Clarifying the influence of core amino acid hydrophobicity, secondary structure propensity, and molecular volume on amyloid-β 16-22 self-assembly

Molecular BioSystems

Volumn 7, Issue 2, 2011, Pages 497-510

  Senguen, F Timur ^a   Doran, Todd M ^a   Anderson, Elizabeth A ^a   Nilsson, Bradley L ^a  

^a UNIVERSITY OF ROCHESTER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACID; AMYLOID BETA PROTEIN;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; HYDROGEN BOND; INFRARED SPECTROSCOPY; KINETICS; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; THERMODYNAMICS; TRANSMISSION ELECTRON MICROSCOPY;

AMINO ACIDS; AMYLOID BETA-PEPTIDES; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; HYDROGEN BONDING; KINETICS; MICROSCOPY, ELECTRON, TRANSMISSION; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; SPECTROSCOPY, FOURIER TRANSFORM INFRARED; THERMODYNAMICS;

EID: 78751674190     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0mb00210k     Document Type: Article

References (75)

1. R. S. Harrison P. C. Sharpe Y. Singh D. P. Fairlie Rev. Physiol., Biochem., Pharmacol. 2007 159 1 77
2. S. Tzotzos A. J. Doig Protein Sci. 2010 19 327 348
3. R. Kodali R. Wetzel Curr. Opin. Struct. Biol. 2007 17 48 57
4. F. Chiti C. M. Dobson Annu. Rev. Biochem. 2006 75 333 366
5. S. K. Maji M. H. Perrin M. R. Sawaya S. Jessberger K. Vadodaria R. A. Rissman P. S. Singru K. P. R. Nilsson R. Simon D. Schubert D. Eisenberg J. Rivier P. Sawchenko W. Vale R. Riek Science 2009 325 328 332
6. J. W. Kelly W. E. Balch J. Cell Biol. 2003 161 461 462
7. D. M. Fowler A. V. Koulov W. E. Balch J. W. Kelly Trends Biochem. Sci. 2007 32 217 224
8. K. Rajagopal J. P. Schneider Curr. Opin. Struct. Biol. 2004 14 480 486
9. X. Zhao S. Zhang Chem. Soc. Rev. 2006 35 1105 1110
10. R. V. Ulijn A. M. Smith Chem. Soc. Rev. 2008 37 664 675
11. I. Cherny E. Gazit Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 4062 4069
12. J. P. Jung J. Z. Gasiorowski J. H. Collier Biopolymers 2010 94 49 59
13. W. T. Astbury S. Dickinson Biochem. J. 1935 29 2351 2360
14. M. Sunde C. C. Blake Q. Rev. Biophys. 1998 31 1 39
15. A. L. Fink Folding Des. 1998 3 R9 R23
16. T. A. Pertinhez M. Bouchard E. J. Tomlinson R. Wain S. J. Ferguson C. M. Dobson L. J. Smith FEBS Lett. 2001 495 184 186
17. F. Chiti C. M. Dobson Nat. Chem. Biol. 2009 5 15 22
18. F. Chiti M. Stefani N. Taddei G. Ramponi C. M. Dobson Nature 2003 424 805 808
19. O. S. Makin E. Atkins P. Sikorski J. Johansson L. C. Serpell Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 315 320
20. F. Bemporad G. Calloni S. Campioni G. Plakoutsi N. Taddei F. Chiti Acc. Chem. Res. 2006 39 620 627
21. I. W. Hamley Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 8128 8147
22. R. Azriel E. Gazit J. Biol. Chem. 2001 276 34156 34161
23. E. Gazit FASEB J. 2002 16 77 83
24. S. M. Tracz A. Abedini M. Driscoll D. P. Raleigh Biochemistry 2004 43 15901 15908
25. D. Zanuy Y. Porat E. Gazit R. Nussinov Structure (London) 2004 12 439 455
26. P. Marek A. Abedini B. Song M. Kanungo M. E. Johnson R. Gupta W. Zaman S. S. Wong D. P. Raleigh Biochemistry 2007 46 3255 3261
27. G. W. Platt K. E. Routledge S. W. Homans S. E. Radford J. Mol. Biol. 2008 378 251 263
28. A. Frydman-Marom M. Rechter I. Shefler Y. Bram D. E. Shalev E. Gazit Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 1981 1986
29. D. M. Chung Y. Dou P. Baldi J. S. Nowick J. Am. Chem. Soc. 2005 127 9998 9999
30. C. D. Tatko M. L. Waters J. Am. Chem. Soc. 2002 124 9372 9373
31. J. W. Kelly Nat. Struct. Biol. 2000 7 824 826
32. Y. Liang D. G. Lynn K. M. Berland J. Am. Chem. Soc. 2010 132 6306 6308
33. W. P. Esler E. R. Stimson J. M. Jennings H. V. Vinters J. R. Ghilardi J. P. Lee P. W. Mantyh J. E. Maggio Biochemistry 2000 39 6288 6295
34. M. J. Cannon A. D. Williams R. Wetzel D. G. Myszk Anal. Biochem. 2004 328 67 75
35. R. Wetzel Acc. Chem. Res. 2006 39 671 679
