Multifaceted substrate capture scheme of a rhomboid protease

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 30, 2012, Pages 8942-8954

  Reddy, Tyler ^a,c   Rainey, Jan K ^a,b  

^a DALHOUSIE UNIVERSITY   (Canada)

^b DALHOUSIE UNIVERSITY   (Canada)

^c UNIVERSITY OF OXFORD   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACTIVATION ANALYSIS; AMINO ACIDS; CYTOLOGY; ENZYMES; ESCHERICHIA COLI; LIPID BILAYERS; MOLECULAR DYNAMICS;

ACTIVE COUNTERPARTS; BI-LAYER; COARSE-GRAINED MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; E. COLI; HYDRATED LIPID BILAYERS; INTEGRAL MEMBRANE; INTERACTION SITE; PEPTIDE BONDS; SERINE PROTEASE; SINGLE SITES; TRANSMEMBRANE DOMAIN;

SUBSTRATES;

EID: 84864751064     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp305077k     Document Type: Article

References (56)

1. Kraut, J. Annu. Rev. Biochem. 1977, 46, 331
2. Urban, S. Genes Dev. 2006, 20, 3054
3. Mayer, U.; Nusslein-Volhard, C. Genes Dev. 1988, 2, 1496
4. Freeman, M. Annu. Rev. Genet. 2008, 42, 191
5. Cipolat, S.; Rudka, T.; Hartmann, D.; Costa, V.; Serneels, L.; Craessaerts, K.; Metzger, K.; Frezza, C.; Annaert, W.; D'Adamio, L. Cell 2006, 126, 163
6. Herlan, M.; Vogel, F.; Bornhovd, C.; Neupert, W.; Reichert, A. S. J. Biol. Chem. 2003, 278, 27781
7. Walder, K.; Kerr-Bayles, L.; Civitarese, A.; Jowett, J.; Curran, J.; Elliott, K.; Trevaskis, J.; Bishara, N.; Zimmet, P.; Mandarino, L. Diabetologia 2005, 48, 459
8. Alexander, C.; Votruba, M.; Pesch, U. E. A.; Thiselton, D. L.; Mayer, S.; Moore, A.; Rodriguez, M.; Kellner, U.; Leo-Kottler, B.; Auburger, G. Nat. Genet. 2000, 26, 211
9. Brossier, F.; Jewett, T. J.; Sibley, L. D.; Urban, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 4146
10. Montoya, J. G.; Liesenfeld, O. Lancet 2004, 363, 1965
11. Baker, R. P.; Wijetilaka, R.; Urban, S. PLoS Pathog. 2006, 2, e113
12. Stevenson, L. G.; Strisovsky, K.; Clemmer, K. M.; Bhatt, S.; Freeman, M.; Rather, P. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 1003
13. Erez, E.; Fass, D.; Bibi, E. Nature 2009, 459, 371
14. Wang, Y. C.; Zhang, Y. J.; Ha, Y. Nature 2006, 444, 179
15. Wu, Z. R.; Yan, N.; Feng, L.; Oberstein, A.; Yan, H. C.; Baker, R. P.; Gu, L. C.; Jeffrey, P. D.; Urban, S.; Shi, Y. G. Nat. Struct. Mol. Biol. 2006, 13, 1084
16. Ben-Shem, A.; Fass, D.; Bibi, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 462
17. Lemieux, M. J.; Fischer, S. J.; Cherney, M. M.; Bateman, K. S.; James, M. N. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 750
18. Wang, Y. C.; Ha, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 2098
19. Wang, Y. C.; Maegawa, S.; Akiyama, Y.; Ha, Y. J. Mol. Biol. 2007, 374, 1104
20. Vinothkumar, K. R.; Strisovsky, K.; Andreeva, A.; Christova, Y.; Verhelst, S.; Freeman, M. EMBO J. 2010, 29, 3797
21. Brooks, C. L.; Lazareno-Saez, C.; Lamoureux, J. S.; Mak, M. W.; Lemieux, M. J. J. Mol. Biol. 2011, 407, 687
22. Vinothkumar, K. R. J. Mol. Biol. 2011, 407, 232
