D. Broadhurst, D. I. Ellis, M. Brown, A. Halsall, S. O’Hagan, I. Spasic, A. Tseng, D. B. Kell, Int. J. Epidemiol. 2008, 37, i23
67. C. L. Winder, W. B. Dunn, S. Schuler, D. Broadhurst, R. Jarvis, G. M. Stephens, R. Goodacre, Anal. Chem. 2008, 80, 2939
68. E. Zelena, W. B. Dunn, D. Broadhurst, S. Francis-McIntyre, K. M. Carroll, P. Begley, S. O’Hagan, J. D. Knowles, A. Halsall, I. D. Wilson, D. B. Kell, Anal. Chem. 2009, 81, 1357
69. P. Jonsson, S. J. Bruce, T. Moritz, J. Trygg, M. Sjostrom, R. Plumb, J. Granger, E. Maibaum, J. K. Nicholson, E. Holmes, H. Antti, Analyst, 2005, 130, 701
70. D. B. Kell, S. G. Oliver, BioEssays, 2003, 26, 99
71. A. Sreekumar, L. M. Poisson, T. M. Rajendiran, A. P. Khan, Q. Cao, J. D. Yu, B. Laxman, R. Mehra, R. J. Lonigro, Y. Li, M. K. Nyati, A. Ahsan, S. Kalyana-Sundaram, B. Han, X. H. Cao, J. Byun, G. S. Omenn, D. Ghosh, S. Pennathur, D. C. Alexander, A. Berger, J. R. Shuster, J. T. Wei, S. Varambally, C. Beecher, A. M. Chinnaiyan, Nature, 2009, 457, 910
72. W. Lu, B. D. Bennett, J. D. Rabinowitz, J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2008, 871, 236
73. M. S. Sabatine, E. Liu, D. A. Morrow, E. Heller, R. McCarroll, R. Wiegand, G. F. Berriz, F. P. Roth, R. E. Gerszten, Circulation, 2005, 112, 3868
74. G. D. Lewis, R. Wei, E. Liu, E. Yang, X. Shi, M. Martinovic, L. Farrell, A. Asnani, M. Cyrille, A. Ramanathan, O. Shaham, G. Berriz, P. A. Lowry, I. F. Palacios, M. Tasan, F. P. Roth, J. Y. Min, C. Baumgartner, H. Keshishian, T. Addona, V. K. Mootha, A. Rosenzweig, S. A. Carr, M. A. Fifer, M. S. Sabatine, R. E. Gerszten, J. Clin. Invest. 2008, 118, 3503
75. M. Brown, W. B. Dunn, P. Dobson, Y. Patel, C. L. Winder, S. Francis-McIntyre, P. Begley, K. Carroll, D. Broadhurst, A. Tseng, N. Swainston, I. Spasic, R. Goodacre, D. B. Kell, Analyst, 2009, 134, 1322
76. J. Draper, D. P. Enot, D. Parker, M. Beckmann, S. Snowdon, W. Lin, H. Zubair, BMC Bioinformatics, 2009, 10, 227
77. W. B. Dunn, Phys. Biol. 2008, 5, 011001
78. D. I. Broadhurst, D. B. Kell, Metabolomics, 2006, 2, 171
79. T. Sangster, H. Major, R. Plumb, A. J. Wilson, I. D. Wilson, Analyst, 2006, 131, 1075
80. F. M. van der Kloet, I. Bobeldijk, E. R. Verheij, R. H. Jellema, J. Proteome Res. 2009, 8, 5132
81. CDER, in Guidance for Industry, Bioanalytical Method Validation, FDA, Centre for Drug Valuation and Research, 2001
82. K. J. Rothman and S. Greenland, Modern epidemiology, Lippincott, Williams & Wilkins, 2nd edn, 1998
83. D. F. Ransohoff, Nat. Rev. Cancer, 2005, 5, 142
84. H. L. Kirschenlohr, J. L. Griffin, S. C. Clarke, R. Rhydwen, A. A. Grace, P. M. Schofield, K. M. Brindle, J. C. Metcalfe, Nat. Med. (N. Y.), 2006, 12, 705
85. O. Teahan, S. Gamble, E. Holmes, J. Waxman, J. K. Nicholson, C. Bevan, H. C. Keun, Anal. Chem. 2006, 78, 4307
86. H. F. Wu, A. D. Southam, A. Hines, M. R. Viant, Anal. Biochem. 2008, 372, 204
87. E. J. Want, G. O’Maille, C. A. Smith, T. R. Brandon, W. Uritboonthai, C. Qin, S. A. Trauger, G. Siuzdak, Anal. Chem. 2006, 78, 743
88. S. J. Bruce, I. Tavazzi, V. Parisod, S. Rezzi, S. Kochhar, P. A. Guy, Anal. Chem. 2009, 81, 3285
89. F. Michopoulos, L. Lai, H. Gika, G. Theodoridis, I. Wilson, J. Proteome Res. 2009, 8, 2114
90. E. J. Want, C. A. Smith, C. A. Qin, K. C. VanHorne, G. Siuzdak, Metabolomics, 2006, 2, 145
91. H. G. Gika, G. Theodoridis, J. Extance, A. M. Edge, I. D. Wilson, J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2008, 871, 279
92. T. Kind, V. Tolstikov, O. Fiehn, R. H. Weiss, Anal. Biochem. 2007, 363, 185
93. D. I. Ellis, R. Goodacre, Analyst, 2006, 131, 875
94. S. A. Fancy, O. Beckonert, G. Darbon, W. Yabsley, R. Walley, D. Baker, G. L. Perkins, F. S. Pullen, K. Rumpel, Rapid Commun. Mass Spectrom. 2006, 20, 2271
95. M. Bogdanov, W. R. Matson, L. Wang, T. Matson, R. Saunders-Pullman, S. S. Bressman, M. F. Beal, Brain, 2008, 131, 389
96. I. W. Griffiths, Rapid Commun. Mass Spectrom. 1997, 11, 3
97. K. Dettmer, P. A. Aronov, B. D. Hammock, Mass Spectrom. Rev. 2007, 26, 51
98. S. G. Villas-Boas, S. Mas, M. Akesson, J. Smedsgaard, J. Nielsen, Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 613
99. S. Vaidyanathan, D. B. Kell, R. Goodacre, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 118
100. A. D. Southam, T. G. Payne, H. J. Cooper, T. N. Arvanitis, M. R. Viant, Anal. Chem. 2007, 79, 4595
101. P. Begley, S. Francis-McIntyre, W. B. Dunn, D. I. Broadhurst, A. Halsall, A. Tseng, J. Knowles, R. Goodacre, D. B. Kell, H. Consortium, Anal. Chem. 2009, 81, 7038
102. X. M. Tao, Y. M. Liu, Y. H. Wang, Y. P. Qiu, J. C. Lin, A. H. Zhao, M. M. Su, W. Jia, Anal. Bioanal. Chem. 2008, 391, 2881
103. S. O’Hagan, W. B. Dunn, M. Brown, J. D. Knowles, D. B. Kell, Anal. Chem. 2005, 77, 290
