Anhydrous Protein Ions

Chemical Reviews

Volumn 99, Issue 10, 1999, Pages 3037-3079

  Hoaglund Hyzer, Cherokee S ^a   Counterman, Anne E ^a   Clemmer, David E ^a  

^a INDIANA UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001625867     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr980139g     Document Type: Article

References (351)

1. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64.
2. Karas, M.; Hillenkamp, F. Anal. Chem. 1988, 60, 2299-2301.
3. Miller, P. E.; Denton, M. B. J. Chem. Ed. 1986, 63, 617.
4. Quadrupole Mass Spectrometry and its Applications; Dawson, P. H., Ed.; AIP Press: Woodbury, 1995.
5. Konenkov, N. V.; Kratenko, V. I. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1991, 108, 115.
6. March, R.; Huges, R. Quadrupole Storage Mass Spectrometry; Wiley: New York, 1989.
7. Cooks, R. G.; Kaiser, R. E., Jr. Acc. Chem. Res. 1990, 23, 213.
8. Glish, G. L.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1991, 106, 1.
9. March, R. E. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 351.
10. Marshall, A. G.; Grosshans, P. B. Anal. Chem. 1991, 63, 215A.
11. Anderson, J. S.; Vartanian, V. H.; Laude, D. A., Jr. Trends Anal. Chem. 1994, 13, 234.
12. Guan, S.; Kim, H. S.; Marshall, A. G.; Wahl, M. C.; Wood, T. D.; Xiang, X. Chem. Rev. 1994, 94, 2161.
13. Marshall, A. G. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 307.
14. St. Louis, R. H.; Hill, H. H. Crit. Rev. Anal. Chem. 1990, 21, 321.
15. Hill, H. H.; Siems, W. F.; St. Louis, R. H.; McMinn, D. G. Anal. Chem. 1990, 62, 1201A.
16. Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 577.
17. McLuckey, S. A.; Goeringer, D. E. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 461.
18. Scanning Tunneling Microscopy and Spectroscopy; Bonnell, D. A., Ed.; VCH Publishers: New York, 1993.
19. Magonov, S. N.; Whangbo, M.-H. Surface Analysis with STM and AFM: Experimental and Theoretical Aspects of Image Analysis; VCH Publishers: New York, 1996.
20. Wiener, S. J.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 230.
21. Lazardis, T.; Archontis, G.; Karplus, M. Adv. Protein Chem. 1995, 47, 231.
22. Dauber-Osguthorpe, P.; Roberts, V. A.; Osguthorpe, D. J.; Wolff, J.; Genest, M.; Hagler, A. T. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1988, 4, 31.
23. van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. Groningen Molecular Simulation (GROMOS) Library Manual; Biomos, Nijenborgh 16, 9747 AG Groiningen, The Netherlands, 1987.
24. Williams, E. R. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 831.
25. Green, M. K.; Lebrilla, C. B. Mass Spectrom. Rev. 1997, 16, 53.
26. For a recent review of gas phase basicity and proton affinity measurements for amino acids and small peptides, see: Harrison, A. G. Mass Spectrom. Rev. 1997, 16, 201.
27. Douglas, D. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 101.
28. See: Kuntz, I. D.; Kauzmann, W. Adv. Protein Chem. 1974, 28, 239 and references therein.
29. Rupley, J. A.; Careri, G. Adv. Protein Chem. 1991, 41, 37.
30. Kim, P. S.; Baldwin, R. L. Ann. Rev. Biochem. 1990, 49, 631 and references therein.
31. Dill, K. A. Biochemistry 1990, 29, 7133.
32. Dill, K. A.; Chan, H. S. Nature Struct. Biol. 1997, 4, 10.
33. Dobson, C. M.; Sali, A.; Karplus, M.Angew. Chem. Int. Ed. 1998, 37, 868.
34. A comprehensive review of sequence-structure prediction methods is given in Benner, S. A.; Cannarozzi, G.; Gerloff, D.; Turcotte, M.; Chelvanayagam, G. Chem. Rev. 1997, 97, 2725.
