Identification of novel components of NAD-utilizing metabolic pathways and prediction of their biochemical functions

Molecular BioSystems

Volumn 8, Issue 6, 2012, Pages 1661-1677

  De Souza, Robson Francisco ^a,b   Aravind, L ^a  

^a NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH   (United States)

^b UNIVERSITY OF SÃO PAULO   (Brazil)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIA (MICROORGANISMS); DNA VIRUSES; ESCHERICHIA COLI; EUKARYOTA; RNA VIRUSES; WADDLIA;

ADENOSINE DIPHOSPHATE RIBOSE; ESCHERICHIA COLI PROTEIN; KPTA PROTEIN, E COLI; NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE; NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE ADENOSINE DIPHOSPHATE RIBOSYLTRANSFERASE; PHOSPHOTRANSFERASE; TANKYRASE; TNKS2 PROTEIN, HUMAN;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; BACTERIUM; BIOLOGICAL MODEL; CHEMISTRY; GENETICS; GENOMICS; HUMAN; METABOLISM; MOLECULAR EVOLUTION; MOLECULAR GENETICS; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; SEQUENCE ALIGNMENT; SEQUENCE HOMOLOGY;

ADENOSINE DIPHOSPHATE RIBOSE; ADP RIBOSE TRANSFERASES; AMINO ACID SEQUENCE; BACTERIA; ESCHERICHIA COLI PROTEINS; EVOLUTION, MOLECULAR; GENOMICS; HUMANS; METABOLIC NETWORKS AND PATHWAYS; MODELS, BIOLOGICAL; MOLECULAR SEQUENCE ANNOTATION; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NAD; PHOSPHOTRANSFERASES (ALCOHOL GROUP ACCEPTOR); PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; SEQUENCE ALIGNMENT; SEQUENCE HOMOLOGY, AMINO ACID; TANKYRASES;

EID: 84861134293     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb05487f     Document Type: Article

References (109)

