Stable isotope N-phosphorylation labeling for peptide de novo sequencing and protein quantification based on organic phosphorus chemistry

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 23, 2012, Pages 10236-10244

  Gao, Xiang ^a,b   Wu, Hanzhi ^a   Lee, Kim Chung ^a   Liu, Hongxia ^b   Zhao, Yufen ^c   Cai, Zongwei ^a,b   Jiang, Yuyang ^b  

^a HONG KONG BAPTIST UNIVERSITY   (Hong Kong)

^b TSINGHUA UNIVERSITY   (China)

^c XIAMEN UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO GROUP; BIOLOGICAL FLUIDS; CLEANUP PROCEDURES; DE NOVO SEQUENCING; ELECTROPHILICITY; FRAGMENTATION PATTERNS; HIGH REACTIVITY; IONIZATION EFFICIENCY; ISOTOPE EFFECT; LABELING REAGENT; METHOD DEVELOPMENT; MILD REACTION CONDITIONS; NANO LIQUID CHROMATOGRAPHY; ONE-POT REACTION; ORGANIC PHOSPHORUS; PEPTIDE MASS FINGERPRINT; PHOSPHORYL GROUPS; PROTEIN QUANTIFICATION; PROTEIN SEQUENCES; QUANTITATIVE PROTEOMICS; RELATIVE ERRORS; RELATIVE STANDARD DEVIATIONS; STABLE ISOTOPES; STABLE-ISOTOPE LABELING; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

AMINO ACIDS; CELL CULTURE; DEUTERIUM; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR BIOLOGY; PHOSPHORUS; PHOSPHORYLATION; REACTION INTERMEDIATES; TISSUE;

PEPTIDES;

PEPTIDE FRAGMENT; PHOSPHORUS; PROTEIN; TRYPSIN;

ANIMAL; ARTICLE; CATTLE; CHEMISTRY; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; HUMAN; ISOTOPE LABELING; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; NANOTECHNOLOGY; ORGANIC CHEMISTRY; PHOSPHORYLATION;

ANIMALS; CATTLE; CHEMISTRY, ORGANIC; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; HUMANS; ISOTOPE LABELING; NANOTECHNOLOGY; PEPTIDE FRAGMENTS; PHOSPHORUS; PHOSPHORYLATION; PROTEINS; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION; TRYPSIN;

EID: 84870556977     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac301939v     Document Type: Article

References (62)

