Convergence of QM/MM free-energy perturbations based on molecular-mechanics or semiempirical simulations

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 14, Issue 36, 2012, Pages 12592-12604

  Heimdal, Jimmy ^a   Ryde, Ulf ^a  

^a LUND UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HALOALKANE DEHALOGENASE; HYDROLASE;

ARTICLE; BIOCATALYSIS; CHEMISTRY; METABOLISM; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

BIOCATALYSIS; HYDROLASES; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

EID: 84865471425     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2cp41005b     Document Type: Article

References (94)

1. P. E. M. Siegbahn T. Borowski Acc. Chem. Res. 2006 39 729 738
2. F. Himo Theor. Chim. Acta 2006 116 232
3. P. E. M. Siegbahn F. Himo J. Biol. Inorg. Chem. 2009 14 643 651
4. H. Lin D. G. Truhlar Theor. Chem. Acc. 2007 117 185 199
5. U. Ryde, in Computational inorganic and bioinorganic chemistry, ed., E. I. Solomon, R. B. King, R. A. Scott, and, J. Wiley, Sons, Ltd., Chichester, UK, 2009, pp. 33-42
6. H. M. Senn W. Thiel Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 1198 1229
7. R. Lonsdale K. E. Ranaghan A. J. Mulholland Chem. Commun. 2010 46 2354 2372
8. H. Hu W. Yang Annu. Rev. Phys. Chem. 2008 59 573 601
9. A. Warshel J. Am. Chem. Soc. 1980 102 6218
10. Y. Kim J. C. Corchado J. Villa J. Xing D. G. Truhlar J. Chem. Phys. 2000 112 2718
11. F. Jensen P.-O. Norrby Theor. Chim. Acta 2003 109 1 7
12. L. Hu J. Eliasson J. Heimdal U. Ryde J. Phys. Chem. A 2009 113 11793 11800
13. F. Clayssens K. E. Ranaghan F. R. Manby J. N. Harvey A. J. Mulholland Chem. Commun. 2005 5068 5070
14. D. Riccardi P. Schaefer Q. Cui J. Phys. Chem. B 2005 109 17715 17733
15. F. Claeyssens J. N. Harvey F. R. Manby R. A. Mata A. J. Mulholland K. E. Ranaghan M. Schütz S. Thiel W. Thiel H.-J. Werner Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 6856 6859
16. R. Lonsdale S. Hoyle D. T. Grey L. Ridder A. J. Mulholland Biochemistry 2012 51 1774 1786
17. M. P. Allen and D. J. Tildesley, Computer Simulation of Liquids, Oxford University Press, New York, 1987
18. M. R. Shirts D. L Mobley J. D. Chodera V. S. Pande J. Phys. Chem. B 2007 111 13052 13063
19. R. P. Muller A. Warshel J. Phys. Chem. 1995 99 17516 17524
20. M. Strajbl G. Hong A. Warshel J. Phys. Chem. B 2002 106 13333
21. M. H. M. Olsson G. Y. Hong A. Warshel J. Am. Chem. Soc. 2003 125 5025 5039
22. R. H. Wood E. M. Yezdimer S. Sakane J. A. Barriocanal D. J. Doren J. Chem. Phys. 1999 110 1329 1337
23. R. H. Wood W. Liu D. J. Doren J. Phys. Chem. A 2002 106 6689 6693
24. R. Iftimie D. Salahub D. Wei J. Schofield J. Chem. Phys. 2000 113 4852 4862
25. R. Iftimie J. Schofield Int. J. Quantum Chem. 2003 91 404 413
26. P. Bandyopadhyay J. Chem. Phys. 2005 122 091102
27. T. H. Rod U. Ryde Phys. Rev. Lett. 2005 94 138302
28. T. H. Rod U. Ryde J. Chem. Theory Comput. 2005 1 1240 1251
29. M. Klähn S. Braun-Sand E. Rosta A. Warshel J. Phys. Chem. B 2005 109 15645 15650
30. E. Rosta M. Klähn A. Warshel J. Phys. Chem. 2006 110 2934 2941
31. M. Kaukonen P. Söderhjelm J. Heimdal U. Ryde J. Chem. Theory Comput. 2008 4 985 1001
32. S. Keuning D. B. Janssen B. Witholt J. Bacteriol. 1985 163 635 639
33. A. H. Maulitz F. Lightstone Y.-J. Zheng T. C. Bruice Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 6591 6595
34. F. Lightstone Y.-J. Zheng A. H. Maulitz T. C. Bruice Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 8417 8420
35. J. Damborský M. Kutý M. Nemec J. Koca J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1997 37 562 568
36. F. Lightstone Y.-J. Zheng T. C. Bruice J. Am. Chem. Soc. 1998 120 5611 5621
37. E. Y. Lau K. Kahn P. A. Bash T. C. Bruice Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 9934 9942
38. A. Shurki M. Strajbl J. Villa A. Warshel J. Am. Chem. Soc. 2002 124 4097 4107
39. K. Nam X. Prat-Resina M. Garcia-Viloca L. S. Devi-Kesavan J. Gao J. Am. Chem. Soc. 2004 126 1369 1376
40. L. S. Devi-Kesavan J. Gao J. Am. Chem. Soc. 2004 126 1532 1540
41. M. H. M. Olsson A. Warshel J. Am. Chem. Soc. 2004 126 15167 15179
42. J. Gao S. Ma D. T. Major K. Nam J. Pu D. G. Truhlar Chem. Rev. 2006 106 3188 3209
43. R. Valero L. Song J. Gao D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2009 5 1-22 2191
44. K. H. Verschueren S. M. Franken H. J. Rozeboom K. H. Kalk B. W. Dijkstra J. Mol. Biol. 1993 232 856 872
45. K. H. Verschueren F. Seljee H. J. Rozeboom K. H. Kalk B. W. Dijkstra Nature 1993 363 693 697
