The Zinc proteome: A tale of stability and functionality

Dalton Transactions

Volumn , Issue 38, 2009, Pages 7946-7956

  Sousa, Sérgio Filipe ^a   Lopes, Ana Branca ^a   Fernandes, Pedro Alexandrino ^a   Ramos, Maria João ^a  

^a UNIVERSITY OF PORTO   (Portugal)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COORDINATION SPHERE; EXPERIMENTAL TECHNIQUES; METAL COFACTORS; METAL COORDINATION SPHERES; METALLO-PROTEINS; MOLECULAR ELECTROSTATIC POTENTIALS; PROTEIN DATA BANK; PROTEOMES; QUANTUM-MECHANICAL CALCULATION; STRUCTURAL DATABASE; X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURES;

BIOLOGICAL SYSTEMS; CHEMICAL PROPERTIES; IRON COMPOUNDS; MANGANESE; MANGANESE COMPOUNDS; METAL DRAWING; PROTEINS; SPHERES; SYSTEM STABILITY; THERMODYNAMIC STABILITY; ZINC COMPOUNDS;

ZINC;

METALLOPROTEIN; PROTEOME; ZINC;

ARTICLE; CHEMISTRY; CLASSIFICATION; METABOLISM; PROTEIN DATABASE; QUANTUM THEORY; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; DATABASES, PROTEIN; METALLOPROTEINS; PROTEOME; QUANTUM THEORY; ZINC;

EID: 70349310441     PISSN: 14779226     EISSN: 14779234     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b904404c     Document Type: Article

References (60)

