A new quantum calibrated force field for zinc-protein complex

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 3, 2013, Pages 1788-1798

  Zhu, Tong ^a   Xiao, Xudong ^a,b   Ji, Changge ^a,b   Zhang, John Z H ^a,b,c  

^a EAST CHINA NORMAL UNIVERSITY   (China)

^b EAST CHINA NORMAL UNIVERSITY   (China)

^c NEW YORK UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84874849340     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct301091z     Document Type: Article

References (93)

1. Peters, M. B. The application of semiempirical method in drug design. Ph.D. thesis, University of Florida, Gainesville, FL, 2005.
2. Maret, W. J. Inorg. Biochem. 2012, 111, 110-116
3. Andreini, C.; Bertini, I. J. Inorg. Biochem. 2012, 111, 150-156
4. Maret, W.; Li, Y. Chem. Rev. 2009, 109, 4682-4707
5. Auld, D. S. Biometals 2001, 14, 271-313
6. Patel, K.; Kumar, A.; Durani, S. Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2007, 1774, 1247-1253
7. Andreini, C.; Bertini, I.; Cavallaro, G. PLoS One 2011, 6, e26325
8. Tamames, B.; Sousa, S. F.; Tamames, J.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. Proteins 2007, 69, 466-475
9. Maret, W. J. Anal. At. Spectrom. 2004, 19, 15-19
10. Sousa, S. F.; Lopes, A. B.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. Dalton Trans. 2009, 7946-7956
11. Lee, Y.-m.; Lim, C. J. Mol. Biol. 2008, 379, 545-553
12. Banci, L. Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7, 143-149
13. Zimmer, M. Coord. Chem. Rev. 2009, 253, 817-826
14. Hu, L.; Ryde, U. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2452-2463
15. Tjornhammar, R.; Edholm, O. J. Chem. Phys. 2010, 132, 205101-205109
16. Sternberg, U.; Koch, F. T.; Brauer, M.; Kunert, M.; Anders, E. J. Mol. Model. 2001, 7, 54-64
17. Dal Peraro, M.; Spiegel, K.; Lamoureux, G.; De Vivo, M.; DeGrado, W. F.; Klein, M. L. J. Struct. Biol. 2007, 157, 444-453
18. Li, W.; Zhang, J.; Wang, J.; Wang, W. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 892-900
19. Chakravorty, D. K.; Wang, B.; Lee, C. W.; Giedroc, D. P.; Merz, K. M., Jr. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 3367-3376
20. Wu, R.; Cao, Z.; Zhang, Y. Prog. Chem. 2012, 24, 1175-1184
21. Zhang, J.; Yang, W.; Piquemal, J.-P.; Ren, P. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 1314-1324
22. Chang, S.; Jiao, X.; Hu, J.-P.; Chen, Y.; Tian, X.-H. Int. J. Mol. Sci. 2010, 11, 4014-4034
23. Lee, J.; Kim, J.-S.; Seok, C. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 7662-7671
24. Seneque, O.; Latour, J.-M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 17760-17774
25. Tang, J.; Kang, S.-G.; Saven, J. G.; Gai, F. J. Mol. Biol. 2009, 389, 90-102
26. Seneque, O.; Bonnet, E.; Joumas, F. L.; Latour, J.-M. Chem.-Eur. J. 2009, 15, 4798-4810
27. Li, W.; Zhang, J.; Su, Y.; Wang, J.; Qin, M.; Wang, W. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 13814-13821
28. Wise-Scira, O.; Xu, L.; Perry, G.; Coskuner, O. J. Biol. Inorg. Chem. 2012, 17, 927-938
29. Miller, Y.; Ma, B.; Nussinov, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 9490-9495
30. Yang, T.-Y.; Dudev, T.; Lim, C. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 3844-3852
31. Kuppuraj, G.; Dudev, M.; Lim, C. J. Phys. Chem. B. 2009, 113, 2952-2960
32. Dudev, T.; Lim, C. Annu. Rev. Biophys. 2008, 37, 97-116
33. Alberts, I. L.; Nadassy, K.; Wodak, S. J. Protein Sci. 1998, 7, 1700-1716
34. Elstner, M.; Cui, Q.; Munih, P.; Kaxiras, E.; Frauenheim, T.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2003, 24, 565-581
35. Thomas, P. W.; Zheng, M.; Wu, S.; Guo, H.; Liu, D.; Xu, D.; Fast, W. Biochemistry 2011, 50, 10102-10113
36. Wu, R.; Lu, Z.; Cao, Z.; Zhang, Y. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 6110-6113
37. Wu, R.; Hu, P.; Wang, S.; Cao, Z.; Zhang, Y. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 337-343
38. Wu, R.; Wang, S.; Zhou, N.; Cao, Z.; Zhang, Y. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 9471-9479
39. Kaukonen, M.; Soderhjelm, P.; Heimdal, J.; Ryde, U. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 12537-12548
40. Norrby, P. O.; Brandt, P. Coord. Chem. Rev. 2001, 212, 79-109
41. Donini, O. A. T.; Kollman, P. A. J. Med. Chem. 2000, 43, 4180-4188
42. Hoops, S. C.; Anderson, K. W.; Merz, K. M., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 8262-8270
43. Vedani, A.; Huhta, D. W. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 4759-4767
44. Lin, F.; Wang, R. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1852-1870
45. Peters, M. B.; Yang, Y.; Wang, B.; Fuesti-Molnar, L.; Weaver, M. N.; Merz, K. M., Jr. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2935-2947
