Ligand binding studied by 2D IR spectroscopy using the azidohomoalanine label

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 46, 2012, Pages 13705-13712

  Bloem, Robbert ^a   Koziol, Klemens ^a   Waldauer, Steven A ^a   Buchli, Brigitte ^a   Walser, Reto ^a   Samatanga, Brighton ^a,b   Jelesarov, Ilian ^a   Hamm, Peter ^a  

^a UNIVERSITY OF ZURICH   (Switzerland)

^b ETH ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; PEPTIDES;

EXTINCTION COEFFICIENTS; LOCAL ENVIRONMENTS; MILLIMOLAR CONCENTRATIONS; PEPTIDE SEQUENCES; PROTEIN EXPRESSIONS; PROTEIN STRUCTURES; SMALL PERTURBATIONS; SPECTRAL DIFFUSION;

SPACECRAFT INSTRUMENTS;

EID: 84870047457     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp3095209     Document Type: Article

References (54)

1. Hamm, P.; Zanni, M. T. Concepts and Methods of 2D Infrared Spectroscopy, 1 st ed.; Cambridge University Press: Cambridge, U.K., 2011.
2. Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 8231-8251
3. Adamczyk, K.; Candelaresi, M.; Robb, K.; Gumiero, A.; Walsh, M. A.; Parker, A. W.; Hoskisson, P. A.; Tucker, N. P.; Hunt, N. T. Meas. Sci. Technol. 2012, 23, 062001
4. Backus, E. H. G.; Bloem, R.; Pfister, R.; Moretto, A.; Crisma, M.; Toniolo, C.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 13405-13409
5. Bagchi, S.; Thorpe, D. G.; Thorpe, I. F.; Voth, G. A.; Fayer, M. D. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 17187-17193
6. Shim, S.-H.; Gupta, R.; Ling, Y. L.; Strasfeld, D. B.; Raleigh, D. P.; Zanni, M. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 6614-6619
7. Bagchi, S.; Boxer, S. G.; Fayer, M. D. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 4034-4042
8. Ganim, Z.; Chung, H. S.; Smith, A. W.; DeFlores, L. P.; Jones, K. C.; Tokmakoff, A. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 432-441
9. Backus, E. H. G.; Bloem, R.; Donaldson, P. M.; Ihalainen, J. A.; Pfister, R.; Paoli, B.; Caflisch, A.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 3735-3740
10. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2727
11. Torres, J.; Kukol, A.; Goodman, J. M.; Arkin, I. T. Biopolymers 2001, 59, 396-401
12. Fang, C.; Wang, J.; Kim, Y. S.; Charnley, A. K.; Barber-Armstrong, W.; Smith, A. B.; Decatur, S. M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 10415-10427
13. Barth, A. Prog. Biophys. Biophys. Chem. 2000, 74, 141-173
14. Kozinski, M.; Garrett-Roe, S.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 7645-7650
15. Naraharisetty, S. R. G.; Kasyanenko, V. M.; Zimmermann, J.; Thielges, M. C.; Romesberg, F. E.; Rubtsov, I. V. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 4940-4946
16. Nydegger, M. W.; Rock, W.; Cheatum, C. M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 6098
17. King, J. T.; Arthur, E. J.; Brooks, C. L., III; Kubarych, K. J. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 5604-5611
18. Oh, K.-I.; Lee, J.-H.; Joo, C.; Han, H.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 10352-10357
19. Getahun, Z.; Huang, C.-Y.; Wang, T.; De León, B.; DeGrado, W. F.; Gai, F. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 405-411
20. Watson, M. D.; Gai, X. S.; Gillies, A. T.; Brewer, S. H.; Fenlon, E. E. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 13188-13192
21. Silverman, L. N.; Pitzer, M. E.; Ankomah, P. O.; Boxer, S. G.; Fenlon, E. E. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 11611-11613
22. Schultz, K. C.; Supekova, L.; Ryu, Y.; Xie, J.; Perera, R.; Schultz, P. G. Journ. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13984-13985
