Lys-N and trypsin cover complementary parts of the phosphoproteome in a refined SCX-based approach

Analytical Chemistry

Volumn 81, Issue 11, 2009, Pages 4493-4501

  Gauci, Sharon ^a   Helbig, Andreas O ^a   Slijper, Monique ^a   Krijgsveld, Jeroen ^a   Heck, Albert J R ^a   Mohammed, Shabaz ^a  

^a UTRECHT UNIVERSITY   (Netherlands)

^b Netherlands Proteomics Center   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANALYTICAL CHALLENGE; DATA SETS; FALSE DISCOVERY RATE; GLOBAL ANALYSIS; MULTI-PROTEASE APPROACH; PHOSPHOPEPTIDE; PHOSPHOPEPTIDES; PROTEIN PHOSPHORYLATION; PROTEOME; STRONG CATION EXCHANGES;

AMINES; ENZYME ACTIVITY; PROTEINS; REFINING;

PHOSPHORYLATION;

LYSINE; PROTEOME; TRYPSIN;

ARTICLE; CATION EXCHANGE; PEPTIDE ANALYSIS; PH; PROTEIN PHOSPHORYLATION;

AMINO ACID MOTIFS; CELL LINE; CHROMATOGRAPHY, ION EXCHANGE; HUMANS; METALLOENDOPEPTIDASES; PHOSPHOPEPTIDES; PROTEOME; TRYPSIN;

EID: 66349106471     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac9004309     Document Type: Article

References (52)