104. W. Welthagen, R. A. Shellie, J. Spranger, M. Ristow, R. Zimmermann, O. Fiehn, Metabolomics, 2005, 1, 65
105. M. M. Koek, B. Muilwijk, L. L. P. van Stee, T. Hankemeier, J. Chromatogr. A, 2008, 1186, 420
106. K. M. Pierce, J. C. Hoggard, R. E. Mohler, R. E. Synovec, J. Chromatogr. A, 2008, 1184, 341
107. J. W. Allwood, R. Goodacre, Phytochem. Anal. 2010, 21, 33
108. M. E. Swartz, J. Liq. Chromatogr. Relat. Technol. 2005, 28, 1253
109. J. H. Granger, A. Baker, R. S. Plumb, J. C. Perez, I. D. Wilson, Drug Metab. Rev. 2004, 36, 504
110. I. D. Wilson, J. K. Nicholson, J. Castro-Perez, J. H. Granger, K. A. Johnson, B. W. Smith, R. S. Plumb, J. Proteome Res. 2005, 4, 591
111. S. J. Bruce, P. Jonsson, H. Antti, O. Cloarec, J. Trygg, S. L. Marklund, T. Moritz, Anal. Biochem. 2008, 372, 237
112. D. J. Crockford, J. C. Lindon, O. Cloarec, R. S. Plumb, S. J. Bruce, S. Zirah, P. Rainville, C. L. Stumpf, K. Johnson, E. Holmes, J. K. Nicholson, Anal. Chem. 2006, 78, 4398
113. A. Kamleh, M. P. Barrett, D. Wildridge, R. J. S. Burchmore, R. A. Scheltema, D. G. Watson, Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008, 22, 1912
114. H. G. Gika, G. A. Theodoridis, I. D. Wilson, J. Sep. Sci. 2008, 31, 1598
115. Y. Wang, R. Lehmann, X. Lu, X. J. Zhao, G. W. Xu, J. Chromatogr. A, 2008, 1204, 28
116. S. J. Barry, R. M. Carr, S. J. Lane, W. J. Leavens, S. Monte, I. Waterhouse, Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 603
117. K. Urano, K. Maruyama, Y. Ogata, Y. Morishita, M. Takeda, N. Sakurai, H. Suzuki, K. Saito, D. Shibata, M. Kobayashi, K. Yamaguchi-Shinozaki, K. Shinozaki, Plant J. 2009, 57, 1065
118. E. E. K. Baidoo, P. I. Benket, C. Neususs, M. Pelzing, G. Kruppa, J. A. Leary, J. D. Keasling, Anal. Chem. 2008, 80, 3112
119. T. Soga, Y. Ohashi, Y. Ueno, H. Naraoka, M. Tomita, T. Nishioka, J. Proteome Res. 2003, 2, 488
120. B. Sitter, T. F. Bathen, M. B. Tessem, I. S. Gribbestad, Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2009, 54, 239
121. T. F. Bathen, L. R. Jensen, B. Sitter, H. E. Fjoesne, J. Halgunset, D. E. Axelson, I. S. Gribbestad, S. Lundgren, Breast Cancer Res. Treat. 2007, 104, 181
122. B. M. Beckwith-Hall, J. K. Nicholson, A. W. Nicholls, P. J. D. Foxall, J. C. Lindon, S. C. Connor, M. Abdi, J. Connelly, E. Holmes, Chem. Res. Toxicol. 1998, 11, 260
123. M. Spraul, M. Hofmann, P. Dvortsak, J. K. Nicholson, I. D. Wilson, Anal. Chem. 1993, 65, 327
124. J. L. Griffin, J. Troke, L. A. Walker, R. F. Shore, J. C. Lindon, J. K. Nicholson, FEBS Lett. 2000, 486, 225
125. O. M. Rooney, J. Troke, J. K. Nicholson, J. L. Griffin, Magn. Reson. Med. 2003, 50, 925
126. L. M. Smith, A. D. Maher, O. Cloarec, M. Rantalainen, H. R. Tang, P. Elliott, J. Stamler, J. C. Lindon, E. Holmes, J. K. Nicholson, Anal. Chem. 2007, 79, 5682
127. J. L. Griffin, H. J. Williams, E. Sang, J. K. Nicholson, Magn. Reson. Med. 2001, 46, 249
128. S. C. Connor, W. Wu, B. C. Sweatman, J. Manini, J. N. Haselden, D. J. Crowther, C. J. Waterfield, Biomarkers, 2004, 9, 156
129. J. T. Brindle, H. Antti, E. Holmes, G. Tranter, J. K. Nicholson, H. W. L. Bethell, S. Clarke, P. M. Schofield, E. McKilligin, D. E. Mosedale, D. J. Grainger, Nat. Med. (N. Y.), 2002, 8, 1439
130. J. G. Bundy, H. C. Keun, J. K. Sidhu, D. J. Spurgeon, C. Svendsen, P. Kille, A. J. Morgan, Environ. Sci. Technol. 2007, 41, 4458
131. J. G. Bundy, B. Papp, R. Harmston, R. A. Browne, E. M. Clayson, N. Burton, R. J. Reece, S. G. Oliver, K. M. Brindle, Genome Res. 2007, 17, 510
132. J. T. Brindle, H. Antti, E. Holmes, G. Tranter, J. K. Nicholson, H. W. Bethell, S. Clarke, P. M. Schofield, E. McKilligin, D. E. Mosedale, D. J. Grainger, Nat. Med. (N. Y.), 2002, 8, 1439
133. H. C. Keun, O. Beckonert, J. L. Griffin, C. Richter, D. Moskau, J. C. Lindon, J. K. Nicholson, Anal. Chem. 2002, 74, 4588
134. P. Styles, N. F. Soffe, C. A. Scott, D. A. Cragg, F. Row, D. J. White, P. C. J. White, J. Magn. Reson. 1984, 60, 397
135. J. L. Griffin, A. W. Nicholls, H. C. Keun, R. J. Mortishire-Smith, J. K. Nicholson, T. Kuehn, Analyst, 2002, 127, 582
136. G. Schlotterbeck, A. Ross, R. Hochstrasser, H. Senn, T. Kuhn, D. Marek, O. Schett, Anal. Chem. 2002, 74, 4464
137. N. J. C. Bailey, P. D. Stanley, S. T. Hadfield, J. C. Lindon, J. K. Nicholson, Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 679
138. A. J. Simpson, L. H. Tseng, M. J. Simpson, M. Spraul, U. Braumann, W. L. Kingery, B. P. Kelleher, M. H. B. Hayes, Analyst, 2004, 129, 1216
139. K. Golman, R. In’t Zandt, M. Lerche, R. Pehrson, J. H. Ardenkjaer-Larsen, Cancer Res. 2006, 66, 10855
140. K. Golman, R. In’t Zandt, M. Thaning, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 11270
