Binding kinetics and affinities of heterodimeric versus homodimeric HIV-1 reverse transcriptase on DNA-DNA substrates at the single-molecule level

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 117, Issue 16, 2013, Pages 4560-4567

  Marko, Ryan A ^a   Liu, Hsiao Wei ^a   Ablenas, Christopher J ^a   Ehteshami, Maryam ^a   Götte, Matthias ^a   Cosa, Gonzalo ^a  

^a MCGILL UNIVERSITY   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; BIOMOLECULES; DIMERS; DISSOCIATION; MOLECULES; PROTEINS; RATE CONSTANTS; RNA;

BINDING AFFINITIES; DIMER DISSOCIATION; DISSOCIATION RATE CONSTANT; DOUBLE STRANDED DNA; EQUILIBRIUM DISSOCIATION CONSTANT; FLUORESCENCE ENHANCEMENT; HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE; SINGLE MOLECULE LEVEL;

DNA;

EID: 84876525117     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp308674g     Document Type: Article

References (48)

1. di Marzo Veronese, F.; Copeland, T. D.; DeVico, A. L.; Rahman, R.; Oroszlan, S.; Gallo, R. C.; Sarngadharan, M. G. Science 1986, 231, 1289-1291
2. Starnes, M. C.; Gao, W. Y.; Ting, R. Y.; Cheng, Y. C. J. Biol. Chem. 1988, 263, 5132-5134
3. Le Grice, S. F. J.; Naas, T.; Wohlgensinger, B.; Schatz, O. EMBO J. 1991, 10, 3905-3911
4. Kohlstaedt, L. A.; Wang, J.; Friedman, J. M.; Rice, P. A.; Steitz, T. A. Science 1992, 256, 1783-1790
5. Wang, J.; Smerdon, S. J.; Jager, J.; Kohlstaedt, L. A.; Rice, P. A.; Friedman, J. M.; Steitz, T. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 7242-7246
6. Hostomsky, Z.; Hostomska, Z.; Fu, T. B.; Taylor, J. J. Virol. 1992, 66, 3179-3182
7. Sluis-Cremer, N.; Arion, D.; Abram, M. E.; Parniak, M. A. Int. J. Biochem. Cell Biol. 2004, 36, 1836-1847
8. Ghosh, M.; Jacques, P. S.; Rodgers, D. W.; Ottman, M.; Darlix, J.-L.; Le Grice, S. F. J. Biochemistry 1996, 35, 8553-8562
9. Tachedjian, G.; Aronson, H.-E. G.; Goff, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 6334-6339
10. Wu, J.; Amandoron, E.; Li, X.; Wainberg, M. A.; Parniak, M. A. J. Biol. Chem. 1993, 268, 9980-9985
11. Müller, B.; Restle, T.; Weiss, S.; Gautel, M.; Sczakiel, G.; Goody, R. S. J. Biol. Chem. 1989, 264, 13975-13978
12. Le Grice, S. F. J.; Grüninger-Leitch, F. Eur. J. Biochem. 1990, 187, 307-314
13. Maier, G.; Dietrich, U.; Panhans, B.; Schröder, B.; Rübsamen-Waigmann, H.; Cellai, L.; Hermann, T.; Heumann, H. Eur. J. Biochem. 1999, 261, 10-18
14. Bavand, M. R.; Wagner, R.; Richmond, T. J. Biochemistry 1993, 32, 10543-10552
15. Fletcher, R. S.; Holleschak, G.; Nagy, E.; Arion, D.; Borkow, G.; Gu, Z.; Wainberg, M. A.; Parniak, M. A. Protein Expression Purif. 1996, 7, 27-32
16. El Dirani-Diab, R.; Andreola, M. L.; Nevinsky, G.; Tharaud, D.; Barr, P. J.; Litvak, S.; Tarrago-Litvak, L. FEBS Lett. 1992, 301, 23-28
17. Hansen, J.; Schulze, T.; Mellert, W.; Moelling, K. EMBO J. 1988, 7, 239-243
18. Hizi, A.; McGill, C.; Hughes, S. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 1218-1222
19. Restle, T.; Müller, B.; Goody, R. S. J. Biol. Chem. 1990, 265, 8986-8988
