The use of glycoinformatics in glycochemistry

Beilstein Journal of Organic Chemistry

Volumn 8, Issue , 2012, Pages 915-929

  Lütteke, Thomas ^a  

^a JUSTUS LIEBIG UNIVERSITY   (Germany)

Author keywords

Carbohydrates; Databases; Glycomics; Software

Indexed keywords

EID: 84862664135     PISSN: None     EISSN: 18605397     Source Type: Journal    
DOI: 10.3762/bjoc.8.104     Document Type: Review

References (154)

1. Herget, S.; Toukach, P. V.; Ranzinger, R.; Hull, W. E.; Knirel, Y. A.; von der Lieth, C.-W. BMC Struct. Biol. 2008, 8, No. 35. doi:10. 1186/1472-6807-8-35
2. Adibekian, A.; Stallforth, P.; Hecht, M.-L.; Werz, D. B.; Gagneux, P.; Seeberger, P. H. Chem. Sci. 2011, 2, 337-344. doi:10. 1039/c0sc00322k
3. Varki, A.; Cummings, R. D.; Esko, J. D.; Freeze, H. H.; Stanley, P.; Bertozzi, C. R.; Hart, G. W.; Etzler, M. E., Eds. Essentials of Glycobiology, 2nd ed.; Cold Spring Harbor Laboratory Press: Plainview, NY, 2009.
4. Rillahan, C. D.; Paulson, J. C. Annu. Rev. Biochem. 2011, 80, 797-823. doi:10. 1146/annurev-biochem-061809-152236
5. Bernardes, G. J. L.; Castagner, B.; Seeberger, P. H. ACS Chem. Biol. 2009, 4, 703-713. doi:10. 1021/cb900014n
6. von der Lieth, C.-W.; Bohne-Lang, A.; Lohmann, K. K.; Frank, M. Briefings Bioinf. 2004, 5, 164-178. doi:10. 1093/bib/5. 2. 164
7. von der Lieth, C.-W.; Lütteke, T.; Frank, M. Biochim. Biophys. Acta, Gen. Subj. 2006, 1760, 568-577. doi:10. 1016/j. bbagen. 2005. 12. 004
8. von der Lieth, C.-W. Databases and Informatics for Glycobiology and Glycomics. In Comprehensive Glycoscience; Kamerling, J. P., Ed.; Elsevier: Oxford, 2007; Vol. 2, pp 329-346.
9. Packer, N. H.; von der Lieth, C.-W.; Aoki-Kinoshita, K. F.; Lebrilla, C. B.; Paulson, J. C.; Raman, R.; Rudd, P.; Sasisekharan, R.; Taniguchi, N.; York, W. S. Proteomics 2008, 8, 8-20. doi:10. 1002/pmic. 200700917
10. Katayama, T.; Arakawa, K.; Nakao, M.; Ono, K.; Aoki-Kinoshita, K. F.; Yamamoto, Y.; Yamaguchi, A.; Kawashima, S.; Chun, H.-W.; Aerts, J.; Aranda, B.; Barboza, L. H.; Bonnal, R. J. P.; Bruskiewich, R.; Bryne, J. C.; Fernández, J. M.; Funahashi, A.; Gordon, P. M. K.; Goto, N.; Groscurth, A.; Gutteridge, A.; Holland, R.; Kano, Y.; Kawas, E. A.; Kerhornou, A.; Kibukawa, E.; Kinjo, A. R.; Kuhn, M.; Lapp, H.; Lehvaslaiho, H.; Nakamura, H.; Nakamura, Y.; Nishizawa, T.; Nobata, C.; Noguchi, T.; Oinn, T. M.; Okamoto, S.; Owen, S.; Pafilis, E.; Pocock, M.; Prins, P.; Ranzinger, R.; Reisinger, F.; Salwinski, L.; Schreiber, M.; Senger, M.; Shigemoto, Y.; Standley, D. M.; Sugawara, H.; Tashiro, T.; Trelles, O.; Vos, R. A.; Wilkinson, M. D.; York, W.; Zmasek, C. M.; Asai, K.; Takagi, T. J. Biomed. Semantics 2010, 1, No. 8. doi:10. 1186/2041-1480-1-8
11. MIRAGE Consortium. http://glycomics. ccrc. uga. edu/MIRAGE/index. php/Main-Page (accessed May 9, 2012).
12. Ranzinger, R.; Maass, K.; Lütteke, T. Bioinformatics Databases and Applications Available for Glycobiology and Glycomics. In Functional and Structural Proteomics of Glycoproteins; Owens, R.; Nettleship, J., Eds.; Springer: New York, 2011; pp 59-90.