141. M. A. Schroeder, H. J. Atherton, D. R. Ball, M. A. Cole, L. C. Heather, J. L. Griffin, K. Clarke, G. K. Radda, D. J. Tyler, FASEB J. 2009, 23, 2529
142. A. M. Weljie, J. Newton, P. Mercier, E. Carlson, C. M. Slupsky, Anal. Chem. 2006, 78, 4430
143. O. Cloarec, M. E. Dumas, A. Craig, R. H. Barton, J. Trygg, J. Hudson, C. Blancher, D. Gauguier, J. C. Lindon, E. Holmes, J. Nicholson, Anal. Chem. 2005, 77, 1282
144. D. V. Rubtsov, J. L. Griffin, J. Magn. Reson. 2007, 188, 367
145. M. Rantalainen, O. Cloarec, O. Beckonert, I. D. Wilson, D. Jackson, R. Tonge, R. Rowlinson, S. Rayner, J. Nickson, R. W. Wilkinson, J. D. Mills, J. Trygg, J. K. Nicholson, E. Holmes, J. Proteome Res. 2006, 5, 2642
146. R. Rew, G. Davis, IEEE Computer Graphics and Applications, 1990, 10, 76
147. P. G. A. Pedrioli, J. K. Eng, R. Hubley, M. Vogelzang, E. W. Deutsch, B. Raught, B. Pratt, E. Nilsson, R. H. Angeletti, R. Apweiler, K. Cheung, C. E. Costello, H. Hermjakob, S. Huang, R. K. Julian, E. Kapp, M. E. McComb, S. G. Oliver, G. Omenn, N. W. Paton, R. Simpson, R. Smith, C. F. Taylor, W. M. Zhu, R. Aebersold, Nat. Biotechnol. 2004, 22, 1459
148. S. Orchard, L. Montechi-Palazzi, E. W. Deutsch, P. A. Binz, A. R. Jones, N. Paton, A. Pizarro, D. M. Creasy, J. Wojcik, H. Hermjakob, Proteomics, 2007, 19, 3436
149. http://www.w3.org/XML
150. R. Goodacre, S. Vaidyanathan, G. Bianchi, D. B. Kell, Analyst, 2002, 127, 1457
151. W. B. Dunn, S. Overy, W. P. Quick, Metabolomics, 2005, 1, 137
152. H. M. Parsons, D. R. Ekman, T. W. Collette, M. R. Viant, Analyst, 2009, 134, 478
153. M. A. E. Hansen, J. Smedsgaard, Metabolomics, 2007, 3, 41
154. A. Nordstrom, G. O’Maille, C. Qin, G. Siuzdak, Anal. Chem. 2006, 78, 3289
155. A. Lommen, Anal. Chem. 2009, 81, 3079
156. M. Katajamaa, M. Oresic, BMC Bioinformatics, 2005, 6, 179
157. R. Baran, H. Kochi, N. Saito, M. Suematsu, T. Soga, T. Nishioka, M. Robert, M. Tomita, BMC Bioinformatics, 2006, 7, 530
158. M. Katajamaa, M. Oresic, J. Chromatogr. A, 2007, 1158, 318
159. R. A. van den Berg, H. C. Hoefsloot, J. A. Westerhuis, A. K. Smilde, M. J. van der Werf, BMC Genomics, 2006, 7, 142
160. D. B. Rubbin and R. J. A. Little, Statistical Analysis with Missing Data, John Wiley & Sons Inc, 2002
161. J. C. Lindon, E. Holmes, J. K. Nicholson, Pharm. Res. 2006, 23, 1075
162. R. O. Duda, P. E. Hart and D. E. Stork, Pattern classification, John Wiley, 2nd edn, 2001
163. J. B. Kruskal and M. Wish, Multidimensional scaling, Sage, 1978
164. B. S. Everitt, Cluster Analysis, Edward Arnold, 1993
165. T. Hastie, R. Tibshirani and J. Friedman, The elements of statistical learning: data mining, inference and prediction, Springer-Verlag, 2001
166. I. T. Jolliffe, Principal Component Analysis, Springer-Verlag, 1986
167. R. A. Fisher, The design of experiments, Oliver & Boyd, 6th edn, 1951
168. W. J. Krzanowski, Principles of Multivariate Analysis: A User’s Perspective, Oxford University Press, 1988
169. H. Martens and T. Næs, Multivariate calibration, John Wiley, 1989
170. B. D. Ripley, Pattern recognition and neural networks, Cambridge University Press, 1996
171. S. Wold, H. Antti, F. Lindgren, J. Ohman, Chemom. Intell. Lab. Syst. 1998, 44, 175
172. J. Sjoblom, O. Svensson, M. Josefson, H. Kullberg, S. Wold, Chemom. Intell. Lab. Syst. 1998, 44, 229
173. C. A. Andersson, Chemom. Intell. Lab. Syst. 1999, 47, 51
174. J. A. Westerhuis, S. de Jong, A. K. Smilde, Chemom. Intell. Lab. Syst. 2001, 56, 13
175. L. Eriksson, J. Trygg, E. Johansson, R. Bro, S. Wold, Anal. Chim. Acta, 2000, 420, 181
176. P. D. Harrington, J. Kister, J. Artaud, N. Dupuy, Anal. Chem. 2009, 81, 7160
177. J. Trygg, S. Wold, J. Chemom. 2002, 16, 119
178. I. Esteban-Diez, J. M. Gonzalez-Saiz, C. Pizarro, Anal. Chim. Acta, 2004, 514, 57
179. H. Wold, in Perspective in probability and statistics: Papers in honour of M.S. Bartlett, ed. J. Gani, Academic Press, London, 1975, pp. 117–142
180. S. Wold, J. Trygg, A. Berglund, H. Antti, Chemom. Intell. Lab. Syst. 2001, 58, 131
181. L. Eriksson, E. Johansson, N. Kettaneh-Wold and S. Wold, Multi- and megavariate data analysis: principles and applications, Umetrics Academy, 2001
182. B. K. Alsberg, R. Goodacre, J. J. Rowland, D. B. Kell, Anal. Chim. Acta, 1997, 348, 389
183. R. D. King, A. Srinivasan, L. Dehaspe, J. Comput.-Aided Mol. Des. 2001, 15, 173
184. L. Breiman, Mach. Learn. 2001, 45, 5
185. D. P. Enot, M. Beckmann and J. Draper, Computational Life Sciences II Second International Symposium, ed. S. Istrail, P. Pevzner, and M.Waterman, Springer, Berlin, 1st edn. 2006, pp. 226–235
186. R. Goodacre and D. B. Kell, in In Metabolic profiling: its role in biomarker discovery and gene function analysis, ed. G. G. Harrigan and R. Goodacre, Kluwer Academic Publishers, Boston, 1st edn. 2003, 239–256
