Analysis of PPAR-α/γ activity by combining 2-D QSAR and molecular simulation

Molecular Informatics

Volumn 32, Issue 5-6, 2013, Pages 431-445

  Vallianatou, Theodosia ^a   Lambrinidis, George ^a   Giaginis, Costas ^a,b   Mikros, Emmanuel ^a   Tsantili Kakoulidou, Anna ^a  

^a UNIVERSITY OF ATHENS   (Greece)

^b UNIVERSITY OF THE AEGEAN   (Greece)

Author keywords

2 D QSAR; Drug like descriptors; Dual PPAR ligands; MOLCONN Z descriptors; Molecular simulation; Multivariate data analysis; PLS models

Indexed keywords

COMPUTATIONAL CHEMISTRY; DATA HANDLING; INFORMATION ANALYSIS; MOLECULAR STRUCTURE; MULTIVARIANT ANALYSIS;

2-D QSAR; DATA SET; DESCRIPTORS; DRUG-LIKE DESCRIPTOR; DUAL PPAR-Α/Γ LIGAND; MOLCONN-Z DESCRIPTOR; MOLECULAR SIMULATIONS; MULTIVARIATE DATA ANALYSIS; PLS MODELLING;

STATISTICAL TESTS;

PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTOR ALPHA; PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTOR GAMMA; RECEPTOR SUBTYPE;

ARTICLE; CRYSTAL STRUCTURE; CRYSTALLOGRAPHY; LIPOPHILICITY; MOLECULAR DOCKING; MOLECULAR MECHANICS; MOLECULAR MODEL; PRIORITY JOURNAL; QUANTITATIVE STRUCTURE ACTIVITY RELATION; SIMULATION; TWO DIMENSIONAL QUANTITATIVE STRUCTURE ACTIVITY RELATION;

EID: 84879774795     PISSN: 18681743     EISSN: 18681751     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/minf.201200117     Document Type: Article

References (43)

