Dissection of the difference between the group i metal ions in inhibiting GSK3β: A computational study

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 13, Issue 15, 2011, Pages 7014-7023

  Lu, Shao Yong ^a   Jiang, Yong Jun ^b   Zou, Jian Wei ^b   Wu, Tian Xing ^a  

^a ZHEJIANG UNIVERSITY   (China)

^b ZHEJIANG UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ADENOSINE TRIPHOSPHATE; GLYCOGEN SYNTHASE KINASE 3; GLYCOGEN SYNTHASE KINASE 3 BETA; METAL; PROTEIN KINASE INHIBITOR;

ARTICLE; CHEMISTRY; DRUG ANTAGONISM; HYDROGEN BOND; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN CONFORMATION; STATIC ELECTRICITY; THERMODYNAMICS;

ADENOSINE TRIPHOSPHATE; GLYCOGEN SYNTHASE KINASE 3; HYDROGEN BONDING; METALS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN KINASE INHIBITORS; STATIC ELECTRICITY; THERMODYNAMICS;

EID: 84862832914     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0cp02498h     Document Type: Article

References (64)

1. Y. Cheng Y. Zhang J. A. MaCammon J. Am. Chem. Soc. 2005 127 1553
2. Y. Peeraer A. Rabijns J.-F. Collet E. V. Schaftingen C. D. Ranter Eur. J. Biochem. 2004 271 3421
3. J. A. Cowan BioMetals 2002 15 225
4. C. Sissi M. Palumbo Nucleic Acids Res. 2009 37 702
5. F. W. Herberg M. L. Doyle S. Cox S. S. Taylor Biochemistry 1999 38 6352
6. A. Ali K. P. Hoeflich J. R. Woodgett Chem. Rev. 2002 101 2527
7. A. Harwood Cell 2001 105 821
8. L. H. Pearl D. Barford Curr. Opin. Struct. Biol. 2002 12 761
9. G. H. Farr III D. M. Ferkey C. Yost S. B. Pierce C. Weaver D. Kimeilman J. Cell Biol. 2000 148 691
10. K. P. Hoeflich J. Luo E. A. Rubie M.-S. Tsao O. Jin J. R. Woodgett Nature 2000 406 86
11. S. Frame P. Cohen Biochem. J. 2001 359 1
12. H. Eldar-Finkelman A. Licht-Murava S. Pietrokovaski M. Eisenstein Biochim. Biophys. Acta. 2010 1804 598
13. B. J. Canagarajah A. Khokhlatchev M. H. Cobb E. J. Goldsmith Cell 1997 90 859
14. J. Zheng D. R. Knighton L. F. Teneyck R. Karlsson N.-H. Xuong S. S. Taylor J. M. Sowadski Biochemistry 1993 32 2154
15. P. D. Jeffrey A. A. Russo K. Polyak E. Gibbs J. Hurwitz J. Massague N. P. Pavletich Nature 1995 376 313
16. J. A. Bertrand S. Thieffine A. Vulpetti C. Cristiani B. Valsasina S. Snapp H. M. Kalisz M. Flocco J. Mol. Biol. 2003 333 393
17. E. Fraser N. Young R. Dajani J. Franca-Koh J. Ryves R. S. B. Williams M. Yeo M.-T. Webster C. Richardson M. J. Smalley L. H. Pearl A. Harwood T. C. Dale J. Biol. Chem. 2002 277 2176
18. W. J. Ryves A. J. Harwood Biochem. Biophys. Res. Commun. 2001 280 720
19. J. Shaffer J. A. Adam Biochemistry 1999 38 5572
20. M. J. Cliff M. W. Bowler A. Varga J. P. Marston J. Szabó A. M. Hounslow N. J. Baxter G. M. Blackburn M. Vas J. P. Waltho J. Am. Chem. Soc. 2010 132 6507
21. P. S. Klein D. A. Melton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 8455
22. T. D. Gould G. Chen H. K. Manji Neuropsychopharmacology 2004 29 32
23. W. J. Ryves R. Dajani L. Pearl A. J. Harwood Biochem. Biophys. Res. Commun. 2002 290 967
24. H. Sun Y.-J. Jiang Q.-S. Yu C.-C. Luo J.-W. Zou J. Mol. Model. 2011 17 377
25. Sybyl Molecular Modeling System, version 6.8; Tripos Inc., St. Louis, 1999
26. M. Svensson S. Humbel R. D. J. Froese J. Matsubara S. Siber K. Morokuma J. Phys. Chem. 1996 100 19357
27. T. Vreven K. Morokuma O. Frakas H. B. Schlegel M. T. Frisch J. Comput. Chem. 2003 24 760
28. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN 03, Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004
29. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1999 98 5648
30. C. Lee W. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B 1988 37 785
31. A. Rodríguez C. Oliva M. González Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 8001
32. A. Altun S. Yokoyama K. Morokuma J. Phys. Chem. B 2008 112 6814
33. Q. Sun M. Doerr Z. Li S. C. Smith W. Thiel Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 2450
34. S.-Y. Lu Y.-J. Jiang P. Zhou J.-W. Zou T.-X. Wu Chem. Phys. Lett. 2010 485 348
35. J. Blumberger Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 2450
36. K. L. Meagher L. T. Redman H. A. Carlson J. Comput. Chem. 2003 24 1016
37. S. F. Boys F. Bernardi Mol. Phys. 1970 19 553
38. R. F. W. Bader, Atoms in Molecules: A Quantum Theory, Clarendon Press, Oxford, 1990
39. F. Biegler-Konig, AIM 2000, version 1.0, University of Applied Sciences, Bielefeld, Germany, 1998-2000
40. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham, III, C. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, K. M. Merz, D. A. Pearlman, M. Crowley, R. C. Walker, B. Zhang, S. Wang, A. Hayik, G. Roitberg, K. F. Seabra, F. Wong, X. Paesani, S. Wu, V. Brozell, H. Tsui, L. Gohlke, C. Yang, J. Tan, V. Mongan, G. Hornak, P. Cui, D. H. Beroza, C. Mathews, W. S. R. Schafmeister and P. A. Kollman, AMBER 9, University of California, San Francisco; 2006
41. D. C. Bas D. M. Rogers J. H. Jensen Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008 73 765
42. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926
43. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089
44. J. P. Ryckaert G. Ciccotti H. J. C. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 23 327
45. X. Wu B. R. Brooks Chem. Phys. Lett. 2003 381 512
46. DS Modeling Version 1.1 User Manual, Accelrys Inc, San Diego, 2003
47. W. Yang H. W. Lee H. Hellinga J. J. Yang Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2002 47 344
48. S. Bellon M. J. Fitzgibbon T. Fox H.-M. Hsiao K. P. Wilson Structure 1999 7 1057
49. M. M. Harding Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2001 57 401
50. R. Gill F. Mohammed R. Badyal L. Coates P. Erskine D. Thompson J. Cooper M. Gore S. Wood Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2005 61 545
51. M. Valiev R. Kawai J. A. Adams J. H. Weare J. Am. Chem. Soc. 2003 125 9926
52. N. Diaz M. J. Field J. Am. Chem. Soc. 2004 126 529
53. P.-F. Wang A. J. Flynn M. Naor J. H. Jensen G. L. Cui K. M. Jr. Merz G. L. Kenyon M. J. McLeish Biochemistry 2006 45 11464
54. Y.-W. Wu S. Moréro J. Janin J. Cherfils Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 3579
55. K. Scheffzek M. R. Ahmadian W. Kabsch L. Wiesmuller A. Lautwein A. Schmitz A. Wittinghofer Science 1997 277 333
56. A. Mohajeri M. Abasi J. Theor. Comput. Chem. 2006 5 87
57. J. R. Calhoun C. B. Bell III T. J. Smith T. J. Thamann T. F. DeGrado E. I. Solomon J. Am. Chem. Soc. 2008 130 9188
58. K. Spiegel W. F. De Grado M. Klein Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006 65 317
59. P. Szarek E. Dyguda-Kazimierowicz A. Tachibana W. A. Sokalski J. Phys. Chem. B 2008 112 11819
60. W. F. Waas K. N. Dalby Biochemistry 2003 42 2960
61. A. Kienhofer P. Kast D. Hivert J. Am. Chem. Soc. 2003 125 3206
62. D. Bossemeyer FEBS Lett. 1995 369 57
63. T. Abbas S. Jha N. E. Sherman A. Dutta Cell Cycle 2007 6 843
64. H. Sun Y.-J. Jiang Q.-S. Yu C.-C. Luo J.-W. Zou Biochem. Biophys. Res. Commun. 2008 377 962