Human Protein Reference Database and Human Proteinpedia as resources for phosphoproteome analysis

Molecular BioSystems

Volumn 8, Issue 2, 2012, Pages 453-463

  Goel, Renu ^a,b   Harsha, H C ^a   Pandey, Akhilesh ^c,d,e   Prasad, T S Keshava ^a,f  

^a INSTITUTE OF BIOINFORMATICS   (India)

^b KUVEMPU UNIVERSITY   (India)

^c JOHNS HOPKINS UNIVERSITY   (United States)

^d Department of Biological Chemistry ^*  (United States)

^e JOHNS HOPKINS UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^f PONDICHERRY UNIVERSITY   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84855658379     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1mb05340j     Document Type: Review

References (101)

1. D. Campbell N. Morrice J. Biomol. Tech. 2002 13 119 130
2. T. Hunter Cell 2000 100 113 127
3. B. D. Manning L. C. Cantley Science's STKE 2002 2002 pe49
4. A. Pandey M. Mann Nature 2000 405 837 846
5. T. Pawson Cell 2004 116 191 203
6. S. Braconi Quintaje S. Orchard Mol. Cell. Proteomics 2008 7 1409 1419
7. H. Zhang X. Zha Y. Tan P. V. Hornbeck A. J. Mastrangelo D. R. Alessi R. D. Polakiewicz M. J. Comb J. Biol. Chem. 2002 277 39379 39387
8. G. Manning D. B. Whyte R. Martinez T. Hunter S. Sudarsanam Science 2002 298 1912 1934
9. T. Hunter Curr. Opin. Cell Biol. 2009 21 140 146
10. Y. Shi Sci. China, Ser. C: Life Sci. 2009 52 135 146
11. A. Alonso J. Sasin N. Bottini I. Friedberg I. Friedberg A. Osterman A. Godzik T. Hunter J. Dixon T. Mustelin Cell 2004 117 699 711
12. T. Adayev M. C. Chen-Hwang N. Murakami E. Lee D. C. Bolton Y. W. Hwang Biochemistry 2007 46 7614 7624
13. H. Kentrup W. Becker J. Heukelbach A. Wilmes A. Schurmann C. Huppertz H. Kainulainen H. G. Joost J. Biol. Chem. 1996 271 3488 3495
14. B. L. Williamson J. Marchese N. A. Morrice Mol. Cell. Proteomics 2006 5 337 346
15. H. T. Idriss Cancer Chemother. Pharmacol. 2004 54 101 104
16. K. Mi G. V. Johnson Curr. Alzheimer Res. 2006 3 449 463
17. H. C. Harsha A. Jimeno H. Molina A. B. Mihalas M. G. Goggins R. H. Hruban R. D. Schulick U. Kamath A. Maitra M. Hidalgo A. Pandey J. Proteome Res. 2008 7 4651 4658
18. L. A. Byers J. V. Heymach Clin. Lung Cancer 2007 8 Suppl 2 S79 85
19. H. Ebi S. Tomida T. Takeuchi C. Arima T. Sato T. Mitsudomi Y. Yatabe H. Osada T. Takahashi Cancer Res. 2009 69 4027 4035
20. I. M. Mansuy S. Shenolikar Trends Neurosci. 2006 29 679 686
21. J. Ryder Y. Su B. Ni Cell. Signalling 2004 16 187 200
22. D. T. McLachlin B. T. Chait Curr. Opin. Chem. Biol. 2001 5 591 602
23. B. Macek M. Mann J. V. Olsen Annu. Rev. Pharmacol. 2009 49 199 221
24. R. Aebersold M. Mann Nature 2003 422 198 207
25. P. B. Maguire K. J. Wynne D. F. Harney N. M. O'Donoghue G. Stephens D. J. Fitzgerald Proteomics 2002 2 642 648
26. J. Rush A. Moritz K. A. Lee A. Guo V. L. Goss E. J. Spek H. Zhang X. M. Zha R. D. Polakiewicz M. J. Comb Nat. Biotechnol. 2005 23 94 101
27. H. Zheng P. Hu D. F. Quinn Y. K. Wang Mol. Cell. Proteomics 2005 4 721 730