13. Frank, M.; Schloissnig, S. Cell. Mol. Life Sci. 2010, 67, 2749-2772. doi:10. 1007/s00018-010-0352-4
14. Lütteke, T. ChemBioChem 2008, 9, 2155-2160. doi:10. 1002/cbic. 200800338
15. Aoki-Kinoshita, K. F.; Kanehisa, M. Curr. Opin. Mol. Ther. 2006, 8, 514-520.
16. Peréz, S.; Mulloy, B. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 517-524. doi:10. 1016/j. sbi. 2005. 08. 005
17. Berteau, O.; Stenutz, R. Carbohydr. Res. 2004, 339, 929-936. doi:10. 1016/j. carres. 2003. 11. 008
18. Toukach, P. V. J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 159-170. doi:10. 1021/ci100150d
19. Doubet, S.; Bock, K.; Smith, D.; Darvill, A.; Albersheim, P. Trends Biochem. Sci. 1989, 14, 475-477. doi:10. 1016/0968-0004 (89) 90175-8
20. Doubet, S.; Albersheim, P. Glycobiology 1992, 2, 505. doi:10. 1093/glycob/2. 6. 505
21. Raman, R.; Venkataraman, M.; Ramakrishnan, S.; Lang, W.; Raguram, S.; Sasisekharan, R. Glycobiology 2006, 16, 82R-90R. doi:10. 1093/glycob/cwj080
22. Stenutz, R.; Weintraub, A.; Widmalm, G. FEMS Microbiol. Rev. 2006, 30, 382-403. doi:10. 1111/j. 1574-6976. 2006. 00016. x
23. Lundborg, M.; Modhukur, V.; Wdmalm, G. Glycobiology 2010, 20, 366-368. doi:10. 1093/glycob/cwp185
24. von der Lieth, C.-W.; Freire, A. A.; Blank, D.; Campbell, M. P.; Ceroni, A.; Damerell, D. R.; Dell, A.; Dwek, R. A.; Ernst, B.; Fogh, R.; Frank, M.; Geyer, H.; Geyer, R.; Harrison, M. J.; Henrick, K.; Herget, S.; Hull, W. E.; Ionides, J.; Joshi, H. J.; Kamerling, J. P.; Leeflang, B. R.; Lütteke, T.; Lundborg, M.; Maass, K.; Merry, A.; Ranzinger, R.; Rosen, J.; Royle, L.; Rudd, P. M.; Schloissnig, S.; Stenutz, R.; Vranken, W. F.; Widmalm, G.; Haslam, S. M. Glycobiology 2011, 21, 493-502. doi:10. 1093/glycob/cwq188
25. Campbell, M. P.; Royle, L.; Radcliffe, C. M.; Dwek, R. A.; Rudd, P. M. Bioinformatics 2008, 24, 1214-1216. doi:10. 1093/bioinformatics/btn090
26. Nakahara, T.; Hashimoto, R.; Nakagawa, H.; Monde, K.; Miura, N.; Nishimura, S.-I. Nucleic Acids Res. 2008, 36(Suppl. 1), D368-D371. doi:10. 1093/nar/gkm833
27. Frank, M.; Lütteke, T.; von der Lieth, C.-W. Nucleic Acids Res. 2007, 35(Suppl. 1), 287-290. doi:10. 1093/nar/gkl907
28. Ranzinger, R.; Herget, S.; Wetter, T.; von der Lieth, C.-W. BMC Bioinf. 2008, 9, No. 384. doi:10. 1186/1471-2105-9-384
29. Ranzinger, R.; Frank, M.; von der Lieth, C.-W.; Herget, S. Glycobiology 2009, 19, 1563-1567. doi:10. 1093/glycob/cwp137
30. Ranzinger, R.; Herget, S.; von der Lieth, C.-W.; Frank, M. Nucleic Acids Res. 2011, 39(Suppl. 1), D373-D376. doi:10. 1093/nar/gkq1014
31. Lütteke, T.; Bohne-Lang, A.; Loss, A.; Goetz, T.; Frank, M.; von der Lieth, C.-W. Glycobiology 2006, 16, 71R-81R. doi:10. 1093/glycob/cwj049
32. Cooper, C. A.; Harrison, M. J.; Wilkins, M. R.; Packer, N. H. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 332-335. doi:10. 1093/nar/29. 1. 332
33. Cooper, C. A.; Joshi, H. J.; Harrison, M. J.; Wilkins, M. R.; Packer, N. H. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 511-513. doi:10. 1093/nar/gkg099
34. Taniguchi, N. IUBMB Life 2006, 58, 269-272. doi:10. 1080/ 15216540600756020
35. Hashimoto, K.; Goto, S.; Kawano, S.; Aoki-Kinoshita, K. F.; Ueda, N.; Hamajima, M.; Kawasaki, T.; Kanehisa, M. Glycobiology 2006, 16, 63R-70R. doi:10. 1093/glycob/cwj010
36. Van Kuik, J. A.; Hard, K.; Vliegenthart, J. F. G. Carbohydr. Res. 1992, 235, 53-68. doi:10. 1016/0008-6215 (92) 80078-F
37. Hayes, C. A.; Karlsson, N. G.; Struwe, W. B.; Lisacek, F.; Rudd, P. M.; Packer, N. H.; Campbell, M. P. Bioinformatics 2011, 27, 1343-1344. doi:10. 1093/bioinformatics/btr137
38. Loß, A.; Bunsmann, P.; Bohne, A.; Loß, A.; Schwarzer, E.; Lang, E.; von der Lieth, C.-W. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 405-408. doi:10. 1093/nar/30. 1. 405
39. Bohne, A.; Lang, E.; von der Lieth, C.-W. Bioinformatics 1999, 15, 767-768. doi:10. 1093/bioinformatics/15. 9. 767
40. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235-242. doi:10. 1093/nar/28. 1. 235
41. Lütteke, T.; von der Lieth, C.-W. Biocatal. Biotransform. 2006, 24, 147-155. doi:10. 1080/10242420600598269
42. Woods Group (2005-2012) GLYCAM Web, Complex Carbohydrate Research Center, University of Georgia, Athens, GA (http://www.glycam. com).