36. J. A. Wallace J. K. Shen Biochemistry 2010 49 5290 5298
37. A. D. Williams E. Portelius I. Kheterpal J. T. Guo K. D. Cook Y. Xu R. Wetzel J. Mol. Biol. 2004 335 833 842
38. A. D. Williams S. Shivaprasad R. Wetzel J. Mol. Biol. 2006 357 1283 1294
39. F. Bemporad N. Taddei M. Stefani F. Chiti Protein Sci. 2006 15 862 870
40. A. P. Pawar K. F. Dubay J. Zurdo F. Chiti M. Vendruscolo C. M. Dobson J. Mol. Biol. 2005 350 379 392
41. G. G. Tartaglia A. P. Pawar S. Campioni C. M. Dobson F. Chiti M. Vendruscolo J. Mol. Biol. 2008 380 425 436
42. A. M. Fernandez-Escamilla F. Rousseau J. Schymkowitz L. Serrano Nat. Biotechnol. 2004 22 1302 1306
43. G. G. Tartaglia A. Cavalli R. Pellarin A. Caflisch Protein Sci. 2004 13 1939 1941
44. A. Trovato F. Chiti A. Maritan F. Seno PLoS Comput. Biol. 2006 2 e170
45. M. J. Thompson S. A. Sievers J. Karanicolas M. I. Ivanova D. Baker D. Eisenberg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 4074 4078
46. L. Goldschmidt P. K. Teng R. Riek D. Eisenberg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 3487 3492
47. C. J. Bowerman D. M. Ryan D. A. Nissan B. L. Nilsson Mol. BioSyst. 2009 5 1058 1069
48. F. T. Senguen N. R. Lee X. Gu D. M. Ryan T. M. Doran E. A. Anderson B. L. Nilsson Mol. BioSyst. 2011 10.1039/c0mb00080a
49. J. J. Balbach Y. Ishii O. N. Antzutkin R. D. Leapman N. W. Rizzo F. Dyda J. Reed R. Tycko Biochemistry 2000 39 13748 13759
50. K. Lu J. Jacob P. Thiyagarajan V. P. Conticello D. G. Lynn J. Am. Chem. Soc. 2003 125 6391 6393
51. A. T. Petkova G. Buntkowsky F. Dyda R. D. Leapman W. M. Yau R. Tycko J. Mol. Biol. 2004 335 247 260
52. S. Santini G. Wei N. Mousseau P. Derreumaux Structure (London) 2004 12 1245 1255
53. T. Takeda D. K. Klimov J. Mol. Biol. 2007 368 1202 1213
54. A. K. Mehta K. Lu W. S. Childers Y. Liang S. N. Dublin J. Dong J. P. Snyder S. V. Pingali P. Thiyagarajan D. G. Lynn J. Am. Chem. Soc. 2008 130 9829 9835
55. Y. Liang S. V. Pingali A. S. Jogalekar J. P. Snyder P. Thiyagarajan D. G. Lynn Biochemistry 2008 47 10018 10026
56. H. Inouye K. A. Gleason D. Zhang S. M. Decatur D. A. Kirschner Proteins: Struct., Funct., Genet. 2010 78 2306 2321
57. B. Bilgicer A. Fichera K. Kumar J. Am. Chem. Soc. 2001 123 4393 4399
58. Y. Tang G. Ghirlanda W. A. Petka T. Nakajima W. F. DeGrado D. A. Tirrell Angew. Chem., Int. Ed. 2001 40 1494 1496
59. K. H. Lee H. Y. Lee M. M. Slutsky J. T. Anderson E. N. G. Marsh Biochemistry 2004 43 16277 16284
60. H. P. Chiu Y. Suzuki D. Gullickson R. Ahmad B. Kokona R. Fairman R. P. Cheng J. Am. Chem. Soc. 2006 128 15556 15557
61. H. Y. Lee K. H. Lee H. M. Al-Hashimi E. N. G. Marsh J. Am. Chem. Soc. 2006 128 337 343
62. J. L. Fauchère M. Charton L. B. Kier A. Verloop V. Pliska Int. J. Pept. Protein Res. 1988 32 269 278
63. S. Costantini G. Colonna A. M. Facchiano Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006 342 441 451
64. H. P. Chiu B. Kokona R. Fairman R. P. Cheng J. Am. Chem. Soc. 2009 131 13192 13193
65. M. G. Woll E. B. Hadley S. Mecozzi S. H. Gellman J. Am. Chem. Soc. 2006 128 15932 15933
66. B. O'Nuallain A. K. Thakur A. D. Williams A. M. Bhattacharyya S. Chen G. Thiagarajan R. Wetzel Methods Enzymol. 2006 413 34 74
67. W. S. Childers A. K. Mehta K. Lu D. G. Lynn J. Am. Chem. Soc. 2009 131 10165 10172
68. M. J. Krysmann V. Castelletto A. Kelarakis I. W. Hamley R. A. Hule D. J. Pochan Biochemistry 2008 47 4597 4605
69. L. O. Tjernberg D. J. E. Callaway A. Tjernberg S. Hahne C. Lilliehöök L. Terenius J. Thyberg C. Nordstedt J. Biol. Chem. 1999 274 12619 12625
70. H. Hiramatsu T. Kitagawa Biochim. Biophys. Acta 2005 1753 100 107
71. S. M. Decatur Acc. Chem. Res. 2006 39 169 175
72. S. A. Petty S. M. Decatur J. Am. Chem. Soc. 2005 127 13488 13489
73. J. Zheng B. Ma R. Nussinov Phys. Biol. 2006 3 P1 P4
74. J. Zheng B. Ma C. J. Tsai R. Nussinov Biophys. J. 2006 91 824 833
75. J. T. Anderson P. L. Toogood E. N. G. Marsh Org. Lett. 2002 4 4281 4283