28. H. Molina D. M. Horn N. Tang S. Mathivanan A. Pandey Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 2199 2204
29. R. Bose H. Molina A. S. Patterson J. K. Bitok B. Periaswamy J. S. Bader A. Pandey P. A. Cole Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 9773 9778
30. H. C. Harsha H. Molina A. Pandey Nat. Protoc. 2008 3 505 516
31. J. V. Olsen B. Blagoev F. Gnad B. Macek C. Kumar P. Mortensen M. Mann Cell 2006 127 635 648
32. N. Nagaraj R. C. D'Souza J. Cox J. V. Olsen M. Mann J. Proteome Res. 9 6786 6794
33. G. Han M. Ye H. Liu C. Song D. Sun Y. Wu X. Jiang R. Chen C. Wang L. Wang H. Zou Electrophoresis 31 1080 1089
34. M. Oyama H. Kozuka-Hata S. Tasaki K. Semba S. Hattori S. Sugano J. Inoue T. Yamamoto Mol. Cell. Proteomics 2009 8 226 231
35. H. Li Z. Ren X. Kang L. Zhang X. Li Y. Wang T. Xue Y. Shen Y. Liu BMC Cancer 2009 9 366
36. D. L. Wheeler T. Barrett D. A. Benson S. H. Bryant K. Canese V. Chetvernin D. M. Church M. Dicuccio R. Edgar S. Federhen M. Feolo L. Y. Geer W. Helmberg Y. Kapustin O. Khovayko D. Landsman D. J. Lipman T. L. Madden D. R. Maglott V. Miller J. Ostell K. D. Pruitt G. D. Schuler M. Shumway E. Sequeira S. T. Sherry K. Sirotkin A. Souvorov G. Starchenko R. L. Tatusov T. A. Tatusova L. Wagner E. Yaschenko Nucleic Acids Res. 2008 36 D13 21
37. S. Orchard H. Hermjakob Briefings Bioinf. 2008 9 166 173
38. J. D. Navarro N. Talreja S. Peri B. M. Vrushabendra B. P. Rashmi N. Padma V. Surendranath C. K. Jonnalagadda P. S. Kousthub N. Deshpande K. Shanker A. Pandey BMC Bioinformatics 2004 5 43
39. H. Al-Hasani B. Eisermann N. Tennagels C. Magg W. Passlack M. Koenen D. Muller-Wieland H. E. Meyer H. W. Klein FEBS Lett. 1997 400 65 70
40. N. Tennagels D. Telting S. Parvaresch J. A. Maassen H. W. Klein Biochem. Biophys. Res. Commun. 2001 282 387 393
41. B. Xiang G. H. Yu J. Guo L. Chen W. Hu G. Pei L. Ma J. Biol. Chem. 2001 276 4709 4716
42. N. T. Redpath N. T. Price K. V. Severinov C. G. Proud Eur. J. Biochem. 1993 213 689 699
43. J. A. Vizcaino R. Cote F. Reisinger H. Barsnes J. M. Foster J. Rameseder H. Hermjakob L. Martens Nucleic Acids Res. 2010 38 D736 742
44. H. Dinkel C. Chica A. Via C. M. Gould L. J. Jensen T. J. Gibson F. Diella Nucleic Acids Res. 2011 39 D261 267
45. A. Zanzoni G. Ausiello A. Via P. F. Gherardini M. Helmer-Citterich Nucleic Acids Res. 2007 35 D229 231
46. A. Zanzoni D. Carbajo F. Diella P. F. Gherardini A. Tramontano M. Helmer-Citterich A. Via Nucleic Acids Res
47. F. Gnad S. Ren J. Cox J. V. Olsen B. Macek M. Oroshi M. Mann GenomeBiology 2007 8 R250
48. D. Ovelleiro M. Carrascal V. Casas J. Abian Proteomics 2009 9 3741 3751
49. J. S. Garavelli Proteomics 2004 4 1527 1533
50. T. Y. Lee J. B. Hsu W. C. Chang T. Y. Wang P. C. Hsu H. D. Huang BMC Res. Notes 2009 2 111
51. H. Li X. Xing G. Ding Q. Li C. Wang L. Xie R. Zeng Y. Li Mol. Cell. Proteomics 2009 8 1839 1849
52. M. L. Miller N. Blom Methods Mol. Biol. 2009 527 299 310