43. Degtyarenko, K.; Hastings, J.; De Matos, P.; Ennis, M. Curr. Protoc. Bioinformatics 2009, Chapter, 14, Unit 14-19.
44. De Matos, P.; Adams, N.; Hastings, J.; Moreno, P.; Steinbeck, C. Methods Mol. Biol. 2012, 803, 273-296. doi:10. 1007/978-1-61779-364-6-19
45. Wang, Y.; Xiao, J.; Suzek, T. O.; Zhang, J.; Wang, J.; Bryant, S. H. Nucleic Acids Res. 2009, 37(Suppl. 2), W623-633. doi:10. 1093/nar/gkp456
46. Homann, A.; Seibel, J. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2009, 83, 209-216. doi:10. 1007/s00253-009-1989-5
47. Huang, W.; Li, C.; Li, B.; Umekawa, M.; Yamamoto, K.; Zhang, X.; Wang, L.-X. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 2214-2223. doi:10. 1021/ja8074677
48. Schmidt, D.; Thiem, J. Beilstein J. Org. Chem. 2010, 6, No. 18. doi:10. 3762/bjoc. 6. 18
49. Palcic, M. M. Curr. Opin. Chem. Biol. 2011, 15, 226-233. doi:10. 1016/j. cbpa. 2010. 11. 022
50. Apweiler, R.; Martin, M. J.; O'Donovan, C.; Magrane, M.; Alam-Faruque, Y.; Antunes, R.; Barrell, D.; Bely, B.; Bingley, M.; Binns, D.; Bower, L.; Browne, P.; Chan, W. M.; Dimmer, E.; Eberhardt, R.; Fedotov, A.; Foulger, R.; Garavelli, J.; Huntley, R.; Jacobsen, J.; Kleen, M.; Laiho, K.; Leinonen, R.; Legge, D.; Lin, Q.; Liu, W.; Luo, J.; Orchard, S.; Patient, S.; Poggioli, D.; Pruess, M.; Corbett, M.; di Martino, G.; Donnelly, M.; van Rensburg, P.; Bairoch, A.; Bougueleret, L.; Xenarios, I.; Altairac, S.; Auchincloss, A.; Argoud-Puy, G.; Axelsen, K.; Baratin, D.; Blatter, M.-C.; Boeckmann, B.; Bolleman, J.; Bollondi, L.; Boutet, E.; Quintaje, S. B.; Breuza, L.; Bridge, A.; deCastro, E.; Ciapina, L.; Coral, D.; Coudert, E.; Cusin, I.; Delbard, G.; Doche, M.; Dornevil, D.; Roggli, P. D.; Duvaud, S.; Estreicher, A.; Famiglietti, L.; Feuermann, M.; Gehant, S.; Farriol-Mathis, N.; Ferro, S.; Gasteiger, E.; Gateau, A.; Gerritsen, V.; Gos, A.; Gruaz-Gumowski, N.; Hinz, U.; Hulo, C.; Hulo, N.; James, J.; Jimenez, S.; Jungo, F.; Kappler, T.; Keller, G.; Lachaize, C.; Lane-Guermonprez, L.; Langendijk-Genevaux, P.; Lara, V.; Lemercier, P.; Lieberherr, D.; de Oliveira Lima, T.; Mangold, V.; Martin, X.; Masson, P.; Moinat, M.; Morgat, A.; Mottaz, A.; Paesano, S.; Pedruzzi, I.; Pilbout, S.; Pillet, V.; Poux, S.; Pozzato, M.; Redaschi, N.; Rivoire, C.; Roechert, B.; Schneider, M.; Sigrist, C.; Sonesson, K.; Staehli, S.; Stanley, E.; Stutz, A.; Sundaram, S.; Tognolli, M.; Verbregue, L.; Veuthey, A.-L.; Yip, L.; Zuletta, L.; Wu, C.; Arighi, C.; Arminski, L.; Barker, W.; Chen, C.; Chen, Y.; Hu, Z.-Z.; Huang, H.; Mazumder, R.; McGarvey, P.; Natale, D. A.; Nchoutmboube, J.; Petrova, N.; Subramanian, N.; Suzek, B. E.; Ugochukwu, U.; Vasudevan, S.; Vinayaka, C. R.; Yeh, L. S.; Zhang, J. Nucleic Acids Res. 2010, 38(Suppl. 1), D142-D148. doi:10. 1093/nar/gkp846
