Toward 'Omic scale metabolite profiling: A dual separation-mass spectrometry approach for coverage of lipid and central carbon metabolism

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 14, 2013, Pages 6876-6884

  Ivanisevic, Julijana ^a   Zhu, Zheng Jiang ^a   Plate, Lars ^a   Tautenhahn, Ralf ^a   Chen, Stephen ^a   O'Brien, Peter J ^c   Johnson, Caroline H ^a   Marletta, Michael A ^a   Patti, Gary J ^b   Siuzdak, Gary ^a  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^b WASHINGTON UNIVERSITY   (United States)

^c PFIZER INC   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL EXTRACTS; BIOLOGICAL INFORMATION; CENTRAL CARBON METABOLISMS; ENERGY CURRENCIES; HYDROPHILIC INTERACTION LIQUID CHROMATOGRAPHIES; METABOLITE PROFILING; SEPARATION METHODS; VARIABLE PHYSICAL PROPERTIES;

AMINO ACIDS; BACTERIA; BIOMOLECULES; CARBON; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; PHYSIOLOGY; SEPARATION;

METABOLITES;

CARBON;

ARTICLE; BURKITT LYMPHOMA; HUMAN; LIPID METABOLISM; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; METABOLOMICS; METHODOLOGY; PHYSIOLOGY; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

BURKITT LYMPHOMA; CARBON; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; HUMANS; LIPID METABOLISM; MASS SPECTROMETRY; METABOLOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 84880531636     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac401140h     Document Type: Article

References (47)

