Amyloid β peptides aggregation in a mixed membrane bilayer: A molecular dynamics study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 42, 2011, Pages 12247-12256

  Zhao, Li Na ^a   Chiu, See Wing ^b   Benoit, Jérôme ^a   Chew, Lock Yue ^a   Mu, Yuguang ^c  

^a NANYANG TECHNOLOGICAL UNIVERSITY   (Singapore)

^b UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

^c NANYANG TECHNOLOGICAL UNIVERSITY   (Singapore)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ASSOCIATION REACTIONS; CHOLESTEROL; GLYCOPROTEINS; LIPID BILAYERS; MOLECULAR DYNAMICS; OLIGOMERIZATION; OLIGOMERS;

ALZHEIMER'S DISEASE; AMYLOID PEPTIDES; BI-LAYER; DIPALMITOYL PHOSPHATIDYLCHOLINE; HYDROPHOBIC TAILS; INTERFACE REGIONS; MIXED MEMBRANES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PEPTIDE CHAIN; SHORT SEGMENTS; STRUCTURAL TRANSITIONS; THEORETICAL STUDY; UNDERLYING MECHANISM;

PEPTIDES;

EID: 80054887334     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp2065985     Document Type: Article

References (58)

1. Evin, G.; Weidemann, A. Peptides 2002, 23, 1285-97
2. Hardy, J.; Selkoe, D. J. Science 2002, 297, 353-6
3. Kirkitadze, M. D.; Bitan, G.; Teplow., D. B. J. Neurosci. Res. 2002, 69, 567-577
4. Bucciantini, M.; Giannoni, E.; Chiti, F.; Baroni, F.; Formigli, L.; Zurdo, J.; Taddei, N.; Ramponi, G.; Dobson, C. M.; Stefani, M. Nature 2002, 416, 507-511
5. Walsh, D. M.; Klyubin, I.; Fadeeva, J. V.; Cullen, W. K.; Anwyl, R.; Wolfe, M. S.; Rowan, M. J.; Selkoe, D. J. Nature 2002, 416, 535-539
6. Resende, R.; Ferreiro, E.; Pereira, C.; de Oliveira, C. R. Neuroscience 2008, 155, 725-737
7. Haass, C.; Selkoe, D. J. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007, 8, 101-112
8. Kagan, B. L. Science 2005, 307, 42-43
9. Wang, Q.; Walsh, D. M.; Rowan, M. J.; Selkoe, D. J.; Anwyl, R. J. Neurosci. 2004, 24, 3370-8
10. Jang, H.; Zheng, J.; Lal, R.; Nussinov, R. Trends Biochem. Sci. 2008, 33, 91-100
11. Jang, H.; Arce, F. T.; Ramachandran, S.; Capone, R.; Lal, R.; Nussinov, R. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 9445-9451
12. Jang, H.; Arce, F. T.; Ramachandran, S.; Capone, R.; Azimova, R.; Kagan, B. L.; Nussinov, R.; Lal, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 6538-6543
13. Jang, H.; Arce, F. T.; Ramachandran, S.; Capone, R.; Lal, R.; low asterisk; Nussinov, R. J. Mol. Biol. 2010, 404, 917-934
14. Shafrir, Y.; Durell, S.; Arispe, N.; Guy., H. R. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2010, 78, 3473-3487
15. Sepulveda, F. J.; Parodi, J.; Peoples, R. W.; Opazo, C.; Aguayo., L. G. PLoS One. 2010, 5, e11820
16. Strodel, B.; Lee, J. W. L.; Whittleston, C. S.; Wales., D. J. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 13300-13312
17. Xu, Y.; Shen, J.; Luo, X.; Zhu, W.; Chen, K.; Ma, J.; Jiang, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 5403-5407
18. Lemkul, J. A.; Bevan, D. R. Arch. Biochem. Biophys. 2008, 470, 54-63
19. Chang, Z.; Luo, Y.; Zhang, Y.; Wei, G. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 1165-1174
20. Jang, S.; Shin, S. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 1955-1958
21. Urbanc, B.; Cruz, L.; Ding, F.; Sammond, D.; Khare, S.; Buldyrev, S. V.; Stanley, H. E.; Dokholyan., N. V. Biophys. J. 2004, 87, 2310-2321
22. Melquiond, A.; Dong, X.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. Curr. Alzheimer Res. 2008, 5, 244-250
23. Bellesia, G.; Shea, J.-E. J. Chem. Phys. 2009, 131, 111102
24. Urbanc, B.; Betnel, M.; Cruz, L.; Bitan, G.; Teplow, D. B. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 4266-4280