46. Dixit, P. D.; Asthagiri, D. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 7374-7382
47. Burger, S. K.; Lacasse, M.; Verstraelen, T.; Drewry, J.; Gunning, P.; Ayers, P. W. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 554-562
48. Pang, Y. P. J. Mol. Model 1999, 5, 196-202
49. Pang, Y. P. Proteins 2001, 45, 183-189
50. Pang, Y. P.; Xu, K.; El Yazal, J.; Prendergast, F. G. Protein Sci. 2000, 9, 1857-1865
51. Pang, Y.-P.; Davis, J.; Wang, S.; Park, J. G.; Nambiar, M. P.; Schmidt, J. J.; Millard, C. B. PLoS One 2010, 5, e10129
52. Pang, Y.-P.; Vummenthala, A.; Mishra, R. K.; Park, J. G.; Wang, S.; Davis, J.; Millard, C. B.; Schmidt, J. J. PLoS One 2009, 4, e7730
53. Stote, R. H.; Karplus, M. Proteins 1995, 23, 12-31
54. Calimet, N.; Simonson, T. J. Mol. Graphics Modell. 2006, 24, 404-411
55. Sakharov, D. V.; Lim, C. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4921-4929
56. Sakharov, D. V.; Lim, C. J. Comput. Chem. 2009, 30, 191-202
57. Dal Peraro, M. D.; Spiegel, K.; Lamoureux, G.; De Vivo, M.; DeGrado, W. F.; Klein, M. L. J. Struct. Biol. 2007, 157, 444-453
58. Russell, A. J.; Fersht, A. R. Nature 1987, 328, 496-500
59. Bashford, D.; Karplus, M.; Canters, G. W. J. Mol. Biol. 1988, 203, 507-510
60. Roux, B. Chem. Phys. Lett. 1993, 212, 231-240
61. Lu, Y.; Mei, Y.; Zhang, J. Z. H.; Zhang, D. J. Chem. Phys. 2010, 132, 131101-131104
62. Gresh, N. J. Comput. Chem. 1995, 16, 856-882
63. Tiraboschi, G.; Roques, B. P.; Gresh, N. J. Comput. Chem. 1999, 20, 1379-1390
64. Tiraboschi, G.; Gresh, N.; Giessner-Prettre, C.; Pedersen, L. G.; Deerfield, D. W. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1011-1039
65. Garmer, D. R.; Gresh, N. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3556-3567
66. Gresh, N.; Stevens, W. J.; Krauss, M. J. Comput. Chem. 1995, 16, 843-855855
67. Gresh, N.; Piquemal, J. P.; Krauss, M. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1113-1130
68. Gresh, N.; de Courcy, B.; Piquemal, J.-P.; Foret, J.; Courtiol-Legourd, S.; Salmon, L. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 8304-8316
69. de Courcy, B.; Piquemal, J.-P.; Gresh, N. J. Chem. Theory Comput 2008, 4, 1659-1668
70. De Courcy, B.; Gresh, N.; Piquemal, J. P. Interdiscip. Sci.: Comput. Life Sci. 2009, 1, 55-60
71. De Courcy, B.; Dognon, J.-P.; Clavaguera, C.; Gresh, N.; Piquemal, J.-P. Int. J. Quantum Chem. 2011, 111, 1213-1221
72. Antony, J.; Piquemal, J. P.; Gresh, N. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1131-1147
73. Wu, J. C.; Piquemal, J.-P.; Chaudret, R.; Reinhardt, P.; Ren, P. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2059-2070
74. Li, Y. L.; Mei, Y.; Zhang, D. W.; Xie, D. Q.; Zhang, J. Z. H. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 10154-10162
75. Ji, C. G.; Xiao, X.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2157-2164
76. Babu, C. S.; Lim, C. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 691-699
77. Diaz, N.; Suarez, D.; Merz, K. M. Chem. Phys. Lett. 2000, 326, 288-292
78. D'Angelo, P.; Barone, V.; Chillemi, G.; Sanna, N.; Meyer-Klaucke, W.; Pavel, N. V. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1958-1967
79. Yu, H.; Whitfield, T. W.; Harder, E.; Lamoureux, G.; Vorobyov, I.; Anisimov, V. M.; MacKerell, A. D., Jr.; Roux, B. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 774-786
80. Obst, S.; Bradaczek, H. J. Mol. Model. 1997, 3, 224-232
81. Fatmi, M. Q.; Hofer, T. S.; Randolf, B. R.; Rode, B. M. J. Chem. Phys. 2005, 123
82. Mohammed, A. M.; Loeffler, H. H.; Inada, Y.; Tanada, K.-i.; Funahashi, S. J. Mol. Liq. 2005, 119, 55-62
83. Migliorati, V.; Mancini, G.; Chillemi, G.; Zitolo, A.; D'Angelo, P. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 4798-4803
84. Dudev, T.; Lim, C. Acc. Chem. Res. 2006, 40, 85-93
85. Lee, Y.-M.; Lim, C. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 8691-8703
86. Levy, R.; Sobolev, V.; Edelman, M. Hum. Mutat. 2011, 32, 1309-1318
87. Tiwari, M. K.; Singh, R. K.; Singh, R.; Jeya, M.; Zhao, H.; Lee, J.-K. J. Biol. Chem. 2012, 287, 19429-19439
88. Hong, M.; Fitzgerald, M. X.; Harper, S.; Luo, C.; Speicher, D. W.; Marmorstein, R. Structure 2008, 16, 1019-1026
89. Raha, K.; Merz, K. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1020-1021
90. Jain, T.; Jayaram, B. Proteins 2007, 67, 1167-1178
91. Raha, K.; Merz, K. M. J. Med. Chem. 2005, 48, 4558-4575
92. Yoshida, T.; Hitaoka, S.; Mashima, A.; Sugimoto, T.; Matoba, H.; Chuman, H. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 10283-10289
93. Nicholls, A.; Honig, B. J. Comput. Chem. 1991, 12, 435-445