51. Chang, A.; Scheer, M.; Grote, A.; Schomburg, I.; Schomburg, D. Nucleic Acids Res. 2009, 37(Suppl. 1), D588-D592. doi:10. 1093/nar/gkn820
52. Cantarel, B. L.; Coutinho, P. M.; Rancurel, C.; Bernard, T.; Lombard, V.; Henrissat, B. Nucleic Acids Res. 2009, 37(Suppl. 1), D233-D238. doi:10. 1093/nar/gkn663
53. Eisenhaber, B.; Maurer-Stroh, S.; Novatchkova, M.; Schneider, G.; Eisenhaber, F. Bioessays 2003, 25, 367-385. doi:10. 1002/bies. 10254
54. Kawasaki, T.; Nakao, H.; Takahashi, E.; Tominaga, T. Trends Glycosci. Glycotechnol. 2006, 18, 267-272. doi:10. 4052/tigg. 18. 267
55. Altschul, S. F.; Gish, W.; Miller, W.; Myers, E. W.; Lipman, D. J. J. Mol. Biol. 1990, 215, 403-410. doi:10. 1016/S0022-2836 (05) 80360-2
56. Eddy, S. R. Bioinformatics 1998, 14, 755-763. doi:10. 1093/bioinformatics/14. 9. 755
57. Davies, G. J.; Gloster, T. M.; Henrissat, B. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 637-645. doi:10. 1016/j. sbi. 2005. 10. 008
58. Toukach, P.; Joshi, H. J.; Ranzinger, R.; Knirel, Y.; von der Lieth, C.-W. Nucleic Acids Res. 2007, 35(Suppl. 1), D280-D286. doi:10. 1093/nar/gkl883
59. McNaught, A. D. Adv. Carbohydr. Chem. Biochem. 1997, 52, 43-177. doi:10. 1016/S0065-2318 (08) 60089-X
60. Bohne-Lang, A.; Lang, E.; Förster, T.; von der Lieth, C.-W. Carbohydr. Res. 2001, 336, 1-11. doi:10. 1016/S0008-6215 (01) 00230-0
61. Herget, S.; Ranzinger, R.; Maass, K.; von der Lieth, C.-W. Carbohydr. Res. 2008, 343, 2162-2171. doi:10. 1016/j. carres. 2008. 03. 011
62. Aoki, K. F.; Yamaguchi, A.; Ueda, N.; Akutsu, T.; Mamitsuka, H.; Goto, S.; Kanehisa, M. Nucleic Acids Res. 2004, 32(Suppl. 2), W267-W272. doi:10. 1093/nar/gkh473
63. Sahoo, S. S.; Thomas, C.; Sheth, A.; Henson, C.; York, W. S. Carbohydr. Res. 2005, 340, 2802-2807. doi:10. 1016/j. carres. 2005. 09. 019
64. York, W. S.; Kochut, K. J.; Miller, J. A.; Sahoo, S.; Thomas, C.; Henson, C. GLYDE-II - GLYcan structural Data Exchange using Connection Tables. http://glycomics.ccrc.uga.edu/GLYDE-II/GLYDE-descriptionv0.7.pdf.
65. Campbell, M. P.; Hayes, C. A.; Struwe, W. B.; Wilkins, M. R.; Aoki-Kinoshita, K. F.; Harvey, D. J.; Rudd, P. M.; Kolarich, D.; Lisacek, F.; Karlsson, N. G.; Packer, N. H. Proteomics 2011, 11, 4117-4121. doi:10. 1002/pmic. 201100302
66. Werz, D. B.; Ranzinger, R.; Herget, S.; Adibekian, A.; von der Lieth, C.-W.; Seeberger, P. H. ACS Chem. Biol. 2007, 2, 685-691. doi:10. 1021/cb700178s
67. Snippe, H.; Van Dam, J. E.; van Houte, A. J.; Willers, J. M.; Kamerling, J. P.; Vliegenthart, J. F. Infect. Immun. 1983, 42, 842-844.