35. Sela, M.; White, F. H.; Anfinsen, C. B. Science 1957, 125, 691.
36. Anfinsen, C. B. Science 1973, 181, 223.
37. Lumry, R.; Eyring, H. J. Phys. Chem. 1954, 58, 110.
38. Creighton, T. E. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1978, 33, 231.
39. Roder, H.; Elove, G. A.; Englander, S. W. Nature 1988, 335, 700.
40. Englander, S. W. Science 1993, 262, 848.
41. Richards, F. M. Sci. Am. 1991, Jan., 54.
42. Creighton, T. E. Proteins: Structures and Molecular Properties, 2nd ed.; Freeman: New York, 1993.
43. Woenckhaus, J.; Mao, Y.; Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 847.
44. Makhatadze, G. I.; Privalov, P. L. Adv. Protein Chem. 1995, 47, 307.
45. For a discussion of the derivation of these values, see endnote 1 of ref 43.
46. Griebenow, K.; Klibanov, A. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 10969.
47. Yeo, S. D.; DeBenedetti, P. G.; Patro, S. Y.; Przybycien, T. M. J. Pharm. Sci. 1994, 83, 1651 as cited in ref 46.
48. Griebenow, K.; Klibanov, A. M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 3940.
49. Miranker, A.; Robinson, C. V.; Radford, S. E.; Aplin, R. T.; Dobson, C. M. Science 1993, 262, 896.
50. Kelly, J. W. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 101.
51. Glenner, G. G.; Wong, C. W. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1984, 325, 6865.
52. Masters, C. L.; Simms, G.; Weinman, N. A.; Multhaup, G.; McDonald, B. L.; Beyreuther, K. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1985, 82, 4245.
53. Prusiner, S. B. Science 1991, 252, 1515.
54. Collinge, J.; Palmer, M. S. Prion Diseases; Oxford University Press: New York, 1997.
55. Chiti, F.; Webster, P.; Taddei, N.; Clark, A.; Stefani, M.; Ramponi, G.; Dobson, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 3590.
56. Dole, M.; Mack, L. L.; Hines, R. L. J. Chem. Phys. 1968, 49, 2240.
57. Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. 1995, 92, 2426.
58. For a review, see: Hillenkamp, F.; Karas, M.; Beavis, R. C.; Chait, B. T. Anal. Chem. 1991, 63, 1193A.
59. For a discussion of fast atom bombardment, see: Fenselau, C.; Cotter, R. J. Chem. Rev. 1987, 87, 501.
60. Fenn, J. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 524.
61. Hagar, D. B,; Dovichi, N. J.; Klassen, J.; Kebarle, P. Anal. Chem. 1994, 66, 3944.
62. Smith, R. D.; Bruce, J. E.; Wu, Q.; Lei, Q. P. Chem. Soc. Rev. 1997, 26, 191.
63. Smith, R. D.; Light-Wahl, K. J. Biol. Mass Spectrom. 1993, 22, 493.
64. Mack, L. L; Kralik, P.; Rheude, A.; Dole, M. J. Chem. Phys. 1970, 52, 4977.
65. Clegg, G. A.; Dole, M. Biopolymers 1971, 10, 821.
66. Nohmi, T.; Fenn, J. B. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 3241.
67. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Mass Spectrom. Rev. 1990, 9, 37.
68. Iribarne, J. V.; Thomson, B. A. J. Chem. Phys. 1976, 64, 2287.
69. Gieniec, J.; Mack, L. L.; Nakamae, K.; Gupta, C.; Kumar, V.; Dole, M. Biomed. Mass Spectrom. 1984, 11, 259.
70. Smith, R. D.; Loo, J. A.; Ogorzalek Loo, R. R.; Busman, M.; Udseth, H. R. Mass Spectrom. Rev. 1991, 10, 359.
71. Chen, Y. H.; Hill, H. H., Jr.; Wittmer, D. P. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1996, 154, 1.
72. Guevremont, R.; Siu, K. W. M.; Wang, J.; Ding, L. Anal. Chem. 1997, 69, 3959.
73. Chowdhury, S. K.; Katta, V.; Chait, B. T. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1990, 4, 81.
74. Rodriguez-Cruz, S. E.; Klassen, J. S.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 565.
75. Lee, S.-W.; Freivogel, P.; Schindler, T.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11758.
76. Covey, T. R.; Bonner, R. F.; Shushan, B. I.; Henion, J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1988, 2, 249.
77. Smith, R. D.; Loo, J. A.; Edmonds, C. G.; Barinaga, C. J.; Udseth, H. R. Anal. Chem. 1990, 62, 882.
78. For discussions of ionizable groups within proteins in condensed phase see: Rashin, A. A.; Honig, B. J. Mol. Biol. 1984, 173, 515.
79. Handbook of Chemistry and Physics; Weast, R. C., Ed.; CRC Press: Boca Raton, 1983.
80. Rockwood, A. L.; Busman, M.; Smith, R. D. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1991, 111, 103.
81. Mao, J.; Woenckhaus, J.; Ratner, M. A.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2712.
82. Schnier, P. D.; Gross, D. S.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 1086.
83. Schnier, P. D.; Gross, D. S.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6747.
84. Carbeck, J. D.; Severs, J. C.; Gao, J.; Wu, Q.; Smith, R. D.; Whitesides, G. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 10596.