187. A. A. Freitas, Data mining and knowledge discovery with evolutionary algorithms, Springer-Verlag, 2002
188. J. Handl and J. Knowles, International Joint Conference on Neural Networks, 2006, 2, pp. 217–238
189. J. Handl, D. B. Kell, J. Knowles, IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinf. 2007, 4, 279
190. D. S. Broomhead, D. Lowe, Complex Syst. 1988, 2, 312
191. R. Goodacre, J. Exp. Bot. 2005, 56, 245
192. D. B. Kell, Expert Rev. Mol. Diagn. 2007, 7, 329
193. T. M. D. Ebbels, R. Cavill, Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2009, 55, 361
194. S. Bijlsma, I. Bobeldijk, E. R. Verheij, R. Ramaker, S. Kochhar, I. A. Macdonald, B. van Ommen, A. K. Smilde, Anal. Chem. 2006, 78, 567
195. K. Wongravee, N. Heinrich, M. Holmboe, M. L. Schaefer, R. R. Reed, J. Trevejo, R. G. Brereton, Anal. Chem. 2009, 81, 5204
196. R. Cavill, H. C. Keun, E. Holmes, J. C. Lindon, J. K. Nicholson, T. M. D. Ebbels, Bioinformatics, 2009, 25, 112
197. D. Broadhurst, R. Goodacre, A. Jones, J. J. Rowland, D. B. Kell, Anal. Chim. Acta, 1997, 348, 71
198. R. M. Jarvis, R. Goodacre, Bioinformatics, 2005, 21, 860
199. P. Smialowski, D. Frishman, S. Kramer, Bioinformatics, 2010, 26, 440
200. J. A. Westerhuis, H. C. J. Hoefsloot, S. Smit, D. J. Vis, A. K. Smilde, E. J. J. van Velzen, J. P. M. van Duijnhoven, F. A. van Dorsten, Metabolomics, 2008, 4, 81
201. A. Linden, Journal of Evaluation in Clinical Practice, 2006, 12, 132
202. C. E. Metz, Semin. Nucl. Med. 1978, 8, 283
203. W. B. Dunn, D. I. Broadhurst, S. M. Deepak, M. H. Buch, G. McDowell, I. Spasic, D. I. Ellis, N. Brooks, D. B. Kell, L. Neyses, Metabolomics, 2007, 3, 413
204. K. A. Janes, M. B. Yaffe, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2006, 7, 820
205. D. B. Kell, FEBS J. 2006, 273, 873
206. D. B. Kell, Curr. Opin. Microbiol. 2004, 7, 296
207. S. Lee, Spiderman, Amazing Fantasy #15, Marvel Comics, 1962
208. B. Efron and R. J. Tibshirani, Introduction to the bootstrap, Chapman and Hall, 1993
209. J. P. Ioannidis, JAMA, J. Am. Med. Assoc. 2005, 294, 218
210. J. P. Ioannidis, T. A. Trikalinos, J. Clin. Epidemiol. 2005, 58, 543
211. J. P. Ioannidis, T. A. Trikalinos, E. E. Ntzani, D. G. Contopoulos-Ioannidis, Lancet, 2003, 361, 567
212. F. K. Kavvoura, M. B. McQueen, M. J. Khoury, R. E. Tanzi, L. Bertram, J. P. A. Ioannidis, Am. J. Epidemiol. 2008, 168, 855
213. J. T. Leek, J. D. Storey, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 18718
214. D. Donoho, J. S. Jin, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 14790
215. D. F. Ransohoff, Nat. Rev. Cancer, 2004, 4, 309
216. A. E. P. Heazell, M. Brown, W. B. Dunn, S. A. Worton, I. P. Crocker, P. N. Baker, D. B. Kell, Placenta, 2008, 29, 691
217. C. Denkert, J. Budczies, W. Weichert, G. Wohlgemuth, M. Scholz, T. Kind, S. Niesporek, A. Noske, A. Buckendahl, M. Dietel, O. Fiehn, Mol. Cancer, 2008, 7, 72
218. W. R. Wikoff, E. Kalisak, S. Trauger, M. Manchester, G. Siuzdak, J. Proteome Res. 2009, 8, 3578
219. H. G. Gika, G. A. Theodoridis, J. E. Wingate, I. D. Wilson, J. Proteome Res. 2007, 6, 3291
220. R. S. Plumb, P. D. Rainville, W. B. Potts, K. A. Johnson, E. Gika, I. D. Wilson, J. Proteome Res. 2009, 8, 2495
221. D. Monleon, J. M. Morales, A. Barrasa, J. A. Lopez, C. Vazquez, B. Celda, NMR Biomed. 2009, 22, 342
222. E. Holmes, T. M. Tsang, J. T. J. Huang, F. M. Leweke, D. Koethe, C. W. Gerth, B. M. Nolden, S. Gross, D. Schreiber, J. K. Nicholson, S. Bahn, PLoS Med. 2006, 3, 1420
223. I. Takeda, C. Stretch, P. Barnaby, K. Bhatnager, K. Rankin, H. Fu, A. Weljie, N. Jha, C. Slupsky, NMR Biomed. 2009, 22, 577
224. L. Botros, D. Sakkas, E. Seli, Mol. Hum. Reprod. 2008, 14, 679
225. C. J. Nelson, J. P. Otis, S. L. Martin, H. V. Carey, Physiol. Genomics, 2009, 37, 43
226. J. J. Xu, J. Zhang, J. Y. Dong, S. H. Cai, J. Y. Yang, Z. Chen, Anal. Bioanal. Chem. 2009, 393, 1657
227. A. Backshall, D. Allferez, F. Telchert, I. D. Wilson, R. W. Wilkinson, R. A. Goodlad, H. C. Keun, J. Proteome Res. 2009, 8, 1423
228. F. P. J. Martin, Y. L. Wang, N. Sprenger, E. Holmes, J. C. Lindon, S. Kochhar, J. K. Nicholson, J. Proteome Res. 2007, 6, 1471
229. J. C. Lin, M. M. Su, X. Y. Wang, Y. P. Qiu, H. K. Li, J. Hao, H. Z. Yang, M. M. Zhou, C. Yan, W. Jia, J. Sep. Sci. 2008, 31, 2831
230. C. A. Sellick, R. Hansen, A. R. Maqsood, W. B. Dunn, G. M. Stephens, R. Goodacre, A. J. Dickson, Anal. Chem. 2009, 81, 174
231. S. V. Vulimiri, M. Misra, J. T. Hamm, M. Mitchell, A. Berger, Chem. Res. Toxicol. 2009, 22, 492
232. R. Pandher, C. Ducruix, S. A. Eccles, F. I. Raynaud, J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2009, 877, 1352