68. Vliegenthart, J. F. G. FEBS Lett. 2006, 580, 2945-2950. doi:10. 1016/j. febslet. 2006. 03. 053
69. Astronomo, R. D.; Burton, D. R. Nat. Rev. Drug Discovery 2010, 9, 308-324. doi:10. 1038/nrd3012
70. Avci, F. Y.; Li, X.; Tsuji, M.; Kasper, D. L. Nat. Med. 2011, 17, 1602-1609. doi:10. 1038/nm. 2535
71. Wilson, J. C; von Itzstein, M. Curr. Drug Targets 2003, 4, 389-408. doi:10. 2174/1389450033491019
72. Haselhorst, T.; Wilson, J. C.; Thomson, R. J.; McAtamney, S.; Menting, J. G.; Coppel, R. L.; von Itzstein, M. Proteins 2004, 56, 346-353. doi:10. 1002/prot. 20143
73. Russell, R. J.; Haire, L. F.; Stevens, D. J.; Collins, P. J.; Lin, Y. P.; Blackburn, G. M.; Hay, A. J.; Gamblin, S. J.; Skehel, J. J. Nature 2006, 443, 45-49. doi:10. 1038/nature05114
74. von Itzstein, M. Nat. Rev. Drug Discovery 2007, 6, 967-974. doi:10. 1038/nrd2400
75. Reina, J. J.; Díaz, I.; Nieto, P. M.; Campillo, N. E.; Páez, J. A.; Tabarani, G.; Fieschi, F.; Rojo, J. Org. Biomol. Chem. 2008, 6, 2743-2754. doi:10. 1039/b802144a
76. Bhunia, A.; Vivekanandan, S.; Eckert, T.; Burg-Roderfeld, M.; Wechselberger, R.; Romanuka, J.; Bächle, D.; Kornilov, A. V.; von der Lieth, C.-W.; Jiménez-Barbero, J.; Nifantiev, N. E.; Schachner, M.; Sewald, N.; Lütteke, T.; Gabius, H. J.; Siebert, H.-C. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 96-105. doi:10. 1021/ja904334s
77. Schierholt, A.; Hartmann, M.; Lindhorst, T. K. Carbohydr. Res. 2011, 346, 1519-1526. doi:10. 1016/j. carres. 2011. 04. 023
78. Akune, Y.; Hosoda, M.; Kaiya, S.; Shinmachi, D.; Aoki-Kinoshita, K. F. OMICS 2010, 14, 475-486. doi:10. 1089/omi. 2009. 0129
79. Rademacher, C.; Paulson, J. C. ACS Chem. Biol. 2012, 7, 829-834. doi:10. 1021/cb300003z
80. Ceroni, A.; Dell, A.; Haslam, S. M. Source Code Biol. Med. 2007, 2, No. 3. doi:10. 1186/1751-0473-2-3
81. Kawano, S.; Hashimoto, K.; Miyama, T.; Goto, S.; Kanehisa, M. Bioinformatics 2005, 21, 3976-3982. doi:10. 1093/bioinformatics/bti666
82. Hashimoto, K.; Takigawa, I.; Shiga, M.; Kanehisa, M.; Mamitsuka, H. Bioinformatics 2008, 24, i167-i173. doi:10. 1093/bioinformatics/btn293
83. Aoki-Kinoshita, K. F.; Ueda, N.; Mamitsuka, H.; Kanehisa, M. Bioinformatics 2006, 22, e25-e34. doi:10. 1093/bioinformatics/btl244
84. Crispin, M.; Stuart, D. I.; Jones, E. Y. Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 14, 354. doi:10. 1038/nsmb0507-354a
85. Lütteke, T.; Frank, M.; von der Lieth, C.-W. Carbohydr. Res. 2004, 339, 1015-1020. doi:10. 1016/j. carres. 2003. 09. 038
86. Lütteke, T. Acta Crystallogr, Sect. D: Biol. Crystallogr. 2009, 65, 156-168. doi:10. 1107/S0907444909001905
87. Read, R. J.; Adams, P. D.; Arendall, W. B.; Brunger, A. T.; Emsley, P.; Joosten, R. P.; Kleywegt, G. J.; Krissinel, E. B.; Lütteke, T.; Otwinowski, Z.; Perrakis, A.; Richardson, J. S.; Sheffler, W. H.; Smith, J. L.; Tickle, I. J.; Vriend, G.; Zwart, P. H. Structure 2011, 19, 1395-1412. doi:10. 1016/j. str. 2011. 08. 006
88. Lütteke, T.; von der Lieth, C.-W. BMC Bioinf 2004, 5, No. 69. doi:10. 1186/1471-2105-5-69
89. Lütteke, T.; Frank, M.; von der Lieth, C.-W. Nucleic Acids Res. 2005, 33(Suppl. 1), D242-D246. doi:10. 1093/nar/gki013
