Covalent cross-linking within supramolecular peptide structures

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 15, 2012, Pages 6790-6797

  Preston, George W ^a   Radford, Sheena E ^a   Ashcroft, Alison E ^a   Wilson, Andrew J ^a  

^a UNIVERSITY OF LEEDS   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMOUNT OF INFORMATION; AMYLOID FIBRIL; ANALYSIS OF THE PRODUCT; ATOMIC RESOLUTION; CHEMICAL DERIVATIZATION; COVALENT CROSS-LINKS; COVALENT CROSSLINKING; CROSSLINKER; ION MOBILITY SPECTROMETRY; NONCOVALENT STRUCTURES; PEPTIDE STRUCTURES; SMALL SAMPLES; STRUCTURAL RESTRAINTS; STRUCTURE DETERMINATION; SUPRAMOLECULAR ASSEMBLIES; SUPRAMOLECULAR STRUCTURE; SUPRAMOLECULAR TEMPLATING; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

AMINO ACIDS; CROSSLINKING; FUNCTIONAL MATERIALS; GLYCOPROTEINS; MASS SPECTROMETRY; NANOSTRUCTURES;

PEPTIDES;

AMYLOID BETA PROTEIN; AMYLOID BETA PROTEIN (16 22); AMYLOID BETA-PROTEIN (16-22); CROSS LINKING REAGENT; DIAZOMETHANE; NANOMATERIAL; PEPTIDE FRAGMENT;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CHEMISTRY; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

AMINO ACID SEQUENCE; AMYLOID BETA-PEPTIDES; CROSS-LINKING REAGENTS; DIAZOMETHANE; NANOSTRUCTURES; PEPTIDE FRAGMENTS; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 84864632952     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac301198c     Document Type: Article

References (62)

