A meta-analysis of caloric restriction gene expression profiles to infer common signatures and regulatory mechanisms

Molecular BioSystems

Volumn 8, Issue 4, 2012, Pages 1339-1349

  Plank, Michael ^a   Wuttke, Daniel ^a   Van Dam, Sipko ^a   Clarke, Susan A ^a,b   De Magalhães, João Pedro ^a  

^a UNIVERSITY OF LIVERPOOL   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF EXETER   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

TRANSCRIPTION FACTOR;

ANIMAL; ARTICLE; CALORIC RESTRICTION; DNA MICROARRAY; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE EXPRESSION REGULATION; GENETIC DATABASE; GENETIC TRANSCRIPTION; GENETICS; LIPID METABOLISM; MAMMAL; META ANALYSIS; METABOLISM; METHODOLOGY; SIGNAL TRANSDUCTION;

ANIMALS; CALORIC RESTRICTION; DATABASES, GENETIC; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE EXPRESSION REGULATION; LIPID METABOLISM; MAMMALS; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; SIGNAL TRANSDUCTION; TRANSCRIPTION FACTORS; TRANSCRIPTION, GENETIC;

MAMMALIA;

EID: 84858059041     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb05255e     Document Type: Article

References (64)

1. L. Fontana L. Partridge V. D. Longo Science 2010 328 321 326
2. R. J. Colman R. M. Anderson S. C. Johnson E. K. Kastman K. J. Kosmatka T. M. Beasley D. B. Allison C. Cruzen H. A. Simmons J. W. Kemnitz R. Weindruch Science 2009 325 201 204
3. J. Koubova L. Guarente Genes Dev. 2003 17 313 321
4. R. M. Anderson R. Weindruch Trends Endocrinol. Metab. 2010 21 134 141
5. M. Zhu J. Miura L. X. Lu M. Bernier R. DeCabo M. A. Lane G. S. Roth D. K. Ingram Exp. Gerontol. 2004 39 1049 1059
6. M. Zhu G. D. Lee L. Ding J. Hu G. Qiu R. de Cabo M. Bernier D. K. Ingram S. Zou Exp. Gerontol. 2007 42 733 744
7. R. M. Anderson D. Shanmuganayagam R. Weindruch Toxicol. Pathol. 2009 37 47 51
8. N. A. Bishop L. Guarente Nat. Rev. Genet. 2007 8 835 844
9. E.-S. Han M. Hickey J. Nutr. 2005 135 1343 1346
10. J. P. de Magalhães J. Curado G. M. Church Bioinformatics 2009 25 875 881
11. W. R. Swindell BMC Genomics 2009 10 585
12. S.-E. Hong H.-S. Heo D. H. Kim M.-S. Kim C. H. Kim J. Lee M.-A. Yoo B. P. Yu C. Leeuwenburgh H. Y. Chung Age (Dordrecht, Neth.) 2010 32 15 30
13. E. Waddington Lamont V. L. Harbour J. Barry-Shaw L. Renteria Diaz B. Robinson J. Stewart S. Amir Neuroscience 2007 144 402 411
14. M. Girotti M. S. Weinberg R. L. Spencer Am. J. Physiol.: Endocrinol. Metab. 2009 296 E888 E897
15. M. Kranendonk C. C. Marohnic S. P. Panda M. P. Duarte J. S. Oliveira B. S. S. Masters J. Rueff Arch. Biochem. Biophys. 2008 475 93 99
16. H. Saito T. Terada J. Shimakura T. Katsura K.-I. Inui Am. J. Physiol.: Gastrointest. Liver Physiol. 2008 295 G395 G402
17. M. Safran I. Dalah J. Alexander N. Rosen T. Iny Stein M. Shmoish N. Nativ I. Bahir T. Doniger H. Krug A. Sirota-Madi T. Olender Y. Golan G. Stelzer A. Harel D. Lancet Database 2010 2010 baq020
18. R. V. Kondratov A. A. Kondratova V. Y. Gorbacheva O. V. Vykhovanets M. P. Antoch Genes Dev. 2006 20 1868 1873
19. K. Sakamoto Y. Tamamura K. ichi Katsube A. Yamaguchi J. Cell Sci. 2008 121 1613 1623