90. Raman, R.; Venkataraman, G.; Ernst, S.; Sasisekharan, V.; Sasisekharan, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 2357-2362. doi:10. 1073/pnas. 0437842100
91. Bhunia, A.; Schwardt, O.; Gäthje, H.; Gao, G.-P.; Kelm, S.; Benie, A. J.; Hricovini, M.; Peters, T.; Ernst, B. ChemBioChem 2008, 9, 2941-2945. doi:10. 1002/cbic. 200800458
92. Kerzmann, A.; Fuhrmann, J.; Kohlbacher, O.; Neumann, D. J. Chem. Inf. Model. 2008, 48, 1616-1625. doi:10. 1021/ci800103u
93. Kerzmann, A.; Neumann, D.; Kohlbacher, O. J. Chem. Inf. Model. 2006, 46, 1635-1642. doi:10. 1021/ci050422y
94. Case, D. A.; Cheatham, T. E., III.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M., Jr.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668-1688. doi:10. 1002/jcc. 20290
95. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Roberts, B. P.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossváry, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Liu, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Cai, Q.; Ye, X.; Wang, J.; Hsieh, M.-J.; Cui, G.; Roe, D. R.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Luchko, T.; Gusarov, S.; Kovalenko, A.; Kollman, P. A. AMBER 11; University of California: San Francisco, 2010.
96. Jo, S.; Song, K. C.; Desaire, H.; MacKerell, A. D., Jr.; Im, W. J. Comput. Chem. 2011, 32, 3135-3141. doi:10. 1002/jcc. 21886
97. Brooks, B. R.; Brooks, C. L, III.; Mackerell, A. D., Jr.; Nilsson, L.; Petrella, R. J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S.; Caflisch, A.; Caves, L.; Cui, Q.; Dinner, A. R.; Feig, M.; Fischer, S.; Gao, J.; Hodoscek, M.; Im, W.; Kuczera, K.; Lazaridis, T.; Ma, J.; Ovchinnikov, V.; Paci, E.; Pastor, R. W.; Post, C. B.; Pu, J. Z.; Schaefer, M.; Tidor, B.; Venable, R. M.; Woodcock, H. L.; Wu, X.; Yang, W.; York, D. M.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545-1614. doi:10. 1002/jcc. 21287
98. Bohne-Lang, A.; von der Lieth, C.-W. Nucleic Acids Res. 2005, 33(Suppl. 2), W214-W219. doi:10. 1093/nar/gki385
99. Kirschner, K. N.; Yongye, A. B.; Tschampel, S. M.; González- Outeiriño, J.; Daniels, C. R.; Foley, B. L.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2008, 29, 622-655. doi:10. 1002/jcc. 20820
100. Woods, R. J.; Tessier, M. B. Curr. Opin. Struct. Biol. 2010, 20, 575-583. doi:10. 1016/j. sbi. 2010. 07. 005
101. Sapay, N.; Cabannes, E.; Petitou, M.; Imberty, A. Glycobiology 2011, 21, 1181-1193. doi:10. 1093/glycob/cwr052
102. Jo, S.; Kim, T.; Iyer, V. G.; Im, W. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1859-1865. doi:10. 1002/jcc. 20945
103. Eisenhaber, B.; Bork, P.; Eisenhaber, F. J. Mol. Biol. 1999, 292, 741-758. doi:10. 1006/jmbi. 1999. 3069
104. Julenius, K.; Mølgaard, A.; Gupta, R.; Brunak, S. Glycobiology 2005, 15, 153-164. doi:10. 1093/glycob/cwh151
105. Julenius, K. Glycobiology 2007, 17, 868-876. doi:10. 1093/glycob/cwm050
106. Johansen, M. B.; Kiemer, L.; Brunak, S. Glycobiology 2006, 16, 844-853. doi:10. 1093/glycob/cwl009
107. Gupta, R.; Jung, E.; Gooley, A. A.; Williams, K. L.; Brunak, S.; Hansen, J. Glycobiology 1999, 9, 1009-1022. doi:10. 1093/glycob/9. 10. 1009
