Fingerprinting differential active site constraints of ATPases

Chemical Science

Volumn 4, Issue 4, 2013, Pages 1588-1596

  Hacker, Stephan M ^a   Hardt, Norman ^a   Buntru, Alexander ^a   Pagliarini, Dana ^a   Möckel, Martin ^a   Mayer, Thomas U ^a   Scheffner, Martin ^a   Hauck, Christof R ^a   Marx, Andreas ^a  

^a UNIVERSITY OF KONSTANZ   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ADENOSINETRIPHOSPHATE; PROBES;

ACTIVE SITE; ACTIVE SITE ARCHITECTURE; ADENOSINE TRIPHOSPHATE HYDROLYSIS; ATPASES; BIOLOGICAL FUNCTIONS; CELLULAR PROCESS; DIFFERENT MECHANISMS; FOCAL ADHESION KINASE; KINESINS; NUCLEOBASES;

ENZYMES;

EID: 84874628045     PISSN: 20416520     EISSN: 20416539     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3sc21916j     Document Type: Article

References (75)

1. K. Kikuchi, Chem. Soc. Rev., 2010, 39, 2048
2. G. A. Ubom, J. B. Hunt, R. B. Timmons, Biochim. Biophys. Acta, Protein Struct. Mol. Enzymol., 1989, 997, 1
3. I. R. Vetter, A. Wittinghofer, Q. Rev. Biophys., 1999, 32, 1
4. P. Chene, Nat. Rev. Drug Discovery, 2002, 1, 665
5. T. Hiratsuka, Biochim. Biophys. Acta, Protein Struct. Mol. Enzymol., 1983, 742, 496
6. J. C. Cochran, C. A. Sontag, Z. Maliga, T. M. Kapoor, J. J. Correia, S. P. Gilbert, J. Biol. Chem., 2004, 279, 38861
7. Y.-Z. Ma, E. W. Taylor, J. Biol. Chem., 1997, 272, 724
8. C. P. Toseland, B. Powell, M. R. Webb, PLoS One, 2012, 7, e38270
9. D. Q. Ni, J. Shaffer, J. A. Adams, Protein Sci., 2000, 9, 1818
10. D. Ungureanu, J. Wu, T. Pekkala, Y. Niranjan, C. Young, O. N. Jensen, C.-F. Xu, T. A. Neubert, R. C. Skoda, S. R. Hubbard, O. Silvennoinen, Nat. Struct. Mol. Biol., 2011, 18, 971
11. I. H. Ganesh, S. Garrod, V. L. Woods Jr., S. S. Taylor, J. Mol. Biol., 2005, 351, 1110
12. D. I. Garcia, P. Lanigan, M. Webb, T. G. West, J. Requejo-Isidro, E. Auksorius, C. Dunsby, M. Neil, P. French, M. A. Ferenczi, Biophys. J., 2007, 93, 2091
13. A. J. Sowerby, C. K. Seehra, M. Lee, C. R. Bagshaw, J. Mol. Biol., 1993, 234, 114
14. T. Hiratsuka, Biophys. J., 1997, 72, 843
15. W. H. Sawjer, R. Y. S. Chan, J. F. Eccleston, B. E. Davidson, S. A. Samat, Y. Yan, Biochemistry, 2000, 39, 5653
16. F. A. Gonzales, D.-J. Wang, N.-N. Huang, L. A. Heppel, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1990, 87, 9717
17. N. G. Kambouris, G. G. Hammes, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1985, 82, 1950
18. S. J. Jeng, R. J. Guillory, J. Supramol. Struct., 1975, 3, 448
19. M. S. Crowder, R. Cooke, Biophys. J., 1987, 51, 323
20. P. Vogel-Claude, G. Schäfer, W. E. Trommer, FEBS Lett., 1988, 227, 107
21. J. C. Wolters, G. Roelfes, B. Poolman, Bioconjugate Chem., 2011, 22, 1345
22. J.-Q. Cheng, W. Jiang, D. D. Hackney, Biochemistry, 1998, 37, 5288
23. K. Oiwa, J. F. Eccleston, M. Anson, M. Kikumoto, C. T. Davis, G. P. Reid, M. A. Ferenczi, J. E. T. Corrie, A. Yamada, H. Nakayama, D. R. Trentham, Biophys. J., 2000, 78, 3048
