MR metabolomics of fecal extracts: Applications in the study of bowel diseases

Magnetic Resonance in Chemistry

Volumn 47, Issue SUPPL. 1, 2009, Pages

  Bezabeh, Tedros ^a   Somorjai, Ray L ^a   Smith, Ian C P ^a  

^a NATIONAL RESEARCH COUNCIL CANADA   (Canada)

Author keywords

Colorectal cancer; Crohn's disease; Fecal extract; Inflammatory bowel disease; Metabolomics; NMR spectroscopy; Statistical classification strategy; Stool; Ulcerative colitis

Indexed keywords

DIAGNOSIS; DIGITAL STORAGE; DISEASES; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY;

COLORECTAL CANCER; CROHN DISEASE; FECAL EXTRACT; INFLAMMATORY BOWEL DISEASE; METABOLOMICS; NMR-SPECTROSCOPY; STATISTICAL CLASSIFICATION; STATISTICAL CLASSIFICATION STRATEGY; STOOL; ULCERATIVE COLITIS;

BODY FLUIDS;

EID: 72249094770     PISSN: 07491581     EISSN: 1097458X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/mrc.2530     Document Type: Article

References (52)

1. N. J. Serkova, C. U. Niemann, Expert Rev. Mol. Diagn. 2006, 6, 717.
2. N. J. Serkova, J. L. Spratlin, S. G. Eckhardt, Curr. Opin.Mol. Ther. 2007, 9, 572.
3. N. V. Reo, Drug Chem. Toxicol. 2002, 25, 375.
4. J. L. Griffin, Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7, 648.
5. J. C. Lindon, E. Holmes, M. E. Bollard, E. G. Stanley, J. K.Nicholson, Biomarkers 2004, 9, 1.
6. M. E. Bollard, E. G. Stanley, J. C. Lindon, J. K.Nicholson, E. Holmes, NMR Biomed. 2005, 18, 143.
7. W. B. Dunn, N. J. Bailey, H. E. Johnson, Analyst 2005, 130, 606.
8. T. Bezabeh, R. Somorjai, B. Dolenko, N. Bryskina, B. Levin, C. N. Bernstein, E. Jeyarajah, A. H. Steinhart, D. Rubin, I. C. P. Smith, NMR Biomed. 2009, 22, 593.
9. J. R. Marchesi, E. Holmes, F. Khan, S. Kochhar, P. Scanlan, F. Shanahan, I. D. Wilson, Y.Wang, J. Proteome Res. 2007, 6, 546.
10. J. Saric, Y. Wang, J. Li, M. Coen, J. Utzinger, J. R. Marchesi, J. Keiser, K. Veselkov, J. C. Lindon, J. K. Nicholson, E. Holmes, J. Proteome Res. 2008, 7, 352.
11. J. Pettersson, P. C. Karlsson, Y. H. Choi, R. Verpoorte, J. J. Rafter, L. Bohlin, Biol. Pharm. Bull. 2008, 31, 1192.
12. D.M. Jacobs, N. Deltimple, E. van Velzen, F. A. van Dorsten, M. Bingham, E. E. Vaughan, J. van Duynhoven, NMR Biomed. 2008, 21, 615.
13. D. Monleón, J. M.Morales, A. Barrasa, J. A. López, C. Vázquez, B. Celda, NMR Biomed. 2009, 22(3), 342.
14. F. Guarner, J. R. Malagelada, Lancet 2003, 361, 512.
15. J. M. Kinross, A. C. von Roon, E. Holmes, A. Darzi, J. K. Nicholson, Curr. Gastroenterol. Rep. 2008, 10, 396.
16. V. Iyengar, G. P. Albaugh, A. Lohani, P. P. Nair, FASEB J. 1991, 5, 2856.
17. D. S. Wishart, M. J. Lewis, J. A. Morrissey, M. D. Flegel, K. Jeroncic, Y. Xiong, D. Cheng, R. Eisner, B. Gautam, D. Tzur, S. Sawhney, F. Bamforth, R. Greiner, L. Li, J. Chromatogr. B Analyt. Technol. Biomed. Life Sci. 2008, 871(2), 164.
18. G. A. N. Gowda, O. B. Ijare, N. Shanaiah, T. Bezabeh, Biomar. Med. 2009, 3, 307.
19. G. A. N. Gowda, S. Zhang, H. Gu, V. Asiago, N. Shanaiah, D. Raftery, Expert Rev. Mol. Diagn. 2008, 8, 617.
20. O.Beckonert, H.C.Keun, T.M.Ebbels, J.Bundy, E.Holmes, J. C. Lindon, J. K. Nicholson, Nat. Protoc. 2007, 2, 2692.
21. M. R. Viant, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, 310, 943.
22. Y. Xi, J. S. de Ropp, M. R. Viant, D. L. Woodruff, P. Yu, Anal.Chim. Acta 2008, 614, 127.
23. I. F. Duarte, J. Marques, A. F. Ladeirinha, C. Rocha, I. Lamego, R. Calheiros, T. M. Silva, M. P. Marques, J. B. Melo, I. M. Carreira, A. M. Gil, Mol. Biosyst. 2009, 5, 180.
24. R. L. Somorjai, M. Alexander, R. Baumgartner, S. Booth, C. Bowman, A. Demko, B. Dolenko, M. Mandelzweig, A. E. Nikulin, N. Pizzi, E. Pranckeviciene, R. Summers, P. Zhilkin, A data-driven, flexible machine learning strategy for the classification of biomedical data, in Artificial Intelligence Methods and Tools for Systems Biology, Computational Biology Series, Vol.5, (Eds: W.Dubitzky, F.Azuaje), Chapter 5, Springer: Netherlands, 2004, pp 67.