23. Baker, R. P.; Young, K.; Feng, L.; Shi, Y. G.; Urban, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 8257
24. Strisovsky, K.; Sharpe, H. J.; Freeman, M. Mol. Cell 2009, 36, 1048
25. Xue, Y.; Chowdhury, S.; Liu, X.; Akiyama, Y.; Ellman, J.; Ha, Y. Biochemistry 2012, 51, 3723
26. Urban, S.; Schlieper, D.; Freeman, M. Curr. Biol. 2002, 12, 1507
27. Bondar, A. N.; del Val, C.; White, S. H. Structure 2009, 17, 395
28. Zhou, Y.; Moin, S. M.; Urban, S.; Zhang, Y. Structure 2012, 20, 1255
29. Psachoulia, E.; Fowler, P. W.; Bond, P. J.; Sansom, M. S. P. Biochemistry 2008, 47, 10503
30. Kalli, A. C.; Hall, B. A.; Campbell, I. D.; Sansom, M. S. Structure 2011, 19, 1477
31. Janosi, L.; Prakash, A.; Doxastakis, M. Biophys. J. 2010, 99, 284
32. Sengupta, D.; Marrink, S. J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 12987
33. Zettl, M.; Adrain, C.; Strisovsky, K.; Lastun, V.; Freeman, M. Cell 2011, 145, 79
34. Lindahl, E.; Hess, B.; Van Der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306
35. Van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701
36. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435
37. Bond, P. J.; Sansom, M. S. P. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2697
38. Bond, P. J.; Holyoake, J.; Ivetac, A.; Khalid, S.; Sansom, M. S. P. J. Struct. Biol. 2007, 157, 593
39. Marrink, S. J.; Risselada, H. J.; Yefimov, S.; Tieleman, D. P.; de Vries, A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812
40. Monticelli, L.; Kandasamy, S. K.; Periole, X.; Larson, R. G.; Tieleman, D. P.; Marrink, S. J. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 819
41. Periole, X.; Cavalli, M.; Marrink, S. J.; Ceruso, M. A. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2531
42. Wang, Y. M.; Rader, A. J.; Bahar, I.; Jernigan, R. L. J. Struct. Biol. 2004, 147, 302
43. Kundu, S.; Melton, J. S.; Sorensen, D. C.; Phillips, G. N. Biophys. J. 2002, 83, 723
44. Bond, P. J.; Wee, C. L.; Sansom, M. S. P. Biochemistry 2008, 47, 11321
45. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics Modell. 1996, 14, 33
46. Schrodinger, L. L. C. The PyMOL Molecular Graphics System, Version 1.3r1, 2010.
47. Michaud-Agrawal, N.; Denning, E. J.; Woolf, T. B.; Beckstein, O. J. Comput. Chem. 2011, 32, 2319
48. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684
49. Case, D. A.; Darden, T. A. D.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; AMBER 12 University of California, San Francisco, 2012.
50. Yegneswaran, S.; Tiefenbrunn, T. K.; Fernandez, J. A.; Dawson, P. E. J. Thromb. Haemostasis 2007, 5, 2062
51. Overall, C. M. Mol. Biotechnol. 2002, 22, 51
52. Urban, S.; Freeman, M. Mol. Cell 2003, 11, 1425
53. Akiyama, Y.; Maegawa, S. Mol. Microbiol. 2007, 64, 1028
54. Erez, E.; Bibi, E. Biochemistry 2009, 48, 12314
55. Urban, S.; Wolfe, M. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 1883
56. Koonin, E. V.; Makarova, K. S.; Rogozin, I. B.; Davidovic, L.; Letellier, M. C.; Pellegrini, L. Genome Biol. 2003, 4, R19