85. Loo, J. A.; Edmonds, C. G.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1990, 62, 693.
86. Winger, B. E.; Light-Wahl, K. J.; Rockwood, A. L.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 5897.
87. Chowdhury, S. K; Katta, V.; Chait, B. T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 9012.
88. Bushnell, G. W.; Louie, G. V.; Brayer, G. D. J. Mol. Biol. 1990, 274, 585.
89. Hamada, D.; Kuroda, Y.; Kataoka, M.; Aimoto, S.; Yoshimura, T.; Goto, Y. J. Mol. Biol. 1996, 256, 172.
90. Goto, Y.; Calciano, L. J.; Fink, A. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 573.
91. McDonald, C. C.; Phillips, W. D. Biochemistry 1973, 27, 3480.
92. Loo, J. A.; Ogorzalek Loo, R. R.; Udseth, H. R.; Edmonds, C. G.; Smith, R. D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1991, 5, 101.
93. Le Blanc, J. C. Y.; Beuchemin, D.; Siu, K. W.; Guevremont, R.; Berman, S. S. Org. Mass Spectrom. 1991, 26, 831.
94. Mirza, U. A.; Cohen, S. L.; Chait, B. T. Anal. Chem. 1993, 65, 1.
95. Mirza, U. A.; Chait, B. T. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997, 762, 173.
96. Ogorzalek Loo, R. R.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 207.
97. Covey, T. R.; Douglas, D. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 616.
98. Hudgins, R. R.; Woenckhaus, J.; Jarrold, M. F. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997, 165/166, 497.
99. Suckau, D.; Shi, Y.; Beu, S. C.; Senko, M. W.; Quinn, J. P.; Wampler, F. M.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 790.
100. Li, J.; Taraszka, J. A.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1999, 185/186/187, 37.
101. Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 954.
102. Gross, D. S.; Zhao, Y.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 519.
103. Aue, D. H.; Bowers, M. T. In Gas Phase Ion Chemistry; Bowers, M. T., Ed.; Academic Press: New York, 1979; Vol 2, pp 1-51.
104. Bartmess, J. E.; Mclver, R. T., Jr. In Gas Phase Ion Chemistry; Bowers, M. T., Ed.; Academic Press: New York, 1979; Vol. 2, pp 88-121.
105. Cooks, R. G.; Kruger, T. L. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 1279.
106. Beauchamp, J. L.; Butrill, S. E. J. Chem. Phys. 1968, 48, 178.
107. Long, J.; Munson, B. J. Am. Chem. Soc. 1973, 95, 2427.
108. Locke, M. J.; Melver, R. T. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 4226.
109. Bojeson, G. J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1986, 244.
110. Bojeson, G. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 5557.
111. Gorman, G. S.; Speir, J. P.; Turner, C. A.; Amster, I. J. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 3986.
112. Li, X. P.; Harrison, A. G. Org. Mass Spectrom. 1993, 28, 366.
113. Wu, Z.; Fenselau, C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1992, 6, 403.
114. Wu, Z.; Fenselau, C. Tetrahedron 1993, 49, 9197.
115. Bojeson, G.; Breindahl, T. J. Chem. Soc., Perkins Trans. 2 1994, 1029.
116. Lias, S. G.; Liebman, J. F.; Levin, R. D. J. Phys. Chem. Ref. Data 1984, 13, 695.
117. Hunter, E. P. L.; Lias, S. G. J. Phys. Chem. Ref. Data 1998, 27, 413.
118. NIST Chemistry WebBook, http://webbook.nist.gov/chemistry.
119. Dawson, R. M. C.; Elliott, D. C.; Elliott, W. H.; Jones, K. M. Data for Biochemical Research, 3rd ed.; Oxford Science Publications: New York, 1986; pp 1-31.
120. Bouchonnet, S.; Hoppilliard, Y. Org. Mass Spectrom. 1992, 27, 71.
121. Jensen, F. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 9533.
122. Somogyi, A.; Wysocki, V. H.; Mayer, I. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 704.
123. Zhang, K.; Zimmerman, D. M.; Chung-Phillips, A.; Cassady, C. J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 10812.