233. H. Mizuno, N. Tsuyama, S. Date, T. Harada, T. Masujima, Anal. Sci. 2008, 24, 1525
234. A. N. Lane, T. W. M. Fan, R. M. Higashi, J. L. Tan, M. Bousamra, D. M. Miller, Exp. Mol. Pathol. 2009, 86, 165
235. G. G. Cezar, J. A. Quam, A. M. Smith, G. J. M. Rosa, M. S. Piekarczyk, J. F. Brown, F. H. Gage, A. R. Muotri, Stem Cells Dev. 2007, 16, 869
236. W. B. Dunn, M. Brown, S. A. Worton, I. P. Crocker, D. Broadhurst, R. Horgan, L. Kenny, P. N. Baker, D. B. Kell, A. E. P. Heazell, Placenta, 2009, 30, 974
237. K. A. Lawton, A. Berger, M. Mitchell, K. E. Milgram, A. M. Evans, L. N. Guo, R. W. Hanson, S. C. Kalhan, J. A. Ryals, M. V. Milburn, Pharmacogenomics, 2008, 9, 383
238. E. M. Lenz, J. Bright, I. D. Wilson, A. Hughes, J. Morrisson, H. Lindberg, A. Lockton, J. Pharm. Biomed. Anal. 2004, 36, 841
239. G. L. Jones, E. Sang, C. Goddard, R. J. Mortishire-Smith, B. C. Sweatman, J. N. Haselden, K. Davies, A. A. Grace, K. Clarke, J. L. Griffin, J. Biol. Chem. 2005, 280, 7530
240. R. M. Salek, M. L. Maguire, E. Bentley, D. V. Rubtsov, T. Hough, M. Cheeseman, D. Nunez, B. C. Sweatman, J. N. Haselden, R. D. Cox, S. C. Connor, J. L. Griffin, Physiol. Genomics, 2007, 29, 99
241. C. B. Clish, E. Davidov, M. Oresic, T. N. Plasterer, G. Lavine, T. Londo, M. Meys, P. Snell, W. Stochaj, A. Adourian, X. Zhang, N. Morel, E. Neumann, E. Verheij, J. T. Vogels, L. M. Havekes, N. Afeyan, F. Regnier, J. van der Greef, S. Naylor, OMICS, 2004, 8, 3
242. J. Y. Wu, H. J. Kao, S. C. Li, R. Stevens, S. Hillman, D. Millington, Y. T. Chen, J. Clin. Invest. 2004, 113, 434
243. H. J. Kao, C. F. Cheng, Y. H. Chen, S. L. Hung, C. C. Huang, D. Millington, T. Kikuchi, J. Y. Wu, Y. T. Chen, Hum. Mol. Genet. 2006, 15, 3569
244. M. Mayr, Y. L. Chung, U. Mayr, X. K. Yin, L. Ly, H. Troy, S. Fredericks, Y. H. Hu, J. R. Griffiths, Q. B. Xu, Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol. 2005, 25, 2135
245. J. L. Griffin, E. Sang, T. Evens, K. Davies, K. Clarke, FEBS Lett. 2002, 530, 109
246. A. S. Plump, J. D. Smith, T. Hayek, K. Aalto-Setala, A. Walsh, J. G. Verstuyft, E. M. Rubin, J. L. Breslow, Cell (Cambridge, Mass.), 1992, 71, 343
247. D. L. Coleman, K. P. Hummel, Am. J. Physiol. 1969, 217, 1298
248. K. P. Hummel, M. M. Dickie, D. L. Coleman, Science, 1966, 153, 1127
249. K. Sharma, P. McCue, S. R. Dunn, Am. J. Physiol. Renal Physiol. 2003, 284, F1138
250. M. E. Dumas, S. P. Wilder, M. T. Bihoreau, R. H. Barton, J. F. Fearnside, K. Argoud, L. D’Amato, R. H. Wallis, C. Blancher, H. C. Keun, D. Baunsgaard, J. Scott, U. G. Sidelmann, J. K. Nicholson, D. Gauguier, Nat. Genet. 2007, 39, 666
251. J. Xu, G. Xiao, C. Trujillo, V. Chang, L. Blanco, S. B. Joseph, S. Bassilian, M. F. Saad, P. Tontonoz, W. N. Lee, I. J. Kurland, J. Biol. Chem. 2002, 277, 50237
252. H. J. Atherton, N. J. Bailey, W. Zhang, J. Taylor, H. Major, J. Shockcor, K. Clarke, J. L. Griffin, Physiol. Genomics, 2006, 27, 178
253. G. Medina-Gomez, S. L. Gray, L. Yetukuri, K. Shimomura, S. Virtue, M. Campbell, R. K. Curtis, M. Jimenez-Linan, M. Blount, G. S. Yeo, M. Lopez, T. Seppanen-Laakso, F. M. Ashcroft, M. Oresic, A. Vidal-Puig, PLoS Genet. 2007, 3, e64
254. G. Medina-Gomez, L. Yetukuri, V. Velagapudi, M. Campbell, M. Blount, M. Jimenez-Linan, M. Ros, M. Oresic, A. Vidal-Puig, Dis. Models Mech. 2009, 2, 582
255. M. Kolak, J. Westerbacka, V. R. Velagapudi, D. Wagsater, L. Yetukuri, J. Makkonen, A. Rissanen, A. M. Hakkinen, M. Lindell, R. Bergholm, A. Hamsten, P. Eriksson, R. M. Fisher, M. Oresic, H. Yki-Jarvinen, Diabetes, 2007, 56, 1960
256. K. H. Pietilainen, J. Naukkarinen, A. Rissanen, J. Saharinen, P. Ellonen, H. Keranen, A. Suomalainen, A. Gotz, T. Suortti, H. Yki-Jarvinen, M. Oresic, J. Kaprio, L. Peltonen, PLoS Med. 2008, 5, e51
257. C. B. Newgard, J. An, J. R. Bain, M. J. Muehlbauer, R. D. Stevens, L. F. Lien, A. M. Haqq, S. H. Shah, M. Arlotto, C. A. Slentz, J. Rochon, D. Gallup, O. Ilkayeva, B. R. Wenner, W. S. Yancy, Jr., H. Eisenson, G. Musante, R. S. Surwit, D. S. Millington, M. D. Butler, L. P. Svetkey, Cell Metab. 2009, 9, 311
258. M. Ala-Korpela, Clin. Chem. Lab. Med. 2008, 46, 27
259. L. C. Kenny, D. Broadhurst, M. Brown, W. B. Dunn, C. W. G. Redman, D. B. Kill, P. N. Baker, Reproductive Sciences, 2008, 15, 591
260. L. C. Kenny, W. B. Dunn, D. I. Ellis, J. Myers, P. N. Baker, D. B. Kell, Metabolomics, 2005, 1, 227
261. A. T. Turer, R. D. Stevens, J. R. Bain, M. J. Muehlbauer, J. van der Westhuizen, J. P. Mathew, D. A. Schwinn, D. D. Glower, C. B. Newgard, M. V. Podgoreanu, Circulation, 2009, 119, 1736
262. J. L. Griffin, C. K. Cemal, M. A. Pook, Physiol. Genomics, 2004, 16, 334
263. J. L. Griffin, J. P. Shockcor, Nat. Rev. Cancer, 2004, 4, 551