1. Chiti, F.; Dobson, C. M. Annu. Rev. Biochem. 2006, 75, 333-366
2. Cherny, I.; Gazit, E. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 4062-4069
3. Knowles, T. P. J.; Buehler, M. J. Nat. Nanotechnol. 2011, 6, 469-479
4. Knowles, T. P.; Fitzpatrick, A. W.; Meehan, S.; Mott, H. R.; Vendruscolo, M.; Dobson, C. M.; Welland, M. E. Science 2007, 318, 1900-1903
5. Baldwin, A. J.; Knowles, T. P. J.; Tartaglia, G. G.; Fitzpatrick, A. W.; Devlin, G. L.; Shammas, S. L.; Waudby, C. A.; Mossuto, M. F.; Meehan, S.; Gras, S. L.; Christodoulou, J.; Anthony-Cahill, S. J.; Barker, P. D.; Vendruscolo, M.; Dobson, C. M. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 14160-14163
6. Miller, Y.; Ma, B.; Nussinov, R. Chem. Rev. 2010, 110, 4820-4838
7. Geddes, A. J.; Parker, K. D.; Atkins, E. D. T.; Beighton, E. J. Mol. Biol. 1968, 32, 343-358
8. Nelson, R.; Sawaya, M. R.; Balbirnie, M.; Madsen, A. O.; Riekel, C.; Grothe, R.; Eisenberg, D. Nature 2005, 435, 773-778
9. Sawaya, M. R.; Sambashivan, S.; Nelson, R.; Ivanova, M. I.; Sievers, S. A.; Apostol, M. I.; Thompson, M. J.; Balbirnie, M.; Wiltzius, J. J. W.; McFarlane, H. T.; Madsen, A. O.; Riekel, C.; Eisenberg, D. Nature 2007, 447, 453-457
10. Colletier, J.-P.; Laganowsky, A.; Landau, M.; Zhao, M.; Soriaga, A. B.; Goldschmidt, L.; Flot, D.; Cascio, D.; Sawaya, M. R.; Eisenberg, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 16938-16943
11. Tycko, R. Methods Enzymol. 2006, 413, 103-122
12. Petkova, A. T.; Ishii, Y.; Balbach, J. J.; Antzutkin, O. N.; Leapman, R. D.; Delaglio, F.; Tycko, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16742-16747
13. Jaroniec, C. P.; MacPhee, C. E.; Bajaj, V. S.; McMahon, M. T.; Dobson, C. M.; Griffin, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 711-716
14. van der Wel, P. C. A.; Lewandowski, J. R.; Griffin, R. G. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5117-5130
15. Margittai, M.; Langen, R. Q. Rev. Biophys. 2008, 41, 265-297
16. Torok, M.; Milton, S.; Kayed, R.; Wu, P.; McIntire, T.; Glabe, C. G.; Langen, R. J. Biol. Chem. 2002, 277, 40810-40815
17. Cobb, N. J.; Sonnichsen, F. D.; Mchaourab, H.; Surewicz, W. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 18946-18951
18. Lewandowski, J. R.; van der Wel, P. C. A.; Rigney, M.; Grigorieff, N.; Griffin, R. G. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 14686-14698
19. Sinz, A. Mass Spectrom. Rev. 2006, 25, 663-682
20. Trnka, M. J.; Burlingame, A. L. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 2306-2317
21. Petrotchenko, E. V.; Borchers, C. H. Mass Spectrom. Rev. 2010, 29, 862-876
22. Schermann, S. M.; Simmons, D. A.; Konermann, L. Expert Rev. Proteomics 2005, 2, 475-485
23. Onisko, B.; Fernandez, E. G.; Freire, M. L.; Schwarz, A.; Baier, M.; Camina, F.; Garcia, J. R.; Rodriguez-Segade Villamarn, S.; Requena, J. R. Biochemistry 2005, 44, 10100-10109
24. Shivaprasad, S.; Wetzel, R. Biochemistry 2004, 43, 15310-15317
25. Fancy, D. A.; Kodadek, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6020-6024
26. Bitan, G.; Teplow, D. B. Acc. Chem. Res. 2004, 37, 357-364
27. Piening, N.; Weber, P.; Hogen, T.; Beekes, M.; Kretzschmar, H.; Giese, A. Amyloid 2006, 13, 67-77
28. Sciarretta, K. L.; Gordon, D. J.; Petkova, A. T.; Tycko, R.; Meredith, S. C. Biochemistry 2005, 44, 6003-6014
29. Krishnan, R.; Lindquist, S. L. Nature 2005, 435, 765-772