108. Gupta, R.; Brunak, S. Pac. Symp. Biocomput. 2002, 310-322.
109. Chen, Y.-Z.; Tang, Y.-R.; Sheng, Z.-Y.; Zhang, Z. BMC Bioinf. 2008, 9, No. 101. doi:10. 1186/1471-2105-9-101
110. Caragea, C.; Sinapov, J.; Silvescu, A.; Dobbs, D.; Honavar, V. BMC Bioinf. 2007, 8, No. 438. doi:10. 1186/1471-2105-8-438
111. Fankhauser, N.; Mäser, P. Bioinformatics 2005, 21, 1846-1852. doi:10. 1093/bioinformatics/bti299
112. Hamby, S. E.; Hirst, J. D. BMC Bioinf. 2008, 9, No. 500. doi:10. 1186/1471-2105-9-500
113. Morris, G. M.; Huey, R.; Lindstrom, W.; Sanner, M. F.; Belew, R. K.; Goodsell, D. S.; Olson, A. J. J. Comput. Chem. 2009, 30, 2785-2791. doi:10. 1002/jcc. 21256
114. Bhunia, A.; Jayalakshmi, V.; Benie, A. J.; Schuster, O.; Kelm, S.; Rama Krishna, N.; Peters, T. Carbohydr. Res. 2004, 339, 259-267. doi:10. 1016/j. carres. 2003. 09. 021
115. Kuntothom, T.; Raab, M.; Tvaroška, I.; Fort, S.; Pengthaisong, S.; Cañada, J.; Calle, L.; Jiménez-Barbero, J.; Ketudat Cairns, J. R.; Hrmova, M. Biochemistry 2010, 49, 8779-8793. doi:10. 1021/bi101112c
116. DeMarco, M. L.; Woods, R. J.; Prestegard, J. H.; Tian, F. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1334-1338. doi:10. 1021/ja907518x
117. Kogelberg, H.; Frenkiel, T. A.; Homans, S. W.; Lubineau, A.; Feizi, T. Biochemistry 1996, 35, 1954-1964. doi:10. 1021/bi9521598
118. Morando, M. A.; Nurisso, A.; Grenouillat, N.; Vauzeilles, B.; Beau, J.-M.; Cañada, F. J.; Jiménez-Barbero, J.; Imberty, A. Glycobiology 2011, 21, 824-833. doi:10. 1093/glycob/cwr014
119. Säwén, E.; Stevensson, B.; Östervall, J.; Maliniak, A.; Widmalm, G. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 7109-7121. doi:10. 1021/jp2017105
120. Tessier, M. B.; DeMarco, M. L.; Yongye, A. B.; Woods, R. J. Mol. Simul. 2008, 34, 349-363. doi:10. 1080/08927020701710890
121. Fadda, E.; Woods, R. J. Drug Discovery Today 2010, 15, 596-609. doi:10. 1016/j. drudis. 2010. 06. 001
122. Tschampel, S. M.; Kennerty, M. R.; Woods, R. J. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1721-1733. doi:10. 1021/ct700046j
123. Van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1718. doi:10. 1002/jcc. 20291
124. Guerrini, M.; Beccati, D.; Shriver, Z.; Naggi, A.; Viswanathan, K.; Bisio, A.; Capila, I.; Lansing, J. C.; Guglieri, S.; Fraser, B.; Al-Hakim, A.; Gunay, N. S.; Zhang, Z.; Robinson, L.; Buhse, L.; Nasr, M.; Woodcock, J.; Langer, R.; Venkataraman, G.; Linhardt, R. J.; Casu, B.; Torri, G.; Sasisekharan, R. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 669-675. doi:10. 1038/nbt1407
125. Beyer, T.; Diehl, B.; Randel, G.; Humpfer, E.; Schäfer, H.; Spraul, M.; Schollmayer, C.; Holzgrabe, U. J. Pharm. Biomed. Anal. 2008, 48, 13-19. doi:10. 1016/j. jpba. 2008. 06. 014
126. Alban, S.; Lühn, S.; Schiemann, S.; Beyer, T.; Norwig, J.; Schilling, C.; Rädler, O.; Wolf, B.; Matz, M.; Baumann, K.; Holzgrabe, U. Anal. Bioanal. Chem. 2011, 399, 605-620. doi:10. 1007/s00216-010-4169-7
127. Goldberg, D.; Bern, M.; Parry, S.; Sutton-Smith, M.; Panico, M.; Morris, H. R.; Dell, A. J. Proteome Res. 2007, 6, 3995-4005. doi:10. 1021/pr070239f
128. Goldberg, D.; Sutton-Smith, M.; Paulson, J.; Dell, A. Proteomics 2005, 5, 865-875. doi:10. 1002/pmic. 200401071
129. Tang, H.; Mechref, Y.; Novotny, M. V. Bioinformatics 2005, 21(Suppl. 1), i431-i439. doi:10. 1093/bioinformatics/bti1038
130. Lohmann, K. K.; von der Lieth, C.-W. Proteomics 2003, 3, 2028-2035. doi:10. 1002/pmic. 200300505