1. Mallick, P.; Kuster, B. Nat. Biotechnol. 2010, 28, 695-709
2. Domon, B.; Aebersold, R. Science 2006, 312, 212-217
3. Ong, S. E.; Mann, M. Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 252-262
4. Iliuk, A.; Galan, J.; Tao, W. A. Anal. Bioanal. Chem. 2009, 393, 503-513
5. Elliott, M. H.; Smith, D. S.; Parker, C. E.; Borchers, C. J. Mass Spectrom. 2009, 44, 1637-1660
6. Ning, Z. B.; Zhou, H.; Wang, F. J.; Abu-Farha, M.; Figeys, D. Anal. Chem. 2011, 83, 4407-4426
7. Yao, X. D. Anal. Chem. 2011, 83, 4427-4439
8. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, D.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6591-6596
9. Wu, C. C.; MacCoss, M. J.; Howell, K. E.; Matthews, D. E.; Yates, J. R. I. Anal. Chem. 2004, 76, 4951-4959
10. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 376-386
11. Geiger, T.; Wisniewski, J. R.; Cox, J.; Zanivan, S.; Kruger, M.; Ishihama, Y.; Mann, M. Nat. Protoc. 2011, 6, 147-157
12. Gouw, J. W.; Krijgsveld, J.; Heck, A. J. R. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 11-24
13. Soufi, B.; Kumar, C.; Gnad, F.; Mann, M.; Mijakovic, I.; Macek, B. J. Proteome Res. 2010, 9, 3638-3646
14. Kruger, M.; Moser, M.; Ussar, S.; Thievessen, I.; Luber, C. A.; Forner, F.; Schmidt, S.; Zanivan, S.; Fassler, R.; Mann, M. Cell 2008, 134, 353-364
15. Sury, M. D.; Chen, J. X.; Selbach, M. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 2173-2183
16. Yao, X. D.; Freas, A.; Ramirez, J.; Demirev, P. A.; Fenselau, C. Anal. Chem. 2001, 73, 2836-2842
17. Bonenfant, D.; Schmelzle, T.; Jacinto, E.; Crespo, J. L.; Mini, T.; Hall, M. N.; Jenoe, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 880-885
18. Ye, X. Y.; Luke, B. T.; Johann, D. J.; Ono, A.; Prieto, D. A.; Chan, K. C.; Issaq, H. J.; Veenstra, T. D.; Blonder, J. Anal. Chem. 2010, 82, 5878-5886
19. Liu, N.; Wu, H. Z.; Liu, H. X.; Chen, G. N.; Cai, Z. W. Anal. Chem. 2010, 82, 9122-9126
20. Regnier, F.; Julka, S. J. Proteome Res. 2004, 3, 350-363
21. Leitner, A.; Lindner, W. Proteomics 2006, 6, 5418-5434
22. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999
23. Hsu, J. L.; Huang, S. Y.; Chow, N. H.; Chen, S. H. Anal. Chem. 2003, 75, 6843-6852
24. Ji, C. J.; Li, L. J. Proteome Res. 2005, 4, 734-742
25. Boersema, P. J.; Raijmakers, R.; Lemeer, S.; Mohammed, S.; Heck, A. J. R. Nat. Protoc. 2009, 4, 484-494
26. Wang, F. J.; Chen, R.; Zhu, J.; Sun, D. G.; Song, C. X.; Wu, Y. F.; Ye, M. L.; Wang, L. M.; Zou, H. F. Anal. Chem. 2010, 82, 3007-3015
27. Zhang, X.; Jin, Q. K.; Carr, S. A.; Annan, R. S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 2325-2332
28. Peters, E. C.; Horn, D. M.; Tully, D. C.; Brock, A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 2387-2392
29. Munchbach, M.; Quadroni, M.; Miotto, G.; James, P. Anal. Chem. 2000, 72, 4047-4057
30. Schmidt, A.; Kellermann, J.; Lottspeich, F. Proteomics 2005, 5, 4-15
31. Tebbe, A.; Schmidt, A.; Konstantinidis, K.; Falb, M.; Bisle, B.; Klein, C.; Aivaliotis, M.; Kellermann, J.; Siedler, F.; Pfeiffer, F.; Lottspeich, F.; Oesterhelt, D. Proteomics 2009, 9, 3843-3855
32. Wang, H.; Wong, C. H.; Chin, A.; Kennedy, J.; Zhang, Q.; Hanash, S. J. Proteome Res. 2009, 8, 5412-5422
33. Thompson, A.; Schafer, J.; Kuhn, K.; Kienle, S.; Schwarz, J.; Schmidt, G.; Neumann, T.; Hamon, C. Anal. Chem. 2003, 75, 1895-1904
34. Dayon, L.; Hainard, A.; Licker, V.; Turck, N.; Kuhn, K.; Hochstrasser, D. F.; Burkhard, P. R.; Sanchez, J. C. Anal. Chem. 2008, 80, 2921-2931
