2D-IR study of a photoswitchable isotope-labeled α-helix

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 10, 2010, Pages 3735-3740

  Backus, Ellen H G ^a,b   Bloem, Robbert ^b   Donaldson, Paul M ^b   Jhalainen, Janne A ^b,c   Pfister, Rolf ^b   Paoli, Beatrice ^b   Caflisch, Amedeo ^b   Hamm, Peter ^a  

^a FOM INSTITUTE AMOLF   (Netherlands)

^b UNIVERSITY OF ZURICH   (Switzerland)

^c UNIVERSITY OF JYVÄSKYLÄ   (Finland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDES; HYDROGEN BONDS; INFRARED SPECTROSCOPY; ISOTOPES; PEPTIDES;

AMIDE GROUPS; CD SPECTROSCOPY; DIAGONAL PEAKS; HELICAL PEPTIDE; HELICITIES; HYDROGEN BONDINGS; IR SPECTRUM; ISOTOPE LABELING; NON-NATIVE; PHOTO-SWITCHABLE; RELATIVE INTENSITY; SOLVENT MOLECULES; TWO-DIMENSIONAL INFRARED SPECTROSCOPY;

HYDROGEN;

CARBON; OXYGEN; PEPTIDE;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CHEMISTRY; CIRCULAR DICHROISM; HYDROGEN BOND; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; ISOTOPE LABELING; PROTEIN FOLDING; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE;

AMINO ACID SEQUENCE; CARBON ISOTOPES; CIRCULAR DICHROISM; HYDROGEN BONDING; ISOTOPE LABELING; OXYGEN ISOTOPES; PEPTIDES; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED;

EID: 77953921257     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp911849n     Document Type: Article

References (54)