264. T. M. Tsang, J. L. Griffin, J. Haselden, C. Fish, E. Holmes, Magn. Reson. Med. 2005, 53, 1018
265. J. L. Griffin, K. K. Lehtimaki, P. K. Valonen, O. H. Grohn, M. I. Kettunen, S. Yla-Herttuala, A. Pitkanen, J. K. Nicholson, R. A. Kauppinen, Cancer Res. 2003, 63, 3195
266. K. K. Lehtimaki, P. K. Valonen, J. L. Griffin, T. H. Vaisanen, O. H. Grohn, M. I. Kettunen, J. Vepsalainen, S. Yla-Herttuala, J. Nicholson, R. A. Kauppinen, J. Biol. Chem. 2003, 278, 45915
267. A. R. Tate, C. Majos, A. Moreno, F. A. Howe, J. R. Griffiths, C. Arus, Magn. Reson. Med. 2003, 49, 29
268. J. L. Griffin, H. J. Williams, E. Sang, K. Clarke, C. Rae, J. K. Nicholson, Anal. Biochem. 2001, 293, 16
269. C. Ohdoi, W. L. Nyhan, T. Kuhara, J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2003, 792, 123
270. S. Prabakaran, J. E. Swatton, M. M. Ryan, S. J. Huffaker, J. T. Huang, J. L. Griffin, M. Wayland, T. Freeman, F. Dudbridge, K. S. Lilley, N. A. Karp, S. Hester, D. Tkachev, M. L. Mimmack, R. H. Yolken, M. J. Webster, E. F. Torrey, S. Bahn, Mol. Psychiatry, 2004, 9, 684
271. S. Rozen, M. E. Cudkowicz, M. Bogdanov, W. R. Matson, B. S. Kristal, C. Beecher, S. Harrison, P. Vouros, J. Flarakos, K. Vigneau-Callahan, T. D. Matson, K. M. Newhall, M. F. Beal, R. H. Brown, R. Kaddurah-Daouk, Metabolomics, 2005, 1, 101
272. T. M. Tsang, B. Woodman, G. A. McLoughlin, J. L. Griffin, S. J. Tabrizi, G. P. Bates, E. Holmes, J. Proteome Res. 2006, 5, 483
273. E. Holmes, T. M. Tsang, J. T. Huang, F. M. Leweke, D. Koethe, C. W. Gerth, B. M. Nolden, S. Gross, D. Schreiber, J. K. Nicholson, S. Bahn, PLoS Med. 2006, 3, e327
274. A. Subramanian, A. Gupta, S. Saxena, A. Gupta, R. Kumar, A. Nigam, R. Kumar, S. K. Mandal, R. Roy, NMR Biomed. 2005, 18, 213
275. A. J. Sinclair, M. R. Viant, A. K. Ball, M. A. Burdon, E. A. Walker, P. M. Stewart, S. Rauz, S. P. Young, NMR Biomed. 2010, 23, 123
276. R. Kaddurah-Daouk, PLoS Med. 2006, 3, e363
277. S. Prabakaran, J. E. Swatton, M. M. Ryan, S. J. Huffaker, J. T. J. Huang, J. L. Griffin, M. Wayland, T. Freeman, F. Dudbridge, K. S. Lilley, N. A. Karp, S. Hester, D. Tkachev, M. L. Mimmack, R. H. Yolken, M. J. Webster, E. F. Torrey, S. Bahn, Mol. Psychiatry, 2004, 9, 684
278. C. L. Florian, N. E. Preece, K. K. Bhakoo, S. R. Williams, M. Noble, NMR Biomed. 1995, 8, 253
279. L. L. Cheng, I. W. Chang, D. N. Louis, R. G. Gonzalez, Cancer Res. 1998, 58, 1825
280. F. A. Howe, S. J. Barton, S. A. Cudlip, M. Stubbs, D. E. Saunders, M. Murphy, P. Wilkins, K. S. Opstad, V. L. Doyle, M. A. McLean, B. A. Bell, J. R. Griffiths, Magn. Reson. Med. 2003, 49, 223
281. C. Denkert, J. Budczies, T. Kind, W. Weichert, P. Tablack, J. Sehouli, S. Niesporek, D. Konsgen, M. Dietel, O. Fiehn, Cancer Res. 2006, 66, 10795
282. L. L. Cheng, C. Wu, M. R. Smith, R. G. Gonzalez, FEBS Lett. 2001, 494, 112
283. D. G. Robertson, Toxicol. Sci. 2005, 85, 809
284. H. C. Keun, Pharmacol. Ther. 2006, 109, 92
285. M. Coen, E. Holmes, J. C. Lindon, J. K. Nicholson, Chem. Res. Toxicol. 2008, 21, 9
286. M. E. Bollard, E. G. Stanley, J. C. Lindon, J. K. Nicholson, E. Holmes, NMR Biomed. 2005, 18, 143
287. J. C. Lindon, J. K. Nicholson, E. Holmes, H. Antti, M. E. Bollard, H. Keun, O. Beckonert, T. M. Ebbels, M. D. Reilly, D. Robertson, G. J. Stevens, P. Luke, A. P. Breau, G. H. Cantor, R. H. Bible, U. Niederhauser, H. Senn, G. Schlotterbeck, U. G. Sidelmann, S. M. Laursen, A. Tymiak, B. D. Car, L. Lehman-McKeeman, J. M. Colet, A. Loukaci, C. Thomas, Toxicol. Appl. Pharmacol. 2003, 187, 137
288. J. C. Lindon, H. C. Keun, T. M. D. Ebbels, J. M. T. Pearce, E. Holmes, J. K. Nicholson, Pharmacogenomics, 2005, 6, 691
289. T. M. D. Ebbels, H. C. Keun, O. P. Beckonert, M. E. Bollard, J. C. Lindon, E. Holmes, J. K. Nicholson, J. Proteome Res. 2007, 6, 4407
290. S. C. Connor, M. P. Hodson, S. Ringeissen, B. C. Sweatman, P. J. McGill, C. J. Waterfield, J. N. Haselden, Biomarkers, 2004, 9, 364
291. J. Delaney, M. P. Hodson, H. Thakkar, S. C. Connor, B. C. Sweatman, S. P. Kenny, P. J. McGill, J. C. Holder, K. A. Hutton, J. N. Haselden, C. J. Waterfield, Arch. Toxicol. 2005, 79, 208
292. S. Ringeissen, S. C. Connor, H. R. Brown, B. C. Sweatman, M. P. Hodson, S. P. Kenny, R. I. Haworth, P. McGill, M. A. Price, M. C. Aylott, D. J. Nunez, J. N. Haselden, C. J. Waterfield, Biomarkers, 2003, 8, 240
293. T. A. Clayton, J. C. Lindon, J. R. Everett, C. Charuel, G. Hanton, J. L. Le Net, J. P. Provost, J. K. Nicholson, Arch. Toxicol. 2003, 77, 208
294. R. J. Mortishire-Smith, G. L. Skiles, J. W. Lawrence, S. Spence, A. W. Nicholls, B. A. Johnson, J. K. Nicholson, Chem. Res. Toxicol. 2004, 17, 165
295. http://www.lipidmaps.org
296. F. Spener, M. Lagarde, A. Geloen, M. Record, Eur. J. Lipid Sci. Technol. 2003, 105, 481