124. Wu, Z.; Fenselau, C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1994, 8, 777.
125. Bliznyuk, A. A.; Schaefer, H. F., III; Amster, I. J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 5149.
126. Wu, Z.; Fenselau, C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1992, 3, 863.
127. Wu, J.; Lebrilla, C. B. J. Am. Chem. Soc., 1993, 115, 3270.
128. Cheng, X.; Wu, Z.; Fenselau, C. J. Am. Chem. Soc., 1993, 115, 4844.
129. Kaltashov, I. A.; Fenselau, C. C. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1995, 746/747, 339.
130. Kaltashov, I. A.; Fabris, D.; Fenselau, C. C. J. Phys. Chem. 1995, 99, 10046.
131. Kaltashov, I. A.; Fenselau, C. C. J. Am. Chem. Soc. 1995, 777, 9906.
132. Wu, J.; Lebrilla, C. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 91.
133. McLuckey, S. A.; van Berkel, G. J.; Glish, G. L. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 5668.
134. Ikonomou, M. G.; Kebarle, P. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1992, 117, 283.
135. Ogorzalek Loo, R. R.; Udaeth, H. R.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1992, 3, 695.
136. Ogorzalek Loo, R. R.; Winger, B. E.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 1064.
137. Gross, D. S.; Schnier, P. D.; Rodriguez-Cruz, S. E.; Fagerquist, C. K.; Williams, E. R. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 3143.
138. Valentine, S. J.; Anderson, J.; Ellington, A. E.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. B, 1997, 101, 3891.
139. Sullivan, P. A.; Axelsson, J.; Altmann, S.; Quist, A. P.; Sundqvist, B. U. R.; Reimann, C. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 329.
140. Reimann, C. T.; Sullivan, P. A.; Axelsson, J.; Quist, A. P.; Altmann, S.; Roepstorff, P.; Velazquez, I.; Tapia, O. J. Am. Chem. Soc. 1998, 720, 7608.
141. Ogorzalek Loo, R. R.; Smith, R. D. J. Mass Spectrom. 1995, 30, 339.
142. Zhang, X.; Cassady, C. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 1211.
143. Gronert, S. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 3525.
144. Cassady, C. J.; Wronka, J.; Kruppa, G. H.; Laukien, F. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1994, 8, 394.
145. Cassady, C. J.; Carr, S. R. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 247.
146. Cassady, C. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 716.
147. Gross, D. S.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 883.
148. Gross, D. S.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 202.
149. Wong, S. F.; Meng, C. K.; Fenn, J. B. J. Phys. Chem. 1988, 92, 546.
150. Gilson, M. K.; Honig, B. Biopolymers 1986, 25, 2097.
151. Pethig, R. Dielectric and Electronic Properties of Biological Materials; John Wiley and Sons: New York, 1979, as cited in ref 82.
152. Wyttenbach, T.; von Helden, G.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8355.
153. Hudgins, R. R.; Ratner, M. A.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 12974.
154. Hudgins, R. R.; Mao, Y.; Ratner, M. A.; Jarrold, M. F. Biophys. J. 1999, 76, 1591.
155. Samuelson, S.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 1999, 103, 1752.
156. Smith, D. L.; Zhang, Z. Mass Spectrom. Rev. 1994, 73, 411.
157. Katta, V.; Chait, B. T. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1991, 5, 214.
158. Katta, V.; Chait, B. T. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 6317.
159. Anderegg, R. J.; Wagner, D. S.; Stevenson, C. L.; Borchardt, R. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 425.
160. Wagner, D. S.; Anderegg, R. J. Anal. Chem. 1994, 66, 706.
161. Winston, R. L.; Fitgerald, M. C. Mass Spectrom. Rev. 1997, 76, 165.
162. Zhang, Z.; Li, W.; Logan, T. M.; Li, M.; Marshall, A. G. Protein Science 1997, 6, 2203.
163. Brauman, J. L. In Kinetics of Ion-Molecule Reactions; Ausloos, P., Ed.; Plenum Press: New York, 1979; pp 153-164.
164. Lias, S. G. J. Phys. Chem. 1984, 88, 4401.
165. Campbell, S.; Rodgers, M. T.; Marzluff, E. M.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 9765.
166. Campbell, S.; Rodgers, M. T.; Marzluff, E. M.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 12840.
167. Cheng, X.; Fenselau, C. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1992, 122, 109.
168. Gard, E.; Green, M. K.; Bregar, J.; Lebrilla, C. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 623.
169. Green, M. K.; Lebrilla, C. B. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1998, 175, 15.
170. Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1999, 70, 9.
171. Zhang, Z.; Li, W.; Guan, S.; Marshall, A. G. Proceedings of the 44th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Portland, OR, 1996; p 1061.