24. K. Oiwa, D. M. Jameson, J. C. Croney, C. T. Davis, J. F. Eccleston, M. Anson, Biophys. J., 2003, 84, 634
25. Y. Jiang, N. R. Douglas, N. R. Conley, E. J. Miller, J. Frydman, W. E. Moerner, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2011, 108, 16962
26. T. Hiratsuka, I. Sakata, K. Uchida, J. Biochem., 1973, 74, 649
27. H. Strobel, D. Ladant, J.-L. Jestin, J. Mol. Biol., 2003, 332, 1
28. S. V. Slepenkov, S. N. Witt, FEBS Lett., 2003, 539, 100
29. D. D. Schlaepfer, C. R. Hauck, D. Sieg, Prog. Biophys. Mol. Biol., 1999, 71, 435
30. M. T. Valentine, S. P. Gilbert, Curr. Opin. Cell Biol., 2007, 19, 75
31. I. Lee, H. Schindelin, Cell, 2008, 25, 134, 268
32. A. M. Jawalekar, N. Meeuwenoord, J. G. O. Cremers, H. S. Overkleeft, G. A. van der Marel, F. P. J. T. Rutjes, F. L. van Delft, J. Org. Chem., 2008, 73, 287
33. H. Staudinger, J. Meyer, Helv. Chim. Acta, 1919, 2, 635
34. M. Yoshikawa, T. Kato, T. Takenishi, Bull. Chem. Soc. Jpn., 1969, 42, 3505
35. T. Kovács, L. ötvös, Tetrahedron Lett., 1988, 29, 4525
36. A. F. Cook, J. G. Moffat, J. Am. Chem. Soc., 1967, 89, 2697
37. C. Hörndler, R. J. Suhadolnik, N. F. Muto, E. E. Henderson, M.-X. Guan, W. Pfleiderer, Helv. Chim. Acta, 1997, 80, 767
38. G. Rangam, N. Z. Rudinger, H. M. Müller, A. Marx, Synthesis, 2005, 1467
39. T. Strittmatter, J. Aschenbrenner, N. Hardt, A. Marx, ARKIVOC, 2013, 2, 46
40. C. R. Noe, J. Winkler, E. Urban, M. Gilbert, G. Haberhauer, H. Brunar, Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids, 2005, 24, 1167
41. H. Vorbrüggen and C. Ruh-Pohlenz, in Handbook of nucleoside synthesis, Wiley-Interscience, New York, 1st edn, 2001
42. N. Piton, Y. Mu, G. Stock, T. F. Prisner, O. Schiemann, J. W. Engels, Nucleic Acids Res., 2007, 35, 3128
43. H. Zhao, A. R. Pagano, W. Wang, A. Shallop, B. L. Gaffney, R. A. Jones, J. Org. Chem., 1997, 62, 7832
44. A. Gregg, S. E. Bottle, S. M. Devine, H. Figler, J. Linden, P. White, C. W. Pouton, V. Urmaliya, P. J. Scammells, Bioorg. Med. Chem. Lett., 2007, 17, 5437
45. N. Kohyama, T. Katashima, Y. Yamamoto, Synthesis, 2004, 2799
46. G. Manning, D. B. Whyte, R. Martinez, T. Hunter, S. Sudarsanam, Science, 2002, 298, 1912
47. J. Baselga, Science, 2006, 312, 1175
48. S. K. Mitra, D. D. Schlaepfer, Curr. Opin. Cell Biol., 2006, 18, 516
49. A. Buntru, K. Kopp, M. Voges, R. Frank, V. Bachmann, C. R. Hauck, J. Biol. Chem., 2011, 286, 9555
50. K. E. Sawin, K. LeGuellec, M. Philippe, T. J. Mitchison, Nature, 1992, 359, 540
51. C. L. Asbury, Curr. Opin. Cell Biol., 2005, 17, 89
52. T. U. Mayer, T. M. Kaporr, S. J. Haggarty, R. W. King, S. L. Schreiber, T. J. Mitchison, Science, 1999, 286, 971
53. T. P. Geladopoulos, T. G. Sotiroudis, A. E. Evangelopoulos, Anal. Biochem., 1991, 192, 112
