Molecular dynamics simulations of PPI dendrimer-drug complexes

Soft Matter

Volumn 9, Issue 28, 2013, Pages 6482-6496

  Jain, Vaibhav ^a   Maingi, Vishal ^b   Maiti, Prabal K ^b   Bharatam, Prasad V ^a  

^a NATIONAL INSTITUTE OF PHARMACEUTICAL EDUCATION AND RESEARCH NIPER   (India)

^b INDIAN INSTITUTE OF SCIENCE   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; BIOCHEMISTRY; DRUG DELIVERY; DRUG INTERACTIONS; FREE ENERGY; HYDROPHOBICITY; LOADING; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULES; PH; PROPYLENE; SOLUBILITY;

ATOMISTIC MOLECULAR DYNAMICS; BINDING FREE ENERGY; CONFORMATIONAL CHANGE; DENDRIMER CHEMISTRY; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; POISSON BOLTZMANN SURFACE AREAS (PBSA); POLY(PROPYLENE IMINE); POTENTIAL OF MEAN FORCE;

DENDRIMERS;

EID: 84879950830     PISSN: 1744683X     EISSN: 17446848     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3sm50434d     Document Type: Article

References (100)

1. S. Kim, K. Kwon, I. C. Kwon and K. Park, in Nanotechnology in Drug Delivery, ed., M. D. V. Melgardt, P. Aramwit, and, G. S. Kwon, Springer Science, New York, 2009, vol. X, Part IV, pp. 581-596
2. A. R. Menjoge R. M. Kannan D. A. Tomalia Drug Discovery Today 2010 15 171 185
3. M. A. Mintzer M. W. Grinstaff Chem. Soc. Rev. 2010 40 173 190
4. W.-d. Tian Y.-q. Ma Chem. Soc. Rev. 2013 42 705 727
5. A. W. Bosman H. M. Janssen E. W. Meijer Chem. Rev. 1999 99 1665 1688
6. D. A. Tomalia Prog. Polym. Sci. 2005 30 294 324
7. U. Boas P. M. H. Heegaard Chem. Soc. Rev. 2004 33 43 63
8. R. K. Tekade P. V. Kumar N. K. Jain Chem. Rev. 2008 109 49 87
9. V. Vasumathi P. K. Maiti Macromolecules 2010 43 8264 8274
10. B. Nandy P. K. Maiti J. Phys. Chem. B 2011 115 217 230
11. C. Dufes I. F. Uchegbu A. G. Schatzlein Adv. Drug Delivery Rev. 2005 57 2177 2202
12. V. A. Kabanov A. B. Zezin V. B. Rogacheva Z. G. Gulyaeva M. F. Zansochova J. G. H. Joosten J. Brackman Macromolecules 1998 31 5142 5144
13. P. K. Maiti B. Bagchi Nano Lett. 2006 6 2478 2485
14. B. Nandy M. Santosh P. K. Maiti J. Biosci. 2012 37 457 474
15. Y. Cheng L. Zhao Y. Li T. Xu Chem. Soc. Rev. 2011 40 2673 2703
16. J. N. H. Reek S. Arevalo R. van Heerbeek P. C. J. Kamer P. Van Leeuwen Adv. Catal. 2006 49 71 151
17. D. A. Tomalia H. Baker J. Dewald M. Hall G. Kallos S. Martin J. Roeck J. Ryder P. Smith Polym. J. 1985 17 117 132
18. E. M. M. de Brabander-van den Berg E. W. Meijer Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1993 32 1308 1311
19. G. Jayamurugan N. Jayaraman Tetrahedron 2006 62 9582 9588
20. C. Jana G. Jayamurugan R. Ganapathy P. K. Maiti N. Jayaraman A. K. Sood J. Chem. Phys. 2006 124 204719
21. U. Gupta H. B. Agashe A. Asthana N. K. Jain Biomacromolecules 2006 7 649 658
22. S. Svenson A. S. Chauhan Nanomedicine 2008 3 679 702
23. C. Zhao Y. Wang Y. Su H. Zhang L. Ding X. Yan D. Zhao N. Shao X. Ye Y. Cheng Int. J. Pharm. 2011 421 301 319
24. M. Na C. Yiyun X. Tongwen D. Yang W. Xiaomin L. Zhenwei C. Zhichao H. Guanyi S. Yunyu W. Longping Eur. J. Med. Chem. 2006 41 670 674
25. A. K. Patri J. F. Kukowska-Latallo J. R. Baker Adv. Drug Delivery Rev. 2005 57 2203 2214
26. A. V. Ambade E. N. Savariar S. Thayumanavan Mol. Pharm. 2005 2 264 272
27. S. Svenson Eur. J. Pharm. Biopharm. 2009 71 445 462
28. G. L. Amidon H. Lennernas V. P. Shah J. R. Crison Pharm. Res. 1995 12 413 420
29. A. D'Emanuele D. Attwood Adv. Drug Delivery Rev. 2005 57 2147 2162