1. L. M. Iyer S. Abhiman A. Maxwell Burroughs L. Aravind Mol. Biosyst. 2009 5 1636 1660
2. L. M. Iyer A. M. Burroughs L. Aravind Genome Biol. 2006 7 R60
3. H. V. Miranda N. Nembhard D. Su N. Hepowit D. J. Krause J. R. Pritz C. Phillips D. Soll J. A. Maupin-Furlow Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 4417 4422
4. M. J. Rudolph M. M. Wuebbens K. V. Rajagopalan H. Schindelin Nat. Struct. Biol. 2001 8 42 46
5. L. Aravind S. Abhiman L. M. Iyer Prog. Mol. Biol. Transl. Sci. 2011 101 105 176
6. L. M. Iyer S. Abhiman R. F. de Souza L. Aravind Nucleic Acids Res. 2010 38 5261 5279
7. A. M. Burroughs L. M. Iyer L. Aravind Proteins: Struct., Funct., Genet. 2009 75 895 910
8. A. M. Godert M. Jin F. W. McLafferty T. P. Begley J. Bacteriol. 2007 189 2941 2944
9. K. E. Burns S. Baumgart P. C. Dorrestein H. Zhai F. W. McLafferty T. P. Begley J. Am. Chem. Soc. 2005 127 11602 11603
10. P. C. Dorrestein H. Zhai F. W. McLafferty T. P. Begley Chem. Biol. 2004 11 1373 1381
11. L. Aravind R. F. de Souza L. M. Iyer Biol. Direct 2010 5 48
12. F. Gazzaniga R. Stebbins S. Z. Chang M. A. McPeek C. Brenner Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2009 73 529 541
13. L. Sorci, O. V. Kurnasov, D. A. Rodionov and A. Osterman, in Comprehensive natural products II: chemistry and biology, ed., L. N. Mander, and, H. W. Lui, Elsevier, Amsterdam, 1st edn, 2010, vol. 7, ch. 8, pp. 213-257
14. J. M. Berg, J. L. Tymoczko and L. Stryer, Biochemistry, W.H. Freeman, New York, 2012
15. P. Belenky K. L. Bogan C. Brenner Trends Biochem. Sci. 2007 32 12 19
16. M. O. Hottiger P. O. Hassa B. Luscher H. Schuler F. Koch-Nolte Trends Biochem. Sci. 2010 35 208 219
17. S. Laing M. Unger F. Koch-Nolte F. Haag Amino Acids 2011 41 257 269
18. F. Koch-Nolte S. Kernstock C. Mueller-Dieckmann M. S. Weiss F. Haag Front. Biosci. 2008 13 6716 6729
19. G. Glowacki R. Braren K. Firner M. Nissen M. Kuhl P. Reche F. Bazan M. Cetkovic-Cvrlje E. Leiter F. Haag F. Koch-Nolte Protein Sci. 2002 11 1657 1670
20. S. Han J. A. Tainer Int. J. Med. Microbiol. 2002 291 523 529
21. J. C. Ame C. Spenlehauer G. de Murcia Bioessays 2004 26 882 893
22. D. D'Amours S. Desnoyers I. D'Silva G. G. Poirier Biochem. J. 1999 342 Pt 2 249 268
23. J. H. Orth B. Schorch S. Boundy R. Ffrench-Constant S. Kubick K. Aktories Toxicon 2011 57 199 207
24. S. Adriouch P. Bannas N. Schwarz R. Fliegert A. H. Guse M. Seman F. Haag F. Koch-Nolte FASEB J. 2008 22 861 869
25. W. P. Fitzmaurice L. L. Saari R. G. Lowery P. W. Ludden G. P. Roberts Mol. Gen. Genet. 1989 218 340 347
26. H. Fu R. H. Burris G. P. Roberts Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1990 87 1720 1724
27. Y. Zhang R. H. Burris G. P. Roberts J. Bacteriol. 1992 174 3364 3369
28. M. Freissmuth A. G. Gilman J. Biol. Chem. 1989 264 21907 21914
29. A. E. Lang G. Schmidt A. Schlosser T. D. Hey I. M. Larrinua J. J. Sheets H. G. Mannherz K. Aktories Science 2010 327 1139 1142
30. B. G. Van Ness J. B. Howard J. W. Bodley J. Biol. Chem. 1980 255 10717 10720
31. J. Baysarowich K. Koteva D. W. Hughes L. Ejim E. Griffiths K. Zhang M. Junop G. D. Wright Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 4886 4891
32. L. M. Iyer D. Zhang I. B. Rogozin L. Aravind Nucleic Acids Res. 2011 39 9473 9497
33. A. A. Sauve Biochim. Biophys. Acta 2010 1804 1591 1603
34. J. L. Avalos I. Celic S. Muhammad M. S. Cosgrove J. D. Boeke C. Wolberger Mol. Cell 2002 10 523 535
35. J. S. Smith J. Avalos I. Celic S. Muhammad C. Wolberger J. D. Boeke Methods Enzymol. 2002 353 282 300