172. Lee, S.-W.; Lee, H.-N.; Kim, H. S.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5800.
173. McLafferty, F. W.; Guan, Z.; Haupts, U.; Wood, T. D.; Kelleher, N. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4732.
174. Valentine, S. J.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 3558.
175. Wood, T. D.; Chorush, R. A.; Wampler, F. M.; Little, D. P.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 2451.
176. Freitas, M. A.; Marshall, A. G. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1999, 182/183, 221.
177. Freitas, M. A.; Hendrickson, C. L.; Emmett, M. R.; Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 1012.
178. Li, J.; Clemmer, D. E. Unpublished results.
179. Robinson, J. M.; Greig, M. J.; Griffey, R. H.; Mohan, V.; Laude, D. A. Anal. Chem. 1998, 70, 3566.
180. Freitas, M. A.; Shi, S. D.-H.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 10187.
181. Cheng, X.; Fenselau, C. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 10327.
182. Weiske, T.; Bohme, D. K.; Hrusak, J.; Kratschmer, W.; Schwartz, H. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1991, 30, 884.
183. Caldwell, K. A.; Giblin, D. E.; Hsu, C. S.; Cox, D.; Gross, M. L. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 8519.
184. Ross, M. M.; Callahan, J. H. J. Phys. Chem. 1991, 95, 5720.
185. Wei, S.; Shi, Z.; Castleman, A. W., Jr. J. Chem. Phys. 1991, 94, 3268.
186. Svanberg, M.; Pettersson, J. B. C. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 1862.
187. Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 1688.
188. Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A. Anal. Chem., 1997, 69, 281.
189. Zhan, D.; Rosell, J.; Fenn, J. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 1241.
190. Counterman, A. E.; Valentine, S. J.; Srebalus, C. A.; Henderson, S. C.; Hoaglund, C. S.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom., 1998, 9, 743.
191. Przybylski, M.; Glocker, M. O. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 1996, 35, 806.
192. Loo, J. A. Moss Spectrom. Rev. 1997, 16, 1.
193. Loo, J. A.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1988, 2, 207.
194. Johnson, R. S.; Martin, S. A.; Biemann, K. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1988, 86, 137.
195. Martin, S. A.; Biemann, K. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1987, 78, 213.
196. Tang, X.; Thibault, P.; Boyd, R. K. Anal. Chem. 1993, 65, 2824.
197. Mabud, Md. A.; DeKrey, M. J.; Cooks, R. G. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1985, 67, 285.
198. Jones, J. L.; Dongre, A. R.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 8368.
199. Dongre, A. R.; Jones, J. L.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8365.
200. Dongre, A. R.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 339.
201. Vachet, R. W.; Asam, M. R.; Glish, G. L. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6252.
202. Loo, J. A.; Edmonds, C. G.; Smith, R. D. Science 1990, 248, 201.
203. Wu, Q.; Van Orden, S.; Cheng, X.; Bakhtiar, R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1995, 67, 2498.
204. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265.