297. C. X. Hu, R. van der Heijden, M. Wang, J. van der Greef, T. Hankemeier, G. W. Xua, J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2009, 877, 2836
298. M. M. Wiest, S. M. Watkins, Curr. Opin. Lipidol. 2007, 18, 181
299. A. Z. Fernandis, M. R. Wenk, Curr. Opin. Lipidol. 2007, 18, 121
300. L. D. Roberts, G. McCombie, C. M. Titman, J. L. Griffin, J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2008, 871, 174
301. M. R. Wenk, Nat. Rev. Drug Discovery, 2005, 4, 594
302. T. W. Mitchell, H. Pham, M. C. Thomas, S. J. Blanksby, J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2009, 877, 2722
303. A. Carrasco-Pancorbo, N. Navas-Iglesias, L. Cuadros-Rodriguez, TrAC, Trends Anal. Chem. 2009, 28, 263
304. K. Schmelzer, E. Fahy, S. Subramaniam and E. A. Dennis, in Methods in Enzymology, Vol. 432, ed. H. A. Brown, Academic Press, San Diego, 1st edn. 2007, pp. 171–183
305. M. Oresic, Eur. J. Lipid Sci. Technol. 2009, 111, 99
306. X. Su, X. L. Han, D. J. Mancuso, D. R. Abendschein, R. W. Gross, Biochemistry, 2005, 44, 5234
307. A. Giovane, A. Balestrieri, C. Napoli, J. Cell. Biochem. 2008, 105, 648
308. E. J. Lesnefsky, P. Minkler, C. L. Hoppel, J. Mol. Cell. Cardiol. 2009, 46, 1008
309. R. H. Houtkooper, F. M. Vaz, Cell. Mol. Life Sci. 2008, 65, 2493
310. P. M. Kochanek, R. P. Berger, H. Bayir, A. K. Wagner, L. W. Jenkins, R. S. B. Clark, Curr. Opin. Crit. Care, 2008, 14, 135
311. R. M. Adibhatla, J. F. Hatcher, Future Lipidol. 2007, 2, 403
312. C. N. Serhan, Y. Lu, S. Hong and R. Yang, in Methods in Enzymology, Vol. 432, H. A. Brown, Academic Press, San Diego, 1st edn. 2007, pp. 275–317
313. T. P. Malan, F. Porreca, Prostaglandins Other Lipid Mediators, 2005, 77, 123
314. I. M. Cristea, M. Degli Esposti, Chem. Phys. Lipids, 2004, 129, 133
315. J. T. Smilowitz, M. M. Wiest, S. M. Watkins, D. Teegarden, M. B. Zemel, J. B. German, M. D. Van Loan, J. Nutr. 2009, 139, 222
316. K. R. Ong, A. H. Sims, M. Harvie, M. Chapman, W. B. Dunn, D. Broadhurst, R. Goodacre, M. Wilson, N. Thomas, R. B. Clarke, A. Howell, Cancer Prev. Res. 2009, 2, 720
317. J. B. German, M. A. Roberts, L. Fay, S. M. Watkins, J. Nutr. 2002, 132, 2486
318. G. Fave, M. E. Beckmann, J. H. Draper, J. C. Mathers, Genes Nutr. 2009, 4, 135
319. M. Jenab, N. Slimani, M. Bictash, P. Ferrari, S. A. Bingham, Hum. Genet. 2009, 125, 507
320. A. N. Lane, T. W. M. Fan and R. M. Higashi, in Methods in Cell Biology, Vol. 84, ed. J. Correia, Academic Press, London, 1st edn. 2008, vol. 84, pp. 541–588
321. N. Zamboni, S. M. Fendt, M. Ruhl, U. Sauer, Nat. Protoc. 2009, 4, 878
322. T. W. M. Fan, A. N. Lane, R. M. Higashi, M. A. Farag, H. Gao, M. Bousamra, D. M. Miller, Mol. Cancer, 2009, 8, 41
323. N. Zamboni, U. Sauer, Curr. Opin. Microbiol. 2009, 12, 553
324. N. Zamboni, in Topics in Current Genetics, ed. J. Nielsen and M. Jewett, Springer, Berlin, 2007, pp. 129–157
325. K. Noh, K. Gronke, B. Luo, R. Takors, M. Oldiges, W. Wiechert, J. Biotechnol. 2007, 129, 249
326. J. G. Jones, R. Naidoo, A. D. Sherry, F. M. H. Jeffrey, G. L. Cottam, C. R. Malloy, FEBS Lett. 1997, 412, 131
327. E. D. Lewandowski, D. L. Johnston, Am. J. Physiol. 1990, 258, H1357
328. P. Morris, H. Bachelard, NMR Biomed. 2003, 16, 303
329. N. R. Sibson, A. Dhankhar, G. F. Mason, K. L. Behar, D. L. Rothman, R. G. Shulman, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997, 94, 2699
330. J. Munger, B. D. Bennett, A. Parikh, X. J. Feng, J. McArdle, H. A. Rabitz, T. Shenk, J. D. Rabinowitz, Nat. Biotechnol. 2008, 26, 1179
331. R. Shroff, L. Rulisek, J. Doubsky, A. Svatos, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 10092
332. J. S. Fletcher, Analyst, 2009, 134, 2204
333. S. Mas, R. Perez, R. Martinez-Pinna, J. Egido, F. Vivanco, Proteomics, 2008, 8, 3735
334. Z. Takats, J. M. Wiseman, B. Gologan, R. G. Cooks, Science, 2004, 306, 471
335. T. R. Northen, O. Yanes, M. T. Northen, D. Marrinucci, W. Uritboonthai, J. Apon, S. L. Golledge, A. Nordstrom, G. Siuzdak, Nature, 2007, 449, 1033
336. L. M. De Leon-Rodriguez, A. J. M. Lubag, C. R. Malloy, G. V. Martinez, R. J. Gillies, A. D. Sherry, Acc. Chem. Res. 2009, 42, 948
337. R. Powers, Comb. Chem. High Throughput Screening, 2007, 10, 676
338. D. R. Elias, D. L. J. Thorek, A. K. Chen, J. Czupryna, A. Tsourkas, Cancer Biomarkers, 2008, 4, 287
339. C. Gieger, L. Geistlinger, E. Altmaier, M. H. de Angelis, F. Kronenberg, T. Meitinger, H. W. Mewes, H. E. Wichmann, K. M. Weinberger, J. Adamski, T. Illig, K. Suhre, PLoS Genet. 2008, 4, e1000282
340. T. Shlomi, M. N. Cabili, E. Ruppin, Mol. Syst. Biol. 2009, 5, 263
341. D. Ziogas, T. Liakakos, E. Lykoudis, E. Fatourou, D. H. Roukos, Radiother. Oncol. 2009, 90, 161