53. F. F. Zhou Y. Xue G. L. Chen X. Yao Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004 325 1443 1448
54. J. C. Obenauer L. C. Cantley M. B. Yaffe Nucleic Acids Res. 2003 31 3635 3641
55. J. H. Kim J. Lee B. Oh K. Kimm I. Koh Bioinformatics 2004 20 3179 3184
56. Y. H. Wong T. Y. Lee H. K. Liang C. M. Huang T. Y. Wang Y. H. Yang C. H. Chu H. D. Huang M. T. Ko J. K. Hwang Nucleic Acids Res. 2007 35 W588 594
57. R. Linding L. J. Jensen G. J. Ostheimer M. A. van Vugt C. Jorgensen I. M. Miron F. Diella K. Colwill L. Taylor K. Elder P. Metalnikov V. Nguyen A. Pasculescu J. Jin J. G. Park L. D. Samson J. R. Woodgett R. B. Russell P. Bork M. B. Yaffe T. Pawson Cell 2007 129 1415 1426
58. R. Linding L. J. Jensen A. Pasculescu M. Olhovsky K. Colwill P. Bork M. B. Yaffe T. Pawson Nucleic Acids Res. 2008 36 D695 699
59. C. M. Gould F. Diella A. Via P. Puntervoll C. Gemund S. Chabanis-Davidson S. Michael A. Sayadi J. C. Bryne C. Chica M. Seiler N. E. Davey N. Haslam R. J. Weatheritt A. Budd T. Hughes J. Pas L. Rychlewski G. Trave R. Aasland M. Helmer-Citterich R. Linding T. J. Gibson Nucleic Acids Res. 38 D167 180
60. T. Li F. Li X. Zhang Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008 70 404 414
61. G. Neuberger G. Schneider F. Eisenhaber Biol. Direct 2007 2 1
62. Y. Xue A. Li L. Wang H. Feng X. Yao BMC Bioinformatics 2006 7 163
63. M. L. Miller L. J. Jensen F. Diella C. Jorgensen M. Tinti L. Li M. Hsiung S. A. Parker J. Bordeaux T. Sicheritz-Ponten M. Olhovsky A. Pasculescu J. Alexander S. Knapp N. Blom P. Bork S. Li G. Cesareni T. Pawson B. E. Turk M. B. Yaffe S. Brunak R. Linding Sci. Signaling 2008 1 ra2
64. D. Schwartz S. P. Gygi Nat. Biotechnol. 2005 23 1391 1398
65. R. Amanchy B. Periaswamy S. Mathivanan R. Reddy S. G. Tattikota A. Pandey Nat. Biotechnol. 2007 25 285 286
66. C. Y. Yang C. H. Chang Y. L. Yu T. C. Lin S. A. Lee C. C. Yen J. M. Yang J. M. Lai Y. R. Hong T. L. Tseng K. M. Chao C. Y. Huang Bioinformatics 2008 24 i14 20
67. T. Y. Lee J. Bo-Kai Hsu W. C. Chang H. D. Huang Nucleic Acids Res
68. T. K. Gandhi S. Chandran S. Peri R. Saravana R. Amanchy T. S. Prasad A. Pandey DNA Res. 2005 12 79 89
69. M. Askenazi S. Li S. Singh J. A. Marto Proteomics 10 1880 1885
70. N. E. Davey D. C. Shields R. J. Edwards Bioinformatics 2009 25 443 450
71. N. Yachie R. Saito J. Sugahara M. Tomita Y. Ishihama Mol. Cell. Proteomics 2009 8 1061 1071
72. L. Cao K. Yu A. R. Salomon Adv. Exp. Med. Biol. 2006 584 277 288
73. R. Amanchy J. Zhong R. Hong J. H. Kim M. Gucek R. N. Cole H. Molina A. Pandey Mol. Oncol. 2009 3 439 450
74. L. Y. Tang N. Deng L. S. Wang J. Dai Z. L. Wang X. S. Jiang S. J. Li L. Li Q. H. Sheng D. Q. Wu L. Li R. Zeng Mol. Cell. Proteomics 2007 6 1952 1967
75. N. Nagaraj R. C. D'Souza J. Cox J. V. Olsen M. Mann J. Proteome Res
76. S. Nie J. Dai Z. B. Ning X. J. Cao Q. H. Sheng R. Zeng J. Proteome Res. 9 4585 4594
77. R. Malik R. Lenobel A. Santamaria A. Ries E. A. Nigg R. Korner J. Proteome Res. 2009 8 4553 4563