205. Dunbar, R. C. In Gas Phase Ion Chemistry; Bowers, M. T., Ed.; Academic Press: New York, 1979; Vol. 2, pp 181-220.
206. Dunbar, R. C. In Gas Phase Ion Chemistry; Bowers, M. T., Ed.; Academic Press: New York, 1984; Vol. 3; pp 129-166.
207. Ballew, R. M.; Sabelko, J.; Gruebele, M. Nature: Struct. Biol. 1996, 3, 923.
208. Herzberg, G. Atomic Spectra and Atomic Structure, 2nd ed.; Dover: New York, 1944.
209. Herzberg, G. Molecular Spectra and Molecular Structure, 2nd ed.; Van Nostrand: New York, 1950.
210. Little, D. P.; Speir, J. P.; Senko, M. W.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2809.
211. Little, D. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6783.
212. Little, D. P.; Aaserud, D. J.; Valaskovic, G. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 9352.
213. Tholmann, D.; Tonner, D. S.; McMahon, T. B. J. Phys. Chem. 1994, 98, 2002.
214. Dunbar, R. C. J. Phys. Chem. 1994, 98, 8705.
215. Price, W. D.; Schnier, P. D.; Williams, E. R. Anal. Chem. 1996, 68, 859.
216. Schnier, P. D.; Price, W. D.; Jockusch, R. A.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7178.
217. These ranges do not include the Arg-deleted forms that reported in Table 1 of ref 216.
218. Rockwood, A. L.; Busman, M.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1991, 5, 582.
219. Busman, M.; Rockwood, A. L.; Smith, R. D. J. Phys. Chem. 1992, 96, 2397.
220. Meot-Ner, M.; Dongre, A. R.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1995, 9, 829.
221. Cooks, R. G.; Beynon, J. H.; Caprioli, R. M.; Lester, G. R. Metastable Ions; Elsevier: New York, 1973.
222. Kaltashov, I. A.; Fenselau J. Phys. Chem. 1995, 99, 19946.
223. Adams, J.; Strobel, F.; Reiter, A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 30.
224. Kaltashov, I. A.; Fenselau, C. Proteins: Struct., Fund., Genet. 1997, 27, 165.
225. Kaltashov, I. A.; Fenselau, C. C. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997, 160, 331.
226. Dempsey, C. E. Biochim. Biophys. Acta 1990, 1031, 143.
227. Terwilliger, T. C.; Eisenberg, D. J. Biol. Chem. 1982, 257, 6010.
228. Jarrold, M. F. Presented at the 46th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, 1998, Orlando, FL.
229. Li, A.; Fenselau, C.; Kaltashov, I. A. Proteins: Struct., Funct., Genet. Suppl. 2 1998, 22.
230. Futrell, J. F.; Tiernan, T. O. In Ion-Molecule Reactions; Franklin, J. L., Ed.; Plenum Press: New York, 1972; Chapter 11.
231. Yost, R. A.; Enke, C. G. J. Am. Chem. Soc. 1978, 700, 2274.
232. Cox, K. A.; Julian, R. K., Jr.; Cooks, R. G.; Kaiser, R. E., Jr. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 127.
233. Douglas, D. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 17.
234. Chen, Y.-L.; Collings, B. A.; Douglas, B. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 681.
235. Collings, B. A.; Douglas, D. J. J. Am. Chem. Soc., 1996, 118, 4488.
236. Nesatiy, V.; Chen, Y.-L.; Collings, B. A.; Douglas, D. J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1998, 12, 40.
237. Chen, Y.-L.; Campbell, J. M.; Collings, B. A.; Konermann, L.; Douglas, D. J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1998, 12, 1003.
238. Javahery, G.; Thomson, B. J. Am. Mass Spectrom. 1997, 8, 697.
239. Whitby, K. T.; Clark, W. E. Tellus 1966, 18, 573.
240. Sanders, T. M.; Forest, S. R. J. Appl. Phys. 1989, 66, 3317.
241. Hagen, D. F. Anal. Chem. 1979, 51, 870.
242. Jarrold, M. F.; Bower, J. E.; Creegan, K. J. Chem. Phys. 1989, 90, 3615.
243. Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1995, 99, 11.
244. Radi, P. P.; von Helden, G.; Hsu, M. T.; Kemper, P. R.; Bowers, M. T. Int. J. Mass. Spectrom. Ion Processes 1991, 109, 49.
245. von Helden, G.; Hsu, M.-T.; Kemper, P. R.; Bowers, M. T. J. Chem. Phys. 1991, 93, 3835.
246. von Helden, G.; Hsu, M.-T.; Gotts, N.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8182.
247. Shelimov, K. B.; Hunter, J. M.; Jarrold, M. F. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1994,138, 17.
248. Hunter, J. M.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 103.
249. Mason, E. A.; McDaniel, E. W. Transport Properties of Ions in Gases; Wiley: New York, 1988.
250. A historical overview of cross section calculations is given by Lin, S. N.; Griffin, G. W.; Horning, E. C.; Wentworth, W. E. J. Chem. Phys. 1974, 60, 4994.
251. Mesleh, M. F.; Hunter, J. M.; Shvartsburg, A. A.; Schatz, G. C.; Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16082.
252. Mack, E., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1925, 47, 2468.
253. Melaven, R. M.; Mack, E., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1932, 54, 888.
254. Wyttenbach, T.; von Helden, G.; Batka, J. J., Jr.; Carlat, D.; Bowers, M. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 275.
