Separation strategies for untargeted metabolomics

Journal of Separation Science

Volumn 34, Issue 24, 2011, Pages 3460-3469

  Patti, Gary J ^a  

^a WASHINGTON UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

Chromatography; Global; Metabolic profiling; Metabolomics; Untargeted

Indexed keywords

GLOBAL; METABOLIC PROFILING; METABOLOMES; METABOLOMICS; MOLECULAR DIAGNOSTICS; UNTARGETED;

METABOLISM; SEPARATION;

CHROMATOGRAPHY;

BIOLOGICAL MARKER; SILICON DIOXIDE;

COLUMN CHROMATOGRAPHY; HUMAN; HYDROPHILIC INTERACTION CHROMATOGRAPHY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; METABOLITE; METABOLOME; METABOLOMICS; MOLECULAR DIAGNOSIS; NONHUMAN; PATHOGENESIS; PHASE SEPARATION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DEGRADATION; PROTEOMICS; REVERSED PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHY; REVIEW; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

CARBOHYDRATES; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; METABOLOMICS;

EID: 83455250219     PISSN: 16159306     EISSN: 16159314     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jssc.201100532     Document Type: Review

References (73)

1. Baker, M., Nat. Methods 2011, 8, 117-121.
2. Ray, L. B., Science 2010, 330, 1337.
3. Dudley, E., Yousef, M., Wang, Y., Griffiths, W. J., Adv. Protein Chem. Struct. Biol. 2010, 80, 45-83.
4. Keun, H. C., Athersuch, T. J., Methods Mol. Biol. 2011, 708, 321-334.
5. Beckonert, O., Coen, M., Keun, H. C., Wang, Y., Ebbels, T. M., Holmes, E., Lindon, J. C., Nicholson, J. k., Nat. Protoc. 2010, 5, 1019-1032.
6. Ludwig, C., Viant, M. R., Phytochem. Anal. 2010, 21, 22-32.
7. Northen, T. R., Yanes, O., Northen, M. T., Marrinucci, D., Uritboonthai, W., Apon, J., Golledge, S. L., Nordstrom, A., Siuzdak, G., Nature 2007, 449, 1033-1036.
8. Han, X., Gross, R. W., Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 367-412.
9. Han, J., Danell, R. M., Patel, J. R., Gumerov, D. R., Scarlett, C. O., Speir, J. P., Parker, C. E., Rusyn, I., Zeisel, S., Borchers, C. H., Metabolomics 2008, 4, 128-140.
10. Greving, M. P., Patti, G. J., Siuzdak, G., Anal. Chem. 2011, 83, 2-7.
11. Gross, R. W., Han, X., Chem. Biol. 2011, 18, 284-291.
12. Han, J., Datla, R., Chan, S., Borchers, C. H., Bioanalysis 2009, 1, 1665-1684.
13. Bollard, M. E., Stanley, E. G., Lindon, J. C., Nicholson, J. K., Holmes, E., NMR Biomed. 2005, 18, 143-162.
14. Vinayavekhin, N., Saghatelian, A., Curr. Protoc. Mol. Biol. 2010, Chapter 30, Unit 30, 31 31-24.
15. Want, E. J., O'Maille, G., Smith, C. A., Brandon, T. R., Uritboonthai, W., Qin, C., Trauger, S. A., Siuzdak, G., Anal. Chem. 2006, 78, 743-752.
16. Yanes, O., Tautenhahn, R., Patti, G. J., Siuzdak, G., Anal. Chem. 2011, 83, 2152-2161.
17. Bajad, S. U., Lu, W., Kimball, E. H., Yuan, J., Peterson, C., Rabinowitz, J. D., J. Chromatogr. A 2006, 1125, 76-88.
18. Tolstikov, V. V., Fiehn, O., Anal. Biochem. 2002, 301, 298-307.
19. Liu, H., Lin, D., Yates, J. R., 3rd, Biotechniques 2002, 32, 898., 900, 902 passim.
20. Wolters, D. A., Washburn, M. P., Yates, J. R., 3rd, Anal. Chem. 2001, 73, 5683-5690.
21. Link, A. J., Eng, J., Schieltz, D. M., Carmack, E., Mize, G. J., Morris, D. R., Garvik, B. M., Yates, J. R., Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676-682.
22. Lv, H., Palacios, G., Hartil, K., Kurland, I. J., J. Proteome Res. 2011, 10, 2104-2112.