78. J. V. Olsen M. Vermeulen A. Santamaria C. Kumar M. L. Miller L. J. Jensen F. Gnad J. Cox T. S. Jensen E. A. Nigg S. Brunak M. Mann Sci. Signaling 3 ra3
79. C. Pan J. V. Olsen H. Daub M. Mann Mol. Cell. Proteomics 2009 8 2796 2808
80. H. Daub J. V. Olsen M. Bairlein F. Gnad F. S. Oppermann R. Korner Z. Greff G. Keri O. Stemmann M. Mann Mol. Cell 2008 31 438 448
81. B. Wang R. Malik E. A. Nigg R. Korner Anal. Chem. 2008 80 9526 9533
82. N. Dephoure C. Zhou J. Villen S. A. Beausoleil C. E. Bakalarski S. J. Elledge S. P. Gygi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 10762 10767
83. S. A. Beausoleil M. Jedrychowski D. Schwartz J. E. Elias J. Villen J. Li M. A. Cohn L. C. Cantley S. P. Gygi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 12130 12135
84. S. A. Beausoleil J. Villen S. A. Gerber J. Rush S. P. Gygi Nat. Biotechnol. 2006 24 1285 1292
85. Y. Kyono N. Sugiyama K. Imami M. Tomita Y. Ishihama J. Proteome Res. 2008 7 4585 4593
86. N. Sugiyama T. Masuda K. Shinoda A. Nakamura M. Tomita Y. Ishihama Mol. Cell. Proteomics 2007 6 1103 1109
87. L. M. Brill W. Xiong K. B. Lee S. B. Ficarro A. Crain Y. Xu A. Terskikh E. Y. Snyder S. Ding Cell Stem Cell 2009 5 204 213
88. C. I. Ruse D. B. McClatchy B. Lu D. Cociorva A. Motoyama S. K. Park J. R. Yates, 3rd J. Proteome Res. 2008 7 2140 2150
89. S. Gauci A. O. Helbig M. Slijper J. Krijgsveld A. J. Heck S. Mohammed Anal. Chem. 2009 81 4493 4501
90. D. Van Hoof J. Munoz S. R. Braam M. W. Pinkse R. Linding A. J. Heck C. L. Mummery J. Krijgsveld Cell Stem Cell 2009 5 214 226
91. T. C. Ho S. L. Chen S. C. Shih J. Y. Wu W. H. Han H. C. Cheng S. L. Yang Y. P. Tsao Am. J. Pathol. 2010 177 1798 1811
92. R. Raijmakers K. Kraiczek A. P. de Jong S. Mohammed A. J. Heck Anal. Chem. 82 824 832
93. D. E. McNulty R. S. Annan Mol. Cell. Proteomics 2008 7 971 980
94. L. R. Yu Z. Zhu K. C. Chan H. J. Issaq D. S. Dimitrov T. D. Veenstra J. Proteome Res. 2007 6 4150 4162
95. S. Sui J. Wang B. Yang L. Song J. Zhang M. Chen J. Liu Z. Lu Y. Cai S. Chen W. Bi Y. Zhu F. He X. Qian Proteomics 2008 8 2024 2034
96. C. F. Tsai Y. T. Wang Y. R. Chen C. Y. Lai P. Y. Lin K. T. Pan J. Y. Chen K. H. Khoo Y. J. Chen J. Proteome Res. 2008 7 4058 4069
97. Q. R. Li Z. B. Ning J. S. Tang S. Nie R. Zeng J. Proteome Res. 2009 8 5375 5381
98. T. B. Schreiber N. Mausbacher G. Keri J. Cox H. Daub Mol. Cell. Proteomics 9 1047 1062
99. G. R. Yan C. L. Xiao X. F. Yin H. H. Zhou Z. L. Tan Q. Y. He J. Proteome Res. 2009 10.1021/pr900385t
100. K. Xiao J. Sun J. Kim S. Rajagopal B. Zhai J. Villén W. Haas J. J. Kovacs A. K. Shukla M. R. Hara M. Hernandez A. Lachmann S. Zhao Y. Lin Y. Cheng K. Mizuno A. Ma'ayan S. P. Gygi R. J. Lefkowitz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 15299 15304
101. A. Santamaria B. Wang S. Elowe R. Malik F. Zhang M. Bauer A. Schmidt H. H. Silljé R. Körner E. A. Nigg Mol. Cell. Proteomics 2011 10 M110.004457