255. Shvartsburg, A. A.; Jarrold, M. F. Chem. Phys. Lett. 1996, 261, 86.
256. Shvartsburg, A. A.; Schatz, G. C.; Jarrold, M. F. J. Chem. Phys. 1998, 108, 2416.
257. Viehland, L. A.; Dickinson, A. S. Chem. Phys. 1995, 193, 255.
258. Clemmer, D. E.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10141.
259. Jarrold, M. F.; Honea, E. C. J. Phys. Chem. 1991, 95, 9181.
260. Jarrold, M. F.; Constant, V. A. Phys. Rev. Lett. 1991, 67, 2994.
261. Liu, Y.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 1997, 69, 2504.
262. Shelimov, K. B.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2987.
263. Shelimov, K. B.; Clemmer, D. E.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2240.
264. Taraszka, J. T.; Clemmer, D. E. Unpublished results.
265. Shelimov, K. B.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 10313.
266. Kiefhaber, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 9029.
267. Itzhaki, L. S.; Evans, P. A.; Dobson, C. M.; Radford, S. E. Biochemistry 1994, 33, 5212.
268. Radford, S. E.; Dobson, C. M.; Evans, P. A. Nature 1992, 358, 302.
269. Chaffotte, A. F.; Guillou, Y.; Goldberg, M. E. Biochemistry 1992, 31, 9694.
270. Reimann, C. T.; Velazquez, I.; Tapia, O. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 2277.
271. Reimann, C. T.; Velazquez, I.; Tapia, O. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 9344.
272. Arteca, G. A.; Valazquez, I.; Reimann, C. T.; Tapia, O. Phys. Rev. E. 1999, 59, 5981.
273. Gas-phase basicity values for these bases are from ref 116 and Decouzon, M.; Gal, J. F.; Maria, P. C.; Raczynska, E. D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1993, 7, 599.
274. Li, J.; Clemmer, D. E. Unpublished results.
275. Lau, Y. K.; Ikuta, S.; Kebarle, P. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 1462.
276. Klassen, J. S.; Blades, A. T.; Kebarle, P. J. Phys. Chem. 1995, 99, 15509.
277. Woenckhaus, J.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9586.
278. Fye, J. L.; Woenckhaus, J.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1327.
279. McCammon, J. A.; Gelin, B. R.; Karplus, M. Nature 1977, 267, 585.
280. Levitt, M.; Sharon, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 7557.
281. Deisenhofer, J.; Steigemann, W. Acta Crystallogr. B 1975, 31, 238.
282. Wlodawer, A.; Walter, S.; Huber, R.; Sjölin, L. J. Mol. Biol. 1984, 180, 301.
283. Wlodawer, A.; Nachman, J.; Gilliland, G. L.; Gallagher, W.; Woodward, C. J. Mol. Biol. 1987, 198, 469.
284. Otting, G.; Wüthrich, K. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 1871.
285. von Helden, G.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Science 1986, 267, 1483.
286. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. C.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P.; Kollman, P. A. AMBER 4.0; University of California, San Francisco, 1991.
287. Wyttenbach, T.; Bushnell, J. E.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5098.
288. Li, J.; Clemmer, D. E. Unpublished results.
289. Henderson, S. C.; Li, J.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. B 1999, accepted for publication.
290. Pauling, L.; Corey, R. B.; Branson, H. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1951, 37, 205.
291. Chakarbartty, A.; Baldwin, R. L. Adv. Protein Chem. 1995, 46, 141.
292. Marqusee, S.; Robbins, V. H.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 5286.
293. O'Neil, K. T.; DeGrado, W. F. Science 1990, 250, 646.
294. Shoemaker, K. R.; Kim, P. S.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. Nature 1987, 326, 563.
295. Sundaralingam, M.; Sekharudu, Y. C. Science 1989, 244, 1333.
296. Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. Submitted for publication.
297. Samuelson, S. O.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 1998, 109, 11061.
298. Millhauser, G. L.; Stenland, C. J.; Bolin, K. A.; van de Ven, J. M. J. Biomol. NMR 1996, 7, 331.
299. Fiori, W. R.; Millhauser, G. L. Biopolymers 1995, 37, 243.
300. Yoder, G.; Pancoska, P.; Keiderling, T. A. Biochemistry 1997, 36, 15123.
301. Groebke, K.; Renold, P.; Tsang, K. Y.; Allen, T. J.; McClure, K. F.; Kemp, D. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 4025.
302. Smythe, M. L.; Nakaie, C. R.; Garland, R. M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10555.
303. Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. Unpublished results.
304. Hoaglund, C. S.; Valentine, S. J.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 1997, 69, 4156.
305. Hoaglund, C. S.; Valentine, S. J.; Sporleder, C. R.; Reilly, J. P.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 1998, 70, 2236.
306. Henderson, S. C.; Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 1999, 71, 291.
307. Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Hoaglund, C. S.; Reilly, J. P.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 1213.
308. Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Hoaglund Hyzer, C. S.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. 1999, 103, 1203.
309. Leon, S. J. Linear Algebra with Applications, 3rd ed.; Macmillan: New York, 1990; pp 208-211.
310. Voet, D.; Voet, J. G. Biochemistry, 2nd ed.; Wiley: New York, 1995; p 58-60.
311. Dudek, M. J.; Ramnarayan, K.; Ponder, J. W. J. Comput. Chem. 1998, 19, 548.
312. Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4031.