23. Waegele, M. M.; Tucker, M. J.; Gai, F. Chem. Phys. Lett. 2009, 478, 249-253
24. Urbanek, D. C.; Vorobyev, D. Y.; Serrano, A. L.; Gai, F.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 3311-3315
25. Waegele, M. M.; Culik, R. M.; Gai, F. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 2598-2609
26. Nydegger, M. W.; Dutta, S.; Cheatum, C. M. J. Chem. Phys. 2010, 133, 134506
27. Ye, S.; Zaitseva, E.; Caltabiano, G.; Schertler, G. F. X.; Sakmar, T. P.; Deupi, X.; Vogel, R. Nature 2010, 464, 1386-1389
28. Tucker, M. J.; Gai, X. S.; Fenlon, E. E.; Brewer, S. H.; Hochstrasser, R. M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 2237-2241
29. Wolfshorndl, M. P.; Baskin, R.; Dhawan, I.; Londergan, C. H. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 1172-1179
30. Kiick, K.; Saxon, E.; Tirrell, D.; Bertozzi, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 19
31. Jo, H.; Culik, R. M.; Korendovych, I. V.; DeGrado, W. F.; Gai, F. Biochemistry 2010, 49, 10354-10356
32. Taskent-Sezgin, H.; Chung, J.; Banerjee, P. S.; Nagarajan, S.; Dyer, R. B.; Carrico, I.; Raleigh, D. P. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 7473-7475
33. Choi, J.-H.; Oh, K.-I.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2008, 129, 174512
34. Mukherjee, Sudipta S.; Zanni, Martin T. 2D IR spectroscopy of azido labeled amino acid as a probe of protein structure. Unpublished results presented at CMDS 2010 Meeting.
35. Müller-Werkmeister, H. M.; Bredenbeck, J. Artificial amino acids as site-specific probes for ultrafast dynamics in proteins. Unpublished results presented at CMDS 2012 Meeting.
36. Lee, H.; Zheng, J. Cell Commun. Signaling 2010, 8, 8
37. Fuentes, E.; Der, C.; Lee, A. J. Mol. Biol. 2004, 335, 1105-1115
38. Gianni, S.; Walma, T.; Arcovito, A.; Calosci, N.; Bellelli, A.; Engström, Å.; Travaglini-Allocatelli, C.; Brunori, M.; Jemth, P.; Vuister, G. W. Structure 2006, 14, 1801-1809
39. van den Berk, L. C. J.; Landi, E.; Walma, T.; Vuister, G. W.; Dente, L.; Hendriks, W. J. A. J. Biochemistry 2007, 46, 13629-13637
40. Milev, S.; Bjelic, S.; Georgiev, O.; Jelesarov, I. Biochemistry 2007, 46, 1064-1078
41. Zhang, J.; Sapienza, P. J.; Ke, H.; Chang, A.; Hengel, S. R.; Wang, H.; Phillips, G. N., Jr.; Lee, A. L. Biochemistry 2010, 49, 9280-9291
42. Volkov, V.; Schanz, R.; Hamm, P. Opt. Lett. 2005, 30, 2010-2012
43. Kozinski, M.; Garrett-Roe, S.; Hamm, P. Chem. Phys. 2007, 341, 5-10
44. Bloem, R.; Garrett-Roe, S.; Strzalka, H.; Hamm, P.; Donaldson, P. Opt. Express 2011, 18, 27067-27078
45. Backus, E. H. G.; Garrett-Roe, S.; Hamm, P. Opt. Lett. 2008, 33, 2665-2667
46. Middleton, C.; Strasfeld, D.; Zanni, M. Opt. Express 2009, 17, 14526-14533
47. Helbing, J.; Hamm, P. J. Opt. Soc. Am. B 2011, 28, 171-178
48. Roberts, S. T.; Loparo, J. J.; Tokmakoff, A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 084502
49. Lazonder, K.; Pshenichnikov, M. S.; Wiersma, D. A. Opt. Lett. 2006, 31, 3354-3356
50. Li, M.; Owrutsky, J.; Sarisky, M.; Culver, J. P.; Yodh, A.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5499
51. Zhong, D.; Pal, S. K.; Zewail, A. H. Chem. Phys. Lett. 2011, 503, 1-11
52. Choi, J.-H.; Raleigh, D.; Cho, M. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 2158-2162
53. Ihalainen, J. A.; Paoli, B.; Muff, S.; Backus, E. H. G.; Bredenbeck, J.; Woolley, G. A.; Caflisch, A.; Hamm, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 9588-9593
54. Waldauer, S. A.; Hassan, S.; Paoli, B.; Donaldson, P. M.; Pfister, R.; Hamm, P.; Caflisch, A.; Pellarin, R. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 8961-8973