20. Y. Wang T. Joshi X.-S. Zhang D. Xu L. Chen Bioinformatics 2006 22 2413 2420
21. J. D. Mulligan A. M. Stewart K. W. Saupe Exp. Gerontol. 2008 43 146 153
22. E. Stelmanska J. Korczynska J. Swierczynski Acta Biochim. Pol. 2004 51 805 814
23. A. Ramasamy A. Mondry C. C. Holmes D. G. Altman PLoS Med. 2008 5 e184
24. M. Berggren Söderlund G. Fex P. Nilsson-Ehle J. Intern. Med. 2003 253 375 380
25. E. Nisoli C. Tonello A. Cardile V. Cozzi R. Bracale L. Tedesco S. Falcone A. Valerio O. Cantoni E. Clementi S. Moncada M. O. Carruba Science 2005 310 314 317
26. M. Kanehisa S. Goto M. Furumichi M. Tanabe M. Hirakawa Nucleic Acids Res. 2010 38 D355 D360
27. S. H. Panowski S. Wolff H. Aguilaniu J. Durieux A. Dillin Nature 2007 447 550 555
28. M. S. Bonkowski J. S. Rocha M. M. Masternak K. A. Al Regaiey A. Bartke Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 7901 7905
29. D. J. Clancy D. Gems E. Hafen S. J. Leevers L. Partridge Science 2002 296 319
30. S. J. Lin P. A. Defossez L. Guarente Science 2000 289 2126 2128
31. M. Hansen A.-L. Hsu A. Dillin C. Kenyon PLoS Genet. 2005 1 119 128
32. F. Tang J. W. Watkins M. Bermudez R. Gray A. Gaban K. Portie S. Grace M. Kleve G. Craciun Autophagy 2008 4 874 886
33. J. P. de Magalhães A. Budovsky G. Lehmann J. Costa Y. Li V. Fraifeld G. M. Church Aging Cell 2009 8 65 72
34. A. A. Puca C. Chatgilialoglu C. Ferreri Int. J. Biochem. Cell Biol. 2008 40 324 333
35. C. Martini V. Pallottini E. De Marinis M. Marino G. Cavallini A. Donati S. Straniero A. Trentalance Mech. Ageing Dev. 2008 129 722 727
36. J. Frey Clin. Chem. Lab. Med. 2004 42 9 12
37. P. L. Mote J. M. Grizzle R. L. Walford S. R. Spindler J. Gerontol. 1991 46 B95 B100
38. O. Froy R. Miskin Aging (N. Y.) 2010 2 7 27
39. M. E. Gourley C. J. Kennedy Comp. Biochem. Physiol., Part C: Toxicol. Pharmacol. 2009 150 270 278
40. D. L. Schmucker R. K. Wang D. Snyder H. Strobel U. Marti J. Gerontol. 1991 46 B23 B27
41. O. Froy R. Miskin Prog. Neurobiol. 2007 82 142 150
42. R. Reifen Proc. Nutr. Soc. 2002 61 397 400
43. D. Azzout-Marniche D. Bécard C. Guichard M. Foretz P. Ferré F. Foufelle Biochem. J. 2000 350 Pt 2 389 393
44. T. Sugawara Y. Fujimoto T. Ishibashi Biochim. Biophys. Acta, Mol. Cell Biol. Lipids 2001 1533 277 284
45. J. Fernø S. Skrede A. O. Vik-Mo B. Håvik V. M. Steen BMC Neurosci. 2006 7 69
46. H.-Q. Yin M. Kim J.-H. Kim G. Kong K.-S. Kang H.-L. Kim B.-I. Yoon M.-O. Lee B.-H. Lee Toxicol. Appl. Pharmacol. 2007 223 225 233
47. Y.-yi Lin J.-ying Lu J. Zhang W. Walter W. Dang J. Wan S.-C. Tao J. Qian Y. Zhao J. D. Boeke S. L. Berger H. Zhu Cell 2009 136 1073 1084
48. T. Porstmann C. R. Santos B. Griffiths M. Cully M. Wu S. Leevers J. R. Griffiths Y.-L. Chung A. Schulze Cell Metab. 2008 8 224 236
49. A. K. Walker R. L. Jacobs J. L. Watts V. Rottiers K. Jiang D. M. Finnegan T. Shioda M. Hansen F. Yang L. J. Niebergall D. E. Vance M. Tzoneva A. C. Hart A. M. Näär Cell 2011 147 840 852
50. L. E. Olofsson M. Orho-Melander L. William-Olsson K. Sjöholm L. Sjöström L. Groop B. Carlsson L. M. S. Carlsson B. Olsson J. Clin. Endocrinol. Metab. 2008 93 4880 4886