313. Connolly, M. L. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 1118.
314. Harpaz, Y.; Gerstein, M.; Chothia, C. Structure 1994, 2, 641.
315. Richards, F. M. J. Mol. Biol. 1974, 82, 1.
316. Voronoi, G. F. J. Reine Angew. Math. 1908, 134, 198.
317. Horz, D. E.; Brownlee, D. E.; Fechtig, H.; Hartung, J. B.; Morrison, D. A.; Neukum, G.; Schneider, E.; Fedder, J. F.; Gault, D. E. Planet. Space Sci. 1975, 23, 151.
318. Szenes, G. Phys. Rev. B 1995, 51, 8026.
319. Reimann, C. T.; Quist, A. P.; Kopniczky, J.; Sundqvist, B. U. R.; Erlandsson, R.; Tengvall, P. Nucl. Instrum. Methods Phys. Res., Sect. B 1994, 88, 29.
320. Quist, A. P.; Ahlbom, J.; Reimann, C. T.; Sundqvist, B. U. R. Nucl. Instrum. Methods Phys. Res., Sect. B 1994, 88, 164.
321. Light-Wahl, K. J.; Springer, D. L.; Winger, B. E.; Edmonds, C. G., Camp, D. G., II; Thrall, B. D.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 803.
322. Doktycz, M. J.; Habibi-Gougarzi, S.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 1994, 66, 3416.
323. Ding, J.; Anderegg, R. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 159.
324. Gentil, E.; Banoub, J. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 83.
325. Aaserud, D. J.; Kelleher, N. L.; Little, D. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 1266.
326. Klassen, J. S.; Schnier, P. D.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 1117.
327. Schnier, P. D.; Klassen, J. S.; Strittmatter, E. F.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9605.
328. Hoaglund, C. S.; Liu, Y.; Ellington, A. D.; Pagel, M.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9051.
329. Robinson, J. M.; Greig, M. J.; Griffey, R. H.; Mohan, V.; Laude, D. A. Anal. Chem. 1998, 70, 3566.
330. Freitas, M.; Shi, S. D.-H.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 19187.
331. Lee, S.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997, 167, 605.
332. Green, M. K; Penn, S. G.; Lebrilla, C. B. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 1247.
333. Imperiali, B. Acc. Chem. Res. 1997, 30, 452.
334. Loo, J. A. Eur. Mass Spectrom. 1997, 3, 93.
335. Mann, M.; Meng, C. K.; Fenn, J. B. Anal. Chem. 1989, 61, 1702.
336. Reinhold, B. B.; Reinhold V. N. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1992, 3, 207.
337. Ashton, D. A.; Beddell, C. R.; Cooper, D. J.; Green, B. N.; Oliver, R. W. A. Org. Mass Spectrom. 28, 721.
338. Winger, B. E.; Light-Wahl, K. J.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1992, 3, 624.
339. Ogorzalek Loo, R. R.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. J. Phys Chem. 1991, 95, 6412.
340. Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A. J. Am. Soc. Mass. Spectrom. 1998, 9, 585.
341. McLuckey, S. A.; Stephenson, J. L., Jr.; Asano, K. G. Anal. Chem. 1998, 70, 1198.
342. Scalf, M.; Westphall, M. S.; Krause, J.; Kaufman, S. L.; Smith, L. M. Science 1999, 283, 194.
343. Kaufman, S. L.; Skogen, J. W.; Dorman, F. D.; Zarrin, F. Anal. Chem. 1996, 68, 1895.
344. Schnier, P. D.; Williams, E. R. Anal. Chem. 1998, 70, 3033.
345. Gill, L. A.; Wells, M.; Patterson, G. E.; Amy, J. W.; Cooks, R. G. Anal. Chem. 1998, 70, 4448.
346. Wells, J. M.; Plass, W. R.; Patterson, G. E.; Ouyang, Z.; Badman, E. R.; Cooks, R. G. Anal. Chem. 1999, 71, 3405.
347. Buryakov, K. A.; Krylov, E. V.; Nazarov, E. G.; Rasulev, U. K. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1993, 128, 143.
348. Guevremont, R.; Purves, R. W. Rev. Sci. Instrum. 1999, 70, 1370
349. Krylov, E. V. Tech. Phys. 1999, 44, 113.
350. Purves, R. W.; Guevremont, R.; Day, S.; Pipich, C. W.; Matyjaszczyk, M. S. Rev. Sci. Instrum. 1998, 69, 4094.
351. Purves, R. W.; Guevremont, R. Anal. Chem. 1999, 71, 2346.