36. A. W. Tsang J. C. Escalante-Semerena J. Biol. Chem. 1998 273 31788 31794
37. P. Bheda J. T. Wang J. C. Escalante-Semerena C. Wolberger Protein Sci. 2011 20 131 139
38. V. Anantharaman L. Aravind Cell Cycle 2008 7 1467 1472
39. J. Garrity J. G. Gardner W. Hawse C. Wolberger J. C. Escalante-Semerena J. Biol. Chem. 2007 282 30239 30245
40. B. W. Cherney O. W. McBride D. F. Chen H. Alkhatib K. Bhatia P. Hensley M. E. Smulson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1987 84 8370 8374
41. L. M. Iyer M. M. Babu L. Aravind Cell Cycle 2006 5 775 782
42. G. I. Karras G. Kustatscher H. R. Buhecha M. D. Allen C. Pugieux F. Sait M. Bycroft A. G. Ladurner EMBO J. 2005 24 1911 1920
43. D. Slade M. S. Dunstan E. Barkauskaite R. Weston P. Lafite N. Dixon M. Ahel D. Leys I. Ahel Nature 2011 477 616 620
44. F. C. Peterson D. Chen B. L. Lytle M. N. Rossi I. Ahel J. M. Denu B. F. Volkman J. Biol. Chem. 2011 286 35955 35965
45. J. Piatigorsky J. Horwitz B. L. Norman J. Biol. Chem. 1993 268 11894 11901
46. W. Ying M. B. Sevigny Y. Chen R. A. Swanson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 12227 12232
47. M. J. Pallen A. C. Lam N. J. Loman A. McBride Trends Microbiol. 2001 9 302 307
48. L. Aravind Genome Res. 2000 10 1074 1077
49. U. E. Park B. M. Olivera K. T. Hughes J. R. Roth D. R. Hillyard J. Bacteriol. 1989 171 2173 2180
50. L. Galeazzi P. Bocci A. Amici L. Brunetti S. Ruggieri M. Romine S. Reed A. L. Osterman D. A. Rodionov L. Sorci N. Raffaelli J. Biol. Chem. 2011 286 40365 40375
51. D. A. Rodionov J. De Ingeniis C. Mancini F. Cimadamore H. Zhang A. L. Osterman N. Raffaelli Nucleic Acids Res. 2008 36 2047 2059
52. L. Sorci I. Blaby J. De Ingeniis S. Gerdes N. Raffaelli V. de Crecy Lagard A. Osterman J. Biol. Chem. 2010 285 39490 39499
53. L. Sorci D. Martynowski D. A. Rodionov Y. Eyobo X. Zogaj K. E. Klose E. V. Nikolaev G. Magni H. Zhang A. L. Osterman Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 3083 3088
54. N. Huang J. De Ingeniis L. Galeazzi C. Mancini Y. D. Korostelev A. B. Rakhmaninova M. S. Gelfand D. A. Rodionov N. Raffaelli H. Zhang Structure (London) 2009 17 939 951
55. S. Y. Gerdes O. V. Kurnasov K. Shatalin B. Polanuyer R. Sloutsky V. Vonstein R. Overbeek A. L. Osterman J. Bacteriol. 2006 188 3012 3023
56. P. Bork E. V. Koonin Protein Sci. 1994 3 1344 1346
57. R. D. Finn J. Mistry J. Tate P. Coggill A. Heger J. E. Pollington O. L. Gavin P. Gunasekaran G. Ceric K. Forslund L. Holm E. L. Sonnhammer S. R. Eddy A. Bateman Nucleic Acids Res. 2010 38 D211 D222
58. S. L. Spinelli H. S. Malik S. A. Consaul E. M. Phizicky Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 14136 14141
59. A. G. McLennan Cell. Mol. Life Sci. 2006 63 123 143
60. K. S. Saikatendu J. S. Joseph V. Subramanian T. Clayton M. Griffith K. Moy J. Velasquez B. W. Neuman M. J. Buchmeier R. C. Stevens P. Kuhn Structure (London) 2005 13 1665 1675
61. K. A. Estes T. L. Dunbar J. R. Powell F. M. Ausubel E. R. Troemel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 2153 2158
62. A. Hofmann A. Zdanov P. Genschik S. Ruvinov W. Filipowicz A. Wlodawer EMBO J. 2000 19 6207 6217
63. R. Mazumder L. M. Iyer S. Vasudevan L. Aravind Nucleic Acids Res. 2002 30 5229 5243
64. R. A. Deshpande V. Shankar Crit. Rev. Microbiol. 2002 28 79 122
65. W. Yang Q. Rev. Biophys. 2011 44 1 93
66. W. Filipowicz E. Billy K. Drabikowski P. Genschik Acta Biochim. Pol. 1998 45 895 906
67. M. Kato-Murayama Y. Bessho M. Shirouzu S. Yokoyama J. Mol. Biol. 2005 348 295 305
68. E. Lund J. E. Dahlberg Science 1992 255 327 330