1. A. J. Thomson H. B. Gray Curr. Opin. Chem. Biol. 1998 2 155
2. B. L. Vallee D. S. Auld Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1990 87 220
3. C. Andreini L. Banci I. Bertini A. Rosato J. Proteome Res. 2006 5 196
4. W. Maret J. Anal. At. Spectrom. 2004 19 15
5. F. C. Bernstein T. F. Koetzle G. J. B. Williams E. F. Meyer M. D. Brice J. R. Rodgers O. Kennard T. Shimanouchi M. Tasumi J. Mol. Biol. 1977 112 535
6. K. A. McCall C. C. Huang C. A. Fierke J Nutr 2000 130 1437S
7. W. N. Lipscomb N. Strater Chem. Rev. 1996 96 2375
8. T. Dudev C. Lim Chem. Rev. 2003 103 773
9. J. E. Penner-Hahn Coord. Chem. Rev. 2005 249 161
10. I. L. Alberts K. Nadassy S. J. Wodak Protein Sci. 1998 7 1700
11. T. Dudev Y. L. Lin M. Dudev C. Lim J. Am. Chem. Soc. 2003 125 3168
12. B. Tamames S. F. Sousa J. Tamames P. A. Fernandes M. J. Ramos Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007 69 466
13. K. Patel A. Kumar S. Durani Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2007 1774 1247
14. B. L. Vallee D. S. Auld Biochemistry 1990 29 5647
15. D. N. Silverman R. Mckenna Acc. Chem. Res. 2007 40 669
16. G. P. Miscione M. Stenta D. Spinelli E. Anders A. Bottoni Theor. Chem. Acc. 2007 118 193
17. G. Naray-Szabo G. G. Ferenczy Chem. Rev. 1995 95 829
18. S. G. Bell B. L. Vallee ChemBioChem 2009 10 55
19. C. A. Blindauer P. J. Sadler Acc. Chem. Res. 2005 38 62
20. G. Henkel B. Krebs Chem. Rev. 2004 104 801
21. R. S. Brown Curr. Opin. Struct. Biol. 2005 15 94
22. I. Baglivo L. Russo S. Esposito G. Malgieri M. Renda A. Salluzzo B. Di Blasio C. Isernia R. Fattorusso P. V. Pedone Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 6933
23. W. Bode F. X. Gomisruth R. Huber R. Zwilling W. Stocker Nature 1992 358 164
24. W. M. Gong X. Y. Zhu S. J. Liu M. K. Teng L. W. Niu J. Mol. Biol. 1998 283 657
25. C. Tallant R. Garcia-Castellanos J. Seco U. Baumann F. X. Gomis-Ruth J. Biol. Chem. 2006 281 17920
26. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchin, J. B. Cross, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malik, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, A. Al-Lahan, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, Gaussian 03 2004, Revision C.02, Gaussian, Inc., Wallingford CT
27. T. Ziegler Chem. Rev. 1991 91 651
28. S. F. Sousa P. A. Fernandes M. J. Ramos J. Phys. Chem. A 2007 111 10439
29. U. Ryde Biophys. J. 1999 77 2777
30. S. F. Sousa P. A. Fernandes M. J. Ramos J. Phys. Chem. B 2007 111 9146
31. A. D. Becke Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1988 38 3098
32. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1996 104 1040
33. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648
34. C. Lee W. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1988 37 785
35. P. J. Stephens P. J. Devlin C. F. Chabalowski M. J. Frisch J. Phys. Chem. 1994 98 11623
36. F. A. Hamprecht A. J. Cohen D. J. Tozer N. C. Handy J. Chem. Phys. 1998 109 6264
37. J. P. Perdew Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1986 33 8822
38. J. P. Perdew, Electronic Structure of Solids '91, Akademie Verlag, Berlin, 1991
39. D. Andrae U. Haussermann M. Dolg H. Stoll H. Preuss Theor. Chim. Acta 1990 77 123
40. T. H. Dunning and P. J. Hay, Modern Theoretical Chemistry, Plenum, New York, 1976
41. M. Dolg U. Wedig H. Stoll H. Preuss J. Chem. Phys. 1987 86 866
42. E. Cances B. Mennucci J. Tomasi J. Chem. Phys. 1997 107 3032
43. B. Mennucci J. Tomasi J. Chem. Phys. 1997 106 5151
44. M. Cossi V. Barone B. Mennucci J. Tomasi Chem. Phys. Lett. 1998 286 253
45. M. Cossi G. Scalmani N. Rega V. Barone J. Chem. Phys. 2002 117 43
46. M. Cossi N. Rega G. Scalmani V. Barone J. Comput. Chem. 2003 24 669
47. M. R. A. Blomberg P. E. M. Siegbahn G. T. Babcock J. Am. Chem. Soc. 1998 120 8812
48. P. E. M. Siegbahn J. Am. Chem. Soc. 1998 120 8417
49. P. E. M. Siegbahn L. A. Eriksson F. Himo M. Pavlov J. Phys. Chem. B 1998 102 10622
50. S. F. Sousa P. A. Fernandes M. J. Ramos Biophys. J. 2005 88 483
51. S. F. Sousa P. A. Fernandes M. J. Ramos THEOCHEM 2005 729 125
52. S. F. Sousa P. A. Fernandes M. J. Ramos J. Am. Chem. Soc. 2007 129 1378
53. S. F. Sousa P. A. Fernandes M. J. Ramos Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007 66 205
54. S. F. Sousa P. A. Fernandes M. J. Ramos J. Comput. Chem. 2007 28 1160
55. S. F. Sousa P. A. Fernandes M. J. Ramos Theor. Chem. Acc. 2006 117 171
56. S. F. Sousa P. A. Fernandes M. J. Ramos Chem.-Eur. J. 2009 15 4243
57. M. J. Ramos P. A. Fernandes Acc. Chem. Res. 2008 41 689
58. F. Himo Theor. Chem. Acc. 2006 116 232
59. M. Leopoldini T. Marino M. D. Michelini I. Rivalta N. Russo E. Sicilia M. Toscano Theor. Chem. Acc. 2007 117 765
60. M. Flukiger, H. P. Luthi, S. Portmann and J. Weber, MOLEKEL 4 0, Swiss Center for Scientific Computing, 2000, Manno, Switzerland