Accurate determination of pyridine-poly(amidoamme) dendrimer absolute binding constants with the OPLS-AA force field and direct integration of radial distribution functions

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 109, Issue 31, 2005, Pages 15145-15149

  Peng, Yong ^a   Kaminski, George A ^a  

^a CENTRAL MICHIGAN UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ASSOCIATION REACTIONS; BINDING ENERGY; DENDRIMERS; FUNCTIONS; INTEGRATION; MOLECULAR DYNAMICS; RATE CONSTANTS;

ASSOCIATION CONSTANTS; BINDING CONSTANTS; CHLOROFORMS; RADIAL DISTRIBUTION FUNCTIONS (RDF);

NITROGEN COMPOUNDS;

EID: 23844528559     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0511956     Document Type: Article

References (29)

1. See, for example: (a) Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225;
2. (b) Tirado-Rives, J.; Orozco, M.; Jorgensen, W. L. Biochemistry 1997, 36, 7313;
3. (c) Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474.
4. (d) Tominaga, Y.; Jorgensen, W. L. J. Med. Chem. 2004, 47, 2534.
5. (a) Zwanzig, R. W. J. Chem. Phys. 1954, 22, 1420;
6. (b) Price, D. J.; Jorgensen, W. L. J. Comput. Aid Mol. Des. 2001, 15, 681.
7. (a) Tomalia, D. A.; Naylor, A. M.; Goddard, W. A., III. Angew: Chem. 1990, 102, 119;
8. (b) Tomalia, D. A.; Hedstrand, D. M.; Ferritto, M. S. Macromol. 1991, 24, 1435.
9. (a) Kim, E.; Kim, K.; Yang, H.; Kim, Y. T.; Kwak, J. Anal. Chem. 2003, 75, 5665.
10. (b) Huang, B.; Tomalia, D. A. J. Lumin. 2005, 111, 215,.
11. (a) Khopade, A. J.; Caruso, F.; Tripathi, P.; Nagaich, S.; Jain, N. K. Int. J. Pharm. 2002, 232, 157;
12. (b) Tomalia, D. A.; Huang, B.; Swanson, D. R.; Brothers, H. M.; II; Klimash, J. W. Tetrahedron 2003, 59, 3799.
13. Astruc, D.; Chardac, F. Chem. Rew. 2001, 101, 2991.
14. Morgan, M. T.; Carnahan, M. A.; Immoos, C. E.; Ribeiro, A. A.; Finkelstein, S.; Lee, S. J.; Grinstaff, M. W. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15485.
15. Gong, L. Z.; Hu, Q. S.; Pu, L. J. Org. Chem. 2001, 66, 2358.
16. Kovvali, A. S.; Sirkar, K. K. Ind. Eng. Chem. Res. 2002, 41, 2287.
17. Kukowska-Latallo, J. F.; Bielinska, A. U.; Johnson, J.; Spindler, R.; Tomalia, D. A.; Baker, J., Jr. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 4897.
18. Turro, C.; Niu, S.; Bossman, S. H.; Tomalia, D. A.; Turro, N. J. J. Phys. Chem. 1995, 99, 5512.
19. Jansen, J. F. G. A.; deBrabander, E. M. M.; Meijer, E. W. Science 1994, 266, 1226.
20. (a) Newkome, G. R.; Moorefield, C. N.; Baker, G. R.; Saunders, M. J.; Grossman, S. H. Angew. Chem. Int. Edit. Engl. 1991, 30, 1178,;
21. (b) Hawker, C. J.; Wooley, K. L.; Frechet, J. M. J. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1993, 1, 1287;
22. (c) Stevelmans, S.; van Hest, J. C. M.; Jansen, J. F. G. A.; van Boxtel, D. A. F. J.; de Brabander-van den Berg, E. M. M.; Meijer, E. W. J. Am. Chem. Soc. 1996, 115, 7398.
23. (d) Watkins, D. M.; Sayed-Sweet, Y.; Klimash, J. W.; Turro, N. J.; Tomalia, D. A. Langmuir 1997, 13, 3136.
24. (a) Johan, F. G. A.; Jansen, E. W.; Meijer, E. W.; de Brabander-van den Berg, E. M. M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4417.
25. (b) Jansen, J. F. G. A.; de Brabander-van den Berg, E. M. M.; Meijer, E. W. Science 1994, 266, 1226.
26. Jorgensen, W. L.; McDonald, N. A. THEOCHEM 1998, 424,.
27. Jorgensen, W. L. BOSS Version 4.3. Yale University: New Haven, CT, 2001.
28. Santo, M.; Fox, M. A. J. Phys. Org. Chem. 1999, 12, 293.
29. Jorgensen, W. L.; Madura, J. D.; Swenson, C. J. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 6638.