30. Sandberg, A.; Luheshi, L. M.; Sollvander, S.; Pereira de Barros, T.; Macao, B.; Knowles, T. P. J.; Biverstal, H.; Lendel, C.; Ekholm-Petterson, F.; Dubnovitsky, A.; Lannfelt, L.; Dobson, C. M.; Hard, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 15595-15600
31. Smith, D. P.; Anderson, J.; Plante, J.; Ashcroft, A. E.; Radford, S. E.; Wilson, A. J.; Parker, M. J. Chem. Commun. 2008, 5728-5730
32. Egnaczyk, G. F.; Greis, K. D.; Stimson, E. R.; Maggio, J. E. Biochemistry 2001, 40, 11706-11714
33. Brunner, J.; Senn, H.; Richards, F. M. J. Biol. Chem. 1980, 255, 3313-3318
34. Kotzybahibert, F.; Kapfer, I.; Goeldner, M. Angew. Chem., Int. Ed. 1995, 34, 1296-1312
35. Dorman, G.; Prestwich, G. D. Biochemistry 1994, 33, 5661-5673
36. Brunner, J. Annu. Rev. Biochem. 1993, 62, 483-514
37. Tamura, T.; Tsukiji, S.; Hamachi, I. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 2216-2226
38. Blencowe, A.; Hayes, W. Soft Matter 2005, 1, 178-205
39. Platz, M. S. Acc. Chem. Res. 1995, 28, 487-492
40. Balbach, J. J.; Ishii, Y.; Antzutkin, O. N.; Leapman, R. D.; Rizzo, N. W.; Dyda, F.; Reed, J.; Tycko, R. Biochemistry 2000, 39, 13748-13759
41. Shih, L. B.; Bayley, H. Anal. Biochem. 1985, 144, 132-141
42. Fishwick, C. W. G.; Sanderson, J. M.; Findlay, J. B. C. Tetrahedron Lett. 1994, 35, 4611-4614
43. Mehta, A. K.; Lu, K.; Childers, W. S.; Liang, Y.; Dublin, S. N.; Dong, J. J.; Snyder, J. P.; Pingali, S. V.; Thiyagarajan, P.; Lynn, D. G. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 9829-9835
44. Tao, K.; Wang, J.; Zhou, P.; Wang, C.; Xu, H.; Zhao, X.; Lu, J. R. Langmuir 2011, 27, 2723-2730
45. Senguen, F. T.; Lee, N. R.; Gu, X. F.; Ryan, D. M.; Doran, T. M.; Anderson, E. A.; Nilsson, B. L. Mol. Biosyst. 2011, 7, 486-496
46. Uetrecht, C.; Rose, R. J.; van Duijn, E.; Lorenzen, K.; Heck, A. J. R. Chem. Soc. Rev. 2010, 39, 1633-1655
47. Kanu, A. B.; Dwivedi, P.; Tam, M.; Matz, L.; Hill, H. H. J. Mass Spectrom. 2008, 43, 1-22
48. Bohrer, B. C.; Mererbloom, S. I.; Koeniger, S. L.; Hilderbrand, A. E.; Clemmer, D. E. Annu. Rev. Anal. Chem. 2008, 1, 293-327
49. Hashimoto, M.; Hatanaka, Y. Anal. Biochem. 2006, 348, 154-156
50. Platz, M.; Admasu, A. S.; Kwiatkowski, S.; Crocker, P. J.; Imai, N.; Watt, D. S. Bioconjugate Chem. 1991, 2, 337-341
51. Bayley, H. Photogenerated Reagents in Biochemistry and Molecular Biology; Elsevier: Amsterdam, The Netherlands, 1983; Vol. 12.
52. Kanoh, N.; Nakamura, T.; Honda, K.; Yamakoshi, H.; Iwabuchi, Y.; Osada, H. Tetrahedron 2008, 64, 5692-5698
53. Biemann, K. Annu. Rev. Biochem. 1992, 61, 977-1010
54. Roepstorff, P.; Fohlman, J. Biomed. Mass Spectrom. 1984, 11, 601-601
55. Biemann, K. Biomed. Environ. Mass Spectrom. 1988, 16, 99-111
56. Van Stipdonk, M.; Bleiholder, C.; Osburn, S.; Williams, T. D.; Suhai, S.; Harrison, A. G.; Paizs, B. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 17774-17789
57. Schilling, B.; Row, R. H.; Gibson, B. W.; Guo, X.; Young, M. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 834-850
58. Senguen, F. T.; Doran, T. M.; Anderson, E. A.; Nilsson, B. L. Mol. Biosyst. 2011, 7, 497-510
59. Liang, Y.; Pingali, S. V.; Jogalekar, A. S.; Snyder, J. P.; Thiyagarajan, P.; Lynn, D. G. Biochemistry 2008, 47, 10018-10026
60. Madine, J.; Davies, H. A.; Shaw, C.; Hamley, I. W.; Middleton, D. A. Chem. Commun. 2012, 48, 2976-2978
61. Campioni, S.; Mannini, B.; Zampagni, M.; Pensalfini, A.; Parrini, C.; Evangelisti, E.; Relini, A.; Stefani, M.; Dobson, C. M.; Cecchi, C.; Chiti, F. Nat. Chem. Biol. 2010, 6, 140-147
62. Glabe, C. G. J. Biol. Chem. 2008, 283, 29639-29643