20. Tisdale, M.; Ertl, P.; Larder, B. A.; Purifoy, D. J.; Darby, G.; Powell, K. L. J. Virol. 1988, 62, 3662-3667
21. Liu, H.-W.; Zeng, Y.; Landes, C. F.; Kim, Y. J.; Zhu, Y.; Ma, X.; Vo, M.-N.; Musier-Forsyth, K.; Barbara, P. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 5261-5267
22. Cosa, G.; Harbron, E. J.; Zeng, Y.; Liu, H.-W.; O Connor, D. B.; Eta-Hosokawa, C.; Musier-Forsyth, K.; Barbara, P. F. Biophys. J. 2004, 87, 2759-2767
23. Berezhna, S. Y.; Gill, J.; Lamichhane, R.; Millar, D. P. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 11261-11268
24. Abbondanzieri, E. A.; Bokinsky, G.; Rausch, J. W.; Zhang, J. X.; Le Grice, S. F. J.; Zhuang, X. Nature 2008, 453, 184-189
25. Christian, T. D.; Romano, L. J.; Rueda, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 21109-21114
26. Myong, S.; Rasnik, I.; Joo, C.; Lohman, T. M.; Ha, T. Nature 2005, 437, 1321-1325
27. Rasnik, I.; Myong, S.; Cheng, W.; Lohman, T. M.; Ha, T. J. Mol. Biol. 2004, 336, 395-408
28. Joo, C.; McKinney, S. A.; Nakamura, M.; Rasnik, I.; Myong, S.; Ha, T. Cell 2006, 126, 515-527
29. Hwang, H.; Kim, H.; Myong, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 7414-7418
30. Luo, G.; Wang, M.; Konigsberg, W. H.; Xie, X. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 12610-12615
31. Ngo, A. T.; Karam, P.; Fuller, E.; Burger, M.; Cosa, G. J. Am. Chem. Soc. 2007, 130, 457-459
32. Karam, P.; Ngo, A. T.; Rouiller, I.; Cosa, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 17480-17485
33. Liu, H.-W.; Ngo, A. T.; Cosa, G. J. Am. Chem. Soc. 2011, 134, 1648-1652
34. Ding, J.; Das, K.; Hsiou, Y.; Sarafianos, S. G.; Clark, A. D., Jr.; Jacobo-Molina, A.; Tantillo, C.; Hughes, S. H.; Arnold, E. J. Mol. Biol. 1998, 284, 1095-1111
35. Debyser, Z.; De Clercq, E. Protein Sci. 1996, 5, 278-286
36. McKinney, S. A.; Joo, C.; Ha, T. Biophys. J. 2006, 91, 1941-1951
37. Kruhøfter, M.; Urbanke, C.; Grosse, F. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 3943-3949
38. Levitus, M.; Ranjit, S. Q. Rev. Biophys. 2011, 44, 123-151
39. Götte, M.; Maier, G.; Onori, A. M.; Cellai, L.; Wainberg, M. A.; Heumann, H. J. Biol. Chem. 1999, 274, 11159-11169
40. Biondi, M. J.; Beilhartz, G. L.; McCormick, S.; Götte, M. J. Biol. Chem. 2010, 285, 26966-26975
41. Venezia, C. F.; Howard, K. J.; Ignatov, M. E.; Holladay, L. A.; Barkley, M. D. Biochemistry 2006, 45, 2779-2789
42. Venezia, C. F.; Meany, B. J.; Braz, V. A.; Barkley, M. D. Biochemistry 2009, 48, 9084-9093
43. DeStefano, J. J.; Bambara, R. A.; Fay, P. J. Biochemistry 1993, 32, 6908-6915
44. Kati, W. M.; Johnson, K. A.; Jerva, L. F.; Anderson, K. S. J. Biol. Chem. 1992, 267, 25988-25997
45. Zheng, X.; Mueller, G. A.; Cuneo, M. J.; DeRose, E. F.; London, R. E. Biochemistry 2010, 49, 2821-2833
46. Ignatov, M. E.; Berdis, A. J.; Le Grice, S. F. J.; Barkley, M. D. Biochemistry 2005, 44, 5346-5356
47. Bohlayer, W. P.; DeStefano, J. J. Biochemistry 2006, 45, 7628-7638
48. Reardon, J. E. J. Biol. Chem. 1993, 268, 8743-8751