Atomistic simulations reveal structural disorder in the RAP74-FCP1 complex

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 46, 2011, Pages 13731-13739

  Wostenberg, Christopher ^a   Kumar, Sushant ^a   Noid, William G ^a   Showalter, Scott A ^a  

^a PENNSYLVANIA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOCHEMISTRY; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; RNA;

AMPHIPATHIC; ATOMISTIC SIMULATIONS; BINDING TRANSITION; CONFORMATIONAL ENTROPY; DEPHOSPHORYLATIONS; DISORDERED PROTEINS; HYDROPHOBIC CONTACT; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PROTEIN BINDING; RESIDUAL STRUCTURE; RNA POLYMERASE II; STRUCTURAL DISORDERS;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 81555228450     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp208008m     Document Type: Article

References (65)

1. Uversky, V. N.; Dunker, A. K. Biochim. Biophys. Acta 2010, 1804, 1231
2. Tompa, P. Curr. Opin. Struct. Biol. 2011, 21, 419
3. Uversky, V. N. Protein Sci. 2002, 11, 739
4. Dyson, H. J.; Wright, P. E. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2005, 6, 197
5. Gunasekaran, K.; Tsai, C. J.; Nussinov, R. J. Mol. Biol. 2004, 341, 1327
6. Mészáros, B.; Tompa, P.; Simon, I.; Dosztányi, Z. J. Mol. Biol. 2007, 372, 549
7. Mészáros, B.; Simon, I.; Dosztányi, Z. Phys. Biol. 2011, 8, 035003
8. Gunasekaran, K.; Tsai, C. J.; Kumar, S.; Zanuy, D.; Nussinov, R. Trends Biochem. Sci. 2003, 28, 81
9. Csermely, P.; Palotai, R.; Nussinov, R. Trends Biochem. Sci. 2010, 35, 539
10. Tompa, P.; Fuxreiter, M. Trends Biochem. Sci. 2008, 33, 2
11. Mittag, T.; Forman-Kay, J. D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 3
12. Mittag, T.; Orlicky, S.; Choy, W. Y.; Tang, X.; Lin, H.; Sicheri, F.; Kay, L. E.; Tyers, M.; Forman-Kay, J. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 17772
13. Mittag, T.; Marsh, J.; Grishaev, A.; Orlicky, S.; Lin, H.; Sicheri, F.; Tyers, M.; Forman-Kay, J. D. Structure 2010, 18, 494
14. Shoemaker, B. A.; Portman, J. J.; Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 8868
15. Levy, Y.; Onuchic, J. N.; Wolynes, P. G. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 738
16. Huang, Y.; Liu, Z. J. Mol. Biol. 2009, 393, 1143
17. Chen, J. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 2088
18. Ganguly, D.; Chen, J. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 5214
19. Chen, H. F. PLoS One 2009, 4, e6516
20. Higo, J.; Nishimura, Y.; Nakamura, H. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 10448
21. Liu, J.; Faeder, J. R.; Camacho, C. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 19819
22. Ward, J. J.; Sodhi, J. S.; McGuffin, L. J.; Buxton, B. F.; Jones, D. T. J. Mol. Biol. 2004, 337, 635
23. Liu, J.; Perumal, N. B.; Oldfield, C. J.; Su, E. W.; Uversky, V. N.; Dunker, A. K. Biochemistry 2006, 45, 6873
24. Ferreira, M. E.; Hermann, S.; Prochasson, P.; Workman, J. L.; Berndt, K. D.; Wright, A. P. J. Biol. Chem. 2005, 280, 21779
25. Tsai, C. J.; Nussinov, R. Biochem. J. 2011, 439, 15
26. Fuxreiter, M.; Tompa, P.; Simon, I.; Uversky, V. N.; Hansen, J. C.; Asturias, F. J. Nat. Chem. Biol. 2008, 4, 728
27. Meinhart, A.; Kamenski, T.; Hoeppner, S.; Baumli, S.; Cramer, P. Genes Dev. 2005, 19, 1401
28. Archambault, J.; Chambers, R. S.; Kobor, M. S.; Ho, Y.; Cartier, M.; Bolotin, D.; Andrews, B.; Kane, C. M.; Greenblatt, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 14300
29. Cho, H.; Kim, T. K.; Mancebo, H.; Lane, W. S.; Flores, O.; Reinberg, D. Genes Dev. 1999, 13, 1540
30. Archambault, J.; Pan, G. H.; Dahmus, G. K.; Cartier, M.; Marshall, N.; Zhang, S.; Dahmus, M. E.; Greenblatt, J. J. Biol. Chem. 1998, 273, 27593
