Quantitative proteome analysis using differential stable isotopic labeling and microbore LC-MALDI MS and MS/MS

Journal of Proteome Research

Volumn 4, Issue 3, 2005, Pages 734-742

  Ji, Chengjie ^a   Li, Liang ^a  

^a UNIVERSITY OF ALBERTA   (Canada)

Author keywords

Isotope labeling; LC MALDI; Microbore LC; Quantitative proteomics

Indexed keywords

BACTERIAL PROTEIN; BETA CASEIN; CARBONATE DEHYDRATASE II; CYTOCHROME C; MYOGLOBIN; UBIQUITIN;

AMINATION; AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CONTROLLED STUDY; ESCHERICHIA COLI; ESTERIFICATION; FRACTIONATION; INTERMETHOD COMPARISON; ISOTOPE LABELING; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MATRIX ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; METHYLATION; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEOMICS; SEQUENCE ANALYSIS; TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY;

CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; ESCHERICHIA COLI PROTEINS; ESTERIFICATION; ISOTOPE LABELING; METHYLATION; PROTEINS; PROTEOMICS; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION;

EID: 20844458723     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr049784w     Document Type: Article

References (43)

1. Tao, W. A.; Aebersold, R. Curr. Opin. Biotechnol. 2003, 14, 110-118.
2. Duggan, D. J.; Bittner, M.; Chen, Y.; Meltzer, P.; Trent, J. M. Nat. Genet. 1999, 21, 10-14.
3. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
4. Ji, J.; Chakraborty, A.; Geng, M.; Zhang, X.; Amini, A.; Bina, M.; Regnier, F. E. J. Chromatogr. B 2000, 745, 197-210.
5. Yao, X.; Freas, A.; Ramirez, J.; Demirev, P. A.; Fenselau, C. Anal. Chem. 2001, 73, 2836-2842.
6. Qiu, Y.; Sousa, E. A.; Hewick, R. M.; Wang, J. H. Anal. Chem. 2002, 74, 4969-4979.
7. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell Proteomics 2002, 1, 376-386.
8. Griffin, T. J.; Gygi, S. P.; Ideker, T.; Rist, B.; Eng, J.; Hood, L.; Aebersold, R. Mol. Cell Proteomics 2002, 1, 323-333.
9. Griffin, T. J.; Han, D. K.; Gygi, S. P.; Rist, B.; Lee, H.; Aebersold, R.; Parker, K. C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 1238-1246.
10. Gygi, S. P.; Rist, B.; Griffin, T. J.; Eng, J.; Aebersold, R. J. Proteome Res. 2002, 1, 47-54.
11. Han, D. K.; Eng, J.; Zhou, H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 946-951.
12. Zhou, H.; Ranish, J. A.; Watts, J. D.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 512-515.
13. Wang, S.; Regnier, F. E. J. Chromatogr. A 2001, 924, 345-357.
14. Spahr, C. S.; Susin, S. A.; Bures, E. J.; Robinson, J. H.; Davis, M. T.; McGinley, M. D.; Kroemer, G.; Patterson, S. D. Electrophoresis 2000, 21, 1635-1650.
15. Geng, M.; Ji, J.; Regnier, F. E. J. Chromatogr. A 2000, 870, 295-313.
16. Goodlett, D. R.; Keller, A.; Watts, J. D.; Newitt, R.; Yi, E. C.; Purvine, S.; Eng, J. K.; Haller, P.-V.; Aebersold, R.; Kolker, E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 1214-1221.
17. Hsu, J.; Huang, S.; Chow, N.; Chen, S. Anal. Chem. 2003, 75, 6843-6852.
18. Everley, P. A.; Krijgsveld, J.; Zetter, B. R.; Gygi, S. P. Mol. Cell Proteomics 2004, 3, 729-735.
19. Che, F. Y.; Fricker, L. D. Anal. Chem. 2002, 74, 3190-3198.
20. Krijgsveld, J.; Ketting, R. F.; Mahmoudi, T.; Johansen, J.; Artal-Sanz, M.; Verrijzer, C. P.; Plasterk, R. H. A.; Heck, A. J. R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 927-931.
21. Washburn, M. P.; Ulaszek, R.; Deciu, C.; Schieltz, D. M.; Yates, J. R., III. Anal. Chem. 2002, 74, 1650-1657.
22. Jiang, H.; English, A. M. J. Proteome Res. 2002, 1, 345-350.
23. Pan, S.; Gu, S.; Bradbury, E. M.; Chen, X. Anal. Chem. 2003, 75, 1316-1324.
24. Cagney, G.; Emili, A. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 163-170.
25. Brancia, F. L.; Montgomery, H.; Tanaka, K.; Kumashiro, S. Anal. Chem. 2004, 76, 2748-2755.
26. Staes, A.; Demol, H.; Van Damme, J.; Martens, L.; Vandekevckhove, J.; Gevaert, K. J. Proteome Res. 2004, 3, 786-791.
27. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, D.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6591-6596.
28. Conrads, T. P.; Alving, K.; Veenstra, T. D.; Belov, M. E.; Anderson, G. A.; Anderson, D. J.; Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Udseth, H. R.; Chrisler, W. B.; Thrall, B. D.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 2132-2139.
29. Smith, R. D.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Tolic, L. P.; Shen, Y.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D.; Udseth, H. R. Proteomics 2002, 2, 513-523.
30. Beardsley, R. L.; Reilly, J. P. J. Proteome Res. 2003, 2, 15-21.
31. Griffin, T. J.; Gygi, S. P.; Rist, B.; Aebersold, R.; Loboda, A.; Jilkine, A.; Ens, W.; Standing, K. G. Anal. Chem. 2001, 73, 978-986.
32. Griffin, T. J.; Lock, C. M.; Li, X. J.; Patel, A.; Chervetsova, I.; Lee, H.; Wright, M. E.; Ranish, J. A.; Chen, S. S.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2003, 75, 867-874.
33. Zappacosta, F.; Annan, R. S. Anal. Chem. 2004, 76, 6618-6627.
34. Zhang, B.; McDonald, C.; Li, L. Anal. Chem. 2004, 76, 992-1001.
35. Zhang, N.; Li, N.; Li, L. J. Proteome Res. 2004, 3, 719-727.
36. Li, N.; Shaw, A. R. E.; Zhang, N.; Mak, A.; Li, L. Proteomics 2004, 4, 3156-3166.
37. Hunt, D. F.; Yates, J. R., III; Shabanowitz, J.; Winston, S.; Hauer, C. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 6233-6237.
38. Means, G. E.; Feeney, R. E. Biochemistry 1968, 7, 2192-2201.
39. Friedman, M.; Williams, L. D.; Masri, M. S. Int. J. Pept. Protein Res. 1974, 6, 183-185.
40. Quach, T. T. T.; Li, N.; Richards, D. P.; Zheng, J.; Keller, B. O.; Li, L. J. Proteome Res. 2003, 2, 543-552.
41. Zhang, R.; Regnier, F. E. J. Proteome Res. 2002, 1, 139-147.
42. Zhang, R.; Sioma, C. S.; Thompson, R. A.; Xiong, L.; Regnier, F. E. Anal. Chem. 2002, 74, 3662-3669.
43. Zhang, R.; Sioma, C. S.; Wang, S.; Regnier, F. E. Anal. Chem. 2001, 73, 5142-5149.