69. S. L. Spinelli R. Kierzek D. H. Turner E. M. Phizicky J. Biol. Chem. 1999 274 2637 2644
70. D. Zhang L. M. Iyer L. Aravind Nucleic Acids Res. 2011 39 4532 4552
71. K. Gerdes S. K. Christensen A. Lobner-Olesen Nat. Rev. Microbiol. 2005 3 371 382
72. V. Anantharaman L. Aravind Genome Biol. 2003 4 R81
73. H. Masaki T. Ogawa Biochimie 2002 84 433 438
74. P. Laneve F. Altieri M. E. Fiori A. Scaloni I. Bozzoni E. Caffarelli J. Biol. Chem. 2003 278 13026 13032
75. F. Renzi E. Caffarelli P. Laneve I. Bozzoni M. Brunori B. Vallone Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 12365 12370
76. T. Koch W. Ruger Virology 1994 203 294 298
77. S. K. Aoki E. J. Diner C. T. de Roodenbeke B. R. Burgess S. J. Poole B. A. Braaten A. M. Jones J. S. Webb C. S. Hayes P. A. Cotter D. A. Low Nature 2010 468 439 442
78. A. K. Al-Hakim M. Bashkurov A. C. Gingras D. Durocher L. Pelletier Mol. Cell. Proteomics 2012 10.1074/mcp.M111.014233
79. L. Aravind Trends Biochem. Sci. 2001 26 273 275
80. T. Ono A. Kasamatsu S. Oka J. Moss Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 16687 16691
81. T. Takada K. Iida J. Moss J. Biol. Chem. 1993 268 17837 17843
82. C. Bourgeois I. Okazaki E. Cavanaugh M. Nightingale J. Moss J. Biol. Chem. 2003 278 26351 26355
83. G. Richter H. Ritz G. Katzenmeier R. Volk A. Kohnle F. Lottspeich D. Allendorf A. Bacher J. Bacteriol. 1993 175 4045 4051
84. G. Andersen O. Bjornberg S. Polakova Y. Pynyaha A. Rasmussen K. Moller A. Hofer T. Moritz M. P. Sandrini A. M. Merico C. Compagno H. E. Akerlund Z. Gojkovic J. Piskur J. Mol. Biol. 2008 380 656 666
85. A. M. Burroughs K. N. Allen D. Dunaway-Mariano L. Aravind J. Mol. Biol. 2006 361 1003 1034
86. A. M. Gulick ACS Chem. Biol. 2009 4 811 827
87. J. D. Helmann Antioxid. Redox Signaling 2011 15 123 133
88. V. K. Jothivasan C. J. Hamilton Nat. Prod. Rep. 2008 25 1091 1117
89. L. Aravind R. Mazumder S. Vasudevan E. V. Koonin Curr. Opin. Struct. Biol. 2002 12 392 399
90. A. Andreeva D. Howorth J. M. Chandonia S. E. Brenner T. J. Hubbard C. Chothia A. G. Murzin Nucleic Acids Res. 2008 36 D419 D425
91. R. S. Ronimus H. W. Morgan Archaea 2003 1 199 221
92. J. Min J. Landry R. Sternglanz R. M. Xu Cell (Cambridge, Mass.) 2001 105 269 279
93. D. I. Liao E. C. Wolff M. H. Park D. R. Davies Structure (London) 1998 6 23 32
94. L. M. Iyer V. Anantharaman M. Y. Wolf L. Aravind Int. J. Parasitol. 2008 38 1 31
95. A. Chatterjee C. T. Jurgenson F. C. Schroeder S. E. Ealick T. P. Begley J. Am. Chem. Soc. 2007 129 2914 2922
96. A. Zurlinden M. E. Schweingruber J. Bacteriol. 1994 176 6631 6635
97. S. Balaji L. Aravind Nucleic Acids Res. 2007 35 5658 5671
98. V. Anantharaman L. M. Iyer L. Aravind Biol. Direct 2010 5 43
99. L. Aravind L. M. Iyer V. Anantharaman Genome Biol. 2003 4 R64
100. P. W. Ludden Mol. Cell. Biochem. 1994 138 123 129
101. L. Aravind E. V. Koonin Nucleic Acids Res. 1999 27 1609 1618
102. M. Citarelli S. Teotia R. S. Lamb BMC Evol. Biol. 2010 10 308
103. S. F. Altschul T. L. Madden A. A. Schaffer J. Zhang Z. Zhang W. Miller D. J. Lipman Nucleic Acids Res. 1997 25 3389 3402
104. L. Holm P. Rosenstrom Nucleic Acids Res. 2010 38 W545 W549
105. T. Lassmann O. Frings E. L. Sonnhammer Nucleic Acids Res. 2009 37 858 865
106. J. A. Cuff M. E. Clamp A. S. Siddiqui M. Finlay G. J. Barton Bioinformatics 1998 14 892 893
107. J. Soding Bioinformatics 2005 21 951 960
108. J. Soding A. Biegert A. N. Lupas Nucleic Acids Res. 2005 33 W244 W248
109. M. N. Price P. S. Dehal A. P. Arkin PLoS One 2010 5 e9490