TIP5P-consistent treatment of electrostatics for biomolecular simulations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 3, Issue 5, 2007, Pages 1721-1733

  Tschampel, Sarah M ^a   Kennerty, Michael R ^a   Woods, Robert J ^a  

^a UNIVERSITY OF GEORGIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 35948929077     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct700046j     Document Type: Article

References (63)

1. Leach, A. R. Molecular Modelling principles and applications; Addison Wesley Longman Limited: Essex, 1996.
2. Smit, P. H.; Derissen, J. L.; van Duijneveldt, F. B. Mol. Phys. 1979, 37, 521.
3. Scrocco, E.; Tomasi, J. Electronic molecular structure, reactivity and intermolecular forces: An Euristic interpretation by means of electrostatic molecular potentials. In Advances in Quantum Chemistry; Löwdin, P., Ed.; 1978; Vol. 11, pp 116-193.
4. Cox, S. R.; Williams, D. E. J. Comput. Chem. 1981, 2, 304-323.
5. Mulliken, R. S. J. Chem. Phys. 1955, 23, 1833-1840.
6. Besler, B. H.; Mertz, K. M.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1990, 11, 431-439.
7. Breneman, C. M.; Wiberg, K. B. J. Comput. Chem. 1990, 11, 361-373.
8. Chirlian, L. E.; Francl, M. M. J. Comput. Chem. 1987, 8, 894-905.
9. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1984, 5, 129-145.
10. Woods, R. J.; Khalil, M.; Pell, W.; Moffat, S. H.; Smith, V. H., Jr. J. Comput. Chem. 1990, 11, 297-310.
11. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E., III; DeBolt, S.; Ferguson, D. M.; Seibel, G. L.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1-41.
12. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C.; Alagona, G.; Profeta, S., Jr.; Weiner, P. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765-784.
13. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 230-252.
14. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., III; Wang, J.; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER 7; University of California: San Francisco, 2002.
15. Dixon, R. W.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1632-1646.
16. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
17. Wang, Z. X.; Zhang, W.; Wu, C.; Lei, H. X.; Cieplak, P.; Duan, Y. J. Comput. Chem. 2006, 27, 994-994.
18. Malcolm, N. O. J.; Popelier, P. L. A. Faraday Discuss. 2003, 124, 353-363.
19. Bader, R. F. W.; Matta, C. F. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 8385-8394.
20. Popelier, P. L. A. Chem. Phys. Lett. 1994, 228, 160-164.
21. Harder, E.; Anisimov, V. M.; Vorobyov, I. V.; Lopes, P. E. M.; Noskov, S. Y.; MacKerell, A. D.; Roux, B. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1587-1597.
22. Jorgensen, W. L.; Madura, J. D.; Swenson, C. J. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 6638-6646.
23. Mackerell, A. D.; Wiorkiewiczkuczera, J.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11946-11975.
24. Mahoney, M. W.; Jorgensen, W. L. J. Chem. Phys. 2000, 112, 8910-8922.
25. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
26. Kaminski, G. A.; Stern, H. A.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 621-627.
27. Imperiali, B. Acc. Chem. Res. 1997, 30, 452-459.
28. Coltart, D. M.; Royyuru, A. K.; Williams, L. J.; Glunz, P. W.; Sames, D.; kuduk, S. D.; Schwarz, J. B.; Chen, X.-T.; Danishefsky, S. J.; Live, D. H. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 9833 -9844.
29. Woods, R. J.; Dwek, R. A.; Edge, C. J. J. Phys. Chem. 1995, 99, 3832-3846.
30. Kirschner, K. N.; Yongye, A.; Tschampel, S. M.; Daniels, C.; Foley, B. L.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2007, Submitted for publication.
31. Kirschner, K. N.; Woods, R. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 10541-10545.
32. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9620-9631.
33. Kaminski, G. A.; Stern, H. A.; Berne, B. J.; Friesner, R. A.; Cao, Y. X. X.; Murphy, R. B.; Zhou, R. H.; Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1515-1531.
34. Kouwijzer, M. L. C. E.; van Eijck, B. P.; Kroes, S. J.; Kreon, J. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1281-1289.
35. Woods, R. J.; Chapelle, R. J. J. Mol. Struct. 2000, 527, 149-156.
36. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, (Revision A.9); Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
37. Miehlich, B.; Savin, A.; Stell, H.; Preuss, H. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 200-206.
38. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
39. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
40. Roothan, C. C. J. Rev. Mod. Phys. 1951, 23, 69-89.
41. Woon, D. E.; Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1358-1371.
42. Moller, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 618-622.
43. Cieplak, P.; Caldwell, J.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1048-1057.
44. Kirschner, K. N.; Woods, R. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 4150-4155.
45. Tschampel, S. M.; Woods, R. J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 9175-9181.
46. Takagi, S.; Jeffrey, G. A. Acta Crystallogr., Sect. B: Struct. Sci. 1979, 35, 902-906.
47. Jeffrey, G. A.; McMullan, R. K.; Takagi, S. Acta Crystallogr., Sect. B: Struct. Sci. 1977, 33, 728-737.
48. Brown, G. M.; Levy, H. A. Acta Crystallogr., Sect. B: Struct. Sci. 1979, 35, 656-659.
49. Hough, E.; Neidle, S.; Rogers, D.; Troughton, P. G. H. Acta Crystallogr., Sect. B: Struct. Sci. 1973, B 29, 365-367.
50. Mo, F.; Jensen, L. H. Acta CrystaUogr., Sect. B: Struct. Sci. 1975, 31, 2867-2873.
51. Basma, M.; Sundara, S.; Calgan, D.; Vernali, T.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1125-1137.
52. Francl, M. M.; Carey, C.; Chirlian, L. E.; Gange, D. M. J. Comput. Chem. 1996, 17, 367-383.
53. Fletterick, R.; Tsai, C. C.; Hughes, R. E. J. Phys. Chem. 1971, 75, 918-&.
54. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
55. Darden, T. A.; York, D.; Pederson, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
56. Price, D. J.; Brooks, C. L. J. Chem. Phys. 2004, 121, 10096-10103.
57. Corzana, F.; Motawia, M. S.; Du Penhoat, C. H.; Perez, S.; Tschampel, S. M.; Woods, R. J.; Engelsen, S. B. J. Comput. Chem. 2004, 25, 573-586.
58. Horn, H. W.; Swope, W. C.; Pitera, J. W.; Madura, J. D.; Dick, T. J.; Hura, G. L.; Head-Gordon, T. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9665-9678.
59. Rick, S. W. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6085-6093.
60. Bock, K.; Duus, J. O. J. Carbohydr. Chem. 1994, 13, 513-543.
61. Nishida, Y.; Ohrui, H.; Meguro, H. Tetrahedron Lett. 1984, 25, 1575-1578.
62. Nishida, Y.; Hori, H.; Ohrui, H.; Meguro, H. J. Carbohydr. Chem. 1988, 7, 239-250.
63. Loris, R.; Stas, P. P. G.; Wyns, L. J. Biol. Chem. 1994, 269, 26722-26733.