54. M. Catarinella, T. Grüner, T. Strittmatter, A. Marx, T. U. Mayer, Angew. Chem., Int. Ed., 2009, 48, 9072
55. R. J. Deshaies, C. A. Joazeiro, Annu. Rev. Biochem., 2009, 78, 399
56. T. Ravid, M. Hochstrasser, Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 2008, 9, 679
57. D. Rotin, S. Kumar, Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 2009, 10, 398
58. R. L. Welchman, C. Gordon, R. J. Mayer, Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 2005, 6, 599
59. Y. Yang, J. Kitagaki, R.-M. Dai, Y. C. Tsai, K. L. Lorick, R. L. Ludwig, S. A. Pierre, J. P. Jensen, I. V. Davydov, P. Oberoi, C.-C. H. Li, J. H. Kenten, J. A. Beutler, K. H. Vousden, A. M. Weissman, Cancer Res., 2007, 67, 9472
60. G. W. Xu, M. Ali, T. E. Wood, D. Wong, N. Maclean, X. Wang, M. Gronda, M. Skrtic, X. Li, R. Hurren, X. Mao, M. Venkatesan, R. Zavareh, T. Ketela, J. C. Reed, D. Rose, J. Moffat, R. A. Batey, S. Dhe-Paganon, A. D. Schimmer, Blood, 2010, 115, 2251
61. A. Ciechanover, Y. Hod, A. Hershko, Biochem. Biophys. Res. Commun., 1978, 81, 1100
62. A. Hershko, A. Ciechanover, Annu. Rev. Biochem., 1998, 67, 425
63. M. Scheffner, U. Nuber, J. M. Huibregtse, Nature, 1995, 373, 81
64. U. Nuber, S. E. Schwarz, M. Scheffner, Eur. J. Biochem., 1998, 254, 643
65. M. Scheffner, O. Staub, BMC Biochem., 2007, 8, Suppl. 1, 6
66. A. Hogart, D. Wu, J. M. LaSalle, N. C. Schanen, Neurobiol. Dis., 2010, 38, 181
67. S. E. Smith, Y. D. Zhou, G. Zhang, Z. Jin, D. C. Stoppel, M. P. Anderson, Sci. Transl. Med., 2011, 3, 103ra97
68. L. M. Elphick, S. E. Lee, V. Gouverneur, D. J. Mann, ACS Chem. Biol., 2007, 2, 299
69. K. Shah, Y. Liu, C. Deirmengian, K. M. Shokat, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1997, 94, 3565
70. T. M. Kapoor, T. J. Mitchison, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1999, 96, 9106
71. T. A. Soucy, P. G. Smith, M. A. Milhollen, A. J. Berger, J. M. Gavin, S. Adhikari, J. E. Brownell, K. E. Burke, D. P. Cardin, S. Critchley, C. A. Cullis, A. Doucette, J. J. Garnsey, J. L. Gaulin, R. E. Gershman, A. R. Lublinsky, A. McDonald, H. Mizutani, U. Narayanan, E. J. Olhava, S. Peluso, M. Rezaei, M. D. Sintchak, T. Talreja, M. P. Thomas, T. Traore, S. Vyskocil, G. S. Weatherhead, J. Yu, J. Zhang, L. R. Dick, C. F. Claiborne, M. Rolfe, J. B. Bolen, S. P. Langston, Nature, 2009, 458, 732
72. J. J. Chen, C. A. Tsu, J. M. Gavin, M. A. Milhollen, F. J. Bruzzese, W. D. Mallender, M. D. Sintchak, N. J. Bump, X. Yang, J. Ma, H.-K. Loke, Q. Xu, P. Li, N. F. Bence, J. E. Brownell, L. R. Dick, J. Biol. Chem., 2011, 286, 40867
73. D. Lietha, X. Cai, D. F. Ceccarelli, Y. Li, M. D. Schaller, M. J. Eck, Cell, 2007, 129, 1177
74. J. Turner, R. Anderson, J. Guo, C. Beraud, R. Fletterick, R. Sakowicz, J. Biol. Chem., 2001, 276, 25496
75. J. P. Bacik, J. R. Walker, M. Ali, A. D. Schimmer, S. Dhe-Paganon, J. Biol. Chem., 2010, 285, 20273