Evaluation of the low-specificity protease elastase for large-scale phosphoproteome analysis

Analytical Chemistry

Volumn 80, Issue 24, 2008, Pages 9526-9533

  Wang, Bin ^a   Malik, Rainer ^a   Nigg, Erich A ^a   Körner, Roman ^a  

^a MAX PLANCK INSTITUTE OF BIOCHEMISTRY   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CLEAVAGE PREFERENCES; CULTURED HUMAN CELLS; DATABASE SEARCHES; ELASTASE; MASS ACCURACIES; MITOTIC SPINDLES; PHOSPHORYLATION SITES; PROTEIN SEQUENCES;

ANIMAL CELL CULTURE; CHEMICAL REACTIONS; DATABASE SYSTEMS; INFORMATION RETRIEVAL; MASS SPECTROMETRY; SEARCH ENGINES;

PHOSPHORYLATION;

ANIMALS; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; HELA CELLS; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; MITOTIC SPINDLE APPARATUS; PANCREATIC ELASTASE; PHOSPHORYLATION; PROTEOME; SWINE; TRYPSIN;

EID: 58149119846     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac801708p     Document Type: Article

References (53)

1. Proteome Research: New Frontiers in Functional Genomics; Wilkins, M. R., Williams, K. L., Appel, R. D., Hochstrasser, D. F. , Eds.; Springer: Berlin, 1997.
2. Williams, K. L. Electrophoresis 1999, 20, 678-688.
3. Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198-207.
4. Cravatt, B. F.; Simon, G. M.; Yates, J. R. Nature 2007, 450, 991-1000.
5. Peng, J.; Gygi, S. P. J. Mass Spectrom. 2001, 36, 1083-1091.
6. McLachlin, D. T.; Chait, B. T. Curr. Opin. Chem. Biol. 2001, 5, 591-602.
7. Mann, M.; Ong, S. E.; Gronborg, M.; Steen, H.; Jensen, O. N.; Pandey, A. Trends Biotechnol. 2002, 20, 261-268.
8. Mann, M.; Jensen, O. N. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 255-261.
9. Hunter, T. Cell 1995, 80, 225-236.
10. Hunter, T. Cell 2000, 100, 113-127.
11. Cohen, P. Eur. J. Biochem. 2001, 268, 5001-5010.
12. Larsen, M. R.; Thingholm, T. E.; Jensen, O. N.; Roepstorff, P.; Jorgensen, T. J. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 873-886.
13. Pinkse, M. W.; Uitto, P. M.; Hilhorst, M. J.; Ooms, B.; Heck, A. J. Anal. Chem. 2004, 76, 3935-3943.
14. Ficarro, S. B.; McCleland, M. L.; Stukenberg, P. T.; Burke, D. J.; Ross, M. M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; White, F. M. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 301-305.
15. Posewitz, M. C.; Tempst, P. Anal. Chem. 1999, 71, 2883-2892.
16. Bodenmiller, B.; Mueller, L. N.; Mueller, M.; Domon, B.; Aebersold, R. Nat. Methods 2007, 4, 231-237.
17. Yates, J. R., 3rd.; Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Schieltz, D. Anal. Chem. 1995, 67, 1426-1436.
18. Perkins, D. N.; Pappin, D. J.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567.
19. Mortz, E.; O'Connor, P. B.; Roepstorff, P.; Kelleher, N. L.; Wood, T. D.; McLafferty, F. W.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8264-8267.
20. Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2004, 76, 197A-203A.
21. Olsen, J. V.; Ong, S. E.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 608-614.
22. Mallick, P.; Schirle, M.; Chen, S. S.; Flory, M. R.; Lee, H.; Martin, D.; Ranish, J.; Raught, B.; Schmitt, R.; Werner, T.; Kuster, B.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2007, 25, 125-131.