1. B. Desvergne, W. Wahli, Endocr. Rev. 1999, 20, 649.
2. S. A. Kliewer, B. M. Forman, B. Blumberg, E. S. Ong, U. Borgmeyer, D. J. Mangelsdorf, K. Umesono, R. M. Evans, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1994, 91, 7355.
3. O. Braissant, F. Foufelle, C. Scotto, M. Dauca, W. Wahli, Endocrinology 1996, 137, 354.
4. T. M. Willson, P. J. Brown, D. D. Sternbach, B. R. Henke, J. Med. Chem. 2000, 43, 527.
5. P. Lefebvre, G. Chinetti, J. C. Fruchart, B. Staels, J. Clin. Invest. 2006, 116, 571.
6. R. T. Nolte, G. B. Wisely, S. Westin, J. E. Cobb, M. H. Lambert, R. Kurokawa, M. G. Rosenfeld, T. M. Willson, C. K. Glass, M. V. Milburn, Nature 1998, 395, 137.
7. S. Kersten, PPAR Res. 2008, Article ID 132960.
8. C. Fievet, J. C. Fruchart, B. Staels, Curr. Opin. Pharmacol. 2006, 6, 606.
9. D. K. Wysowski, G. Armstrong, L. Governale, Diabetes Care 2003, 26, 1852.
10. C. Patel, K. L. Wyne, D. K. McGuire, Diab. Vasc. Dis. Res. 2005, 2, 61.
11. M. T. Smith, Chem. Res. Toxicol. 2003, 16, 679.
12. F. Blaschke, Y. Takata, E. Caglayan, R. E. Law, W. A. Hsueh, Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol. 2006, 26, 28.
13. B. Pourcet, J. C. Fruchart, B. Staels, C. Glineur, Expert Opin. Emerg. Drugs 2006, 11, 379.
14. L. C. Pickavance, C. L. Brand, K. Wassermann, J. P. Wilding, Br. J. Pharmacol. 2005, 144, 308.
15. S. Khanna, M. E. Sobhia, P. V. Bharatam, J. Med. Chem. 2005, 48, 3015.
16. S. Sundriyal, P. V. Bharatam, Eur. J. Med. Chem. 2009, 44, 42.
17. P. Shah, A. Mittal, P. V. Bharatam, Eur. J. Med. Chem. 2008, 43, 2784.
18. C. Rucker, M. Scarsi, M. Meringer, Bioorg. Med. Chem. 2006, 14, 5178.
19. A. Dixit, A. K. Saxena, Eur. J. Med. Chem. 2008, 43, 73.
20. J. Uppenberg, C. Svensson, M. Jaki, G. Bertilsson, L. Jendeberg, A. Berkenstam, J. Biol. Chem. 1998, 273, 31108.
21. Y. Li, M. Choi, K. Suino, A. Kovach, J. Daugherty, S. A. Kliewer, H. E. Xu, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2005, 102, 9505.
22. R. T. Gampe, Jr., V. G. Montana, M. H. Lambert, A. B. Miller, R. K. Bledsoe, M. V. Milburn, S. A. Kliewer, T. M. Willson, H. E. Xu, Mol. Cell 2000, 5, 545.
23. H. E. Xu, M. H. Lambert, V. G. Montana, K. D. Plunket, L. B. Moore, J. L. Collins, J. A. Oplinger, S. A. Kliewer, R. T. Gampe, Jr., D. D. McKee, J. T. Moore, T. M. Willson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2001, 98, 13919.
24. V. Zoete, A. Grosdidier, O. Michielin, Biochim. Biophys. Acta 2007, 1771, 915.
25. P. Cronet, J. F. Petersen, R. Folmer, N. Blomberg, K. Sjoblom, U. Karlsson, E. L. Lindstedt, K. Bamberg, Structure 2001, 9, 699.
26. P. Markt, R. K. Petersen, E. N. Flindt, K. Kristiansen, J. Kirchmair, G. Spitzer, S. Distinto, D. Schuster, G. Wolber, C. Laggner, T. Langer, J. Med. Chem. 2008, 51, 6303.
27. C. Giaginis, S. Theocharis, A. Tsantili-Kakoulidou, Chem. Biol. Drug Des. 2008, 72, 257.
28. C. Giaginis, S. Theocharis, A. Tsantili-Kakoulidou, Qsar Comb. Sci. 2009, 28, 802.
29. L. Eriksson, E. Johansson, Chemometr. Intell. Lab. 1996, 34, 1.
30. L. Eriksson, E. Johansson, N. Kettaneh-Wold, S. Wold, Multi- and Megavariate Data Analysis, Principles and Applications, Umetrics AB, Umea, Sweden, 2001.
31. A. Benardeau, J. Benz, A. Binggeli, D. Blum, M. Boehringer, U. Grether, H. Hilpert, B. Kuhn, H. P. Marki, M. Meyer, K. Puntener, S. Raab, A. Ruf, D. Schlatter, P. Mohr, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2009, 19, 2468.
32. G. Fracchiolla, A. Laghezza, L. Piemontese, G. Carbonara, A. Lavecchia, P. Tortorella, M. Crestani, E. Novellino, F. Loiodice, ChemMedChem. 2007, 2, 641.
33. H. Pingali, M. Jain, S. Shah, P. Makadia, P. Zaware, A. Goel, M. Patel, S. Giri, H. Patel, P. Patel, Bioorg. Med. Chem. 2008, 16, 7117.
34. H. Pingali, M. Jain, S. Shah, P. Patil, P. Makadia, P. Zaware, K. V. Sairam, J. Jamili, A. Goel, M. Patel, P. Patel, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2008, 18, 6471.
35. Y. G. Suh, N. J. Kim, B. W. Koo, K. O. Lee, S. H. Moon, D. H. Shin, J. W. Jung, S. M. Paek, D. J. Chang, F. Li, H. J. Kang, T. V. Le, Y. N. Chae, C. Y. Shin, M. K. Kim, J. I. Lim, J. S. Ryu, H. J. Park, J. Med. Chem. 2008, 51, 6318.
36. K. G. Liu, J. S. Smith, A. H. Ayscue, B. R. Henke, M. H. Lambert, L. M. Leesnitzer, K. D. Plunket, T. M. Willson, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2001, 11, 2385.
37. A. Tsantili-Kakoulidou, L. B. Kier, Pharm. Res. 1992, 9, 1321.
38. L. B. Kier, L. H. Hall, Molecular Connectivity in Structure Activity Analysis, Wiley, London, 1986.
39. http://203.200.173.43:8080/rmsquare/
40. K. Roy, L. Mitra, S. Kar, P. Ojha, R. N. Das, H. Kabir, J. Chem. Inf. Model. 2012, 52, 396.
41. P. K. Ojha, I. Mitra, R. N. Das, K. Roy, Chemom. Intell. Lab. Syst. 2011, 107, 194.
42. B. O. Al-Najjar, H. A. Wahab, T. S. Tengku Muhammad, A. C. Shu-Chien, N. A. Ahmad Noruddin, M. O. Taha, Eur. J. Med. Chem. 2011, 46, 2513.
43. G. M. Keseru, I. Kolossvary, J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12708.