25. Mitternacht, S.; Staneva, I.; Hard, T.; Irback., A. J. Mol. Biol. 2011, 410, 357-367
26. Davis, C. H.; Berkowitz., M. L. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 14480-14486
27. Nikolic, A.; Baud, S.; Rauscher, S.; Pomes, R. Proteins: Struct, Funct, Bioinf. 2011, 79, 1-22
28. Wang, Q.; Zhao, C.; Zhao, J.; Wang, J.; Yang, J.-C.; Yu, X.; Zheng, J. Langmuir 2010, 26, 3308-3316
29. Kumar, A.; Bullard, R. L.; Patel, P.; Paslay, L. C.; Singh, D.; Bienkiewicz, E. A.; Morgan, S. E.; Rangachari, V. PLoS One 2011, 6, e18759
30. Ashley, R. H.; Harroun, T. A.; Hauss, T.; Breen, K. C.; Bradshaw, J. P. BMC Struct. Biol. 2006, 6, 21
31. Kakio, A.; Yano, Y.; Takai, D.; Kuroda, Y.; Matsumoto, O.; Kozutsumi, Y.; Matsuzaki, K. J. Pept. Sci. 2004, 10, 612-21
32. Leoni, V.; Solomon, A.; Kivipelto, M. Biochem. Soc. Trans. 2010, 38, 1021-5
33. Soscia, S. J.; Kirby, J. E.; Washicosky, K. J.; Tucker, S. M.; Ingelsson, M.; Hyman, B.; Burton, M. A.; Goldstein, L. E.; Duong, S.; Tanzi, R. E.; Moir., R. D. PLoS One 2010, 5, e9505
34. Ionov, M.; Klajnert, B.; Gardikis, K.; Hatziantoniou, S.; Palecz, B.; Salakhutdinov, B.; Cladera, J.; Zamaraeva, M.; Demetzos, C.; Bryszewska, M. J. Therm. Anal. Calorim. 2010, 99, 741-747
35. Kakio, A.; Nishimoto, S.-i.; Yanagisawa, K.; Kozutsumi, Y.; Matsuzaki, K. Biochemistry 2002, 41, 7385-7390
36. Okada, T.; Wakabayashi, M.; Ikeda, K.; Matsuzaki, K. J. Mol. Biol. 2007, 371, 481-489
37. Crescenzi, O.; Tomaselli, S.; Guerrini, R.; Salvatori, S.; D'Ursi, A. M.; Temussi, P. A.; Picone, D. Eur. J. Biochem. 2002, 269, 5642-5648
38. Chiu, S.; Pandti, S.; Scott, H. L.; Jakobsson, E. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 2748-2763
39. Pandit, S. A.; Chiu, S.-W.; Jakobsson, E.; Grama, A.; Scott., H. L. Langmuir 2008, 24, 6858-6865
40. Pandit, S. A.; Chiu, S.-W.; Jakobsson, E.; Grama, A.; Scott., H. L. Biophys. J. 2007, 92, 920-927
41. Pandit, S. A.; Vasudevan, S; Chiu, S. W.; Jakobsson, E.; Scott, H. L. Biophys. J. 2004, 87, 1092-1100
42. Chiu, S. W.; Vasudevan, S.; Jakobsson, E.; Mashl, R. J.; Scott, H. L. Biophys. J. 2003, 85, 3624-3635
43. Norton, W. T.; Abe, T.; Poduslo, S. E.; Devries, G. H. J. Neurosci. Res. 1975, 1, 57-75
44. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 113, 1463-1472
45. Nosé, S. Mol. Phys. 1984, 55, 255-268
46. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697
47. Nagle, J. F.; Tristram-Nagle, S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 474-480
48. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593
49. DeLano, W. L. The PyMOL Molecular Graphics System, version 1.4; Schrödinger, LLC.: New York, 2011.
50. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38
51. Anna, S.; Joachim, S. Biochemistry 1974, 13, 4839-4845
52. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577-637
53. Petkova, A. T.; Ishii, Y.; Balbach, J. J.; Antzutkin, O. N.; Leapman, R. D.; Delaglio, F.; Tycko, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16742-16747
54. Plumley, J. A.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1758-1759
55. Chiu, S. W.; Jakobsson, E.; Mashi, R. J.; Scott, H. L. Biophys. J. 2002, 83, 1842-1853
56. Friedrich, R. P.; Tepper, K.; Rönicke, R.; Soom, M.; Westermann, M.; Reymann, K.; Kaether, C.; Fändrich., M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 1942-1947
57. Nguyen, P. H.; Li, M. S.; Derreumaux., P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 9778-9788
58. Jiang, P.; Xu, W. X.; Mu, Y. G. PLoS Comput. Biol. 2009, 5, e1000357