131. Ozohanics, O.; Krenyacz, J.; Ludányi, K.; Pollreisz, F.; Vékey, K.; Drahos, L. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008, 22, 3245-3254. doi:10. 1002/rcm. 3731
132. Cooper, C. A.; Gasteiger, E.; Packer, N. H. Proteomics 2001, 1, 340-349. doi:10. 1002/1615-9861 (200102) 1:2<340::AID-PROT340>3. 0. CO;2-B
133. Maass, K.; Ranzinger, R.; Geyer, H.; von der Lieth, C.-W.; Geyer, R. Proteomics 2007, 7, 4435-4444. doi:10. 1002/pmic. 200700253
134. Irungu, J.; Go, E. P.; Dalpathado, D. S.; Desaire, H. Anal. Chem. 2007, 79, 3065-3074. doi:10. 1021/ac062100e
135. Pompach, P.; Chandler, K. B.; Lan, R.; Edwards, N.; Goldman, R. J. Proteome Res. 2012, 11, 1728-1740. doi:10. 1021/pr201183w
136. Lohmann, K. K.; von der Lieth, C.-W. Nucleic Acids Res. 2004, 32(Suppl. 2), W261-W266. doi:10. 1093/nar/gkh392
137. Joshi, H. J.; Harrison, M. J.; Schulz, B. L.; Cooper, C. A.; Packer, N. H.; Karlsson, N. G. Proteomics 2004, 4, 1650-1664. doi:10. 1002/pmic. 200300784
138. Ceroni, A.; Maass, K.; Geyer, H.; Geyer, R.; Dell, A.; Haslam, S. M. J. Proteome Res. 2008, 7, 1650-1659. doi:10. 1021/pr7008252
139. Gao, H. Y. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1739-1742. doi:10. 1016/j. jasms. 2009. 05. 012
140. Zhang, H.; Singh, S.; Reinhold, V. N. Anal. Chem. 2005, 77, 6263-6270. doi:10. 1021/ac050725r
141. Lapadula, A. J.; Hatcher, P. J.; Hanneman, A. J.; Ashline, D. J.; Zhang, H.; Reinhold, V. N. Anal. Chem. 2005, 77, 6271-6279. doi:10. 1021/ac050726j
142. Gaucher, S. P.; Morrow, J.; Leary, J. A. Anal. Chem. 2000, 72, 2331-2336. doi:10. 1021/ac000096f
143. Ethier, M.; Saba, J. A.; Spearman, M.; Krokhin, O.; Butler, M.; Ens, W.; Standing, K. G.; Perreault, H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 2713-2720. doi:10. 1002/rcm. 1252
144. Lundborg, M.; Widmalm, G. Anal. Chem. 2011, 83, 1514-1517. doi:10. 1021/ac1032534
145. Jansson, P.-E.; Stenutz, R.; Widmalm, G. Carbohydr. Res. 2006, 341, 1003-1010. doi:10. 1016/j. carres. 2006. 02. 034
146. Vranken, W. F.; Boucher, W.; Stevens, T. J.; Fogh, R. H.; Pajon, A.; Llinas, M.; Ulrich, E. L.; Markley, J. L.; Ionides, J.; Laue, E. D. Proteins 2005, 59, 687-696. doi:10. 1002/prot. 20449
147. Loß, A.; Stenutz, R.; Schwarzer, E.; von der Lieth, C.-W. Nucleic Acids Res. 2006, 34(Suppl. 2), W733-W737. doi:10. 1093/nar/gkl265
148. Takahashi, N.; Kato, K. Trends Glycosci Glycotechnol. 2003, 15, 235-251. doi:10. 4052/tigg. 15. 235
149. Packer, N. H.; Karlsson, N. G. Glycomic Mass Spectrometric Analysis and Data Interpretation Tools. In Bioinformatics for Glycobiology and Glycomics - an Introduction; von der Lieth, C.-W.; Lütteke, T.; Frank, M., Eds.; Wiley & Sons: Chichester, UK, 2009; pp 223-256.
150. Maass, K.; Ceroni, A. Software Tools for Semi-automatic Interpretation of Mass Spectra of Glycans. In Bioinformatics for Glycobiology and Glycomics - an Introduction; von der Lieth, C.-W.; Lütteke, T.; Frank, M., Eds.; Wley & Sons: Chichester, UK, 2009; pp 257-268.
151. Fogh, R. H.; Vranken, W. F.; Boucher, W.; Stevens, T. J.; Laue, E. D. J. Biomol. NMR 2006, 36, 147-155. doi:10. 1007/s10858-006-9076-z
152. Jansson, P. E.; Kenne, L.; Widmalm, G. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 508-516. doi:10. 1021/ci00004a013
153. Stenutz, R.; Jansson, P.-E.; Widmalm, G. Carbohydr. Res. 1998, 306, 11-17. doi:10. 1016/S0008-6215 (97) 10047-7
154. Lundborg, M.; Fontana, C.; Widmalm, G. Biomacromolecules 2011, 12, 3851-3855. doi:10. 1021/bm201169y