23. Sreekumar, A., Poisson, L. M., Rajendiran, T. M., Khan, A. P., Cao, Q., Yu, J., Laxman, B., Mehra, R., Lonigro, R. J., Li, Y., Nyati, M. K., Asan, A., Kalyana-Sundaram, S., Han, B., Cao, X., Byun, J., Omenn, G. S., Ghosh, D., Pennathur, S., Alexander, D. C., Berger, A., Shuster, J. R., Wei, J. T., Varambally, S., Beecher, C., Chinnaiyan, A. M., Nature 2009, 457, 910-914.
24. Wang, T. J., Larson, M. G., Vasan, R. S., Cheng, S., Rhee, R. P., McCabe, E., Lewis, G. D., Fox, C. S., Jacques, P. F., Fernadez, C., O'Donnell, C. J., Carr, S. A., Mootha, V. K., Florez, J. C., Souza, A., Melander, O., Clish, C. B., Gerszten, R. E., Nat. Med. 2011, 17, 448-453.
25. Wang, Z., Klipfell, E., Bennett, B. J., Koeth, R., Levison, B. S., Dugar, B., Feldstein, A. E., Britt, E. B., Fu, X., Chung, Y. M., Wu, Y., Schauer, P., Smith, J. D., Allayee, H., Tang, W. H., DiDonato, J. A., Lusis, A. J., Hazen, S. L., Nature 2011, 472, 57-63.
26. Tautenhahn, R., Patti, G. J., Kalisiak, E., Miyamoto, T., Schmidt, M., Lo, F. Y., McBee, J., Baliga, N. S., Siuzdak, G., Anal. Chem. 2011, 83, 696-700.
27. Smith, C. A., Want, E. J., O'Maille, G., Abagyan, R., Siuzdak, G., Anal. Chem. 2006, 78, 779-787.
28. Taylor, P. J., Clin. Biochem. 2005, 38, 328-334.
29. Bennett, B. D., Kimball, E. H., Gao, M., Osterhout, R., Van Dien, S. J., Rabinowitz, J. D., Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 593-599.
30. Bennett, B. D., Yuan, J., Kimball, E. H., Rabinowitz, J. D., Nat. Protoc. 2008, 3, 1299-1311.
31. Melamud, E., Vastag, L., Rabinowitz, J. D., Anal. Chem. 2010, 82, 9818-9826.
32. Katajamaa, M., Miettinen, J., Oresic, M., Bioinformatics 2006, 22, 634-636.
33. Lommen, A., Anal. Chem. 2009, 81, 3079-3086.
34. Crews, B., Wikoff, W. R., Patti, G. J., Woo, H. K., Kalisiak, E., Heideker, J., Siuzdak, G., Anal. Chem. 2009, 81, 8538-8544.
35. Wishart, D. S., Knox, C., Guo, A. C., Eisner, R., Young, N., Gautam, B., Hau, D. D., Psychogios, N., Dong, E., Bouatra, S., Mandal, R., Sinelnikov, I., Xia, J., Jia, L., Cruz, J. A., Lim, E., Sobsey, C. A., Shrivastava, S., Huang, P., Liu, P., Fang, L., Peng, J., Fradette, R., Cheng, D., Tzur, D., Clements, M., Lewis, A., De Souza, A., Zuniga, A., Dawe, M., Xiong, Y., Clive, D., Greiner, R., Nazyrova, A., Shaykhutdinov, R., Li, L., Vogel, H. J., Forsythe, I., Nucleic Acids Res. 2009, 37, D603-D610.
36. Smith, C. A., O'Maille, G., Want, E. J., Qin, C., Trauger, S. A., Brandon, T. R., Cusotio, D. E., Abagyan, R., Siuzdak, G., Ther. Drug Monit. 2005, 27, 747-751.
37. Wikoff, W. R., Pendyala, G., Siuzdak, G., Fox, H. S., J. Clin. Invest. 2008, 118, 2661-2669.
38. Wikoff, W. R., Anfora, A. T., Liu, J., Schultz, P. G., Lesley, S. A., Peters, E. C., Siuzdak, G., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2009, 106, 3698-3703.
39. Yanes, O., Clark, J., Wong, D. M., Patti, G. J., Sanchez-Ruiz, A., Benton, H. P., Trauger, S. A., Desonts, C., Ding, S., Siuzdak, G., Nat. Chem. Biol. 2010, 6, 411-417.
40. Rodgers, M. A., Saghatelian, A., Yang, P. L., J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 5030-5031.
41. Wikoff, W. R., Nagle, M. A., Kouznetsova, V. L., Tsigelny, I. F., Nigam, S. K., J. Proteome Res. 2011, 10, 2842-2851.
42. Buscher, J. M., Czernik, D., Ewald, J. C., Sauer, U., Zamboni, N., Anal. Chem. 2009, 81, 2135-2143.