46. H. Li A. D. Robertson J. H. Jensen Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2005 61 704 721
47. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham, III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, M. Crowley, R. C. Walker, W. Zhang, K. M. Merz, B. Wang, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, I. Kolossváry, K. F. Wong, F. Paesani, J. Vanicek, X. Wu, S. R. Brozell, T. Steinbrecher, H. Gohlke, L. Yang, C. Tan, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, D. H. Mathews, M. G. Seetin, C. Sagui, V. Babin and P. A. Kollman, AMBER 10, University of California, San Francisco, 2008
48. Y. Duan C. Wu S. Chowdhury M. C. Lee G. Xiong W. Zhang R. Yang P. Cieplak R. Luo T. Lee J. Comput. Chem. 2003 24 1999 2012
49. J. P. Ryckaert G. Ciccotti H. J. C. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 23 327 341
50. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
51. U. Essmann L. Perera M. L. Berkowitz T. Darden H. Lee L. G. Pedersen J. Chem. Phys. 1995 103 8577 8592
52. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. van Gunsteren A. DiNola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684 3690
53. J. M. Wang R. M. Wolf K. W. Caldwell P. A. Kollman D. A. Case J. Comput. Chem. 2004 25 1157 1174
54. P.-O. Norrby T. Liljefors J. Comput. Chem. 1998 19 1146 1166
55. P.-O. Norrby THEOCHEM 2000 506 9
56. P.-O. Norrby P. Brandt Coord. Chem. Rev. 2001 212 79
57. J. P. Perdew K. Burke M. Ernzerhof Phys. Rev. Lett. 1996 77 3865 3868
58. F. Weigend R. Ahlrichs Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 3297 3305
59. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 1372 1377
60. R. H. Hertwig W. Koch Chem. Phys. Lett. 1997 268 345 351
61. V. N. Staroverov G. E. Scuseria J. Tao J. P. Perdew J. Chem. Phys. 2003 119 12129
62. F. Weigend R. Ahlrichs Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 3297 3305
63. O. Treutler R. Ahlrichs J. Chem. Phys. 1995 102 346 354
64. A. Klamt J. Schüürmann J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1993 5 799 805
65. A. Schäfer A. Klamt D. Sattel J. C. W. Lohrenz F. Eckert Phys. Chem. Chem. Phys. 2000 2 2187 2193
66. A. Klamt V. Jonas T. Bürger J. C. W. Lohrenz J. Phys. Chem. 1998 102 5074 5085
67. U. Ryde J. Comput.-Aided Mol. Des. 1996 10 153 164
68. U. Ryde M. H. M. Olsson Int. J. Quantum Chem. 2001 81 335 347
69. N. I. Reuter A. Dejaegere B. Maigret M. Karplus J. Phys. Chem. 2000 104 1720 1735
70. M. Svensson S. Humbel R. D. J. Froese T. Matsubara S. Sieber K. Morokuma J. Phys. Chem. 1996 100 19357 19363
71. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. Madura M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
72. B. H. Besler K. M. Merz P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1990 11 431 439
73. L. Hu P. Söderhjelm U. Ryde J. Chem. Theory Comput. 2011 7 761 777
74. J. Kästner H. M. Senn S. Thiel N. Otte W. Thiel J. Chem. Theory Comput. 2006 2 452 461
75. W. Yang R. Bitetti-Putzer M. Karplus J. Chem. Phys. 2004 120 2618 2628
76. P. Rydberg L. Olsen P.-O. Norrby U. Ryde J. Chem. Theory Comput. 2007 3 1765 1773
77. J. M. Seminario Int. J. Quantum Chem. 1996 60 1271 1277
78. K. Nilsson D. Lecerof E. Sigfridsson U. Ryde Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2003 59 274 289
79. M. P. Repasky J. Chandrasekhar W. L. Jorgensen J. Comput. Chem. 2002 23 1601 1622
80. O. Acevedo W. L. Jorgensen Acc. Chem. Res. 2010 43 142 151
81. M. J. S. Dewar E. G. Zoebisch E. F. Healy J. J. P. Stewart J. Am. Chem. Soc. 1985 107 3902 3909
82. J. J. P. Stewart J. Comput. Chem. 1989 10 209 220
83. G. B. Rocha R. O. Freire A. M. Simas J. J. P. Stewart J. Comput. Chem. 2006 27 1101 1111
84. M. J. S. Dewar W. Thiel J. Am. Chem. Soc. 1977 99 4899 4907
85. K. P. Jensen U. Ryde J. Am. Chem. Soc. 2005 127 9117 9128
86. L. Hu U. Ryde J. Chem. Theory Comput. 2011 7 2452 2463
87. R. Iftimie D. Salahub J. Schofield J. Chem. Phys. 2003 119 11285
88. B. Hetényi K. Bernacki B. J. Berne J. Chem. Phys. 2002 117 8203
89. L. D. Gelb J. Chem. Phys. 2003 118 7747
90. C. J. Woods F. R. Manby A. J. Mulholland J. Chem. Phys. 2008 128 014109
91. K. E. Shaw C. J. Woods A. J. Mulholland J. Phys. Chem. Lett. 2010 1 219 223
92. A. Gonzalez-Lafont T. N. Truong D. G. Truhlar J. Phys. Chem. 1991 95 4618 4627
93. C. Alhambra M. L. Sánchez J. C. Corchado J. Gao D. G. Truhlar Chem. Phys. Lett. 2002 355 388 394
94. L. Masgrau K. E. Ranghan N. S. Scrutton A. J. Mulholland M. J. Sutcliffe J. Phys. Chem. B 2007 111 3032 3047