23. Choudhary, G.; Wu, S. L.; Shieh, P.; Hancock, W. S. J. Proteome Res. 2003, 2, 59-67.
24. Schlosser, A.; Vanselow, J. T.; Kramer, A. Anal. Chem. 2005, 77, 5243-5250.
25. Molina, H.; Horn, D. M.; Tang, N.; Mathivanan, S.; Pandey, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 2199-2204.
26. Schlosser, A.; Pipkorn, R.; Bossemeyer, D.; Lehmann, W. D. Anal. Chem. 2001, 73, 170-176.
27. Schlosser, A.; Bodem, J.; Bossemeyer, D.; Grummt, I.; Lehmann, W. D. Proteomics 2002, 2, 911-918.
28. Getie, M.; Schmelzer, C. E.; Neubert, R. H. Proteins 2005, 61, 649-657.
29. Kapp, E. A.; Schutz, F.; Connolly, L. M.; Chakel, J. A.; Meza, J. E.; Miller, C. A.; Fenyo, D.; Eng, J. K.; Adkins, J. N.; Omenn, G. S.; Simpson, R. J. Proteomics 2005, 5, 3475-3490.
30. Scigelova, M.; Makarov, A. Proteomics 2006, 6, 16-21.
31. Olsen, J. V.; de Godoy, L. M.; Li, G.; Macek, B.; Mortensen, P.; Pesch, R.; Makarov, A.; Lange, O.; Horning, S.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 2010-2021.
32. Nousiainen, M.; Sillje, H. H.; Sauer, G.; Nigg, E. A.; Korner, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 5391-5396.
33. Wittmann, T.; Hyman, A.; Desai, A. Nat. Cell Biol. 2001, 3, E28-34.
34. Gadde, S.; Heald, R. Curr. Biol. 2004, 14, R797-805.
35. Downing, K. H.; Nogales, E. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 785-791.
36. Nogales, E. Annu. Rev. Biochem. 2000, 69, 277-302.
37. Sauer, G.; Korner, R.; Hanisch, A.; Ries, A.; Nigg, E. A.; Sillje, H. H. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 35-43.
38. Trinkle-Mulcahy, L.; Lamond, A. I. Curr. Opin. Cell Biol. 2006, 18, 623-631.
39. Nigg, E. A. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2001, 2, 21-32.
40. Sillje, H. H.; Nigg, E. A. Methods 2006, 38, 25-28.
41. Shevchenko, A.; Wilm, M.; Vorm, O.; Mann, M. Anal. Chem. 1996, 68, 850-858.
42. Jensen, S. S.; Larsen, M. R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007, 21, 3635-3645.
43. Rappsilber, J.; Ishihama, Y.; Mann, M. Anal. Chem. 2003, 75, 663-670.
44. Graumann, J.; Hubner, N. C.; Kim, J. B.; Ko, K.; Moser, M.; Kumar, C.; Cox, J.; Scholer, H.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 672-683.
45. Elias, J. E.; Gygi, S. P. Nat. Methods 2007, 4, 207-214.
46. Choi, H.; Nesvizhskii, A. I. J. Proteome Res. 2008, 7, 47-50.
47. Mecham, R. P.; Broekelmann, T. J.; Fliszar, C. J.; Shapiro, S. D.; Welgus, H. G.; Senior, R. M. J. Biol. Chem. 1997, 272, 18071-18076.
48. Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2002 74, 5383-5392.
49. Barbara G. Tabachnick, L. S. F. Discriminant function analysis. using multivariate statistics, 4 ed.; Allyn & Bacon: Boston, 2001.
50. Olsen, J. V.; Blagoev, B.; Gnad, F.; Macek, B.; Kumar, C.; Mortensen, P.; Mann, M. Cell 2006, 127, 635-648.
51. Resing, K. A.; Meyer-Arendt, K.; Mendoza, A. M.; Aveline-Wolf, L. D.; Jonscher, K. R.; Pierce, K. G.; Old, W. M.; Cheung, H. T.; Russell, S.; Wattawa, J. L.; Goehle, G. R.; Knight, R. D.; Ahn, N. G. Anal. Chem. 2004, 76, 3556-3568.
52. Jensen, O. N.; Podtelejnikov, A. V.; Mann, M. Anal. Chem. 1997, 69, 4741-4750.
53. Garza, S.; Moini, M. Anal. Chem. 2006, 78, 7309-7316.