51. T. Barrett D. B. Troup S. E. Wilhite P. Ledoux D. Rudnev C. Evangelista I. F. Kim A. Soboleva M. Tomashevsky K. A. Marshall K. H. Phillippy P. M. Sherman R. N. Muertter R. Edgar Nucleic Acids Res. 2009 37 D885 D890
52. H. Parkinson M. Kapushesky N. Kolesnikov G. Rustici M. Shojatalab N. Abeygunawardena H. Berube M. Dylag I. Emam A. Farne E. Holloway M. Lukk J. Malone R. Mani E. Pilicheva T. F. Rayner F. Rezwan A. Sharma E. Williams X. Z. Bradley T. Adamusiak M. Brandizi T. Burdett R. Coulson M. Krestyaninova P. Kurnosov E. Maguire S. G. Neogi P. Rocca-Serra S.-A. Sansone N. Sklyar M. Zhao U. Sarkans A. Brazma Nucleic Acids Res. 2009 37 D868 D872
53. F. Pan C.-H. Chiu S. Pulapura M. R. Mehan J. Nunez-Iglesias K. Zhang K. Kamath M. S. Waterman C. E. Finch X. J. Zhou Nucleic Acids Res. 2007 35 D756 D759
54. C. Fu M. Hickey M. Morrison R. McCarter E.-S. Han Mech. Ageing Dev. 2006 127 905 916
55. S. X. Cao J. M. Dhahbi P. L. Mote S. R. Spindler Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 10630 10635
56. J. M. Dhahbi T. Tsuchiya H.-J. Kim P. L. Mote S. R. Spindler J. Gerontol., Ser. A 2006 61 218 231
57. J. C. Corton U. Apte S. P. Anderson P. Limaye L. Yoon J. Latendresse C. Dunn J. I. Everitt K. A. Voss C. Swanson C. Kimbrough J. S. Wong S. S. Gill R. A. S. Chandraratna M.-K. Kwak T. W. Kensler T. M. Stulnig K. R. Steffensen J.-A. Gustafsson H. M. Mehendale J. Biol. Chem. 2004 279 46204 46212
58. T. Kayo D. B. Allison R. Weindruch T. A. Prolla Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 5093 5098
59. T. J. P. Hubbard B. L. Aken S. Ayling B. Ballester K. Beal E. Bragin S. Brent Y. Chen P. Clapham L. Clarke G. Coates S. Fairley S. Fitzgerald J. Fernandez-Banet L. Gordon S. Graf S. Haider M. Hammond R. Holland K. Howe A. Jenkinson N. Johnson A. Kahari D. Keefe S. Keenan R. Kinsella F. Kokocinski E. Kulesha D. Lawson I. Longden K. Megy P. Meidl B. Overduin A. Parker B. Pritchard D. Rios M. Schuster G. Slater D. Smedley W. Spooner G. Spudich S. Trevanion A. Vilella J. Vogel S. White S. Wilder A. Zadissa E. Birney F. Cunningham V. Curwen R. Durbin X. M. Fernandez-Suarez J. Herrero A. Kasprzyk G. Proctor J. Smith S. Searle P. Flicek Nucleic Acids Res. 2009 37 D690 D697
60. E. W. Sayers T. Barrett D. A. Benson E. Bolton S. H. Bryant K. Canese V. Chetvernin D. M. Church M. Dicuccio S. Federhen M. Feolo L. Y. Geer W. Helmberg Y. Kapustin D. Landsman D. J. Lipman Z. Lu T. L. Madden T. Madej D. R. Maglott A. Marchler-Bauer V. Miller I. Mizrachi J. Ostell A. Panchenko K. D. Pruitt G. D. Schuler E. Sequeira S. T. Sherry M. Shumway K. Sirotkin D. Slotta A. Souvorov G. Starchenko T. A. Tatusova L. Wagner Y. Wang W. John Wilbur E. Yaschenko J. Ye Nucleic Acids Res. 2010 38 D5 D16
61. R Development Core Team, R: A language and environment for statistical computing, R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria, 2009
62. G. Dennis B. T. Sherman D. A. Hosack J. Yang W. Gao H. C. Lane R. A. Lempicki GenomeBiology 2003 4 P3
63. A. Kel N. Voss R. Jauregui O. Kel-Margoulis E. Wingender BMC Bioinformatics 2006 7 Suppl 2 S13
64. P. Shannon A. Markiel O. Ozier N. S. Baliga J. T. Wang D. Ramage N. Amin B. Schwikowski T. Ideker Genome Res. 2003 13 2498 2504