35. Dayon, L.; Turck, N.; Kienle, S.; Schulz-Knappe, P.; Hochstrasser, D. F.; Scherl, A.; Sanchez, J. C. Anal. Chem. 2010, 82, 848-858
36. Ross, P. L.; Huang, Y. N.; Marchese, J. N.; Williamson, B.; Parker, K.; Hattan, S.; Khainovski, N.; Pillai, S.; Dey, S.; Daniels, S.; Purkayastha, S.; Juhasz, P.; Martin, S.; Bartlet-Jones, M.; He, F.; Jacobson, A.; Pappin, D. J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 1154-1169
37. Pichler, P.; Kocher, T.; Holzmann, J.; Mazanek, M.; Taus, T.; Ammerer, G.; Mechtler, K. Anal. Chem. 2010, 82, 6549-6558
38. Afkarian, M.; Bhasin, M.; Dillon, S. T.; Guerrero, M. C.; Nelson, R. G.; Knowler, W. C.; Thadhani, R.; Libermann, T. A. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 2195-2204
39. Thingholm, T. E.; Palmisano, G.; Kjeldsen, F.; Larsen, M. R. J. Proteome Res. 2010, 9, 4045-4052
40. Xiang, F.; Ye, H.; Chen, R. B.; Fu, Q.; Li, L. J. Anal. Chem. 2010, 82, 2817-2825
41. Zhang, J. X.; Wang, Y.; Li, S. W. Anal. Chem. 2010, 82, 7588-7595
42. Chen, Z.; Wang, Q. H.; Lin, L.; Tang, Q.; Edwards, J. L.; Li, S. W.; Liu, S. Q. Anal. Chem. 2012, 84, 2908-2915
43. Koehler, C. J.; Arntzen, M.; Strozynski, M.; Treumann, A.; Thiede, B. Anal. Chem. 2011, 83, 4775-4781
44. Li, J. X.; Steen, H.; Gygi, S. P. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2, 1198-1204
45. Hansen, K. C.; Schmitt-Ulms, G.; Chalkley, R. J.; Hirsch, J.; Baldwin, M. A.; Burlingame, A. L. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2, 299-314
46. Lu, P.; Bottari, P.; Turecek, F.; Aebersold, R.; Gelb, M. H. Anal. Chem. 2004, 76, 4104-4111
47. Guo, M. J.; Galan, J.; Tao, W. A. Chem. Commun. 2007, 1251-1253
48. Sohn, C. H.; Lee, J. E.; Sweredoski, M. J.; Graham, R. L. J.; Smith, G. T.; Hess, S.; Czerwieniec, G.; Loo, J. A.; Deshaies, R. J.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 2672-2680
49. Wang, F.; Fu, H.; Jiang, Y. Y.; Zhao, Y. F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 995-999
50. Zhang, D. M.; Liu, H. X.; Zhang, S. S.; Chen, X. L.; Li, S. F.; Zhang, C. L.; Hu, X. M.; Bi, K. S.; Chen, X. H.; Jiang, Y. Y. Talanta 2011, 84, 614-622
51. Chen, J.; Chen, Y.; Gong, P.; Jiang, Y.; Li, Y. M.; Zhao, Y. F. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 531-536
52. Gao, X.; Hu, X. M.; Zhu, J.; Zeng, Z. P.; Han, D. X.; Tang, G.; Huang, X. T.; Xu, P. X.; Zhao, Y. F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, 689-702
53. Ai, H. W.; Fu, H.; Zhao, Y. F. Chem. Commun. 2003, 2724-2725
54. Bao, J. Y.; Ai, H. W.; Fu, H.; Jiang, Y. Y.; Zhao, Y. F.; Huang, C. J. Mass Spectrom. 2005, 40, 772-776
55. Chen, Y.; Zhang, J. C.; Chen, J.; Cao, X. Y.; Wang, J.; Zhao, Y. F. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 469-473
56. Gao, X.; Tang, Z.; Lu, M. H.; Liu, H. X.; Jiang, Y. Y.; Zhao, Y. F.; Cai, Z. W. Chem. Commun. 2012, 48, 10198-10200
57. Sun, X. B.; Kang, J. X.; Zhao, Y. F. Chem. Commun. 2002, 2414-2415
58. Geoghegan, K. F.; Hoth, L. R.; Tan, D. H.; Borzilleri, K. A.; Withka, J. M.; Boyd, J. G. J. Proteome Res. 2002, 1, 181-187
59. Roth, K. D. W.; Huang, Z. H.; Sadagopan, N.; Watson, J. T. Mass Spectrom. Rev. 1998, 17, 255-274
60. Paizs, B.; Suhai, S. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 508-548
61. Zhang, R. J.; Sioma, C. S.; Thompson, R. A.; Xiong, L.; Regnier, F. E. Anal. Chem. 2002, 74, 3662-3669
62. Palma, S. D.; Raijmakers, R.; Heck, A. J. R.; Mohammed, S. Anal. Chem. 2011, 83, 8352-8356