Comparison of methods to obtain force-field parameters for metal sites

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 8, 2011, Pages 2452-2463

  Hu, Lihong ^a,b   Ryde, Ulf ^b  

^a NORTHEAST NORMAL UNIVERSITY   (China)

^b LUND UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 80051645750     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct100725a     Document Type: Article

References (76)

1. Boeyens, J. C. A.; Comba, P. Coord. Chem. Rev. 2001, 212, 3-10
2. Kleywegt, G. J.; Jones, T. A. Methods Enzymol. 1997, 227, 208-230
3. Gohlke, H.; Klebe, G. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41, 2644-2676
4. Gubbins, K. E.; Moore, J. D. Ind. Eng. Chem. Res. 2010, 49, 3026-3046
5. Ponder, J. W.; Case, D. A. Adv. Protein Chem. 2003, 66, 27-85
6. MacKerell, A. D. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1584-1604
7. Lifson, S.; Warshel, A. J. Chem. Phys. 1968, 49, 5116-5129
8. Allinger, N. L. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 8127-8134
9. Fabricius, J.; Engelsen, S. B.; Rasmussen, K. J. Carbohydr. Chem. 1997, 16, 751-772
10. Pérez, S.; Imberty, A.; Engelsen, S. B.; Gruza, J.; Ma eau, K.; Jimenez-Barbero, J.; Poveda, A.; Espinosa, J.-F.; van Eyck, B. P.; Johnson, G.; French, A. D.; Kouwijzer, M. L. C. E.; Grootenuis, P. D. J.; Bernardi, A.; Raimondi, L.; Senderowitz, H.; Durier, V.; Vergoten, G.; Rasmussen, K. Carbohydr. Res. 1998, 314, 141-151
11. Allinger, N. L.; Yuh, Y. H.; Lii, J.-H. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8551-8566
12. Maple, J. R.; Hwang, M.-J.; Stockfisch, T. P.; Dinur, U.; Waldman, M.; Ewig, C. S.; Hagler, A. T. J. Comput. Chem. 1994, 15, 162-182
13. Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 1996, 17, 490-519
14. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157-1174
15. Kirschner, K. N.; Yongye, A. B.; Tschampel, S. M.; Daniels, C. R.; Foley, B. L.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2008, 29, 622-655
16. Vanommeslaeghe, K.; Hatcher, E.; Acharya, C.; Kundu, S.; Zhong, S.; Shim, J.; Darian, E.; Guvench, O.; Lopes, P.; Vorobyov, I.; MacKerell, A. D. J. Comput. Chem. 2010, 31, 671-690
17. Hay, B. P. Coord. Chem. Rev. 1993, 126, 177-236
18. Comba, P.; Zimmer, M. J. Chem. Educ. 1996, 73, 108-110
19. Norrby, P.-O.; Brandt, P. Coord. Chem. Rev. 2001, 212, 79-109
20. Hambley, T. W.; Jones, A. R. Coord. Chem. Rev. 2001, 212, 35-59
21. Marques, H. M.; Brown, K. L. Coord. Chem. Rev. 2002, 225, 123-158
22. Zimmer, M. Coord. Chem. Rev. 2009, 253, 817-826
23. Deeth, R. J.; Anastasi, A.; Diedrich, C.; Randell, K. Coord. Chem. Rev. 2009, 253, 795-816
24. Hoops, S. C.; Anderson, K. W.; Merz, K. M. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 8262
25. Ryde, U. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995, 21, 40-56
26. Gresh, N.; Piquemal, J. P.; Krauss, M. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1113
27. Nilsson Lill, S. O.; Forbes, A.; Donoghue, P.; Verdolino, V.; Wiest, O.; Rydberg, P.; Norrby, P.-O. Curr. Org. Chem. 2010, 14, 1629-1645
28. Root, D. M.; Landis, C. R.; Cleveland, T. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 4201-4209
29. Sabolovic, J.; Gomzi, V. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1940-1945
30. Stote, R. H.; Karplus, M. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995, 23, 12-31
31. Sakharov, D. V.; Lim, C. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4921
32. Åqvist, J.; Warshel, A. J. Mol. Biol. 1992, 224, 7
33. Pang, Y. P. J. Mol. Model. 1999, 5, 196-202
34. Pang, Y. P.; Xu, K.; Yazal, J. E.; Prendergas, F. G. Protein Sci. 2000, 9, 1857
35. Singh, N.; Warshel, A. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2010, 78, 1705-1723
36. Hancock, R. D. Prog. Inorg. Chem. 1989, 37, 187
37. Hancock, R. D. Acc. Chem. Res. 1990, 23, 253
38. Kepert, D. L. Inorg. Chem. 1972, 11, 1561-1567
39. Hambley, T. W.; Hawkins, C. J.; Palmer, J. A.; Snow, M. R. Aust. J. Chem. 1981, 34, 45-53
40. Rappe, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Goddard, W. A.; Skiff, W. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024
41. Sirovatka, J. M.; Rappe, A. K.; Finke, R. G. Inorg. Chim. Acta 2000, 300, 545
42. Vedani, A.; Huhta, D. W. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 4759
43. Vedani, A.; Huhta, D. W.; Jacober, S. P. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 4075
44. Gresh, N. Curr. Pharm. Des. 2006, 12, 2121
45. Gresh, N.; Piquemal, J.-P.; Krauss, M. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1113-1130
46. Piquemal, J.-P.; Chevreau, H.; Gresh, N. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 824-837
47. Seminario, J. M. Int. J. Quantum Chem. 1996, 60, 1271
48. Nilsson, K.; Lecerof, D.; Sigfridsson, E.; Ryde, U. Acta Crystallogr. D 2003, 59, 274-289
49. Lin, F.; Wang, R. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1852-1870
50. Peters, M. B.; Yang, Y.; Wang, B.; Fürsti-Molnár, L.; Weaver, M. N.; Merz, K. M. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2935-2947
51. Norrby, P.-O.; Liljefors, T. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1146-1166
52. Norrby, P.-O.; Brandt, P. Coord. Chem. Rev. 2001, 212, 79
53. Allinger, N. L.; Yuh, Y. H.; Lii, J. H. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8551
54. Rydberg, P.; Olsen, L.; Norrby, P.-O.; Ryde, U. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1765-1773
55. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossvary, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Kollman, P. A. AMBER 10, University of California, San Francisco, 2008.
56. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098-3100
57. Lee, C. T.; Yang, W. T.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789
58. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652
59. Binkley, J. S.; Pople, J. A.; Hehre, W. J. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 939
60. Gordon, M. S.; Binkley, J. S.; Pople, J. A.; Pietro, W. J.; Hehre, W. J. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 2797
61. Dobbs, K. D.; Hehre, W. J. J. Comput. Chem. 1987, 8, 861
62. Besler, B. H.; Merz, K. M.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1990, 11, 431-439
63. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, Jr., J. A.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, N. J.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, ö.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09, Revision A.02, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2009.
64. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006, 65, 712-725
65. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197
66. Norrby, P.-O. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2000, 506, 9-16
67. Guenther, B.; Onrust, R.; Sali, A.; O'Donnell, M.; Kuriyan, J. Cell 1997, 91, 335-345
68. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
69. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
70. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8592
71. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
72. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
73. Ryde, U. Eur. Biophys. J. 1996, 24, 213-221
74. Dunning, T. H.; Hay, P. J. Modern Theoretical Chemistry; Schaefer, H. F., Ed.; Plenum Press: New York, 1976; Vol. 3., p 1.
75. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 270
76. Donini, O. A.; Kollman, P. A. J. Med. Chem. 2000, 43, 4180-4188