25. National Cancer Institute of Canada, Canadian Cancer Statistics2008, Toronto, 2008.
26. American Cancer Society, Cancer Facts and Figures 2007, Atlanta, 2008.
27. L. A. G. Ries, M. P. Eisner, C. L. Kosary, B. F. Hankey, B. A. Miller, L. Clegg, B. K. Edwards (Eds), SEER Cancer Statistics Review, 1973-1999, National Cancer Institute: Bethesda, MD, 2002, http://seer.cancer.gov/csr/ 1973-1999 [Last accessed in 2002].
28. J. S. Mandel, T. R. Church, F. Ederer, J. H. Bond, J. Natl. Cancer Inst. 1999, 91, 434.
29. D. F. Ransohoff, C. A. Lang, Ann. Intern.Med. 1997, 126, 811.
30. B. Levin, D. Brooks, R. A. Smith, A. Stone, CA Cancer J. Clin. 2003, 53, 44.
31. P. B. Cotton, V. L. Durkalski, B. C. Pineau, Y. Y. Palesch, P. D. Mauldin, B. Hoffman, D. J. Vining, W. C. Small, J. Affronti, D. Rex, K. K. Kopecky, S. Ackerman, J. S. Burdick, C. Brewington, M. A. Turner, A. Zfass, A. R. Wright, R. B. Iyer, P. Lynch, M. V. Sivak, H. Butler, J. Am. Med. Assoc. 2004, 291, 1713.
32. D. A. Ahlquist, J. E. Skoletsky, K. A. Boynton, J. J. Harrington, D. W. Mahoney, W. E. Pierceall, S. N. Thibodeau, A. P. Shuber, Gastroenterology 2000, 119, 1219.
33. T. F. Imperiale, D. F. Ransohoff, S. H. Itzkowitz, B. A. Turnbull, M. E. Ross, N. Engl. J. Med. 2004, 351, 2704.
34. N. K.Osborn, D. A. Ahlquist, Gastroenterology 2005, 128, 192.
35. J. L. Bos, E. R. Fearon, S. R. Hamilton, M. Verlaan de Vries, J. H. Van Boom, A. J. van der Eb, B. Vogelstein, Nature 1987, 327, 93.
36. S. M. Dong, G. Traverso, C. Johnson, L. Geng, R. Favis, K. Boynton, K. Hibi, S. N. Goodman, M. D'Allessio, P. Paty, S. R. Hamilton, D. Sidransky, F. Barany, B. Levin, A. Shuber, K. W. Kinzler, B. Vogelstein, J. Jen, J. Natl. Cancer Inst. 2001, 93, 858.
37. H. M. Muller, M. Oberwalder, H. Fiegl, M. Morandell, G. Goebel, M. Zitt, M. Muhlthaler, D. Ofner, R. Margreiter, M. Widschwendter, Lancet 2004, 363, 1283.
38. T. Bezabeh, R. L. Somorjai, I. C. P. Smith, A. E. Nikulin, B. Dolenko, C. N. Bernstein, Am. J. Gastroenterol. 2001, 96, 442.
39. T. Bezabeh, I. C. P. Smith, E. Krupnik, R. L. Somorjai, D. G. Kitchen, C. N. Bernstein, N. M. Pettigrew, R. P. Bird, K. J. Lewin, K. M. Bri ère, Anticancer Res. 1996, 16, 1553.
40. C. L. Lean, W. B. Mackinnon, E. J. Delikatny, R. H. Whitehead, C. E. Mountford, Biochemistry 1992, 31, 11095.
41. C. L. Lean, R. C. Newland, D. A. Ende, E. L. Bokey, I. C. P. Smith, C. E. Mountford, Magn. Reson.Med. 1993, 30, 525.
42. E. Krupnik, K. M. Brière, R. P. Bird, C. Littman, I. C. Smith, Anticancer Res. 1999, 19, 1699.
43. S. Varma, R. Bird, M. Eskin, B. Dolenko, J. Raju, T. Bezabeh, J.Inflamm. (Lond). 2007, 4, 24.
44. F. P. Martin, Y. Wang, N. Sprenger, E. Holmes, J. C. Lindon, S. Kochhar, J. K. Nicholson, J. Proteome Res. 2007, 6, 1471.
45. C. L. Lean, R. L. Somorjai, I. C. P. Smith, P. Russell, C. E. Mountford, Ann. Rep. NMR Spectrosc. 2002, 48, 71.
46. A. E.Nikulin, B. Dolenko, T. Bezabeh, R. L. Somorjai, NMR Biomed. 1998, 11, 209.
47. R. O. Duda, P. E. Hart, D. G Stork, Pattern Classification (2nd edn), Wiley-Interscience Publication: New York, 2001.
48. A. Okada, H. Takehara, K. Yoshida, M. Nishi, H. Miyake, Y. Kita, N. Komi, Tokushima J. Exp.Med. 1993, 40, 19.
49. S. Shivananda, M. L.Hordijk, F. J.W. Ten Kate, C. S. J. Probert, J. F. Mayberry, Scand. J. Gastroenterol. 1991, 26, 167.
50. A. B. Price, J. Clin. Pathol. 1978, 31, 567.
51. M. Tanaka, R. H. Riddell, Hepatogastroenterology 1990, 37, 18.
52. A. D. Wells, I. McMillan, A. B. Price, J. K. Ritchie, R. J. Nicholls, Br. J. Surg. 1991, 78, 179.