1. Patti, G. J.; Yanes, O.; Siuzdak, G. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2012, 13, 263-269
2. Weckwerth, W. Anal. Bioanal. Chem. 2011, 400, 1967-1978
3. Baker, M. Nat. Methods 2011, 8, 117-121
4. Patti, G. J. J. Sep. Sci. 2011, 34, 3460-9
5. Bajad, S. U.; Lu, W.; Kimball, E. H.; Yuan, J.; Peterson, C.; Rabinowitz, J. D. J. Chromatogr., A 2006, 1125, 76-88
6. Yanes, O.; Tautenhahn, R.; Patti, G. J.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2011, 83, 2152-2161
7. McGarry, J. D. Science 1992, 258, 766-70
8. Su, X.; Han, X.; Mancuso, D. J.; Abendschein, D. R.; Gross, R. W. Biochemistry 2005, 44, 5234-45
9. Lu, W.; Bennett, B. D.; Rabinowitz, J. D. J. Chromatogr., B 2008, 871, 236-242
10. Zhang, X.; Clausen, M. R.; Zhao, X.; Zheng, H.; Bertram, H. C. Anal. Chem. 2012, 84, 7785-7792
11. Tautenhahn, R.; Cho, K.; Uritboonthai, W.; Zhu, Z.; Patti, G. J.; Siuzdak, G. Nat. Biotechnol. 2012, 30, 826-828
12. Tautenhahn, R.; Patti, G. J.; Rinehart, D.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2012, 84, 5035-5039
13. Rabinowitz, J. D.; Kimball, E. Anal. Chem. 2007, 79, 6167-6173
14. álvarez-Sánchez, B.; Priego-Capote, F.; Luque de Castro, M. D. Trends Anal. Chem. 2010, 29, 120-127
15. Saric, J.; Want, E. J.; Duthaler, U.; Lewis, M.; Keiser, J.; Shockcor, J. P.; Ross, G. A.; Nicholson, J. K.; Holmes, E.; Tavares, M. F. Anal. Chem. 2012, 84, 6963-72
16. Tulipani, S.; Llorach, R.; Urpi-Sarda, M.; Andres-Lacueva, C. Anal. Chem. 2012, 85, 341-348
17. Vuckovic, D. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 403, 1523-48
18. Spagou, K.; Tsoukali, H.; Raikos, N.; Gika, H.; Wilson, I. D.; Theodoridis, G. J. Sep. Sci. 2010, 33, 716-727
19. Buszewski, B.; Noga, S. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 402, 231-47
20. Vander Heiden, M. G.; Locasale, J. W.; Swanson, K. D.; Sharfi, H.; Heffron, G. J.; Amador-Noguez, D.; Christofk, H. R.; Wagner, G.; Rabinowitz, J. D.; Asara, J. M.; Cantley, L. C. Science 2010, 329, 1492-1499
21. Anastasiou, D.; Poulogiannis, G.; Asara, J. M.; Boxer, M. B.; Jiang, J.-k.; Shen, M.; Bellinger, G.; Sasaki, A. T.; Locasale, J. W.; Auld, D. S.; Thomas, C. J.; Vander Heiden, M. G.; Cantley, L. C. Science 2011, 334, 1278-1283
22. Kiefer, P.; Portais, J.-C.; Vorholt, J. A. Anal. Biochem. 2008, 382, 94-100
23. Baran, R.; Bowen, B. P.; Price, M. N.; Arkin, A. P.; Deutschbauer, A. M.; Northen, T. R. ACS Chem. Biol. 2012, 8, 189-199
24. Yi, C. H.; Pan, H.; Seebacher, J.; Jang, I.-H.; Hyberts, S. G.; Heffron, G. J.; Vander Heiden, M. G.; Yang, R.; Li, F.; Locasale, J. W.; Sharfi, H.; Zhai, B.; Rodriguez-Mias, R.; Luithardt, H.; Cantley, L. C.; Daley, G. Q.; Asara, J. M.; Gygi, S. P.; Wagner, G.; Liu, C.-F.; Yuan, J. Cell 2011, 146, 607-620
25. Locasale, J.; Melman, T.; Song, S.; Yang, X.; Swanson, K.; Cantley, L.; Wong, E.; Asara, J. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, M111.014688-1-M111.014688-12
26. Min, Y.; Susanne, B. B.; Xuemei, Y.; John, M. A. Nat. Protoc. 2012, 7, 872-881
27. Cubbon, S.; Antonio, C.; Wilson, J.; Thomas-Oates, J. Mass Spectrom. Rev. 2010, 29, 671-684
28. Spagou, K.; Wilson, I. D.; Masson, P.; Theodoridis, G.; Raikos, N.; Coen, M.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Plumb, R. S.; Nicholson, J. K.; Want, E. J. Anal. Chem. 2010, 83, 382-390
29. Kind, T.; Tolstikov, V.; Fiehn, O.; Weiss, R. H. Anal. Biochem. 2007, 363, 185-195
30. Kloos, D. P.; Lingeman, H.; Niessen, W. M.; Deelder, A. M.; Giera, M.; Mayboroda, O. A. J. Chromatogr., B 2013, DOI: 10.1016/j.jchromb.2013.02.017
31. Saghatelian, A.; Trauger, S. A.; Want, E. J.; Hawkins, E. G.; Siuzdak, G.; Cravatt, B. F. Biochemistry 2004, 43, 14332-14339
32. de Carvalho, L. P. S.; Zhao, H.; Dickinson, C. E.; Arango, N. M.; Lima, C. D.; Fischer, S. M.; Ouerfelli, O.; Nathan, C.; Rhee, K. Y. Chem. Biol. 2010, 17, 323-332
33. Li, X.; Gianoulis, T. A.; Yip, K. Y.; Gerstein, M.; Snyder, M. Cell 2010, 143, 639-650
34. Patti, G. J.; Yanes, O.; Shriver, L. P.; Courade, J.-P.; Tautenhahn, R.; Manchester, M.; Siuzdak, G. Nat. Chem. Biol. 2012, 8, 232-234
35. Jain, M.; Nilsson, R.; Sharma, S.; Madhusudhan, N.; Kitami, T.; Souza, A. L.; Kafri, R.; Kirschner, M. W.; Clish, C. B.; Mootha, V. K. Science 2012, 336, 1040-1044
36. Zhang, T.; Creek, D. J.; Barrett, M. P.; Blackburn, G.; Watson, D. G. Anal. Chem. 2012, 84, 1994-2001
37. Masson, P.; Alves, A. C.; Ebbels, T. M. D.; Nicholson, J. K.; Want, E. J. Anal. Chem. 2010, 82, 7779-7786
38. Smith, C. A.; Want, E. J.; O'Maille, G.; Abagyan, R.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2006, 78, 779-87
39. Chambers, M. C.; Maclean, B.; Burke, R.; Amodei, D.; Ruderman, D. L.; Neumann, S.; Gatto, L.; Fischer, B.; Pratt, B.; Egertson, J.; Hoff, K.; Kessner, D.; Tasman, N.; Shulman, N.; Frewen, B.; Baker, T. A.; Brusniak, M.-Y.; Paulse, C.; Creasy, D.; Flashner, L.; Kani, K.; Moulding, C.; Seymour, S. L.; Nuwaysir, L. M.; Lefebvre, B.; Kuhlmann, F.; Roark, J.; Rainer, P.; Detlev, S.; Hemenway, T.; Huhmer, A.; Langridge, J.; Connolly, B.; Chadick, T.; Holly, K.; Eckels, J.; Deutsch, E. W.; Moritz, R. L.; Katz, J. E.; Agus, D. B.; MacCoss, M.; Tabb, D. L.; Mallick, P. Nat. Biotechnol. 2012, 30, 918-920
40. Patti, G. J.; Tautenhahn, R.; Siuzdak, G. Nat. Protoc. 2012, 7, 508-516
41. Prince, J. T.; Marcotte, E. M. Anal. Chem. 2006, 78, 6140-6152
42. Kostiainen, R.; Kauppila, T. J. J. Chromatogr., A 2009, 1216, 685-699
43. Guo, Y.; Gaiki, S. J. Chromatogr., A 2011, 1218, 5920-5938
44. Kuhl, C.; Tautenhahn, R.; Böttcher, C.; Larson, T. R.; Neumann, S. Anal. Chem. 2011, 84, 283-289
45. Want, E. J.; Masson, P.; Michopoulos, F.; Wilson, I. D.; Theodoridis, G.; Plumb, R. S.; Shockcor, J.; Loftus, N.; Holmes, E.; Nicholson, J. K. Nat. Protoc. 2013, 8, 17-32
46. Gupta, K. J.; Shah, J. K.; Brotman, Y.; Jahnke, K.; Willmitzer, L.; Kaiser, W. M.; Bauwe, H.; Igamberdiev, A. U. J. Exp. Bot. 2012, 63, 1773-84
47. Gardner, P. R.; Costantino, G.; Szabó, C.; Salzman, A. L. J. Biol. Chem. 1997, 272, 25071-25076