31. Licciardo, P.; Ruggiero, L.; Lania, L.; Majello, B. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 3539
32. Nguyen, B. D.; Abbott, K. L.; Potempa, K.; Kobort, M. S.; Archambault, J.; Greenblatt, J.; Legault, P.; Omichinski, J. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 5688
33. Showalter, S. A. Biomol. NMR Assign. 2009, 3, 179
34. Lawrence, C. W.; Bonny, A.; Showalter, S. A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2011, 410, 461
35. Kamada, K.; Roeder, R. G.; Burley, S. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 2296
36. Gajiwala, K. S.; Burley, S. K. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 110
37. Groft, C. M.; Uljon, S. N.; Wang, R.; Werner, M. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 9117
38. Zheng, N.; Fraenkel, E.; Pabo, C. O.; Pavletich, N. P. Genes Dev. 1999, 13, 666
39. Zheng, N.; Schulman, B. A.; Song, L.; Miller, J. J.; Jeffrey, P. D.; Wang, P.; Chu, C.; Koepp, D. M.; Elledge, S. J.; Pagano, M.; Conaway, R. C.; Conaway, J. W.; Harper, J. W.; Pavletich, N. P. Nature 2002, 416, 703
40. Finnin, M. S.; Cicero, M. P.; Davies, C.; Porter, S. J.; White, S. W.; Kreuzer, K. N. EMBO J. 1997, 16, 1992
41. Kussie, P. H.; Gorina, S.; Marechal, V.; Moreau, J.; Levine, A. J.; Pavletich, N. P. Science 1996, 274, 948
42. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668
43. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins 2006, 65, 712
44. Hornak, V.; Okur, A.; Rizzo, R. C.; Simmerling, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 915
45. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; D., M. J.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
46. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089
47. Showalter, S. A.; Bruschweiler, R. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 961
48. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684
49. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graph. 1996, 14, 33
50. Pettersen, E. F.; Goddard, T. D.; Huang, C. C.; Couch, G. S.; Greenblatt, D. M.; Meng, E. C.; Ferrin, T. E. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1605
51. Pettersen, E. F.; G., T. D.; Huang, C. C.; Couch, G. S.; Greenblatt, D. M.; Meng, E. C.; Ferrin, T. E. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1605
52. Wostenberg, C.; Quarles, K. A.; Showalter, S. A. Biochemistry 2010, 49, 10728
53. Kobor, M. S.; Simon, L. D.; Omichinski, J.; Zhong, G.; Archambault, J.; Greenblatt, J. Mol. Cell. Biochem. 2000, 20, 7438
54. Sheridan, R. P.; Levy, R. M.; Salemme, F. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 4545
55. Kamada, K.; De Angelis, J.; Roeder, R. G.; Burley, S. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 3115
56. Chambers, R. S.; Wang, B. Q.; Burton, Z. F.; Dahmus, M. E. J. Biol. Chem. 1995, 270, 14962
57. Yang, A.; Abbott, K. L.; Desjardins, A.; Di Lello, P.; Omichinski, J. G.; Legault, P. Biochemistry 2009, 48, 1964
58. Eichner, J.; Chen, H. T.; Warfield, L.; Hahn, S. EMBO J. 2010, 29, 706
59. Abbott, K. L.; Renfrow, M. B.; Chalmers, M. J.; Nguyen, B. D.; Marshall, A. G.; Legault, P.; Omichinski, J. G. Biochemistry 2005, 44, 2732
60. Zhuravleva, A.; Korzhnev, D. M.; Nolde, S. B.; Kay, L. E.; Arseniev, A. S.; Billeter, M.; Orekhov, V. Y. J. Mol. Biol. 2007, 367, 1079
61. Sapienza, P. J.; Mauldin, R. V.; Lee, A. L. J. Mol. Biol. 2011, 405, 378
62. Fuxreiter, M.; Simon, I.; Friedrich, P.; Tompa, P. J. Mol. Biol. 2004, 338, 1015
63. Chi, S. W.; Kim, D. H.; Lee, S. H.; Chang, I.; Han, K. H. Protein Sci. 2007, 16, 2108
64. Lowry, D. F.; Stancik, A.; Shrestha, R. M.; Daughdrill, G. W. Proteins 2008, 71, 587
65. Espinoza-Fonseca, L. M. FEBS Lett. 2009, 583, 556