43. Alpert, A. J., J. Chromatogr. 1990, 499, 177-196.
44. Huber, J. F. K., Pawlowska, M., Markl, P., J. Chromatogr. A 1990, 500, 257-280.
45. Jandera, P., Anal. Chim. Acta 2011, 692, 1-25.
46. Spagou, K., Tsoukali, H., Raikos, N., Gika, H., Wilson, I. D., Theodoridis, G., J. Sep. Sci. 2010, 33, 716-727.
47. Cubbon, S., Antonio, C., Wilson, J., Thomas-Oates, J., Mass Spectrom. Rev. 2010, 29, 671-684.
48. T'Kindt, R., Storme, M., Deforce, D., Van Bocxlaer, J., J. Sep. Sci. 2008, 31, 1609-1614.
49. Yang, S., Sadilek, M., Lidstrom, M. E., J. Chromatogr. A 2010, 1217, 7401-7410.
50. Bell, D. S., Cramer, H. M., Jones, A. D., J. Chromatogr. A 2005, 1095, 113-118.
51. Buescher, J. M., Moco, S., Sauer, U., Zamboni, N., Anal. Chem. 2010, 82, 4403-4412.
52. Fairchild, J. N., Horvath, K., Gooding, J. R., Campagna, S. R., Guiochon, G., J. Chromatogr. A 2010, 1217, 8161-8166.
53. Dejaegher, B., Vander Heyden, Y., J. Sep. Sci. 2010, 33, 698-715.
54. Pesek, J. J., Matyska, M. T., J. Sep. Sci. 2009, 32, 3999-4011.
55. Pesek, J. J., Matyska, M. T., Loo, J. A., Fischer, S. M., Sana, T. R., J. Sep. Sci. 2009, 32, 2200-2208.
56. Pesek, J. J., Matyska, M. T., Fischer, S. M., Sana, T. R., J. Chromatogr. A 2008, 1204, 48-55.
57. Callahan, D. L., De Souza, D., Bacic, A., Roessner, U., J. Sep. Sci. 2009, 32, 2273-2280.
58. Matyska, M. T., Pesek, J. J., Duley, J., Zamzami, M., Fischer, S. M., J. Sep. Sci. 2010, 33, 930-938.
59. Pesek, J. J., Matyska, M. T., Hearn, M. T., Boysen, R. I., J. Chromatogr. A 2009, 1216, 1140-1146.
60. Weisenberg, S. A., Butterfield, T. R., Fischer, S. M., Rhee, K. Y., J. Sep. Sci. 2009, 32, 2262-2265.
61. de Carvalho, L. P., Zhao, H., Dickinson, C. E., Arango, N. M., Lima, C. D., Fischer, S. M., Ouerfeli, O., Nathan, C., Rhee, K. Y., Chem. Biol. 2010, 17, 323-332.
62. Luo, B., Groenke, K., Takors, R., Wandrey, C., Oldiges, M., J. Chromatogr. A 2007, 1147, 153-164.
63. Stahlberg, J., J. Chromatogr. A 1999, 855, 3-55.
64. Coulier, L., Bas, R., Jespersen, S., Verheij, E., van der Werf, M. J., Hankemeier, T., Anal. Chem. 2006, 78, 6573-6582.
65. Lu, W., Bennett, B. D., Rabinowitz, J. D., J. Chromatogr. B Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2008, 871, 236-242.
66. Dang, L., White, D. W., Gross, S., Bennett, B. D., Bittinger, M. A., Driggers, E. M., Fantin, V. R., Jang, H. G., Jin, S., Keenan, M. C., Marks, K. M., Prins, R. M., Ward, P. S., Yen, K. E., Liau, L. M., Rabinowitz, J. D., Cantley, L. C., Thompson, C. B., Vander Heiden, M. G., Su, S. M., Nature 2009, 462, 739-744.
67. Lu, W., Clasquin, M. F., Melamud, E., Amador-Noguez, D., Caudy, A. A., Rabinowitz, J. D., Anal. Chem. 2010, 82, 3212-3221.
68. Bock, M. J., Neilson, K. L., Dudley, A., J. Chromatogr. B Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2007, 856, 165-170.
69. Piraud, M., Vianey-Saban, C., Petritis, K., Elfakir, C., Steghen, J. P., Bouchu, D., Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005, 19, 1587-1602.
70. Eckstein, J. A., Ammerman, G. M., Reveles, J. M., Ackermann, B. L., J. Neurosci. Methods 2008, 171, 190-196.
71. Gustavsson, S. A., Samskog, J., Markides, K. E., Langstrom, B., J. Chromatogr. A 2001, 937, 41-47.
72. Liu, X., Pohl, C., Woodruff, A., Chen, J., J. Chromatogr. A 2011, 1218, 3407-3412.
73. Liu, X., Pohl, C. A., J. Sep. Sci. 2010, 33, 779-786.