1. Cohen, P. Nat. Rev. Drug Discovery 2002, 1, 309-315.
2. Hunter, T. Cell 1995, 80, 225-236.
3. Linding, R.; Jensen, L. J.; Ostheimer, G. J.; van Vugt, M.; Jorgensen, C.; Miron, I. M.; Diella, F.; Colwill, K.; Taylor, L.; Elder, K.; Metalnikov, P.; Nguyen, V.; Pasculescu, A.; Jin, J.; Park, J. G.; Samson, L. D.; Woodgett, J. R.; Russell, R. B.; Bork, P.; Yaffe, M. B.; Pawson, T. Cell 2007, 129, 1415-1426.
4. Manning, G.; Whyte, D. B.; Martinez, R.; Hunter, T.; Sudarsanam, S. Science 2002, 298, 1912-1934.
5. Steen, H.; Jebanathirajah, J. A.; Rush, J.; Morrice, N.; Kirschner, M. W. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 172-181.
6. Carr, S. A.; Huddleston, M. J.; Annan, R. S. Anal. Biochem. 1996, 239, 180-192.
7. Steen, H.; Kuster, B.; Mann, M. J. Mass Spectrom. 2001, 36, 782-790.
8. Covey, T.; Shushan, B.; Bonner, R.; Shroder, W.; Hucho, F.; Jornvall, H.; Hoog, J.-O.; Gustavsson, A.-M. Methods Protein Sequence Anal. 1991, 249-256.
9. Unwin, R. D.; Griffiths, J. R.; Leverentz, M. K.; Grallert, A.; Hagan, I. M.; Whetton, A. D. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1134-1144.
10. Gruhler, A.; Olsen, J. V.; Mohammed, S.; Mortensen, P.; Faergeman, N. J.; Mann, M.; Jensen, O. N. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 310-327.
11. Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Schwartz, J. C.; Hunt, D. F.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2004, 76, 3590-3598.
12. Chi, A.; Huttenhower, C.; Geer, L. Y.; Coon, J. J.; Syka, J. E. P.; Bai, D. L.; Shabanowitz, J.; Burke, D. J.; Troyanskaya, O. G.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 2193-2198.
13. Molina, H.; Horn, D. M.; Tang, N.; Mathivanan, S.; Pandey, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 2199-2204.
14. Taouatas, N.; Altelaar, A. F.; Drugan, M. M.; Helbig, A. O.; Mohammed, S.; Heck, A. J. Mol. Cell. Proteomics 2008, 1, 190-200.
15. Beausoleil, S. A.; Jedrychowski, M.; Schwartz, D.; Elias, J. E.; Villen, J.; Li, J. X.; Cohn, M. A.; Cantley, L. C.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 12130-12135.
16. Nuhse, T. S.; Stensballe, A.; Jensen, O. N.; Peck, S. C. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2, 1234-1243.
17. Dai, J.; Jin, W. H.; Sheng, Q. H.; Shieh, C. H.; Wu, J. R.; Zeng, R. J. Proteome Res. 2007, 6, 250-262.
18. McNulty, D. E.; Annan, R. S. In 55th ASMS Conference on Mass Spectrometry, Indianapolis, IN, 2007.
19. Hung, C. W.; Kubler, D.; Lehmann, W. D. Electrophoresis 2007, 28, 2044-2052.
20. Pandey, A.; Podtelejnikov, A. V.; Blagoev, B.; Bustelo, X. R.; Mann, M.; Lodish, H. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 179-184.
21. Gronborg, M.; Kristiansen, T. Z.; Stensballe, A.; Andersen, J. S.; Ohara, O.; Mann, M.; Jensen, O. N.; Pandey, A. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 517-527.
22. Zheng, H. Y.; Hu, P.; Quinn, D. F.; Wang, Y. K. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 721-730.
23. Rikova, K.; Guo, A.; Zeng, Q.; Possemato, A.; Yu, J.; Haack, H.; Nardone, J.; Lee, K.; Reeves, C.; Li, Y.; Hu, Y.; Tan, Z.; Stokes, M.; Sullivan, L.; Mitchell, J.; Wetzel, R.; Macneill, J.; Ren, J. M.; Yuan, J.; Bakalarski, C. E.; Villen, J.; Kornhauser, J. M.; Smith, B.; Li, D.; Zhou, X.; Gygi, S. P.; Gu, T. L.; Polakiewicz, R. D.; Rush, J.; Comb, M. J. Cell 2007, 131, 1190-1203.
24. Luo, W.; Slebos, R. J.; Hill, S.; Li, M.; Brabek, J.; Amanchy, R.; Chaerkady, R.; Pandey, A.; Ham, A. J.; Hanks, S. K. J. Proteome Res. 2008, 7, 3447-3460.
25. Posewitz, M. C.; Tempst, P. Anal. Chem. 1999, 71, 2883-2892.
26. Stensballe, A.; Andersen, S.; Jensen, O. N. Proteomics 2001, 1, 207-222.
27. Ficarro, S. B.; McCleland, M. L.; Stukenberg, P. T.; Burke, D. J.; Ross, M. M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; White, F. M. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 301-305.
28. Pinkse, M. W.; Mohammed, S.; Gouw, J. W.; van Breukelen, B.; Vos, H. R.; Heck, A. J. J. Proteome Res. 2008, 7, 687-697.
29. Pinkse, M. W. H.; Uitto, P. M.; Hilhorst, M. J.; Ooms, B.; Heck, A. J. R. Anal. Chem. 2004, 76, 3935-3943.
30. Sugiyama, N.; Masuda, T.; Shinoda, K.; Nakamura, A.; Tomita, M.; Ishihama, Y. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1103-1109.
31. Larsen, M. R.; Thingholm, T. E.; Jensen, O. N.; Roepstorff, P.; Jorgensen, T. J. D. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 873-886.
32. Kweon, H. K.; Hakansson, K. Anal. Chem. 2006, 78, 1743-1749.
33. Chen, C. T.; Chen, W. Y.; Tsai, P. J.; Chien, K. Y.; Yu, J. S.; Chen, Y. C. J. Proteome Res. 2007, 6, 316-325.
34. Mohammed, S.; Kraiczek, K.; Pinkse, M. W.; Lemeer, S.; Benschop, J. J.; Heck, A. J. J. Proteome Res. 2008, 7, 1565-1571.
35. Zhang, X.; Ye, J.; Jensen, O. N.; Roepstorff, P. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 2032-2042.
36. Ruse, C. I.; McClatchy, D. B.; Lu, B.; Cociorva, D.; Motoyama, A.; Park, S. K.; Yates, J. R., 3rd. J. Proteome Res. 2008, 7, 2140-2150.
37. Dephoure, N.; Zhou, C.; Villen, J.; Beausoleil, S. A.; Bakalarski, C. E.; Elledge, S. J.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 10762-10767.
38. Benschop, J. J.; Mohammed, S.; O'Flaherty, M.; Heck, A. J.; Slijper, M.; Menke, F. L. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1198-1214.
39. Lemeer, S.; Pinkse, M. W.; Mohammed, S.; van Breukelen, B.; den Hertog, J.; Slijper, M.; Heck, A. J. J. Proteome Res. 2008, 7, 1555-1564.
40. Lemeer, S.; Jopling, C.; Gouw, J. W.; Mohammed, S.; Heck, A. J.; Slijper, M.; den Hertog, J. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 2176-2187.
41. Olsen, J. V.; Blagoev, B.; Gnad, F.; Macek, B.; Kumar, C.; Mortensen, P.; Mann, M. Cell 2006, 127, 635-648.
42. Bodenmiller, B.; Mueller, L. N.; Mueller, M.; Domon, B.; Aebersold, R. Nat. Methods 2007, 4, 231-237.
43. Mohammed, S.; Lorenzen, K.; Kerkhoven, R.; van Breukelen, B.; Vannini, A.; Cramer, P.; Heck, A. J. Anal. Chem. 2008, 80, 3584-3592.
44. Villen, J.; Beausoleil, S. A.; Gerber, S. A.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 1488-1493.
45. Dormeyer, W.; Mohammed, S.; Breukelen, B.; Krijgsveld, J.; Heck, A. J. J. Proteome Res. 2007, 6, 4634-4645.
46. Taouatas, N.; Drugan, M. M.; Heck, A. J.; Mohammed, S. Nat. Methods 2008, 5, 405-407.
47. Boersema, P. J.; Taouatas, N.; Altelaar, A. F.; Gouw, J. W.; Ross, P. L.; Pappin, D. J.; Heck, A. J.; Mohammed, S. Mol. Cell. Proteomics 2008, 8, 650-660.
48. Olsen, J. V.; Blagoev, B.; Gnad, F.; Macek, B.; Kumar, C.; Mortensen, P.; Mann, M. Cell 2006, 127, 635-648.
49. Liu, H.; Sadygov, R. G.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2004, 76, 4193-4201.
50. Raijmakers, R.; Berkers, C. R.; de Jong, A.; Ovaa, H.; Heck, A. J.; Mohammed, S. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 1755-1762.
51. Van Hoof, D.; Pinkse, M. W.; Oostwaard, D. W.; Mummery, C. L.; Heck, A. J.; Krijgsveld, J. Nat. Methods 2007, 4, 677-678.
52. Schwartz, D.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 1391-1398.