1. Shim, S.-H. Gupta, R.; Ling, Y. L.; Strasfeld, D. B.; Raleigh, D. P.; Zanni, M. T. Proc. Natl. Acad. Sci. 2009, 106, 6614.
2. Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 4247.
3. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11316.
4. Zanni, M. T.; Ge, N. H.; Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 11265.
5. Demirdöven, N.; Cheatum, C. M.; Chung, H. S.; Khalil, M.; Knoester, J.; Tokmakoff, A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7981.
6. Larsen, O. F. A.; Bodis, P.; Buma, W. J.; Hannam, J. S.; Leigh, D. A.; Woutersen, S. Proc. Natl. Acad. Sci. 2005, 102, 13378.
7. Cervetto, V.; Pfister, R.; Kolano, C.; Bregy, H.; Heimgartner, H.; Helbing, J. Chem.-Eur. J. 2007, 13, 9004.
8. Jansen, T. I. C.; Knoester, J. Biophys. J. 2008, 94, 1818.
9. Woutersen, S.; Mu, Y.; Stock, G.; Hamm, P. Chem. Phys. 2001, 266, 137.
10. Finkelstein, I. J. Zheng, J.; Ishikawa, H.; Kim, S.; Kwak, K.; Fayer, M. D. phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 1533.
11. Anna, J. M.; Ross, M. R.; Kubarych, K. J. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 6544.
12. Hamm, P.; Lim, M.; DeGrado, W. F.; Hoohstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 2000, 112, 1907.
13. Zanni, M. T.; Gnanakaran, S.; Stenger, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6520.
14. Fang, C.; Wang, J.; Kim, Y. S.; Charnley, A. K.; Barber-Armstrong, W.; Smith, A. B.; Decatur, S. M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 10415.
15. Shim, S.-H.; Strasfeid, D. B.; Ling, Y. L.; Zanni, M. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 14197.
16. Founder, F.; Gardner, E. M.; Kedra, D. A.; Donaldson, P. M.; Guo, R.; Butcher, S. A.; Gould, I. R.; Willison, K. R.; Klug, D. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 15352.
17. Fang, C.; Senes, A.; Cristian, L.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 16740.
18. Mukherjee, P.; Kass, I.; Arkin, I. T.; Zanni, M. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 3528.
19. Fang, G.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 18652.
20. Torii, H.; Tatsumi, T.; Tasumi, M. Mikrochim. Acta 1997, 14, 531.
21. Kwac, K.; Lee, H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2004, 120, 1477.
22. Huang, C.-Y.; Getahun, Z.; Zhu, Y.; Klemke, J. W.; DeGrado, W. F.; Gai, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 2788.
23. Brewer, S. H.; Song, B.; Raleigh, D. P.; Dyer, R. B. Biochemistry 2007, 46, 3279.
24. Ihalainen, J. A.; Paoli, B.; Muff, S.; Backus, E. H. G.; Bredenbeck, J.; Woolley, G. A.; Caflisch, A.; Hamm, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 9588.
25. Williams, S.; Causgrove, T. P.; Gilmanshin, R.; Fang, K. S.; Callender, R. H.; Woodruff, W. H.; Dyer, R. B. Biochemistry 1996, 35, 691.
26. Scholtz, J. M.; Marqusee, S.; Baldwin, R. L.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Santoro, M.; Bolen, D. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 2854.
27. Muñoz, V.; Serrano, L. J. Mol. Biol. 1995, 245, 297.
28. Thompson, P. A.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. Biochemistry 1997, 36, 9200.
29. Werner, J. H.; Dyer, R. B.; Fesinmeyer, R. M.; Andersen, N. H. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 487.
30. Kumita, J. R.; Smart, O. S.; Woolley, G. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 3803.
31. Bredenbeck, J.; Helbing, J.; Kumita, J. R.; Woolley, G. A.; Hamm, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 2379.
32. Ihalainen, J. A.; Bredenbeck, J.; Pfister, R.; Helbing, J.; Chi, L.; Stokkum, I. H. M. v.; Woolley, G. A.; Hamm, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 5383.
33. Aemissegger, A.; Kräutler, V.; Gunsteren, W. F. v.; Hilvert, D. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2929.
34. Dong, S.-L.; Löweneck, M.; Schrader, T. E.; Schreier, W. J.; Zinth, W.; Moroder, L.; Renner, C. Chem.-Eur. J. 2006, 12, 1114.
35. Wachtveitl, J.; Sporlein, S.; Satzger, H.; Fonrobert, B.; Renner, C.; Behrendt, R; Oesterhelt, D.; Moroder, L.; Zinth, W. Biophys. J. 2004, 86, 2350.
36. Arkin, I. T. Curr. Opin. Chem. Biol. 2006, 10, 394.
37. Decatur, S. M.; Antonic, J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11914.
38. Barber-Armstrong, W.; Donaldson, T.; Wijesooriya, H.; Silva, R. A. G. D.; Decatur, S. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2339.
39. Koziński, M.; Garrett-Roe, S.; Hamm, P. Chem. Phys. 2007, 341, 5.
40. Volkov, V.; Schanz, R.; Hamm, P. Opt. Lett. 2005, 30, 2010.
41. Garrett-Roe, S.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2009, 130, 164510.
42. Fulmer, E. C.; Mukherjee, P.; Krummel, A. T.; Zanni, M. T. J. Chem. Phys. 2004, 120, 8067.
43. Bloem, R.; Garrett-Roe, S.; Hamm, P. In preparation, 2010.
44. Paeder, S. M. G.; Jonas, D. M. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 10489.
45. Murphy, R. C.; Clay, K. L. Method Enzymol. 1990, 193, 338.
46. Pfister, R.; Ihalainen, J.; Hamm, P.; Kolano, C. Org. Biomol. Chem. 2008, 6, 3508.
47. Hamm, P.; Lim, M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123.
48. Hamm, P.; Woutersen, S. Bull. Chem. Soc. Jpn. 2002, 75, 985.
49. Bredenbeck, J.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2003, 119, 1569.
50. Krivov, S. V.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 14766.
51. Cervetto, V.; Hamm, P.; Helbing, J. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 8398.
52. Paoli, B.; Seeber, M.; Backus, E. H. G.; Ihalainen, J. A.; Hamm, P.; Caflisch, A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 4435.
53. Kolano, C.; Helbing, J.; Koziński, M.; Sander, W.; Hamm, P. Nature 2006, 444, 469.
54. Maekawa, H.; Poli, M. D.; Toniolo, C.; Ge, N.-H. J. Am. Chem Soc. 2009, 131, 2042.