342. J. L. Markley, E. L. Ulrich, H. M. Berman, K. Henrick, H. Nakamura, H. Akutsu, J. Biomol. NMR, 2008, 40, 153
343. Q. Cui, I. A. Lewis, A. D. Hegeman, M. E. Anderson, J. Li, C. F. Schulte, W. M. Westler, H. R. Eghbalnia, M. R. Sussman, J. L. Markley, Nat. Biotechnol. 2008, 26, 162
344. F. Zhang, L. Bruschweiler-Li, S. L. Robinette, R. Brushweiler, Anal. Chem. 2008, 80, 7549
345. S. G. Villas-Boas, D. G. Delicado, M. Akesson, J. Nielsen, Anal. Biochem. 2003, 322, 134
346. K. Bryan, L. Brennan, P. Cunningham, BMC Bioinformatics, 2008, 9, 470
347. J. G. Xia, T. C. Bjorndahl, P. Tang, D. S. Wishart, BMC Bioinformatics, 2008, 9, 507
348. S. Bocker, F. Rasche, Bioinformatics, 2008, 24, i49
349. D. P. Overy, D. P. Enot, K. Tailliart, H. Jenkins, D. Parker, M. Beckmann, J. Draper, Nat. Protoc. 2008, 3, 471
350. S. Rogers, R. A. Scheltema, M. Girolami, R. Breitling, Bioinformatics, 2009, 25, 512
351. T. Kind, O. Fiehn, BMC Bioinformatics, 2007, 8, 105
352. L. W. Sumner, A. Amberg, D. Barrett, M. H. Beale, R. Beger, C. A. Daykin, T. W. M. Fan, O. Fiehn, R. Goodacre, J. L. Griffin, T. Hankemeier, N. Hardy, J. Harnly, R. Higashi, J. Kopka, A. N. Lane, J. C. Lindon, P. Marriott, A. W. Nicholls, M. D. Reily, J. J. Thaden, M. R. Viant, Metabolomics, 2007, 3, 211
353. http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov
354. http://www.chemspider.com
355. A. Marston, K. Hostettmann, Planta Med. 2009, 75, 672
356. J. Kopka, N. Schauer, S. Krueger, C. Birkemeyer, B. Usadel, E. Bergmuller, P. Dormann, W. Weckwerth, Y. Gibon, M. Stitt, L. Willmitzer, A. R. Fernie, D. Steinhauser, Bioinformatics, 2005, 21, 1635
357. N. Schauer, D. Steinhauser, S. Strelkov, D. Schomburg, G. Allison, T. Moritz, K. Lundgren, U. Roessner-Tunali, M. G. Forbes, L. Willmitzer, A. R. Fernie, J. Kopka, FEBS Lett. 2005, 579, 1332
358. T. Kind, G. Wohlgemuth, D. Lee, Y. Lu, M. Palazoglu, S. Shahbaz, O. Fiehn, Anal. Chem. 2009, 81, 10038
359. A. W. T. Bristow, W. F. Nichols, K. S. Webb, B. Conway, Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 2374
360. A. W. T. Bristow, K. S. Webb, A. T. Lubben, J. Halket, Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 1447
361. H. Jenkins, N. Hardy, M. Beckmann, J. Draper, A. R. Smith, J. Taylor, O. Fiehn, R. Goodacre, R. J. Bino, R. Hall, J. Kopka, G. A. Lane, B. M. Lange, J. R. Liu, P. Mendes, B. J. Nikolau, S. G. Oliver, N. W. Paton, S. Rhee, U. Roessner-Tunali, K. Saito, J. Smedsgaard, L. W. Sumner, T. Wang, S. Walsh, E. S. Wurtele, D. B. Kell, Nat. Biotechnol. 2004, 22, 1601
362. O. Fiehn, D. Robertson, J. Griffin, M. van der Werf, B. Nikolau, N. Morrison, L. W. Sumner, R. Goodacre, N. W. Hardy, C. Taylor, J. Fostel, B. Kristal, R. Kaddurah-Daouk, P. Mendes, B. van Ommen, J. C. Lindon, S. A. Sansone, Metabolomics, 2007, 3, 175
363. J. L. Griffin, A. W. Nicholls, C. A. Daykin, S. Heald, H. C. Keun, I. Schuppe-Koistinen, J. R. Griffiths, L. L. Cheng, P. Rocca-Serra, D. V. Rubtsov, D. Robertson, Metabolomics, 2007, 3, 179
364. M. J. van der Werf, R. Takors, J. Smedsgaard, J. Nielsen, T. Ferenci, J. C. Portais, C. Wittmann, M. Hooks, A. Tomassini, M. Oldiges, J. Fostel, U. Sauer, Metabolomics, 2007, 3, 189
365. O. Fiehn, L. W. Sumner, S. Y. Rhee, J. Ward, J. Dickerson, B. M. Lange, G. Lane, U. Roessner, R. Last, B. Nikolau, Metabolomics, 2007, 3, 195
366. N. Morrison, D. Bearden, J. G. Bundy, T. Collette, F. Currie, M. P. Davey, N. S. Haigh, D. Hancock, O. A. H. Jones, S. Rochfort, S. A. Sansone, D. Stys, Q. Teng, D. Field, M. R. Viant, Metabolomics, 2007, 3, 203
367. D. V. Rubtsov, H. Jenkins, C. Ludwig, J. Easton, M. R. Viant, U. Guenther, J. L. Griffin, N. Hardy, Metabolomics, 2007, 3, 223
368. R. Goodacre, D. Broadhurst, A. K. Smilde, B. S. Kristal, J. D. Baker, R. Beger, C. Bessant, S. Connor, G. Calmani, A. Craig, T. Ebbels, D. B. Kell, C. Manetti, J. Newton, G. Paternostro, R. Somorjai, M. Sjostrom, J. Trygg, F. Wulfert, Metabolomics, 2007, 3, 231
369. N. W. Hardy, C. F. Taylor, Metabolomics, 2007, 3, 243
370. S. A. Sansone, D. Schober, H. J. Atherton, O. Fiehn, H. Jenkins, P. Rocca-Serra, D. V. Rubtsov, I. Spasic, L. Soldatova, C. Taylor, A. Tseng, M. R. Viant, Metabolomics, 2007, 3, 249
371. I. Spasic, D. Schober, S. A. Sansone, D. Rebholz-Schuhmann, D. B. Kell, N. W. Paton, BMC Bioinf. 2008, 9 S5
372. I. Spasic, W. B. Dunn, G. Velarde, A. Tseng, H. Jenkins, N. Hardy, S. G. Oliver, D. B. Kell, BMC Bioinformatics, 2006, 7, 281
373. E. Urbanczyk-Wochniak, A. Luedemann, J. Kopka, J. Selbig, U. Roessner-Tunali, L. Willmitzer, A. R. Fernie, EMBO Rep. 2003, 4, 989
374. P. H. Bradley, M. J. Brauer, J. D. Rabinowitz, O. G. Troyanskaya, PLoS Comput. Biol. 2009, 5, e1000270