30. M. Liu K. Kono J. M. J. Frechet J. Controlled Release 2000 65 121 131
31. C. J. Hawker K. L. Wooley J. M. J. Frachet J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1 1993 1287 1297
32. N. K. Jain U. Gupta Expert Opin. Drug Metab. Toxicol. 2008 4 1035 1052
33. B. Devarakonda R. A. Hill M. M. de Villiers Int. J. Pharm. 2004 284 133 140
34. C. Yiyun X. Tongwen Eur. J. Med. Chem. 2005 40 1188 1192
35. U. Gupta H. B. Agashe N. K. Jain J. Pharm. Pharm. Sci. 2007 10 358 367
36. R. N. Prajapati R. K. Tekade U. Gupta V. Gajbhiye N. K. Jain Mol. Pharm. 2009 6 940 950
37. L. Zhao Q. Wu Y. Cheng J. Zhang J. Wu T. Xu J. Am. Chem. Soc. 2010 132 13182 13184
38. J. Hu Y. Cheng Q. Wu L. Zhao T. Xu J. Phys. Chem. B 2009 113 10650 10659
39. Y. Cheng Q. Wu Y. Li T. Xu J. Phys. Chem. B 2008 112 8884 8890
40. W. Yang Y. Li Y. Cheng Q. Wu L. Wen T. Xu J. Pharm. Sci. 2009 98 1075 1085
41. N. K. Jain R. N. Prajapati A. Agarwal U. Gupta A. Asthana Asian J. Pharm. 2009 3 188 196
42. D. Kannaiyan T. Imae Langmuir 2009 25 5282 5285
43. E. Boisselier L. Liang M. Dalko-Csiba J. Ruiz D. Astruc Chem.-Eur. J. 2010 16 6056 6068
44. N. Shao Y. Su J. Hu J. Zhang H. Zhang Y. Cheng Int. J. Nanomed. 2011 6 3361 3372
45. Y. Haba A. Harada T. Takagishi K. Kono J. Am. Chem. Soc. 2004 126 12760 12761
46. D. L. Richter-Egger A. Tesfai S. A. Tucker Anal. Chem. 2001 73 5743 5751
47. P. Miklis T. Cagin W. A. Goddard III J. Am. Chem. Soc. 1997 119 7458 7462
48. P. Posocco M. Ferrone M. Fermeglia S. Pricl Macromolecules 2007 40 2257 2266
49. F. Avila-Salas C. Sandoval J. Caballero S. Guiñez-Molinos L. S. Santos R. E. Cachau F. D. González-Nilo J. Phys. Chem. B 2012 116 2031 2039
50. T. Lewis V. Ganesan J. Phys. Chem. B 2012 116 8269 8281
51. T. Lewis V. Ganesan Soft Matter 2012 8 11817 11830
52. V. Maingi M. V. S. Kumar P. K. Maiti J. Phys. Chem. B 2012 116 4370 4376
53. J. Aumanen T. Kesti V. Sundstrom G. Teobaldi F. Zerbetto N. Werner G. Richardt J. van Heyst F. Vogtle J. Korppi-Tommola J. Phys. Chem. B 2010 114 1548 1558
54. X. Shi I. Lee X. Chen M. Shen S. Xiao M. Zhu J. R. Baker S. H. Wang Soft Matter 2010 6 2539 2545
55. M. Lard S. H. Kim S. Lin P. Bhattacharya P. C. Ke M. H. Lamm Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 9285 9291
56. I. Tanis K. Karatasos J. Phys. Chem. B 2009 113 10984 10993
57. I. Lee I. J. Majoros C. R. Williams B. D. Athey J. R. Baker Jr J. Comput. Theor. Nanosci. 2009 6 54 60
58. T. Chang K. Pieterse M. A. C. Broeren H. Kooijman A. L. Spek P. A. J. Hilbers E. W. Meijer Chem.-Eur. J. 2007 13 7883 7889
59. Y. Peng G. A. Kaminski J. Phys. Chem. B 2005 109 15145 15149
60. G. Teobaldi F. Zerbetto J. Lumin. 2005 111 335 342
61. G. Teobaldi F. Zerbetto J. Am. Chem. Soc. 2003 125 7388 7393
62. A. Quintana E. Raczka L. Piehler I. Lee A. Myc I. Majoros A. Patri T. Thomas J. Mule J. Baker Pharm. Res. 2002 19 1310 1316
63. S. Pricl M. Fermeglia Carbohydr. Polym. 2001 45 23 33
64. I. Lee, B. D. Athey, A. W. Wetzel and J. R. Baker Jr, Molecular dynamics studies on folic acid and fluorescein-derivatized PAMAM dendrimers, Hilton Head Island, South Carolina, USA, 2001
65. G. M. Torrie J. P. Valleau J. Comput. Phys. 1977 23 187 199
66. V. Maingi V. Jain P. V. Bharatam P. K. Maiti J. Comput. Chem. 2012 33 1997 2011
67. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, M. Crowley, R. C. Walker, W. Zhang, K. M. Merz, B. Wang, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, I. Kolossváry, K. F. Wong, F. Paesani, X. Wu, S. Brozell, T. Steinbrecher, H. Gohlke, L. Yang, C. Tan, J. Mongan, V. Hornack, G. Cui, D. H. Mathews, M. G. Seetin, C. Sagui, V. Babin and P. A. Kollman, University of California, AMBER 10, San Francisco, 2008
68. G. J. M. Koper M. H. P. Van Genderen C. Elissen-Roman M. W. P. L. Baars E. W. Meijer M. Borkovec J. Am. Chem. Soc. 1997 119 6512 6521
69. R. C. van Duijvenbode M. Borkovec G. J. M. Koper Polymer 1998 39 2657 2664
70. D. Cakara J. Kleimann M. Borkovec Macromolecules 2003 36 4201 4207
71. V. A. Kabanov A. B. Zezin V. B. Rogacheva Z. G. Gulyaeva M. F. Zansochova J. G. H. Joosten J. Brackman Macromolecules 1999 32 1904 1909
72. Y. Niu L. Sun R. M. Crooks Macromolecules 2003 36 5725 5731
73. J. Wang R. M. Wolf J. W. Caldwell P. A. Kollman D. A. Case J. Comput. Chem. 2004 25 1157 1174
74. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
75. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. van Gunsteren A. DiNola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684 3690
76. L. Verlet Phys. Rev. 1967 159 98 103
77. J. P. Ryckaert G. Ciccotti H. J. C. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 23 327 341
78. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
79. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33 38
80. S. Kumar J. M. Rosenberg D. Bouzida R. H. Swendsen P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1992 13 1011 1021
81. A. Grossfield, http://membrane.urmc.rochester.edu/content/wham, version 2.0.6, 2004
82. J. Srinivasan T. E. Cheatham III P. Cieplak P. A. Kollman D. A. Case J. Am. Chem. Soc. 1998 120 9401 9409
83. G. M. Pavan M. A. Kostiainen A. Danani J. Phys. Chem. B 2010 114 5686 5693
84. G. M. Pavan P. Posocco A. Tagliabue M. Maly A. Malek A. Danani E. Ragg C. V. Catapano S. Pricl Chem.-Eur. J. 2010 16 7781 7795
85. D. Ouyang H. Zhang D. P. Herten H. S. Parekh S. C. Smith J. Phys. Chem. B 2010 114 9220 9230
86. D. Ouyang H. Zhang H. S. Parekh S. C. Smith Biophys. Chem. 2011 158 126 133
87. R. Esfand D. A. Tomalia Drug Discovery Today 2001 6 427 436
88. T. J. Prosa B. J. Bauer E. J. Amis D. A. Tomalia R. Scherrenberg J. Polym. Sci., Part B: Polym. Phys. 1997 35 2913 2924
89. R. Scherrenberg B. Coussens P. van Vliet G. Edouard J. Brackman E. de Brabander K. Mortensen Macromolecules 1998 31 456 461
90. C. Wu Mol. Simul. 2010 36 1164 1172
91. P. K. Maiti T. Çagin S. T. Lin W. A. Goddard Macromolecules 2005 38 979 991
92. J. Rudnick G. Gaspari J. Phys. A: Math. Gen. 1986 19 L191
93. P. K. Maiti R. Messina Macromolecules 2008 41 5002 5006
94. L. J. Twyman A. E. Beezer R. Esfand M. J. Hardy J. C. Mitchell Tetrahedron Lett. 1999 40 1743 1746
95. A. E. Beezer A. S. H. King I. K. Martin J. C. Mitchel L. J. Twyman C. F. Wain Tetrahedron 2003 59 3873 3880
96. A. S. Chauhan S. Sridevi K. B. Chalasani A. K. Jain S. K. Jain N. K. Jain P. V. Diwan J. Controlled Release 2003 90 335 343
97. R. K. Tekade T. Dutta V. Gajbhiye N. K. Jain J. Microencapsulation 2009 26 287 296
98. B. Devarakonda D. P. Otto A. Judefeind R. A. Hill M. M. De Villiers Int. J. Pharm. 2007 345 142 153
99. G. Pistolis A. Malliaris D. Tsiourvas C. M. Paleos Chem.-Eur. J. 1999 5 1440 1444
100. I. Bodnar A. S. Silva R. W. Deitcher N. E. Weisman Y. H. Kim N. J. Wagner J. Polym. Sci., Part B: Polym. Phys. 2000 38 857 873