Effects of Fe(II)/H2O2 oxidation on ubiquitin conformers measured by ion mobility-mass spectrometry

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 117, Issue 1, 2013, Pages 164-173

  Shi, Huilin ^a   Gu, Liqing ^b   Clemmer, David E ^a   Robinson, Renã A S ^b  

^a INDIANA UNIVERSITY   (United States)

^b UNIVERSITY OF PITTSBURGH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONS; HYDROGEN PEROXIDE; IONS; MASS SPECTROMETRY;

ACIDIC SOLUTIONS; CHARGE STATE; COLLISION CROSS SECTIONS; COMPACT STRUCTURES; CROSS SECTION DISTRIBUTIONS; FENTON CHEMISTRY; GAS-PHASE DISTRIBUTION; GASPHASE; GAUSSIAN MODELING; GAUSSIANS; IN-VITRO; ION MOBILITY; ION MOBILITY-MASS SPECTROMETRY; NATIVE STATE; OXIDATIVE MODIFICATION; PROTEIN STRUCTURES; SINGLE OXYGEN ATOM; SOLUTION STRUCTURES; UBIQUITIN; UBIQUITIN CONFORMERS;

OXIDATION;

EID: 84872284469     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp3099544     Document Type: Article

References (66)

1. Finkel, T.; Holbrook, N. J. Nature 2000, 408, 239-247
2. Valko, M.; Leibfritz, D.; Moncol, J.; Cronin, M. T.; Mazur, M.; Telser, J. Int. J. Biochem. Cell Biol. 2007, 39, 44-84
3. Davies, M. J. Biochim. Biophys. Acta 2005, 1703, 93-109
4. von Zglinicki, T. Trends Biochem. Sci. 2002, 27, 339-344
5. Halliwell, B. J. Neurochem. 2006, 97, 1634-1658
6. Butterfield, D. A.; Galvan, V.; Lange, M. B.; Tang, H.; Sowell, R. A..; Spilman, P.; Fombonne, J.; Gorostiza, O.; Zhang, J.; Sultana, R. Free Radical Biol. Med. 2010, 48, 136-144
7. Aluise, C. D.; Robinson, R. A. S.; Beckett, T. L.; Murphy, M. P.; Cai, J.; Pierce, W. M.; Markesbery, W. R.; Butterfield, D. A. Neurobiol. Dis. 2010, 39, 221-228
8. Robinson, R. A. S.; Lange, M. B.; Sultana, R.; Galvan, V.; Fombonne, J.; Gorostiza, O.; Zhang, J.; Warrier, G.; Cai, J.; Pierce, W. M. Neuroscience 2011, 177, 207-222
9. Breslow, E.; Chauhan, Y.; Daniel, R.; Tate, S. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1986, 138, 437-444
10. Bamezai, S.; Banez, M. A. T.; Breslow, E. Biochemistry 1990, 29, 5389-5396
11. Gao, J.; Yin, D. H.; Yao, Y.; Sun., H.; Qin, Z.; Schöneich, C.; Williams, T. D.; Squier, T. C. Biophys. J. 1998, 74, 1115-1134
12. DalleDonne, I.; Milzani, A.; Colombo, R. Biochemistry 1999, 38, 12471-12480
13. Liu, D.; Ren, D.; Huang, H.; Dankberg, J.; Rosenfeld, R.; Cocco, M. J.; Li, L.; Brems, D. N.; Remmele, R. L., Jr. Biochemistry 2008, 47, 5088-5100
14. Burkitt, W.; Domann, P.; O'Connor, G. Protein Sci. 2010, 19, 826-835
15. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64-71
16. Chowdhury, S. K.; Chait, B. T. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1990, 173 (3) 927-931
17. Loo, J. A.; Edmonds, C. G.; Smith, R. D. Science 1990, 248, 201-204
18. Winger, B. E.; Light-Wahl, K. J.; Rockwood, A. L.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 5897-5898
19. Clemmer, D. E.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10141-10142
20. Vachet, R. W.; Asam, M. R.; Glish, G. L. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6252-6256
21. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266
22. Syka, J. E. P.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528-9533
23. Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 577-592
24. Bohrer, B. C.; Merenbloom, S. I.; Koeniger, S. L.; Hilderbrand, A. E.; Clemmer, D. E. Annu. Rev. Anal. Chem. 2008, 1, 293-327
25. Loo, J. A. Mass Spectrom Rev. 1997, 16, 1-23
26. Loo, J. A.; He, J. X.; Cody, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4542-4543
27. Ruotolo, B. T.; Giles, K.; Campuzano, I.; Sandercock, A. M.; Bateman, R. H.; Robinson, C. V. Science 2005, 310, 1658-1661
28. Ruotolo, B. T.; Robinson, C. V. Curr. Opin. Chem. Biol. 2006, 10, 402-408
29. Bernstein, S. L.; Dupuis, N. F.; Lazo, N. D.; Wyttenbach, T.; Condron, M. M.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Shea, J.-E.; Ruotolo, B. T.; Robinson, C. V. Nat. Chem. 2009, 1, 326-331
30. Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 12266-12275
31. Pierson, N. A.; Chen, L.; Valentine, S. J.; Russell, D. H.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 13810-13813
32. Shi, H.; Pierson, N. A.; Valentine, S. J.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 3344-3352
33. Goldstein, G.; Scheid, M.; Hammerling, U.; Boyse, E. A.; Schlesinger, D. H.; Niall, H. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1975, 72, 11-15.
34. Rechsteiner, M. Ubiquitin; Plenum Press: New York, 1988.
35. Aye, T. T.; Low, T. Y.; Sze, S. K. Anal. Chem. 2005, 77, 5814-5822
36. Venkatesh, S.; Tomer, K. B.; Sharp, J. S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007, 21, 3927-3936
37. McClintock, C.; Kertesz, V.; Hettich, R. L. Anal. Chem. 2008, 80, 3304-3317
38. Downard, K. M.; Maleknia, S. D.; Akashi, S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2012, 26, 226-230
39. Vijay-Kumar, S.; Bugg, C. E.; Cook, W. J. J. Mol. Biol. 1987, 194, 531-544
40. Lenkinski, R. E.; Chen, D. M.; Glickson, J. D.; Goldstein, G. Biochim. Biophys. Acta 1977, 494, 126-130
41. Wilkinson, K. D.; Mayer, A. N. Arch. Biochem. Biophys. 1986, 250, 390-399
42. Harding, M. M.; Williams, D. H.; Woolfson, D. N. Biochemistry 1991, 30, 3120-3128
43. Brutscher, B.; Brüschweiler, R.; Ernst, R. R. Biochemistry 1997, 36, 13043-13053
44. Stockman, B. J.; Euvrard, A.; Scahill, T. A. J. Biomol NMR 1993, 3, 285-296
45. Cordier, F.; Grzesiek, S. Biochemistry 2004, 43, 11295-11301
46. Kony, D. B.; Hünenberger, P. H.; van Gunsteren, W. F. Protein Sci. 2007, 16, 1101-1118
47. Sorenson, J. M.; Head-Gordon, T. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2002, 46, 368-379
48. Zhang, J.; Qin, M.; Wang, W. Proteins: Struct., Funct., Bioinformat. 2005, 59, 565-579
49. Jackson, S. E. Org. Biomol. Chem. 2006, 4, 1845-1853
50. Jourdan, M.; Searle, M. S. Biochemistry 2001, 40, 10317-10325
51. Mohimen, A.; Dobo, A.; Hoerner, J. K.; Kaltashov, I. A. Anal. Chem. 2003, 75, 4139-4147
52. Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass. Spectrom 1997, 8, 954-961
53. Li, J.; Taraszka, J. A.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. Int. J. Mass. Spectrom. 1999, 185/186/187, 37-47
54. Gu, L.; Robinson, R. A. S. Positional Isomers of Fe(II)/H2O2 Oxidized Ubiquitin Characterized by Top-Down and Bottom-Up Mass Spectrometry; submitted.
55. Koeniger, S. L.; Merenbloom, S. I.; Valentine, S. J.; Jarrold, M. F.; Udseth, H. R.; Smith, R. D.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2006, 78, 4161-4174
56. Mason, E. A.; McDaniel, E. W. Transport Properties of Ions in Gases; Wiley: New York, 1988.
57. St. Louis, R. H.; Hill, H. H.; Eiceman, G. A. Crit. Rev. Anal. Chem. 1990, 21, 321-355
58. Hoaglund-Hyzer, C. S.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. Chem. Rev. 1999, 99, 3037-3079
59. Mesleh, M. F.; Hunter, J. M.; Shvartsburg, A. A.; Schatz, G. C.; Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16082-16086
60. Wyttenbach, T.; von Helden, G.; Batka, J. J.; Carlat, D.; Bowers, M. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 275-282
61. Tang, K.; Shvartsburg, A. A.; Lee, H.-N.; Prior, D. C.; Buschbach, M. A.; Li, F.; Tolmachev, A. V.; Anderson, G. A.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2005, 77, 3330-3339
62. Hoaglund, C. S.; Valentine, S. J.; Sporleder, C. R.; Reilly, J. P.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 1998, 70, 2236-2242
63. Koeniger, S. L.; Merenbloom, S. I.; Sevugarajan, S.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 11713-11719
64. Chowdhury, S. K.; Katta, V.; Beavis, R. C.; Chait, B. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1990, 1, 382-388
65. Koeniger, S. L.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 322-331
66. Lange, O. F.; Lakomek, N-A.; FareÌs, C.; Schröder, G. F.; Walter, K. F. A.; Becker, S.; Meiler, J.; Grubmüller, H.; Griesinger, C.; de Groot, B. L. Science 2008, 320, 1471-1475